UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1DH11.4DH11.40chrII 7,993,221contains similarity to Pfam domain PF00168 C2 domain contains similarity to Interpro domains IPR008973 (C2 calcium/lipid-binding region, CaLB), IPR000008 (C2 calcium-dependent membrane targeting)
2skr-9C52D10.7n/achrIV 17,163,837skr-9 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a component of the SCF (Skp1, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that regulates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-9 is required for posterior body morphogenesis, embryonic and larval development, and postembryonic cell proliferation.
3AC8.3AC8.3n/achrX 228,920
4R13A5.10R13A5.10n/achrIII 7,582,468contains similarity to Pfam domain PF00383 Cytidine and deoxycytidylate deaminase zinc-binding region contains similarity to Interpro domains IPR002125 (CMP/dCMP deaminase, zinc-binding), IPR016193 (Cytidine deaminase-like)
5ZK652.8ZK652.8n/achrIII 7,842,935
6F58E2.4F58E2.4n/achrIV 3,465,102contains similarity to Pfam domains PF01827 (FTH domain) (2), PF00646 (F-box domain) contains similarity to Interpro domain IPR002900 (Protein of unknown function DUF38, Caenorhabditis species)
7ugt-42F31F4.7n/achrV 648,465C. elegans UGT-42 protein; contains similarity to Pfam domain PF00201 UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase contains similarity to Interpro domain IPR002213 (UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase)
8M02D8.1M02D8.1n/achrX 8,765,033contains similarity to Pfam domain PF07679 Immunoglobulin I-set domain contains similarity to Interpro domains IPR003598 (Immunoglobulin subtype 2), IPR013098 (Immunoglobulin I-set), IPR013783 (Immunoglobulin-like fold), IPR007110 (Immunoglobulin-like), IPR003599 (Immunoglobulin subtype)
9ceh-31C33D12.1n/achrX 3,069,626ceh-31 encodes a protein containing a homeobox domain.
10C04C3.3C04C3.3n/achrIV 3,401,683contains similarity to Pfam domains PF02780 (Transketolase, C-terminal domain) , PF02779 (Transketolase, pyrimidine binding domain) contains similarity to Interpro domains IPR005476 (Transketolase, C-terminal), IPR005475 (Transketolase, central region), IPR015941 (Transketolase C-terminal-like)
11gcy-1AH6.1n/achrII 9,514,635gcy-1 is predicted to encode a guanylate cyclase; however, transcriptional fusions of the putative upstream regulatory region with a GFP reporter did not confirm its expression.
12C34H4.1C34H4.1n/achrIV 1,556,565contains similarity to Pfam domain PF03409 Protein of unknown function (DUF274) contains similarity to Interpro domain IPR005071 (Protein of unknown function DUF274)
13xrn-2Y48B6A.3n/achrII 14,160,796C. elegans XRN-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF03159 XRN 5'-3' exonuclease N-terminus contains similarity to Interpro domains IPR017151 (5'-3' exoribonuclease 2), IPR004859 (Putative 5-3 exonuclease), IPR002952 (Eggshell protein), IPR001878 (Zinc finger, CCHC-type)
14H16D19.4H16D19.4n/achrI 12,642,571contains similarity to Dictyostelium discoideum Rep protein.; TR:O15924
15H10E21.1H10E21.1n/achrIII 16,729
16F18H3.4F18H3.4n/achrX 13,530,481contains similarity to Mus musculus GRIP1-associated protein 1 (GRASP-1) (HCMV-interacting protein).; SW:Q8VD04
17C06H5.6C06H5.6n/achrV 17,884,381contains similarity to Pfam domains PF00083 (Sugar (and other) transporter) , PF07690 (Major Facilitator Superfamily) contains similarity to Interpro domains IPR007114 (Major facilitator superfamily), IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR005828 (General substrate transporter), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
18glr-4C06A8.9n/achrII 7,789,680glr-4 encodes a putative non-NMDA ionotropic glutamate receptor subunit, most closely related to GLR-3 and less so to GLR-7, possibly of the kainate subfamily; glr-4 is expressed in various sensory neurons and interneurons from embyrogenesis onward; glr-4 expression requires UNC-42, as well as CFI-1 in URA cells.
