UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1sft-4C54H2.54e-155chrX 5,779,970sft-4 encodes a member of the SURF family highly conserved with the mouse Surf-4 gene, and conservation includes an encoded dilysine motif that is implicated in endoplasmic reticulum localization of the mouse protein.
2C03H12.1C03H12.1n/achrX 15,692,830contains similarity to Interpro domain IPR012336 (Thioredoxin-like fold)
3erv-46K09E9.2n/achrX 15,615,388C. elegans ERV-46 protein; contains similarity to Pfam domain PF07970 Protein of unknown function (DUF1692) contains similarity to Interpro domain IPR012936 (Protein of unknown function DUF1692)
4B0272.3B0272.3n/achrX 9,432,002contains similarity to Pfam domains PF00725 (3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, C-terminal domain) , PF02737 (3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, NAD binding domain) contains similarity to Interpro domains IPR013328 (Dehydrogenase, multihelical), IPR008927 (6-phosphogluconate dehydrogenase, C-terminal-like), IPR006176 (3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, NAD binding), IPR006168 (NAD-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase), IPR006108 (3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, C-terminal), IPR006180 (3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, conserved site), IPR016040 (NAD(P)-binding), IPR006036 (Potassium uptake protein TrkA)
5dnj-2B0035.2n/achrIV 11,313,197This gene encodes a protein containing a DnaJ ('J') domain.
6pyr-1D2085.1n/achrII 8,654,903pyr-1 is orthologous to the human gene CARBAMYL PHOSPHATE SYNTHETASE I (CPS1, which when mutated leads to hyperammonemia (OMIM:237300); PYR-1 protein is predicted to be mitochondrial with 68% accuracy.
7erd-2F09B9.3n/achrX 10,158,581erd-2 encodes a protein with homology to human ER lumen protein retaining receptor 1.
8ife-2R04A9.4n/achrX 382,059ife-2 encodes a translation initiation factor 4F, cap-binding subunit (eIF-4E); by homology, IFE-2 is predicted to function in cap-dependent mRNA translation initiation; loss of ife-2 activity in adult animals extends lifespan.
9ost-1C44B12.2n/achrIV 1,109,128ost-1 encodes the C. elegans ortholog of the conserved basement membrane glycoprotein component osteonectin/SPARC/BM-40; loss of ost-1 function via RNAi indicates that ost-1 activity is required for embryonic and larval development, as well as for normal gut development, body size, and fecundity; an OST-1::GFP reporter fusion protein localizes to the basement membranes along body wall and sex muscles, as well as around the pharynx and gonad, with particular concentration at the spermatheca and distal tip cells.
10ZK686.3ZK686.3n/achrIII 7,768,245ZK686.3 is orthologous to the putative tumor suppressor N33 (OMIM:601385, associated with homozygous deletion in metastatic prostate cancer and with loss of function in other tumors); ZK686.3 is also homologous to the S. cerevisiae dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase gamma chain (34-kD) subunit, OST3.
11Y57G11C.15Y57G11C.15n/achrIV 14,823,817contains similarity to Pfam domain PF00344 eubacterial secY protein contains similarity to Interpro domains IPR001991 (Sodium:dicarboxylate symporter), IPR002208 (SecY protein)
12C34F6.8C34F6.8n/achrX 11,216,944contains similarity to Pfam domain PF00180 Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase contains similarity to Interpro domains IPR004790 (Isocitrate dehydrogenase NADP-dependent, eukaryotic), IPR001804 (Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase)
13acl-8T05H4.1n/achrV 6,451,547C. elegans ACL-8 protein; contains similarity to Pfam domain PF01553 Acyltransferase contains similarity to Interpro domain IPR002123 (Phospholipid/glycerol acyltransferase)
14H06H21.3H06H21.3n/achrIV 4,811,443contains similarity to Pfam domain PF01176 Translation initiation factor 1A / IF-1 contains similarity to Interpro domains IPR016027 (Nucleic acid-binding, OB-fold-like), IPR012340 (Nucleic acid-binding, OB-fold), IPR006196 (S1, IF1 type), IPR001253 (Eukaryotic initiation factor 1A (eIF-1A))
15set-15R11E3.4n/achrIV 4,777,653set-15 encodes a SET domain-containing protein required for normally short lifespan; SET-15 has no non-nematode orthologs, but several paralogs (SET-6, SET-13, SET-19, SET-20, SET-21, and SET-32); other than extending lifespan, set-15(RNAi) has no obvious phenotype.
16T03G6.1T03G6.1n/achrX 2,609,102
17his-41C50F4.5n/achrV 9,546,148his-41 encodes an H2B histone.
