UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1D1086.7D1086.76e-120chrV 14,084,866contains similarity to Synechocystis sp Hypothetical protein slr1028.; TR:P73139
2bra-2F23H11.1n/achrIII 911,744The bra-2 gene encodes a homolog of the human BMP receptor-associated molecule (BRAM1), paralogous to bra-1, that may act upon the SMA-6 TGF-beta signalling pathway
3F31E3.6F31E3.6n/achrIII 6,982,722
4F46F5.14F46F5.14n/achrII 800,774contains similarity to Pfam domain PF03314 Protein of unknown function, DUF273 contains similarity to Interpro domain IPR004988 (Protein of unknown function DUF273)
5grl-23E02A10.2n/achrV 12,576,078grl-23 encodes a hedgehog-like protein, with (from N- to C-terminus) a signal sequence, a glycine-rich low-complexity region, a Ground-like (Grl) domain, and an acid-rich low-complexity region; the Grl domain is predicted to form a cysteine-crosslinked protein involved in intercellular signalling, and it has subtle similarity to the N-terminal Hedge domain of HEDGEHOG proteins.
6T14B4.8T14B4.8n/achrII 6,720,967
7str-182C12D8.12n/achrV 10,232,595C. elegans STR-182 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
8ncx-9C13D9.8n/achrV 4,993,269ncx-9 encodes a putative Na[+]/Ca[2+] exchanger of uncertain stoichiometry and affinity, orthologous to human SLC24A6 and paralogous to NCX-6/-8 and NCX-10; NCX-9 may function intracellularly; NCX-9 has tandem Calx-alpha domains predicted to carry out ion transport; NCX-9 has no obvious function in mass RNAi assays.
9W03F11.1W03F11.1n/achrI 2,220,892W03F11.1 encodes a protein with three chitin-binding peritrophin-A domains; like CEJ-1 and CPG-2, W03F11.1 may participate in eggshell synthesis and early embryonic development; W03F11.1 is required for fertility in mass RNAi assays; W03F11.1's multiple peritrophin-A domains might enable mechanical cross-linking of chitin.
10btb-7F45C12.12n/achrII 1,713,745C. elegans BTB-7 protein; contains similarity to Pfam domain PF00651 BTB/POZ domain contains similarity to Interpro domains IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR013069 (BTB/POZ)
11C43F9.4C43F9.4n/achrIV 10,588,322
12ttr-2K03H1.4n/achrIII 9,928,259K03H1.4 encodes a protein containing a predicted signal sequence followed by a transthyretin-like domain; the product of K03H1.4 belongs to a family of apparently nematode-specific proteins whose function is not yet known.
13str-171T01G5.5n/achrV 15,131,482C. elegans STR-171 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
14spp-6T08A9.10n/achrX 7,317,449spp-6 encodes a predicted transmembrane protein containing a saposin (B) domain that is a member of a saposin-like protein superfamily containing mammalian NK-lysin and granulysin and the protozoan amoebapores; SPP-6 is predicted to function as a lipid-binding protein that may possess pore-forming, cytotoxic activity; as loss of SPP-6 function via RNA-mediated interference (RNAi) does not result in any abnormalities, the precise role of SPP-6 in C. elegans development and/or behavior is not yet known.
15ttr-5C40H1.5n/achrIII 9,330,525C40H1.5 encodes a protein containing a predicted signal sequence followed by a transthyretin-like domain; the product of C40H1.5 belongs to a family of apparently nematode-specific proteins whose function is not yet known.
16acl-1F59F4.4n/achrX 15,850,758acl-1 encodes a 1-acyl-sn-glycerol-3-phosphate acyltransferase; ACL-1 is predicted to be a membrane protein that plays a role in phospholipid biosynthesis, but as loss of acl-1 activity via large-scale RNAi experiments results in no obvious defects, the precise role of ACL-1 in C. elegans development and/or behavior is not yet known.