19F16H6.10F16H6.10n/achrV 18,223,587contains similarity to Haemophilus influenzae Putative protease HI0419 (EC 3.4.-.-).; SW:YEGQ_HAEIN
20F58F9.4F58F9.4n/achrIV 6,231,716contains similarity to Pfam domain PF03312 Protein of unknown function, DUF272 contains similarity to Interpro domain IPR004987 (Protein of unknown function DUF272)
21F22E12.1F22E12.1n/achrV 10,455,572contains similarity to Pfam domain PF00014 Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain contains similarity to Interpro domains IPR002223 (Proteinase inhibitor I2, Kunitz metazoa), IPR000694 (Proline-rich region)
22VT23B5.2VT23B5.2n/achrIV 12,671,338VT23B5.2 encodes a BEACH-WD40 domain-containing protein that is orthologous to human WDFY3 (WD repeat and FYVE domain containing 3); loss of VT23B5.2 activity via mutation or large-scale RNAi screens in a wild-type background results in no obvious abnormalities.
23lips-10F14E5.5n/achrII 8,440,581C. elegans LIPS-10 protein; contains similarity to Pfam domain PF01674 Lipase (class 2) contains similarity to Interpro domain IPR002918 (Lipase, class 2)
24R05D3.6R05D3.6n/achrIII 8,350,531R05D3.6 encodes the epsilon subunit of the soluble, catalytic F1 portion of ATP synthase (mitochondrial respiratory chain [MRC] complex V); RNAi experiments indicate that loss of R05D3.6 activity has minor effects on growth rate.
25F25F6.1F25F6.1n/achrX 4,445,262
26lgc-21C33G3.3n/achrX 14,065,977C. elegans LGC-21 protein; contains similarity to Pfam domain PF02931 Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain contains similarity to Interpro domains IPR006201 (Neurotransmitter-gated ion-channel), IPR006202 (Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding)
27H25P06.1H25P06.1n/achrI 11,317,448contains similarity to Pfam domains PF00349 (Hexokinase) , PF03727 (Hexokinase) contains similarity to Interpro domain IPR001312 (Hexokinase)
28F32A11.1F32A11.1n/achrII 13,158,777contains similarity to Interpro domains IPR016071 (Staphylococcal nuclease (SNase-like), OB-fold), IPR006021 (Staphylococcal nuclease (SNase-like))
29nhr-253ZK6.4n/achrV 397,792C. elegans NHR-253 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000679 (Zinc finger, GATA-type), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
30cif-1K08F11.3n/achrIV 4,708,690C. elegans CIF-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF01399 PCI domain contains similarity to Interpro domain IPR000717 (Proteasome component region PCI)
31F17A9.5F17A9.5n/achrV 6,112,116contains similarity to Pfam domain PF00724 NADH:flavin oxidoreductase / NADH oxidase family contains similarity to Interpro domains IPR013785 (Aldolase-type TIM barrel), IPR001155 (NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase, N-terminal)
32F48F5.2F48F5.2n/achrV 20,441,470contains similarity to Homo sapiens Intestinal mucin; TR:O43420
33cdr-6K01D12.12n/achrV 12,413,079C. elegans CDR-6 protein; contains similarity to Interpro domains IPR012336 (Thioredoxin-like fold), IPR012335 (Thioredoxin fold), IPR010987 (Glutathione S-transferase, C-terminal-like)
34F32H5.4F32H5.4n/achrV 13,362,228contains similarity to Pfam domains PF07690 (Major Facilitator Superfamily) , PF00083 (Sugar (and other) transporter) contains similarity to Interpro domains IPR007114 (Major facilitator superfamily), IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR005828 (General substrate transporter), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
35lin-52ZK632.13n/achrIII 9,824,348lin-52 encodes a novel protein that is most closely related to the Drosophila melanogaster CG15929 protein and the human protein XP_040376; lin-52 is a class B synthetic multivulva (synMuv) gene that appears to function with lin-35/Rb to negatively regulate vulval development; in addition, lin-52 is also required for germline and larval development.
