UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1C54D10.9C54D10.91.0000000000000001e-106chrV 12,448,057contains similarity to Interpro domain IPR001904 (Paxillin)
2skr-9C52D10.7n/achrIV 17,163,837skr-9 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a component of the SCF (Skp1, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that regulates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-9 is required for posterior body morphogenesis, embryonic and larval development, and postembryonic cell proliferation.
3F47C12.1F47C12.1n/achrIV 4,001,937contains similarity to Pfam domains PF00008 (EGF-like domain) (4), PF00754 (F5/8 type C domain) , PF07645 (Calcium binding EGF domain) (2), PF07699 (GCC2 and GCC3) (3), PF00431 (CUB domain) , PF07974 (EGF-like domain) , PF02494 (HYR domain) (2), PF00084 (Sushi domain (SCR repeat)) (6)contains similarity to Interpro domains IPR001438 (EGF-like, type 2), IPR000742 (EGF-like, type 3), IPR003410 (Hyalin), IPR000436 (Sushi/SCR/CCP), IPR006209 (EGF-like), IPR000152 (Aspartic acid and asparagine hydroxylation site), IPR006210 (EGF), IPR002049 (EGF-like, laminin), IPR008979 (Galactose-binding like), IPR000859 (CUB), IPR011641 (GCC2 and GCC3), IPR001881 (EGF-like calcium-binding), IPR016060 (Complement control module), IPR009030 (Growth factor, receptor), IPR013032 (EGF-like region, conserved site), IPR000421 (Coagulation factor 5/8 type, C-terminal), IPR013111 (EGF, extracellular), IPR013091 (EGF calcium-binding)
4nhr-273T12C9.1n/achrII 4,436,140C. elegans NHR-273 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
5mxl-3F46G10.6n/achrX 13,350,149C. elegans MXL-3 protein; contains similarity to Pfam domain PF00010 Helix-loop-helix DNA-binding domain contains similarity to Interpro domains IPR001092 (Basic helix-loop-helix dimerisation region bHLH), IPR011598 (Helix-loop-helix DNA-binding), IPR002418 (Transcription regulator Myc)
6tag-225K07C11.5n/achrV 8,202,146K07C11.5 is orthologous to the human gene SIMILAR TO TISSUE INHIBITOR OF METALLOPROTEINASE 3 (SORSBY FUNDUS DYSTROPHY, PSEUDOINFLAMMATORY) (TIMP3; OMIM:188826), which when mutated leads to disease.
7nhr-193F57G8.6n/achrV 16,343,349C. elegans NHR-193 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
8dct-11W06B11.3n/achrX 5,838,856C. elegans DCT-11 protein ;
9ZK593.3ZK593.3n/achrIV 10,917,060contains similarity to Bacillus cereus YndE protein (Spore germination protein BB).; TR:Q9K337
10F48E8.3F48E8.3n/achrIII 5,462,687contains similarity to Pfam domains PF00890 (FAD binding domain) , PF01266 (FAD dependent oxidoreductase) contains similarity to Interpro domains IPR013027 (FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase), IPR010960 (Flavocytochrome c), IPR006076 (FAD dependent oxidoreductase), IPR003953 (Fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein, N-terminal), IPR016040 (NAD(P)-binding)
11xtr-1F54F7.4n/achrX 11,852,038xtr-1 encodes a protein with similarity to TRA-2A and TRA-2B in a region known as the MX region, hypothesized to be a protein-protein interaction domain involved in negatively regulating tra-2 activity in the germ line.
12Y51B9A.9Y51B9A.9n/achrII 9,396,480contains similarity to Pfam domain PF00069 Protein kinase domain contains similarity to Interpro domains IPR008351 (JNK MAP kinase), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR008271 (Serine/threonine protein kinase, active site), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related)
13Y38F1A.8Y38F1A.8n/achrII 12,999,329contains similarity to Homo sapiens Isoform 2 of Post-GPI attachment to proteins factor 2; ENSEMBL:ENSP00000300730
14C04F5.9C04F5.9n/achrV 5,116,964contains similarity to Pfam domain PF00096 Zinc finger, C2H2 type contains similarity to Interpro domains IPR015880 (Zinc finger, C2H2-like), IPR013087 (Zinc finger, C2H2-type/integrase, DNA-binding), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
15his-14ZK131.8n/achrII 13,819,690his-14 encodes an H4 histone.
16R10H1.1R10H1.1n/achrII 7,495,254contains similarity to Interpro domain IPR008374 (SF-assemblin)
17F42G2.4F42G2.4n/achrII 2,411,193n/a
18flp-10T06C10.4n/achrIV 7,869,261flp-10 encodes a FMRFamide-related neuropeptide; in males, flp-10 activity is required for a sensory transduction pathway that negatively regulates the frequency of certain substeps of turning behavior during mating; a flp-10::gfp reporter is expressed in a number of neurons including AIM, ASI, AUA, BAG, BDU, DVB, PQR, PVR, and URX, and in the vulD cells.
19hgo-1W06D4.1n/achrI 9,052,445hgo-1 encodes a putative homogentisate 1,2-dioxygenase, orthologous to human HGD (OMIM:607474, mutated in alkaptonuria), that is required for normal resistance to hypertonic stress; HGO-1 is expressed in larval and adult hypodermis and intestine, and in larval pharynx; HGO-1 is required for the tyrosinemic phenotype of K10C2.4(RNAi) animals.
20F59H5.1F59H5.1n/achrII 2,509,863F59H5.1 encodes an unfamiliar protein with a low-complexity N-terminal region and a C-terminal DUF545 motif (of unknown function, found solely in nematode proteins); F59H5.1 is expressed in neuronal head ganglia, intestinal cells, hypodermal cells, and coelomocytes, with strong expression in embryos; F59H5.1 has no obvious function or phenotype in RNAi assays, whether in a normal background or in goa-1(-) or goa-1(gf) mutant backgrounds.