17F53F4.4F53F4.4n/achrV 13,596,162contains similarity to Candida albicans Chitinase 3 precursor (EC 3.2.1.14).; SW:CHI3_CANAL
18clec-222C03E10.6n/achrV 11,271,884C. elegans CLEC-222 protein; contains similarity to Interpro domains IPR016187 (C-type lectin fold), IPR001304 (C-type lectin)
19ref-1T01E8.2n/achrII 10,219,169ref-1 encodes a protein with two basic helix-loop-helix (bHLH) domains that is distantly related to the hairy/Enhancer of split subfamily of bHLH transcription factors; REF-1 is required in hermaphrodites during early larval development for regulating the pattern of posterior Pn.p hypodermal cell fusions, primarily through regulation of MAB-5 homeodomain protein activity; REF-1 is also required for head morphogenesis and specification of the V6 lateral seam cell fate; in males, ref-1 is a target of MAB-3 transcriptional repression which in turn, promotes expression of LIN-32, a proneural bHLH transcription factor.
20C03G6.6C03G6.6n/achrV 7,358,148contains similarity to Pfam domain PF01482 Domain of unknown function DUF13 contains similarity to Interpro domain IPR002485 (Protein of unknown function DUF13)
21F35C11.5F35C11.5n/achrII 8,254,199contains similarity to Interpro domains IPR016090 (Phospholipase A2), IPR013090 (Phospholipase A2, active site)
22srh-193F47D2.9n/achrV 4,289,288C. elegans SRH-193 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
23ttr-32R13A5.3n/achrIII 7,566,923R13A5.3 encodes a protein containing a predicted signal sequence followed by a transthyretin-like domain; although the product of R13A5.3 belongs to a family of apparently nematode-specific proteins whose function is not yet known, loss of R13A5.3 activity via RNAi has been reported to result in hyperactive locomotion.
24F48G7.2F48G7.2n/achrV 637,034
25T26H5.8T26H5.8n/achrV 15,429,911contains similarity to Pfam domains PF04789 (Protein of unknown function (DUF621)) , PF01748 (Caenorhabditis serpentine receptor-like protein) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR002651 (Protein of unknown function DUF32), IPR006874 (Protein of unknown function DUF621)
26fbxa-162C08E3.5n/achrII 1,608,500This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
27ZC196.2ZC196.2n/achrV 8,740,693contains similarity to Pfam domain PF00635 MSP (Major sperm protein) domain contains similarity to Interpro domains IPR008962 (PapD-like), IPR000535 (Major sperm protein)
28srw-33T26H5.5n/achrV 15,450,551C. elegans SRW-33 protein; contains similarity to Pfam domain PF06976 Protein of unknown function (DUF1300) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR010726 (Protein of unknown function DUF1300), IPR003945 (NADH-plastoquinone oxidoreductase, chain 5), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
29W07A12.6W07A12.6n/achrII 9,158,925contains similarity to Pfam domain PF01757 Acyltransferase family contains similarity to Interpro domain IPR002656 (Acyltransferase 3)
30C36C5.12C36C5.12n/achrV 3,158,933contains similarity to Pfam domain PF01579 Domain of unknown function DUF19 contains similarity to Interpro domains IPR016638 (Uncharacterised conserved protein UPF0376), IPR002542 (Protein of unknown function DUF19)
31tag-38B0222.4n/achrV 9,145,742C. elegans TAG-38 protein; contains similarity to Pfam domains PF00282 (Pyridoxal-dependent decarboxylase conserved domain) , PF00266 (Aminotransferase class-V) contains similarity to Interpro domains IPR002129 (Pyridoxal phosphate-dependent decarboxylase), IPR015424 (Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major region), IPR006025 (Peptidase M, neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding site), IPR000192 (Aminotransferase, class V/Cysteine desulphurase), IPR015421 (Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major region, subdomain 1)
