UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description                                       
1nhr-169C54C8.10chrI 12,443,002C. elegans NHR-169 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
2skr-9C52D10.7n/achrIV 17,163,837skr-9 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a component of the SCF (Skp1, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that regulates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-9 is required for posterior body morphogenesis, embryonic and larval development, and postembryonic cell proliferation.
3F59H6.2F59H6.2n/achrII 2,021,048
4clec-156F26A1.11n/achrIII 4,842,010C. elegans CLEC-156 protein; contains similarity to Interpro domains IPR006077 (Vinculin/alpha-catenin), IPR000694 (Proline-rich region), IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
5F15D3.8F15D3.8n/achrI 11,580,950contains similarity to Methanocaldococcus jannaschii Chromosome partition protein smc homolog.; SW:Q59037
6stdh-1C06B3.4n/achrV 13,907,215stdh-1 encodes a putative steroid dehydrogenase required for normally short lifespan; STDH-1 is orthologous to human HSD17B3 (OMIM:605573, mutated in pseudohermaphroditism), HSD17B12 (OMIM:609574), and HSDL1, and paralogous to LET-767 and STDH-2/-4; STDH-1 is expressed in larval intestine, and in both larval and adult body wall muscle and neurons.
7C56G7.3C56G7.3n/achrIII 3,391,206contains similarity to Pfam domain PF04727 ELMO/CED-12 family contains similarity to Interpro domain IPR006816 (Engulfment and cell motility, ELM)
8hlh-4T05G5.2n/achrIII 9,738,064C. elegans HLH-4 protein; contains similarity to Pfam domain PF00010 Helix-loop-helix DNA-binding domain contains similarity to Interpro domains IPR015660 (Achaete-scute transcription factor related), IPR001092 (Basic helix-loop-helix dimerisation region bHLH), IPR000694 (Proline-rich region), IPR011598 (Helix-loop-helix DNA-binding)
9grd-8C37C3.4n/achrV 7,843,402grd-8 encodes a hedgehog-like protein, with an N-terminal signal sequence, a central low-complexity proline-rich domain, and a C-terminal Ground domain; GRD-8 is expressed in larval intestine and neurons; the grd-8 gene is directly bound by DAF-12 and requires DAF-12 for full transcription; GRD-8's Ground domain is predicted to form a cysteine-crosslinked protein involved in intercellular signalling, and it has subtle similarity to the N-terminal Hedge domain of HEDGEHOG proteins; GRD-8 is weakly required for normal molting; GRD-8 is also required for normal adult alae formation, growth to full size, locomotion, and male tail development; all of these requirements may reflect common defects in cholesterol-dependent hedgehog-like signalling or in vesicle trafficking.
10sre-43W07G1.6n/achrII 13,967,710C. elegans SRE-43 protein; contains similarity to Pfam domain PF03125 C. elegans Sre G protein-coupled chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR004151 (C. elegans Sre G protein-coupled chemoreceptor), IPR000344 (Nematode chemoreceptor, Sra)
11col-132C39E9.9n/achrIV 13,090,324C. elegans COL-132 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (2)contains similarity to Interpro domains IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
12srg-13T23F11.5n/achrIII 4,673,171C. elegans SRG-13 protein; contains similarity to Pfam domain PF02118 C.elegans Srg family integral membrane protein contains similarity to Interpro domains IPR001411 (Tetracycline resistance protein, TetB), IPR000609 (Serpentine gamma receptor, Caenorhabditis species)
13F37C4.1F37C4.1n/achrIV 3,890,907contains similarity to Pfam domain PF01757 Acyltransferase family contains similarity to Interpro domain IPR002656 (Acyltransferase 3)
14T05E11.2T05E11.2n/achrIV 11,115,881T05E11.2 encodes a claudin homolog that may be required for normal cohesion of apical junctions in epithelia; T05E11.2 is worm-specific, with a with highly divergent sequence lacking obvious homologs; T05E11.2 has no obvious function in mass RNAi assays; claudins are integral membrane proteins with four transmembrane sequences that are found in mammalian tight junctions (TJs), induce TJs when transgenically expressed in cells normally lacking them, and can mediate the specific conductance of of specific ions (e.g., magnesium or calcium) through TJs while blocking the flow of water.
15T11F1.2T11F1.2n/achrII 2,957,123contains similarity to Pfam domain PF01030 Receptor L domain contains similarity to Interpro domain IPR000494 (EGF receptor, L domain)
16lge-1K09C8.4n/achrX 10,968,138C. elegans LGE-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF01501 Glycosyl transferase family 8 contains similarity to Interpro domain IPR002495 (Glycosyl transferase, family 8)
17nhr-194F59E11.8n/achrV 8,969,321C. elegans NHR-194 protein; contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
18R07H5.10R07H5.10n/achrIV 11,214,469contains similarity to Pfam domain PF07716 Basic region leucine zipper contains similarity to Interpro domains IPR011700 (Basic leucine zipper), IPR004827 (Basic-leucine zipper (bZIP) transcription factor)
19W06B11.1W06B11.1n/achrX 5,850,462contains similarity to Pfam domain PF05301 Protein of unknown function (DUF738) contains similarity to Interpro domain IPR007965 (Protein of unknown function DUF738)
20Y57G7A.1Y57G7A.1n/achrII 1,299,102
21C04B4.5C04B4.5n/achrX 12,287,929contains similarity to Plasmodium falciparum Ring-infected erythrocyte surface antigen precursor.; TR:Q8I0U6
22sru-35C33D9.4n/achrIV 8,789,328C. elegans SRU-35 protein; contains similarity to Pfam domain PF02688 Domain of unknown function DUF215 contains similarity to Interpro domain IPR003839 (Protein of unknown function DUF215)
23str-150T03E6.4n/achrV 16,584,195C. elegans STR-150 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
24F41E6.1F41E6.1n/achrV 8,624,595
25hlh-14C18A3.8n/achrII 5,738,759hlh-14 encodes a basic helix-loop-helix (bHLH) transcription factor that is one of five C. elegans Achaete-Scute family homologs; HLH-14 activity is required generally for normal egg-laying, movement, body morphology, and larval development; more specifically, HLH-14 is required for proper neuronal development, particularly for regulation of the asymmetric cell division that gives rise to the PVQ/HSN/PHB neuroblasts and for normal differentiation of these neuroblast descendants, including their cell division patterns, migrations, and neurotransmitter expression; in specifying neuronal cell fates, genetic evidence suggests that hlh-14 acts together with hlh-2, which encodes the C. elegans E/Daughterless ortholog; HLH-14 is expresed exclusively in the embryo and detected in the left and right PVQ/HSN/PHB neuroblasts and their descendants, as well as in other cells identified, tentatively, as anterior neuroblasts and posterior neuroblasts such as Caapa.
