UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1D1065.1D1065.10chrV 4,075,636contains similarity to Pfam domain PF03189 Protein of unknown function, DUF270 contains similarity to Interpro domain IPR004878 (Protein of unknown function DUF270)
2F46F5.14F46F5.14n/achrII 800,774contains similarity to Pfam domain PF03314 Protein of unknown function, DUF273 contains similarity to Interpro domain IPR004988 (Protein of unknown function DUF273)
3B0379.2B0379.2n/achrI 10,071,342contains similarity to Saccharomyces cerevisiae Possible role for UBP3 in controlling the activity or assembly of the SIR protein complex.; SGD:YER151C
4ces-1F43G9.11n/achrI 8,634,989ces-1 encodes a C2H2-type zinc finger transcription factor that is a member of the Snail family of proteins that includes Drosophila Scratch, Snail, and Slug, and human SNAIL and SLUG; although the normal function of CES-1 is not fully understood, gain-of-function mutations indicate that CES-1 can function as a transcriptional repressor that blocks programmed cell death in specific neurons by inhibiting expression of the cell-death activator EGL-1; in regulating EGL-1 expression, CES-1 appears to antagonize the transcriptional activity of the bHLH proteins, HLH-2 and HLH-3; despite its cell-type specific role in apoptosis, CES-1 expression is reportedly detected in many embryonic nuclei from the 100-cell stage of embryogenesis through the beginning of morphogenesis, with some CES-1 expression remaining at later embryonic stages; genetic studies indicate that CES-1 is negatively regulated by the bZIP transcription factor CES-2, which can bind CES-1 upstream sequences in vitro and thus may directly regulate CES-1 transcription in vivo
5C14E2.5C14E2.5n/achrX 1,824,473
6C15C6.3C15C6.3n/achrI 12,209,642contains similarity to Interpro domains IPR006077 (Vinculin/alpha-catenin), IPR000694 (Proline-rich region)
7C33H5.1C33H5.1n/achrIV 7,809,904contains similarity to Pfam domain PF01482 Domain of unknown function DUF13 contains similarity to Interpro domain IPR002485 (Protein of unknown function DUF13)
8acr-9C40C9.2n/achrX 13,644,544acr-9 encodes a predicted member of the alpha subunit family of nicotinic acetylcholine receptors.
9srj-40F38H12.2n/achrV 4,102,865C. elegans SRJ-40 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
10fbxa-157C06H5.2n/achrV 17,900,819This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
11nhr-262F09C6.8n/achrV 16,906,069C. elegans NHR-262 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
12F15D3.7F15D3.7n/achrI 11,579,107contains similarity to Pfam domain PF02466 Tim17/Tim22/Tim23 family contains similarity to Interpro domain IPR003397 (Mitochondrial import inner membrane translocase, subunit Tim17/22)
13srw-69F18E3.5n/achrV 7,428,134C. elegans SRW-69 protein; contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
14F55G1.1F55G1.1n/achrIV 7,492,779
15srh-72ZC204.5n/achrII 1,639,907C. elegans SRH-72 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
16set-10F33H2.7n/achrI 15,029,120set-10 encodes a divergent ortholog of human SMYD1 (OMIM:606846), SMYD2 (OMIM:610663), and SYMD3 (OMIM:608783); SET-10 is paralogous to SET-14, SET-18, and SET-30; SET-10 has no obvious function in individual RNAi assays of vulval development, or in mass RNAi assays.
