UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1D1022.5D1022.52e-107chrII 7,458,058
2fbxa-88F10A3.2n/achrV 16,142,535This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
3try-4F31D4.6n/achrV 20,855,551C. elegans TRY-4 protein; contains similarity to Pfam domains PF00089 (Trypsin) , PF03761 (Domain of unknown function (DUF316)) contains similarity to Interpro domains IPR001314 (Peptidase S1A, chymotrypsin), IPR001254 (Peptidase S1 and S6, chymotrypsin/Hap), IPR005514 (Protein of unknown function DUF316), IPR009003 (Peptidase, trypsin-like serine and cysteine)
4C47A10.5C47A10.5n/achrV 17,775,721C47A10.5 encodes a D-aspartate oxidase (DASPO), paralogous to F18E3.7 and F20H11.5; recombinant C47A10.5 protein has DASPO acvitity on acidic D-amino acid substrates (e.g., D-aspartate, D-glutamate, or N-methyl-D-aspartate/NMDA), with highest catalytic efficiency on D-glutamate; since the C-terminal residues of C47A10.5 match the PTS1 consensus sequence, C47A10.5 is predicted to be peroxisomal.
5T22E7.2T22E7.2n/achrI 5,767,620contains similarity to Pfam domain PF01529 DHHC zinc finger domain contains similarity to Interpro domains IPR001594 (Zinc finger, DHHC-type), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
6F09F3.5F09F3.5n/achrV 13,851,828contains similarity to Pfam domain PF03098 Animal haem peroxidase contains similarity to Interpro domains IPR010255 (Haem peroxidase), IPR002007 (Haem peroxidase, animal)
7C16H3.1C16H3.1n/achrX 17,618,555contains similarity to Pfam domain PF00036 EF hand contains similarity to Interpro domains IPR001125 (Recoverin), IPR011992 (EF-Hand type), IPR002048 (Calcium-binding EF-hand)
8C06G4.5C06G4.5n/achrIII 7,993,542contains similarity to Pfam domain PF00001 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR009150 (Neuropeptide W receptor), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
9B0547.2B0547.2n/achrIV 5,646,017
10sri-46K07E8.11n/achrII 670,321C. elegans SRI-46 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
11F58G4.3F58G4.3n/achrV 8,105,172contains similarity to Pfam domain PF02520 Domain of unknown function DUF148 contains similarity to Interpro domain IPR003677 (Protein of unknown function DUF148)
12nhr-218T13F3.2n/achrV 16,259,537C. elegans NHR-218 protein; contains similarity to Pfam domain PF00105 Zinc finger, C4 type (two domains) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
13F07G11.2F07G11.2n/achrV 7,304,229contains similarity to Pfam domain PF01482 Domain of unknown function DUF13 contains similarity to Interpro domain IPR002485 (Protein of unknown function DUF13)
14spp-11T25D10.3n/achrII 6,406,317C. elegans SPP-11 protein; contains similarity to Interpro domains IPR000694 (Proline-rich region), IPR011001 (Saposin-like), IPR008139 (Saposin B)
15Y37D8A.21Y37D8A.21n/achrIII 12,929,839contains similarity to Pfam domain PF00076 RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) contains similarity to Interpro domains IPR012677 (Nucleotide-binding, alpha-beta plait), IPR000504 (RNA recognition motif, RNP-1)
16fbxb-6F07E5.1n/achrII 2,066,717This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins.
17nhr-233Y32B12B.6n/achrV 16,570,335C. elegans NHR-233 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
18srh-155F40D4.2n/achrV 17,180,821C. elegans SRH-155 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1), IPR006069 (ATPase, P-type cation exchange, alpha subunit)
19C17B7.10C17B7.10n/achrV 3,341,460C17B7.10 encodes a neprilysin; neprilysins are thermolysin-like zinc metallopeptidases, found on the outer surface of animal cells, that negatively regulate small signalling peptides (e.g., enkephalin, tachykinin, insulin, and natriuretic peptides) by cleaving them; C17B7.10 has no clear orthologs in other organisms.
20C30G4.2C30G4.2n/achrX 17,044,626contains similarity to Interpro domains IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold)
21F25H9.3F25H9.3n/achrV 13,456,608contains similarity to Interpro domain IPR016054 (Ly-6 antigen / uPA receptor -like)
22F09G8.7F09G8.7n/achrIII 8,268,070
23K09H9.1K09H9.1n/achrI 3,154,202contains similarity to Pfam domain PF06542 Protein of unknown function (DUF1114) contains similarity to Interpro domain IPR009497 (Protein of unknown function DUF1114)
24ZK632.9ZK632.9n/achrIII 9,825,065contains similarity to Barley yellow dwarf virus Coat protein.; SW:COAT_BYDVN
25srn-1K12B6.5n/achrV 6,285,660C. elegans SRN-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
26str-183T13F3.1n/achrV 16,276,778C. elegans STR-183 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
27T11F8.2T11F8.2n/achrIV 5,477,982
28H35N09.1H35N09.1n/achrX 8,607,362
29AH10.2AH10.2n/achrV 14,157,204contains similarity to Plasmodium falciparum RIFIN.; TR:Q8I211
30T21D9.2T21D9.2n/achrX 2,095,709contains similarity to Interpro domain IPR008075 (Lipocalin-1 receptor)
31F59H6.6F59H6.6n/achrII 2,011,980contains similarity to Interpro domain IPR009057 (Homeodomain-like)
32rab-39D2013.1n/achrII 9,322,411rab-39 encodes a small, monomeric Rab GTPase that is most closely related to the human and Drosophila Rab39 GTPases; by homology, RAB-39 is predicted to function as a membrane-associated GTPase required for intracellular vesicular trafficking and for regulation of endo- and exocytosis; however, as loss of rab-39 function via RNA-mediated interference (RNAi) does not result in any obvious abnormalities, the precise role of RAB-39 in C. elegans development and/or behavior is not yet known.
