UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1C54H2.4C54H2.49e-109chrX 5,768,086
2bli-3F56C11.1n/achrI 150,659bli-3 encodes a large homolog of dual oxidase ('Ce-Duox1'), with an N-terminal peroxidase domain, two central calmodulin-binding EF hands, and a C-terminal superoxide-generating NADPH-oxidase domain; BLI-3 is required for dityrosine cross-linking of collagen, and thus for cuticular integrity; BLI-3 is thought to use cytosolic NADPH to generate reactive oxygen, which then drives the peroxidase ectodomain to cross-link free tyrosine in collagen; BLI-3 is expressed exclusively in hypodermal cells at low levels, with peaks of expression corresponding to collagen/cuticle biosynthesis.
3fbxb-118W06A11.3n/achrII 4,063,201C. elegans FBXB-118 protein ;
4C26B2.5C26B2.5n/achrIV 8,040,889
5C23H5.1C23H5.1n/achrIV 2,132,010contains similarity to Pfam domains PF08242 (Methyltransferase domain) , PF08241 (Methyltransferase domain) contains similarity to Interpro domains IPR013217 (Methyltransferase type 12), IPR013216 (Methyltransferase type 11)
6K06H6.5K06H6.5n/achrV 577,400contains similarity to Pfam domain PF04590 Protein of unknown function, DUF595 contains similarity to Interpro domain IPR007669 (Protein of unknown function DUF595)
7rrf-3F10B5.7n/achrII 8,165,532rrf-3 encodes an RNA-directed RNA polymerase (RdRP) homolog that inhibits somatic RNAi, and thus promotes activity of repeated genes (e.g., multicopy transgenic arrays); the effect of RRF-3 on RNAi is opposite to that of RRF-1 (which stimulates somatic RNAi), which might arise from competition by RRF-3 with RRF-1 or EGO-1 in RNAi formation; rrf-3(allele) or rrf-3(allele2) mutants are hypersensitive to somatic RNAi, and conversely suppress the activity of an integrated rol6 (su1006) transgene.
8srh-178ZK228.8n/achrV 18,479,364C. elegans SRH-178 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
9C15B12.6C15B12.6n/achrX 6,498,835
10T04B8.2T04B8.2n/achrII 631,033This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; its encoded protein also contains a Pfam-B45 motif of presently unknown function.
11cdc-25.2F16B4.8n/achrV 1,581,313cdc-25.2 encodes a putative homolog of Cdc25 phosphatase protein family that affects germline proliferation.
12sri-54T10D4.8n/achrII 3,136,737C. elegans SRI-54 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1), IPR001411 (Tetracycline resistance protein, TetB)
13R03A10.5R03A10.5n/achrX 15,448,432contains similarity to Pfam domains PF01105 (emp24/gp25L/p24 family/GOLD) , PF00650 (CRAL/TRIO domain) contains similarity to Interpro domains IPR001251 (Cellular retinaldehyde-binding/triple function, C-terminal), IPR000348 (emp24/gp25L/p24)
14bra-1F54B11.6n/achrX 13,598,994The bra-1 gene encodes a homolog of the human BMP receptor-associated molecule (BRAM1) that negatively regulates the DAF-1/DAF-7/DAF-14 TGF-beta signalling pathway.
15F31F7.3F31F7.3n/achrV 6,269,506
16C18G1.8C18G1.8n/achrV 4,765,470contains similarity to Pfam domain PF01531 Glycosyl transferase family 11 contains similarity to Interpro domain IPR002516 (Glycosyl transferase, family 11)
17T07D3.2T07D3.2n/achrII 902,779contains similarity to Pfam domain PF08277 PAN-like domain contains similarity to Interpro domain IPR006583 (CW)
18frk-1T04B2.2n/achrIV 10,044,780frk-1 encodes a non-receptor tyrosine kinase orthologous to the human proto-oncogene Fer; frk-1 is an essential gene required early for embryonic cell proliferation and later in embryonic epidermal cells for enclosure, morphogenesis and late stages of differentiation; FRK-1's role in embryonic development is independent of its kinase domain, and when expressed in cultured mammalian cells, FRK-1 disrupts cell adhesion; FRK-1 is initially expressed in all cells of the early embryo where it localizes to nuclei and points of cell-cell contact; later expression is seen in epithelial cells, body wall muscle, and the adult germline, including mature sperm; FRK-1 expression in epidermal cells requires activity of the ELT-1 GATA transcription factor, and FRK-1 localization to the plasma membrane requires PAT-3/Beta-integrin, JAC-1/p120 catenin, and HMP-2/Beta-catenin with which FRK-1 interacts in vitro.