17ZC376.6ZC376.6n/achrV 14,188,934contains similarity to Interpro domain IPR001028 (Glycoprotein phospholipase D)
18F48G7.4F48G7.4n/achrV 620,860
19str-246W09D6.3n/achrIII 11,078,457C. elegans STR-246 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
20F21G4.4F21G4.4n/achrX 9,898,328contains similarity to Pfam domain PF00628 PHD-finger contains similarity to Interpro domains IPR001965 (Zinc finger, PHD-type), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type), IPR011011 (Zinc finger, FYVE/PHD-type)
21math-14C16C4.4n/achrII 1,870,071C. elegans MATH-14 protein; contains similarity to Pfam domain PF00917 MATH domain contains similarity to Interpro domains IPR008974 (TRAF-like), IPR002083 (MATH), IPR001712 (Type III secretion system FHIPEP)
22srab-13F59A7.3n/achrV 2,026,295C. elegans SRAB-13 protein ;
23ZK721.3ZK721.3n/achrX 8,785,606
24srj-21F28H7.11n/achrV 10,745,530C. elegans SRJ-21 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
25srv-19H04M03.6n/achrIV 5,873,058C. elegans SRV-19 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
26F46B6.2F46B6.2n/achrV 9,773,402contains similarity to Trypanosoma brucei Hypothetical protein.; TR:Q7YVJ9
27C46E10.9C46E10.9n/achrII 3,728,602contains similarity to Pfam domain PF00096 Zinc finger, C2H2 type contains similarity to Interpro domains IPR015880 (Zinc finger, C2H2-like), IPR007086 (Zinc finger, C2H2-subtype), IPR013087 (Zinc finger, C2H2-type/integrase, DNA-binding), IPR003656 (Zinc finger, BED-type predicted), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
28srb-18C54F6.7n/achrV 7,516,266C. elegans SRB-18 protein; contains similarity to Pfam domain PF02117 C.elegans Sra family integral membrane protein contains similarity to Interpro domains IPR002184 (Serpentine beta receptor), IPR000344 (Nematode chemoreceptor, Sra)
29F28F8.7F28F8.7n/achrV 15,579,943contains similarity to Pfam domain PF01448 ELM2 domain contains similarity to Interpro domain IPR000949 (ELM2)
30clec-165F38A1.10n/achrIV 1,246,135C. elegans CLEC-165 protein; contains similarity to Pfam domain PF00059 Lectin C-type domain contains similarity to Interpro domains IPR016187 (C-type lectin fold), IPR001680 (WD40 repeat), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
31W08F4.1W08F4.1n/achrII 593,688
32F45F2.7F45F2.71e-119chrV 8,523,135contains similarity to Pfam domain PF03189 Protein of unknown function, DUF270 contains similarity to Interpro domains IPR003945 (NADH-plastoquinone oxidoreductase, chain 5), IPR004878 (Protein of unknown function DUF270), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
33C32A9.1C32A9.1n/achrX 10,259,366contains similarity to Plasmodium falciparum Hypothetical protein, conserved.; TR:Q8IEA2
34srh-59W10G11.10n/achrII 3,582,748C. elegans SRH-59 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
35Y45G12C.11Y45G12C.11n/achrV 2,551,494contains similarity to Pfam domain PF03385 Protein of unknown function, DUF288 contains similarity to Interpro domain IPR005049 (Protein of unknown function DUF288)
36fbxa-89Y75B8A.21n/achrIII 12,237,580This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
37C30H6.9C30H6.9n/achrIV 17,379,717contains similarity to Bacillus anthracis Hypothetical protein.; TR:Q81PV8
38F48C5.1F48C5.1n/achrX 11,445,448contains similarity to Pfam domain PF00047 Immunoglobulin domain contains similarity to Interpro domains IPR003598 (Immunoglobulin subtype 2), IPR000742 (EGF-like, type 3), IPR007110 (Immunoglobulin-like), IPR013032 (EGF-like region, conserved site), IPR013151 (Immunoglobulin)
39xnp-1B0041.7n/achrI 4,668,742xnp-1 encodes an ATP-dependent DNA helicase of the SNF2 family that is orthologous to human XNP/ATR-X, which is associated with a number of X-linked mental retardation syndromes; in C. elegans, xnp-1 activity is required at high temperatures for embryogenesis, somatic gonad development, fertility, and vulval morphogenesis; in addition, animals doubly mutant for xnp-1 and lin-35/Rb, hpl-2/HP1, or nucleosome remodelling and histone deacetylase (NuRD) complex members such as lin-53 and let-418, display larval arrest with growth cessation but continued cell proliferation; xnp-1 is also required, with lin-35/Rb and hpl-2/HP1, for proper regulation of transgene expression; xnp-1 mRNA, detectable in embryos and the germline by in situ hybridization, is expressed at highest levels in embryos with decreasing levels seen in successive larval stages; xnp-1 transcriptional reporter fusions exhibit strong expression beginning at mid-embryogenesis but fading by embryonic morphogenesis; at hatching, expression is observed in all dividing cells including the P lineage, and at later larval stages expression is observed in the vulval precursor cells.
