UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1E02C12.9E02C12.99e-151chrV 9,374,371contains similarity to Pfam domains PF02958 (Domain of unknown function (DUF227)) , PF07914 (Protein of unknown function (DUF1679)) contains similarity to Interpro domains IPR011009 (Protein kinase-like), IPR012877 (Protein of unknown function DUF1679, Caenorhabditis species), IPR004119 (Protein of unknown function DUF227), IPR015897 (CHK kinase-like)
2skr-9C52D10.7n/achrIV 17,163,837skr-9 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a component of the SCF (Skp1, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that regulates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-9 is required for posterior body morphogenesis, embryonic and larval development, and postembryonic cell proliferation.
3ceh-33C10G8.7n/achrV 5,323,911ceh-33 encodes a Six/sine oculis class homeodomain transcription factor; preliminary RNAi experiments suggest that CEH-33 activity may be required for gonad development; a ceh-33::gfp reporter shows very weak pharyngeal expression in late embryos and early larvae.
4F22G12.1F22G12.1n/achrI 13,140,448contains similarity to Interpro domain IPR000423 (Flagellar protein FlgJ type-1)
5srh-282T21D12.5n/achrIV 272,850C. elegans SRH-282 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
6srsx-37M01B2.7n/achrV 15,258,341C. elegans SRSX-37 protein; contains similarity to Pfam domain PF00001 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
7twk-4ZK1067.5n/achrII 9,192,128C. elegans TWK-4 protein; contains similarity to Pfam domain PF07885 Ion channel contains similarity to Interpro domains IPR003280 (Potassium channel, two pore-domain), IPR003938 (Potassium channel, voltage-dependent, EAG/ELK/ERG), IPR013099 (Ion transport 2), IPR003092 (Potassium channel, two pore-domain, TASK)
8D2063.2D2063.2n/achrV 4,330,780contains similarity to Pfam domain PF01757 Acyltransferase family contains similarity to Interpro domain IPR002656 (Acyltransferase 3)
9srg-28T09D3.2n/achrV 5,335,592C. elegans SRG-28 protein; contains similarity to Pfam domain PF02118 C.elegans Srg family integral membrane protein contains similarity to Interpro domain IPR000609 (Serpentine gamma receptor, Caenorhabditis species)
10F53G12.4F53G12.4n/achrI 135,809
11ZC376.1ZC376.1n/achrV 14,179,216contains similarity to Pfam domain PF00135 Carboxylesterase contains similarity to Interpro domain IPR002018 (Carboxylesterase, type B)
12T09E11.6T09E11.6n/achrI 12,367,467contains similarity to Pfam domain PF02485 Core-2/I-Branching enzyme contains similarity to Interpro domain IPR003406 (Glycosyl transferase, family 14)
13srh-169C49G7.2n/achrV 4,048,582C. elegans SRH-169 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
14T05A8.5T05A8.5n/achrII 2,733,284contains similarity to Pfam domain PF00400 WD domain, G-beta repeat contains similarity to Interpro domains IPR011046 (WD40 repeat-like), IPR001680 (WD40 repeat), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
15taf-12Y56A3A.4n/achrIII 11,865,724taf-12 encodes a homolog of transcription initiation factor TFIID 20/15 kDa subunits (TAFII-20/TAFII-15) with a glutamine/asparagine-rich N-terminal domain and a a TFIID-like C-terminal domain.