18T26E4.5T26E4.5n/achrV 15,787,827contains similarity to Interpro domain IPR008996 ()
19M02G9.1M02G9.1n/achrII 10,330,867contains similarity to Pfam domain PF02363 Cysteine rich repeat contains similarity to Interpro domains IPR003341 (Cysteine rich repeat, tripleX), IPR015333 (Pollen allergen ole e 6)
20hke-4.2H13N06.5n/achrX 15,506,879C. elegans HKE-4.2 protein; contains similarity to Pfam domain PF02535 ZIP Zinc transporter contains similarity to Interpro domains IPR002395 (HMW kininogen), IPR003689 (Zinc/iron permease)
21srh-274C32B5.2n/achrII 983,859C. elegans SRH-274 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
22C26B9.3C26B9.3n/achrX 5,339,194
23H40L08.1H40L08.1n/achrX 15,082,354contains similarity to Pfam domain PF00627 UBA/TS-N domain contains similarity to Interpro domains IPR009060 (UBA-like), IPR000533 (Tropomyosin), IPR000449 (Ubiquitin-associated/translation elongation factor EF1B, N-terminal)
24F49E12.6F49E12.6n/achrII 8,414,691The F49E12.6 gene encodes a protein with two E2F domains that may be involved in apoptosis.
25ugt-48C18C4.3n/achrV 5,546,863C. elegans UGT-48 protein; contains similarity to Pfam domains PF04101 (Glycosyltransferase family 28 C-terminal domain) , PF00201 (UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase) contains similarity to Interpro domains IPR001412 (Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, conserved site), IPR002213 (UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase), IPR007235 (Glycosyl transferase, family 28, C-terminal)
26gosr-2.1B0272.2n/achrX 9,440,914C. elegans GOSR-2.1 protein; contains similarity to Pfam domain PF05008 Vesicle transport v-SNARE protein contains similarity to Interpro domain IPR007705 (Vesicle transport v-SNARE)
27pat-6T21D12.4n/achrIV 263,062pat-6 encodes the worm ortholog of alpha-parvin; it is required for muscle assembly and function, with mutations leading to embryonic lethality.
28M03F4.6M03F4.6n/achrX 4,966,692contains similarity to Pfam domain PF01683 EB module contains similarity to Interpro domains IPR006150 (Cysteine-rich repeat), IPR009030 (Growth factor, receptor), IPR006149 (Nematode-specific EB region)
29kqt-2M60.5n/achrX 8,244,691kqt-2 encodes one of three C. elegans KCNQ-like potassium channel subunits for which mutations in humans are associated with heredity diseases that affect epithelial cells, cardiac muscle and neurons; a KQT-2::GFP fusion protein is expressed exclusively in the intestine.
30M01A10.3M01A10.3n/achrI 5,549,799contains similarity to Pfam domain PF05817 Ribophorin II (RPN2) contains similarity to Interpro domain IPR008814 (Ribophorin II)
31ZK682.5ZK682.5n/achrV 9,285,827contains similarity to Pfam domain PF00560 Leucine Rich Repeat contains similarity to Interpro domains IPR000483 (Cysteine-rich flanking region, C-terminal), IPR001611 (Leucine-rich repeat), IPR003591 (Leucine-rich repeat, typical subtype), IPR000480 (Glutelin)
32ugt-21C33A12.6n/achrIV 9,501,385C. elegans UGT-21 protein; contains similarity to Pfam domain PF00201 UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase contains similarity to Interpro domain IPR002213 (UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase)
33atf-5T04C10.4n/achrX 14,809,925atf-5 encodes a homolog of the mammalian bZIP transcription factors ATF4 and ATF5, analogous to GCN4 in S. cerevisiae; like like ATF4 and GCN4, atf-5 has an extensive 5' UTR with one 37-residue uORF; ATF4 is poorly translated in unstressed cells but well-translated during ER stress, amino acid starvation, or arsenite treatment; possibly atf-5 is also translationally regulated in a way similar to ATF4.
34C15C6.1C15C6.1n/achrI 12,202,933contains similarity to Caulobacter crescentus Hypothetical protein CC0499.; TR:Q9AAU5
35pfn-3K03E6.6n/achrX 1,080,056C. elegans PFN-3 protein; contains similarity to Pfam domain PF00235 Profilin contains similarity to Interpro domains IPR002097 (Profilin/allergen), IPR005455 (Profilin, plant)
36stc-1F54C9.2n/achrII 8,564,862C. elegans STC-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00012 Hsp70 protein contains similarity to Interpro domains IPR001023 (Heat shock protein Hsp70), IPR013126 (Heat shock protein 70)
37acbp-3F47B10.7n/achrX 10,904,105acbp-3 encodes an Acyl-CoA-binding protein; a deletion mutation, tm2924, that overlaps with the 5' region of acbp-3 has been reported to result in lethality and sterility.