33C32D5.11C32D5.11n/achrII 6,354,177contains similarity to Pfam domain PF00097 Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type)
34T02D1.4T02D1.4n/achrIV 17,401,011contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
35B0462.1B0462.1n/achrV 18,326,871contains similarity to Pfam domain PF05075 Protein of unknown function (DUF684) contains similarity to Interpro domain IPR007767 (Protein of unknown function DUF684)
36T01G6.10T01G6.10n/achrV 502,683contains similarity to Pfam domains PF01370 (NAD dependent epimerase/dehydratase family) , PF00106 (short chain dehydrogenase) contains similarity to Interpro domains IPR002424 (Insect alcohol dehydrogenase family), IPR001509 (NAD-dependent epimerase/dehydratase), IPR003560 (2,3-dihydro-2,3-dihydroxybenzoate dehydrogenase), IPR002347 (Glucose/ribitol dehydrogenase), IPR002198 (Short-chain dehydrogenase/reductase SDR), IPR016040 (NAD(P)-binding), IPR001100 (Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, class I)
37F58E2.3F58E2.3n/achrIV 3,468,626This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
38C45E1.4C45E1.4n/achrI 3,115,322
39srg-26C10G8.1n/achrV 5,332,145C. elegans SRG-26 protein; contains similarity to Pfam domain PF02118 C.elegans Srg family integral membrane protein contains similarity to Interpro domain IPR000609 (Serpentine gamma receptor, Caenorhabditis species)
40str-88R08H2.2n/achrV 15,383,115C. elegans STR-88 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
41F46B3.15F46B3.15n/achrV 20,628,725contains similarity to Interpro domain IPR003645 (Follistatin-like, N-terminal)
42T08E11.1T08E11.1n/achrII 1,838,405This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
43Y57G11A.5Y57G11A.5n/achrIV 14,512,160contains similarity to Pfam domain PF00076 RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) contains similarity to Interpro domains IPR012677 (Nucleotide-binding, alpha-beta plait), IPR000504 (RNA recognition motif, RNP-1)
44ast-1T08H4.3n/achrII 4,131,358ast-1 encodes a novel ETS-box transcription factor; AST-1 is required for the proper navigation of some interneuron axons to their targets, for differentiation of the ventral cord pioneer neuron AVG, and for pharyngeal morphogenesis; AST-1 is transiently expressed in many head neurons late in their differentiation and axon outgrowth, and in a few pharyngeal cells; AST-1 is at first nuclear, but then relocates to spots in cell bodies and even neuronal processes; hypomorphic ast-1 mutants have axons extending laterally, and crossing over from the right axon tract to the left axon bundle; null ast-1(hd92) mutants are inviable, failing to attach a working pharynx to their cuticle during development and then starving as L1 larvae; behaviorally, hypomorphic ast-1 animals are at least superficially normal, indicating that the ventral nerve cord can tolerate at least some miswiring; AST-1 regulates odr-2 expression, while ast-1 expression is itself regulated by lin-11.
45str-23C55A1.5n/achrV 15,645,650C. elegans STR-23 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
46K11H12.6K11H12.6n/achrIV 667,977
47R09D1.3R09D1.3n/achrII 9,439,305contains similarity to Pfam domain PF00704 Glycosyl hydrolases family 18 contains similarity to Interpro domains IPR011583 (Chitinase II), IPR017853 (Glycoside hydrolase, catalytic core), IPR001223 (Glycoside hydrolase, family 18, catalytic domain), IPR013781 (Glycoside hydrolase, subgroup, catalytic core)
48col-78W07A12.5n/achrII 9,153,340C. elegans COL-78 protein; contains similarity to Pfam domain PF01391 Collagen triple helix repeat (20 copies) contains similarity to Interpro domains IPR000694 (Proline-rich region), IPR008161 (Collagen helix repeat), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
49F01F1.13F01F1.13n/achrIII 5,877,744contains similarity to Pfam domain PF00090 Thrombospondin type 1 domain contains similarity to Interpro domains IPR008085 (Thrombospondin, subtype 1), IPR000884 (Thrombospondin, type I)
50srab-1C04F5.4n/achrV 5,101,092C. elegans SRAB-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF02175 C.elegans integral membrane protein Srb contains similarity to Interpro domain IPR002184 (Serpentine beta receptor)