21F35F10.5F35F10.5n/achrV 3,285,611
22T28C6.8T28C6.8n/achrIV 8,830,136contains similarity to Interpro domain IPR006629 (LPS-induced tumor necrosis factor alpha factor)
23his-10ZK131.4n/achrII 13,823,128his-10 encodes an H4 histone.
24C33H5.2C33H5.2n/achrIV 7,806,489contains similarity to Pfam domain PF01697 Domain of unknown function contains similarity to Interpro domains IPR008167 (Protein of unknown function DUF23, C-terminal), IPR008166 (Protein of unknown function DUF23)
25C10G8.3C10G8.3n/achrV 5,313,573contains similarity to Pfam domain PF00014 Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain contains similarity to Interpro domain IPR002223 (Proteinase inhibitor I2, Kunitz metazoa)
26Y106G6A.1Y106G6A.1n/achrI 9,937,203contains similarity to Pfam domain PF00069 Protein kinase domain contains similarity to Interpro domains IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR008271 (Serine/threonine protein kinase, active site), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related)
27ZK1240.3ZK1240.3n/achrII 2,321,141contains similarity to Pfam domain PF00097 Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type), IPR000315 (Zinc finger, B-box)
28F56G4.1F56G4.1n/achrI 11,343,556contains similarity to Pfam domain PF01757 Acyltransferase family contains similarity to Interpro domain IPR002656 (Acyltransferase 3)
29clec-15T07D10.4n/achrI 12,631,859C. elegans CLEC-15 protein; contains similarity to Pfam domains PF00431 (CUB domain) , PF00059 (Lectin C-type domain) (2)contains similarity to Interpro domains IPR000859 (CUB), IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
30F54D12.5F54D12.5n/achrII 1,370,835contains similarity to Interpro domain IPR000104 (Antifreeze protein, type I)
31T12B3.3T12B3.3n/achrIV 7,375,883contains similarity to Pfam domain PF03009 Glycerophosphoryl diester phosphodiesterase family contains similarity to Interpro domain IPR004129 (Glycerophosphoryl diester phosphodiesterase)
32prx-2ZK809.7n/achrIV 11,645,165prx-2 is orthologous to the human gene PEROXISOMAL MEMBRANE PROTEIN 3 (PXMP3; OMIM:170993), which when mutated leads to Zellweger syndrome 3 or infantile Refsum disease.
33Y66H1A.5Y66H1A.5n/achrIV 428,660
34his-26ZK131.1n/achrII 13,825,596his-26 encodes an H4 histone.
35T25D10.4T25D10.4n/achrII 6,408,988
36F35F10.6F35F10.6n/achrV 3,288,593contains similarity to Pfam domain PF06162 Caenorhabditis elegans protein of unknown function (DUF976) contains similarity to Interpro domains IPR010381 (Protein of unknown function DUF976, Caenorhabditis species), IPR016125 (Peptidase C15, pyroglutamyl peptidase I-like)
37F35F10.4F35F10.4n/achrV 3,292,977contains similarity to Pfam domain PF04721 Domain of unknown function (DUF750) contains similarity to Interpro domain IPR006588 (Protein of unknown function PAW)
38T26E4.5T26E4.5n/achrV 15,787,827contains similarity to Interpro domain IPR008996 ()
39Y70D2A.1Y70D2A.1n/achrX 14,922,327contains similarity to Pfam domain PF00001 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR008365 (Prostanoid receptor), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
40fbxa-133C38D9.4n/achrV 17,585,301C. elegans FBXA-133 protein; contains similarity to Pfam domain PF01827 FTH domain contains similarity to Interpro domain IPR002900 (Protein of unknown function DUF38, Caenorhabditis species)
41F59F4.2F59F4.2n/achrX 15,841,893contains similarity to Pfam domain PF06624 Ribosome associated membrane protein RAMP4 contains similarity to Interpro domain IPR010580 (Ribosome associated membrane RAMP4)
42ZC196.1ZC196.1n/achrV 8,744,495
43srw-115K12D9.4n/achrV 2,993,268C. elegans SRW-115 protein; contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
44srx-66K07C6.9n/achrV 3,920,192C. elegans SRX-66 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
45col-44F54B11.2n/achrX 13,591,900col-44 encodes a cuticle collagen.
46F38B6.2F38B6.2n/achrX 6,699,255contains similarity to Interpro domain IPR006150 (Cysteine-rich repeat)
47ard-1F01G4.2n/achrIV 11,132,448ard-1 encodes a homolog of mammalian 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase (HADH II)/amyloid-beta binding alcohol dehydrogenase (ABAD) that is predicted to be mitochondrial.
48Y2H9A.4Y2H9A.4n/achrV 13,447,397contains similarity to Pfam domain PF05218 Protein of unknown function (DUF713) contains similarity to Interpro domains IPR007883 (Protein of unknown function DUF713), IPR005398 (Tubby, N-terminal)
49T27A8.1T27A8.1n/achrX 16,052,166T27A8.1 encodes a putative metallocarboxypeptidase orthologous to human AEBP1 (OMIM:602981) and carboxypeptidase D, E, M, N, X2, and Z precursors; T27A8.1 and its human orthologs, along with other proteins, comprise an M14B peptidase subfamily; T27A8.1 has no obvious function in mass RNAi assays.
50spp-8C28C12.5n/achrIV 8,482,669C. elegans SPP-8 protein; contains similarity to Pfam domain PF03489 Saposin-like type B, region 2 contains similarity to Interpro domains IPR008138 (Saposin-like type B, 2), IPR011001 (Saposin-like), IPR008139 (Saposin B)