26C01A2.6C01A2.6n/achrI 13,382,132contains similarity to Dictyostelium discoideum Putative uncharacterized protein.; TR:Q54BK4
27str-217Y102A5C.28n/achrV 16,999,587C. elegans STR-217 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
28Y51A2B.5Y51A2B.5n/achrV 18,390,243contains similarity to Interpro domain IPR014044 (SCP-like extracellular)
29M04D8.5M04D8.5n/achrIII 10,032,724contains similarity to Periplaneta americana Large conductance calcium activated potassium channel pSlo spliceforms1-5A.; TR:Q8I9V1
30F10D7.4F10D7.4n/achrX 17,380,140
31srd-8B0547.4n/achrIV 5,644,418C. elegans SRD-8 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
32srh-142T08G3.3n/achrV 16,460,149C. elegans SRH-142 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
33F18A12.6F18A12.6n/achrII 3,401,335F18A12.6 encodes a neprilysin; neprilysins are thermolysin-like zinc metallopeptidases, found on the outer surface of animal cells, that negatively regulate small signalling peptides (e.g., enkephalin, tachykinin, insulin, and natriuretic peptides) by cleaving them; F18A12.6 has no clear orthologs in other organisms.
34fbxa-213Y37H2C.3n/achrV 18,268,033This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
35gnrr-3ZC374.1n/achrX 10,050,904C. elegans GNRR-3 protein; contains similarity to Pfam domain PF00001 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
36W09D10.4W09D10.4n/achrIII 10,713,760contains similarity to Pfam domain PF07228 Stage II sporulation protein E (SpoIIE) contains similarity to Interpro domains IPR001932 (Protein phosphatase 2C-related), IPR010822 (Sporulation stage II, protein E C-terminal)
37E02C12.12E02C12.12n/achrV 9,380,457contains similarity to Pfam domain PF07914 Protein of unknown function (DUF1679) contains similarity to Interpro domain IPR012877 (Protein of unknown function DUF1679, Caenorhabditis species)
38srd-60C13B7.3n/achrV 2,420,332C. elegans SRD-60 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
39F47G6.2F47G6.2n/achrI 1,475,611contains similarity to Pfam domain PF00501 AMP-binding enzyme contains similarity to Interpro domain IPR000873 (AMP-dependent synthetase and ligase)
40K12C11.3K12C11.3n/achrI 1,336,076contains similarity to Pfam domain PF04145 Ctr copper transporter family contains similarity to Interpro domain IPR007274 (Ctr copper transporter)
41H40L08.3H40L08.3n/achrX 15,073,031contains similarity to Trichomonas vaginalis G3 Viral A-type inclusion protein, putative.; TR:A2EJ43
42F21A9.2F21A9.2n/achrI 3,707,420contains similarity to Interpro domains IPR015880 (Zinc finger, C2H2-like), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
43F36D1.6F36D1.6n/achrI 11,270,696contains similarity to Pfam domain PF03761 Domain of unknown function (DUF316) contains similarity to Interpro domains IPR005514 (Protein of unknown function DUF316), IPR009003 (Peptidase, trypsin-like serine and cysteine)
44srh-223F47C12.3n/achrIV 3,982,749C. elegans SRH-223 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
45F48B9.1F48B9.1n/achrX 2,183,370contains similarity to Interpro domain IPR001220 (Legume lectin, beta domain)
46fbxa-155C05B5.6n/achrIII 10,008,970C. elegans FBXA-155 protein; contains similarity to Pfam domain PF01827 FTH domain contains similarity to Interpro domain IPR002900 (Protein of unknown function DUF38, Caenorhabditis species)
47F27C8.5F27C8.5n/achrIV 9,591,134contains similarity to Pfam domain PF00651 BTB/POZ domain contains similarity to Interpro domains IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR013069 (BTB/POZ)
48nhr-79T26H2.90.00000000007chrV 19,209,750C. elegans NHR-79 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
49srh-192ZC132.7n/achrV 4,313,561C. elegans SRH-192 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
50dpy-28Y39A1B.3n/achrIII 10,770,127dpy-28 encodes a non-SMC condensin subunit homolog, similar to XCAP-D2 in Xenopus, Cnd1 in S. pombe, and Ycs4p in S. cerevisiae, that is required for negative, chromosome-wide regulation of X-chromosomal genes in XX but not XO animals (dosage compensation), and for some undetermined aspect of body morphogenesis; DPY-28 is part of a multiprotein 'dosage compensation' complex with DPY-26, DPY-27 and MIX-1.