16kin-34R02C2.2n/achrV 245,158C. elegans KIN-34 protein; contains similarity to Pfam domain PF00069 Protein kinase domain contains similarity to Interpro domains IPR017441 (Protein kinase ATP binding, conserved site), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR008271 (Serine/threonine protein kinase, active site), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related)
17Y57G11B.2Y57G11B.2n/achrIV 14,566,202contains similarity to Guillardia theta Hypothetical protein orf176 from chromosome 3.; TR:Q98SC3
18rsr-1F28D9.1n/achrI 11,179,945C. elegans RSR-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF01480 PWI domain contains similarity to Interpro domains IPR002483 (Splicing factor PWI), IPR000694 (Proline-rich region), IPR005819 (Histone H5), IPR002185 (Dopamine D4 receptor)
19B0041.5B0041.5n/achrI 4,649,524contains similarity to Interpro domain IPR010916 (TonB box, conserved site)
20nhr-79T26H2.9n/achrV 19,209,750C. elegans NHR-79 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
21T24B8.4T24B8.4n/achrII 9,067,183contains similarity to Pfam domain PF02205 WH2 motif contains similarity to Interpro domains IPR000694 (Proline-rich region), IPR003124 (Actin-binding WH2)
22T07C12.8T07C12.8n/achrV 9,954,532contains similarity to Interpro domain IPR000998 (MAM)
23T26G10.1T26G10.1n/achrIII 9,405,416contains similarity to Pfam domains PF00270 (DEAD/DEAH box helicase) , PF00271 (Helicase conserved C-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR011545 (DNA/RNA helicase, DEAD/DEAH box type, N-terminal), IPR000629 (RNA helicase, ATP-dependent, DEAD-box, conserved site), IPR014021 (Helicase, superfamily 1 and 2, ATP-binding), IPR014014 (RNA helicase, DEAD-box type, Q motif), IPR014001 (DEAD-like helicase, N-terminal), IPR001650 (DNA/RNA helicase, C-terminal)
24C01B7.5C01B7.5n/achrV 8,800,549contains similarity to Pfam domain PF00595 PDZ domain (Also known as DHR or GLGF) contains similarity to Interpro domain IPR001478 (PDZ/DHR/GLGF)
25srd-27T26E4.12n/achrV 15,803,891C. elegans SRD-27 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
26irk-2M02A10.2n/achrX 706,700irk-2 encodes an inwardly rectifying potassium channel based on sequence homology to the the human potassium channel genes KCNJ1/KCNJ2.
27T09B9.2T09B9.2n/achrX 9,763,139contains similarity to Pfam domains PF07690 (Major Facilitator Superfamily) , PF00083 (Sugar (and other) transporter) contains similarity to Interpro domains IPR007114 (Major facilitator superfamily), IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR005828 (General substrate transporter), IPR016196 (MFS general substrate transporter), IPR004745 (Na(+)-dependent inorganic phosphate cotransporter)
28srx-42C06B3.11n/achrV 13,921,696C. elegans SRX-42 protein; contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
29nhr-217T09E11.2n/achrI 12,341,975C. elegans NHR-217 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
30F59B2.8F59B2.8n/achrIII 9,008,958This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins.
31atf-6F45E6.2n/achrX 12,482,840atf-6 is an ortholog of mammalian ATF6alpha, a proximal sensor required for the unfolded protein response (UPR) in the endoplasmic reticulum (ER); ATF6alpha is a transmembrane protein, with a bZIP transcription factor domain in its cytosolic amino terminus that is released and activated by proteolytic cleavage upon ER stress; either ire-1 or xbp-1 deletions are synthetically lethal with atf-6 or pek-1 deletions, producing arrest in L2 larvae; RNAi of Y56A3A.2 (a S2P protease homolog) is synthetically lethal with ire-1(RNAi), consistent with the hypothesis that Y56A3A.2 cleaves ATF-6; atf-6 regulates few genes that are transcriptionally induced by UPR, but regulates roughly one-quarter of genes that require UPR constitutively; pdr-1 transcripts are strongly upregulated in a atf-6(ok551) mutant background, but atf-6(ok551);pdr-1(lg103) double mutants have a grossly normal phenotype ; atf-6 is dispensable for proper localization of GLR-1 glutamate receptors.
32B0336.3B0336.3n/achrIII 5,713,118contains similarity to Pfam domain PF00642 Zinc finger C-x8-C-x5-C-x3-H type (and similar) contains similarity to Interpro domains IPR000571 (Zinc finger, CCCH-type), IPR000694 (Proline-rich region), IPR000504 (RNA recognition motif, RNP-1), IPR012677 (Nucleotide-binding, alpha-beta plait), IPR001984 (Peptidase S16, Lon protease)
33fbxb-65C43D7.2n/achrV 19,330,120This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins.