19C17H1.3C17H1.3n/achrI 13,105,263contains similarity to Trichomonas vaginalis G3 Smooth muscle caldesmon, putative.; TR:A2FBI1
20gnrr-7F13D2.3n/achrX 11,186,568C. elegans GNRR-7 protein; contains similarity to Pfam domain PF00001 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
21dmd-3Y43F8C.10n/achrV 19,652,807C. elegans DMD-3 protein; contains similarity to Pfam domain PF00751 DM DNA binding domain contains similarity to Interpro domain IPR001275 (DM DNA-binding)
22srh-235F08E10.1n/achrV 17,470,910C. elegans SRH-235 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
23D2045.7D2045.7n/achrIII 10,480,900contains similarity to Pfam domain PF00069 Protein kinase domain contains similarity to Interpro domains IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related)
24K05G3.2K05G3.2n/achrX 16,497,319
25F38C2.1F38C2.1n/achrIV 16,249,570contains similarity to Carnobacterium piscicola ATP-dependent translocator.; TR:Q46317
26C40A11.8C40A11.8n/achrII 2,150,922
27srh-37R11G11.9n/achrV 511,858C. elegans SRH-37 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
28F36A2.2F36A2.2n/achrI 8,803,215contains similarity to Pfam domain PF01207 Dihydrouridine synthase (Dus) contains similarity to Interpro domains IPR013785 (Aldolase-type TIM barrel), IPR001269 (Dihydrouridine synthase, DuS)
29Y63D3A.8Y63D3A.8n/achrI 14,116,402contains similarity to Interpro domains IPR002114 (Phosphotransferase system, HPr serine phosphorylation site), IPR006634 (TRAM, LAG1 and CLN8 homology)
30T26G10.3T26G10.3n/achrIII 9,413,048contains similarity to Pfam domain PF01282 Ribosomal protein S24e contains similarity to Interpro domain IPR001976 (Ribosomal protein S24e)
31srw-14C41G6.8n/achrV 15,226,687C. elegans SRW-14 protein; contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000975 (Interleukin-1)
32C50C3.7C50C3.7n/achrIII 8,160,210contains similarity to Pfam domain PF03372 Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family contains similarity to Interpro domains IPR000300 (Inositol polyphosphate related phosphatase), IPR005135 (Endonuclease/exonuclease/phosphatase)
33C50H11.17C50H11.17n/achrV 3,097,908contains similarity to Pfam domain PF03236 Domain of unknown function DUF263 contains similarity to Interpro domain IPR004920 (Protein of unknown function DUF263)
34ZK402.3ZK402.3n/achrX 1,402,534contains similarity to Pfam domain PF04435 Domain of unknown function (DUF545) contains similarity to Interpro domain IPR006570 (SPK)
35C40A11.5C40A11.5n/achrII 2,134,686contains similarity to Pfam domain PF00102 Protein-tyrosine phosphatase contains similarity to Interpro domains IPR003595 (Protein-tyrosine phosphatase, catalytic), IPR000242 (Protein-tyrosine phosphatase, receptor/non-receptor type), IPR000387 (Protein-tyrosine phosphatase)
36F23B2.8F23B2.8n/achrIV 9,152,242contains similarity to Interpro domain IPR001478 (PDZ/DHR/GLGF)
37F21A9.1F21A9.1n/achrI 3,712,645
38fbxa-37ZC47.14n/achrIII 1,286,023This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
39Y50F7A.2Y50F7A.2n/achrII 1,183,626
40clec-122Y25C1A.3n/achrII 3,107,043C. elegans CLEC-122 protein; contains similarity to Interpro domains IPR000104 (Antifreeze protein, type I), IPR003983 (Leukotriene B4 type 1 receptor), IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
41nhr-76C05G6.1n/achrIV 630,739C. elegans NHR-76 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
42F57E7.1F57E7.1n/achrV 16,481,775contains similarity to Bos taurus Enoyl-CoA hydratase precursor (EC 4.2.1.17) (Fragment).; TR:Q95KZ6
43R08C7.11R08C7.11n/achrIV 4,454,848
44T20H12.1T20H12.1n/achrII 3,950,365
45rom-3Y116A8C.14n/achrIV 16,967,844C. elegans ROM-3 protein; contains similarity to Pfam domain PF01694 Rhomboid family contains similarity to Interpro domain IPR002610 (Peptidase S54, rhomboid)
46F13A2.1F13A2.1n/achrV 4,381,556
47F43B10.1F43B10.1n/achrX 16,662,035
48F08C6.5F08C6.5n/achrX 7,560,915contains similarity to Interpro domain IPR003016 (2-oxo acid dehydrogenase, lipoyl-binding site)
49T07A5.3T07A5.3n/achrIII 10,301,759contains similarity to Pfam domain PF07690 Major Facilitator Superfamily contains similarity to Interpro domains IPR007114 (Major facilitator superfamily), IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
50str-181R11D1.6n/achrV 12,717,648C. elegans STR-181 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)