32rhy-1W07A12.7n/achrII 9,162,328C. elegans RHY-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF01757 Acyltransferase family contains similarity to Interpro domain IPR002656 (Acyltransferase 3)
33spp-20K04A8.8n/achrV 6,557,433C. elegans SPP-20 protein; contains similarity to Pfam domain PF05184 Saposin-like type B, region 1 contains similarity to Interpro domains IPR011001 (Saposin-like), IPR007856 (Saposin-like type B, 1), IPR008139 (Saposin B)
34srbc-20C45H4.11n/achrV 2,147,858C. elegans SRBC-20 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
35rev-1ZK675.2n/achrII 7,902,571C. elegans REV-1 protein; contains similarity to Pfam domains PF00817 (impB/mucB/samB family) , PF00533 (BRCA1 C Terminus (BRCT) domain) contains similarity to Interpro domains IPR001126 (UMUC-like DNA-repair protein), IPR012112 (DNA repair protein, Rev1), IPR001357 (BRCT)
36W08A12.4W08A12.4n/achrV 3,675,610contains similarity to Paramecium tetraurelia Chromosome undetermined scaffold_94, whole genome shotgun sequence.; TR:A0EFX6
37srj-25C05E4.10n/achrV 735,347C. elegans SRJ-25 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1), IPR001991 (Sodium:dicarboxylate symporter)
38C13A2.6C13A2.6n/achrV 7,271,247contains similarity to Pfam domain PF01697 Domain of unknown function contains similarity to Interpro domains IPR008167 (Protein of unknown function DUF23, C-terminal), IPR008166 (Protein of unknown function DUF23)
39C42C1.2C42C1.2n/achrIV 12,266,886contains similarity to Pfam domain PF00481 Protein phosphatase 2C contains similarity to Interpro domains IPR001932 (Protein phosphatase 2C-related), IPR000222 (), IPR014045 (Protein phosphatase 2C, N-terminal), IPR015655 (Protein phosphatase 2C)
40F57A10.4F57A10.4n/achrV 15,769,845contains similarity to Oceanobacillus iheyensis Alkaliphily related protein.; TR:Q8EQ12
41tag-199F45E4.4n/achrIV 7,612,783C. elegans TAG-199 protein ; contains similarity to Trypanosoma brucei Putative uncharacterized protein.; TR:Q4GZ45
42F26G1.3F26G1.3n/achrII 4,759,013F26G1.3 encodes a protein containing a transthyretin-like domain; the product of F26G1.3 belongs to a family of apparently nematode-specific proteins whose function is not yet known.
43Y37D8A.19Y37D8A.19n/achrIII 12,930,534contains similarity to Hordeum vulgare Nonspecific lipid-transfer protein 4.3 precursor (LTP 4.3).; SW:NL43_HORVU
44ric-3T14A8.1n/achrIV 7,819,689The ric-3 gene encodes a novel, highly charged protein with two transmembrane domains and extensive coiled-coil domains; it is necessary for the function of at least four nicotinic acetylcholine receptors; specifically, it is needed for assembly or trafficking of the DEG-3 nicotinic acetylcholine receptor.
45thn-1F28D1.3n/achrIV 12,380,448C. elegans THN-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00314 Thaumatin family contains similarity to Interpro domain IPR001938 (Thaumatin, pathogenesis-related)
46twk-2T12C9.3n/achrII 4,447,199twk-2 encodes one of 44 C. elegans TWK (two-P domain K+) potassium channel subunits that contain two pore-forming domains and four transmembrane domains; the precise role of TWK-2 in C. elegans development and/or behavior is not yet known, but TWK-2 may function redundantly with other TWK channels; TWK-2 is expressed in a subset of neurons.
47B0304.4B0304.4n/achrII 4,522,834
48col-37ZK863.2n/achrV 12,167,206col-37 encodes a cuticle collagen.
49B0284.1B0284.1n/achrIII 4,377,822contains similarity to Interpro domain IPR016027 (Nucleic acid-binding, OB-fold-like)
50R08H2.8R08H2.8n/achrV 15,371,455contains similarity to Mycoplasma penetrans Conserved hypothetical protein.; TR:Q8EV71