38B0303.2B0303.2n/achrIII 8,685,551contains similarity to Pfam domain PF01234 NNMT/PNMT/TEMT family contains similarity to Interpro domain IPR000940 (Methyltransferase, NNMT/PNMT/TEMT)
39F53A2.7F53A2.7n/achrIII 13,345,704contains similarity to Pfam domains PF02803 (Thiolase, C-terminal domain) , PF00108 (Thiolase, N-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR016038 (Thiolase-like, subgroup), IPR002155 (Thiolase), IPR016039 (Thiolase-like)
40Y113G7B.16Y113G7B.16n/achrV 20,268,307contains similarity to Pfam domain PF05600 Protein of unknown function (DUF773) contains similarity to Interpro domain IPR008491 (Protein of unknown function DUF773)
41prx-12F08B12.2n/achrX 11,393,885C. elegans PRX-12 protein; contains similarity to Pfam domain PF04757 Pex2 / Pex12 amino terminal region contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type), IPR017375 (Peroxisome assembly, p12), IPR006845 (Pex, N-terminal)
42K01A2.5K01A2.5n/achrII 303,020contains similarity to Pfam domain PF00561 alpha/beta hydrolase fold contains similarity to Interpro domains IPR000073 (Alpha/beta hydrolase fold-1), IPR003089 (Alpha/beta hydrolase)
43F23C8.5F23C8.5n/achrI 2,419,472The F23C8.5 gene encodes an ortholog of the human gene ELECTRON TRANSFER FLAVOPROTEIN BETA SUBUNIT (ETFB), which when mutated leads to glutaricaciduria type IIB (OMIM:130410).
44clec-53T03F1.10n/achrI 3,872,447C. elegans CLEC-53 protein; contains similarity to Pfam domain PF00059 Lectin C-type domain contains similarity to Interpro domains IPR003990 (Pancreatitis-associated protein), IPR002352 (Eosinophil major basic protein), IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
45alg-1F48F7.1n/achrX 13,953,681A homolog of rde-1 that is involved in RNA interference and affects developmental timing along with alg-2 and dcr-1 by regulating expression of the lin-4 and let-7 small temporal RNAs.
46K08F11.5K08F11.5n/achrIV 4,714,405contains similarity to Pfam domains PF08356 (EF hand associated) , PF08355 (EF hand associated) , PF00071 (Ras family) , PF00036 (EF hand) (2), PF08477 (Miro-like protein) (2)contains similarity to Interpro domains IPR013566 (EF hand associated, type-1), IPR011992 (EF-Hand type), IPR002048 (Calcium-binding EF-hand), IPR003577 (Ras small GTPase, Ras type), IPR013684 (Miro-like), IPR003578 (Ras small GTPase, Rho type), IPR005225 (Small GTP-binding protein), IPR001806 (Ras GTPase), IPR003579 (Ras small GTPase, Rab type), IPR013753 (Ras), IPR006689 (ARF/SAR superfamily), IPR013567 (EF hand associated, type-2)
47dre-1K04A8.6n/achrV 6,535,821dre-1 encodes an ortholog of human FBXO11/PRMT9 (OMIM:607871, associated with vitiligo and otitis media) that is required, in conjunction with DAF-12 and its partners, for global developmental timing of the transistion from larval to adult cell fates; DRE-1 has an N-terminal F-box domain, three central tandem C-terminal CASH domains, and a C-terminal zinc finger; hypomorphic dre-1 mutations are synthetically heterochronic with loss-of-function daf-12 alleles, inducing defective distal tip cell migration and precocious fusion of seam cells; five different hypomorphic dre-1 alleles alter conserved glycine residues in the CASH domain region, whereas the null dre-1(hd60) allele is lethal at the three-fold embryo stage; DRE-1 is expressed in many tissues, including epidermal and distal tip cells, and localizes to both nucleus and cytoplasm; strong loss-of-function of dre-1 (the dh99 mutant fed RNAi) induces defects at all four molts; dre-1 also has synthetic phenotypes with daf-9(k182), daf-36(k114), and lin-29(n546); dre-1-like enhancement of daf-12 is also seen in skr-1(RNAi), cul-1(RNAi), or rbx-1/2(RNAi) animals; DRE-1 and SKR-1 bind one another, as do their human orthologs; DRE-1 affects lin-29 expression, and is suppressed by lin-42(RNAi); DRE-1 is paralogous to C. elegans BE0003N10.3.
48his-7F45F2.4n/achrV 8,533,548his-7 encodes an H2A histone.
49T09B4.8T09B4.8n/achrI 6,165,631contains similarity to Pfam domain PF00202 Aminotransferase class-III contains similarity to Interpro domains IPR005814 (Aminotransferase class-III), IPR015422 (Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major region, subdomain 2), IPR015424 (Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major region), IPR015421 (Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major region, subdomain 1)
50K12C11.1K12C11.1n/achrI 1,343,024The K12C11.1 gene encodes an ortholog of the human gene PEPTIDASE D (PEPD), which when mutated leads to prolidase deficiency (OMIM:170100).