34srw-60T11F1.1n/achrII 2,960,240C. elegans SRW-60 protein; contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
35T04F8.4T04F8.4n/achrX 11,649,562contains similarity to Pfam domain PF00100 Zona pellucida-like domain contains similarity to Interpro domain IPR001507 (Endoglin/CD105 antigen)
36F14D2.9F14D2.9n/achrII 3,354,397contains similarity to Xenopus laevis Putative uncharacterized protein.; TR:Q08AY0
37C35D10.12C35D10.12n/achrIII 4,873,622contains similarity to Pfam domains PF08242 (Methyltransferase domain) , PF08241 (Methyltransferase domain) contains similarity to Interpro domains IPR011644 (Haem NO binding), IPR013217 (Methyltransferase type 12), IPR013216 (Methyltransferase type 11)
38vha-1R10E11.8n/achrIII 9,781,407vha-1 encodes an ortholog of subunit c of the membrane-bound (V0) domain of vacuolar proton-translocating ATPase (V-ATPase); VHA-1 is a predicted V-ATPase transmembrane rotor component; VHA-1 and VHA-2/3 comprise a closely related family of subunit c co-orthologs, predicted to carry protons from the cytosol to a-subunits (VHA-5, VHA-6, VHA-7, or UNC-32) for transmembrane export; VHA-1, like VHA-12 and VHA-17, antagonizes EFF-1-mediated cell fusion in hypodermal cells; VHA-1 is required for ovulation and embryogenesis, since vha-1(RNAi) animals are sterile with polyploid, unmatured oocytes and dead progeny; VHA-1 is required for alae formation, like the V0 subunits VHA-4 and VHA-5, but not like the V1 subunits VHA-8 or VHA-13; vha-1 shares an operon with vha-2 and R10E11.6; both vha-1 and vha-2 are expressed in the excretory cell, the rectum, and a pair of cells near the anus.
39srw-108R11G11.5n/achrV 528,386C. elegans SRW-108 protein ;
40C06A1.2C06A1.2n/achrII 10,570,302contains similarity to Mus musculus Olfactory receptor MOR111-5 (Olfactory receptorsGA_x6K02T2PULF-11116958-11117896).; TR:Q8VFH8
41C17D12.7C17D12.7n/achrI 11,607,946contains similarity to Saccharomyces cerevisiae Protein involved in bud-site selection; diploid mutants display a unipolar budding pattern instead of the wild-type bipolar pattern; SGD:YGL174W
42cyp-33D1K05D4.4n/achrV 16,174,796C. elegans CYP-33D1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00067 Cytochrome P450 contains similarity to Interpro domains IPR001128 (Cytochrome P450), IPR008071 (Cytochrome P450, E-class, group I, CYP2J-like), IPR002401 (Cytochrome P450, E-class, group I), IPR002403 (Cytochrome P450, E-class, group IV), IPR002397 (Cytochrome P450, B-class)
43dsl-2W09G12.1n/achrIV 1,203,808dsl-2 encodes a putative transmembrane protein whose extracellular domain has single DSL and EGF domains in series, somewhat like Delta/LAG-2; DSL-2 belongs to a nematode-specific family of Delta/LAG-2-like proteins that includes DSL-1, -2, -3, -5, -6, and -7.
44str-33C24B9.1n/achrV 2,729,388C. elegans STR-33 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
45phy-3T20B3.7n/achrV 16,836,164C. elegans PHY-3 protein; contains similarity to Pfam domain PF03171 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily contains similarity to Interpro domains IPR006620 (Prolyl 4-hydroxylase, alpha subunit), IPR017853 (Glycoside hydrolase, catalytic core), IPR005123 (2OG-Fe(II) oxygenase)
46spe-12T02E1.1n/achrI 8,225,426C. elegans SPE-12 protein ;
47F23B2.8F23B2.8n/achrIV 9,152,242contains similarity to Interpro domain IPR001478 (PDZ/DHR/GLGF)
48glb-31Y57G7A.9n/achrII 1,300,864glb-31 encodes a globin with no obvious function in mass RNAi assays.
49srb-11F23F12.10n/achrIII 6,492,077C. elegans SRB-11 protein; contains similarity to Pfam domains PF02117 (C.elegans Sra family integral membrane protein) , PF02175 (C.elegans integral membrane protein Srb) contains similarity to Interpro domains IPR002184 (Serpentine beta receptor), IPR000344 (Nematode chemoreceptor, Sra)
50K08F4.5K08F4.5n/achrIV 10,135,380contains similarity to Paramecium tetraurelia Chromosome undetermined scaffold_96, whole genome shotgun sequence.; TR:A0EH68