40unc-40T19B4.7n/achrI 5,685,676The unc-40 gene encodes a netrin receptor that is required to guide dorsal-ventral cell and axon migrations, and is required for correct polarization and migration of the neuroblasts QL and QR.
41srh-204E03D2.3n/achrV 4,239,757C. elegans SRH-204 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
42elks-1F42A6.9n/achrIV 3,346,268elks-1 encodes the C. elegans homolog of the vertebrate ELKS (glutamine, leucine, lysine, and serine-rich) proteins; although loss of elks-1 activity results in no obvious developmental or behavioral abnormalities, the ELKS-1 C-terminus interacts with the PDZ domain of UNC-10/RIM in vitro, and in vivo each protein appears to play a nonessential role in localizing the other to the presynaptic active zone; in addition to the active zone, ELKS-1 also localizes to the pharyngeal basal lamina.
43str-141F47G9.2n/achrV 11,323,048C. elegans STR-141 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
44cyp-14A3K09A11.4n/achrX 13,272,959C. elegans CYP-14A3 protein; contains similarity to Pfam domain PF00067 Cytochrome P450 contains similarity to Interpro domains IPR001128 (Cytochrome P450), IPR002401 (Cytochrome P450, E-class, group I), IPR002403 (Cytochrome P450, E-class, group IV), IPR002397 (Cytochrome P450, B-class)
45srt-13ZC142.1n/achrV 4,249,044C. elegans SRT-13 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domains IPR002651 (Protein of unknown function DUF32), IPR000539 (Frizzled protein)
46tax-2F36F2.5n/achrI 9,023,241tax-2 is orthologous to the human gene ROD PHOTORECEPTOR CNG-CHANNEL BETA SUBUNIT (CNGB1; OMIM:600724), which when mutated leads to disease.
47K10D2.4K10D2.4n/achrIII 5,173,569
48brc-2T07E3.5n/achrIII 6,901,783brc-2 encodes a BRC domain-containing protein that is homologous to human BRCA2 which when mutated leads to early-onset breast cancer 2 or hereditary male breast cancer (OMIM:600185); in C. elegans, BRC-2 activity is essential for RAD-51-mediated repair of meiotic and radiation-induced double-strand breaks (DSBs); BRC-2 physically interacts with RAD-51 and single-stranded DNA and is required for proper localization of RAD-51 to sites of DNA damage and stabilization of RAD-51-DNA filaments; BRC-2 can also promote RAD-51-independent DSB repair via single-strand annealing (SSA) when the homologous recombination (HR) and nonhomologous end joining pathways (NHEJ) are compromised; in nonirradiated animals, BRC-2 is seen at diffuse, low levels in germline nuclei, but upon radiation treatment BRC-2 localizes to discrete foci that coincide with presumptive sites of DNA damage.
49Y47D3B.4Y47D3B.4n/achrIII 11,407,290contains similarity to Pfam domain PF01697 Domain of unknown function contains similarity to Interpro domain IPR008166 (Protein of unknown function DUF23)
50tag-83F46F11.3n/achrI 5,602,718C. elegans TAG-83 protein ; contains similarity to Homo sapiens TNS1 protein; ENSEMBL:ENSP00000308321