36F53F1.3F53F1.3n/achrV 13,409,019contains similarity to Pfam domain PF00248 Aldo/keto reductase family contains similarity to Interpro domain IPR001395 (Aldo/keto reductase)
37AC8.4AC8.4n/achrX 227,022
38sre-27Y57A10C.3n/achrII 12,416,469C. elegans SRE-27 protein; contains similarity to Pfam domain PF03125 C. elegans Sre G protein-coupled chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR004151 (C. elegans Sre G protein-coupled chemoreceptor)
39nhr-79T26H2.9n/achrV 19,209,750C. elegans NHR-79 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
40ZC376.1ZC376.1n/achrV 14,179,216contains similarity to Pfam domain PF00135 Carboxylesterase contains similarity to Interpro domain IPR002018 (Carboxylesterase, type B)
41W08F4.7W08F4.7n/achrII 576,333
42F45E1.5F45E1.5n/achrX 7,978,560contains similarity to Interpro domain IPR000834 (Peptidase M14, carboxypeptidase A)
43clec-206F59A7.1n/achrV 2,002,373C. elegans CLEC-206 protein; contains similarity to Pfam domain PF00059 Lectin C-type domain contains similarity to Interpro domains IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
44dis-3C04G2.6n/achrIV 10,101,854C. elegans DIS-3 protein; contains similarity to Pfam domains PF00773 (RNB domain) , PF08206 (Ribonuclease B OB domain) contains similarity to Interpro domains IPR013223 (Ribonuclease B, OB region N-terminal), IPR001356 (Homeobox), IPR006596 (Nucleotide binding protein, PINc), IPR006058 (2Fe-2S ferredoxin, iron-sulphur binding site), IPR001900 (Ribonuclease II and R)
45srh-261K03D7.4n/achrV 17,498,163C. elegans SRH-261 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
46F59E12.9F59E12.9n/achrII 5,643,532contains similarity to Interpro domains IPR003618 (Transcription elongation factor S-II, central region), IPR000694 (Proline-rich region), IPR000194 (ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, nucleotide-binding)
47app-1W03G9.4n/achrI 4,965,983C. elegans APP-1 protein; contains similarity to Pfam domains PF01321 (Creatinase/Prolidase N-terminal domain) , PF00557 (metallopeptidase family M24) contains similarity to Interpro domains IPR000994 (Peptidase M24, catalytic core), IPR000587 (Creatinase)
48math-40T08E11.3n/achrII 1,831,237C. elegans MATH-40 protein; contains similarity to Pfam domain PF00917 MATH domain contains similarity to Interpro domains IPR008974 (TRAF-like), IPR002083 (MATH)
49C56G2.3C56G2.3n/achrIII 6,347,461contains similarity to Pfam domain PF01746 tRNA (Guanine-1)-methyltransferase contains similarity to Interpro domains IPR016009 (tRNA (guanine-N1-)-methyltransferase), IPR007356 (tRNA (guanine-N1-)-methyltransferase, eukaryotic)
50ctl-1Y54G11A.6n/achrII 14,304,828ctl-1 encodes one of three C. elegans catalases; CTL-1 exhibits catalase activity in vitro, and thus likely functions in vivo as an antioxidant enzyme that protects cells from reactive oxygen species; ctl-1 activity contributes to the extended lifespan seen in daf-2 mutant animals; in addition, ctl-1 expression is negatively regulated by DAF-2-mediated insulin signaling; as CTL-1 does not possess a C-terminal peroxisomal targeting signal (PTS), it is predicted to be a cytosolic catalase.