UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1C53B4.3C53B4.30chrIV 8,972,115C53B4.3 is orthologous to the human gene UNKNOWN (PROTEIN FOR MGC:23098) (SLC22A1L; OMIM:602631), which when mutated leads to disease.
2K08D10.10K08D10.10n/achrIV 4,155,758
3nhr-79T26H2.9n/achrV 19,209,750C. elegans NHR-79 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
4prx-13F32A5.6n/achrII 7,251,051prx-13 is orthologous to the human gene PEX13 (OMIM:601789), which when mutated leads to Zellweger syndrome or neonatal adrenoleukodystrophy.
5fbxa-31ZC47.5n/achrIII 1,270,493This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
6plc-2Y75B12B.6n/achrV 15,195,140C. elegans PLC-2 protein; contains similarity to Pfam domains PF00387 (Phosphatidylinositol-specific phospholipase C, Y domain) , PF00388 (Phosphatidylinositol-specific phospholipase C, X domain) contains similarity to Interpro domains IPR001192 (Phospholipase C, phosphoinositol-specific, C-terminal (PLC)), IPR000909 (Phospholipase C, phosphatidylinositol-specific , X region), IPR001711 (Phospholipase C, phosphatidylinositol-specific, Y domain), IPR013841 (Phospholipase C, phosphatidylinositol-specific , X and Y boxes)
7sgcb-1K01A2.1n/achrII 327,229K01A2.1 is orthologous to the human gene SARCOGLYCAN, BETA (43KD DYSTROPHIN-ASSOCIATED GLYCOPROTEIN) (SGCB; OMIM:600900), which when mutated leads to disease.
8W04E12.7W04E12.7n/achrV 19,731,742contains similarity to Pfam domain PF06162 Caenorhabditis elegans protein of unknown function (DUF976) contains similarity to Interpro domains IPR010381 (Protein of unknown function DUF976, Caenorhabditis species), IPR016125 (Peptidase C15, pyroglutamyl peptidase I-like)
9R173.3R173.3n/achrX 7,033,107contains similarity to Pfam domain PF00135 Carboxylesterase contains similarity to Interpro domain IPR002018 (Carboxylesterase, type B)
10R10E8.3R10E8.3n/achrV 18,235,608contains similarity to Pfam domains PF01827 (FTH domain) , PF00646 (F-box domain) contains similarity to Interpro domains IPR002900 (Protein of unknown function DUF38, Caenorhabditis species), IPR001810 (Cyclin-like F-box)
11F58F9.4F58F9.4n/achrIV 6,231,716contains similarity to Pfam domain PF03312 Protein of unknown function, DUF272 contains similarity to Interpro domain IPR004987 (Protein of unknown function DUF272)
12VT23B5.1VT23B5.1n/achrIV 12,665,034contains similarity to Homo sapiens Isoform 2 of WD repeat and FYVE domain-containing protein 3; ENSEMBL:ENSP00000318466
13C40H5.3C40H5.3n/achrX 11,760,088contains similarity to Solanum aggregatum NADH dehydrogenase subunit (Fragment).; TR:Q8HSG2
14T18D3.3T18D3.3n/achrX 12,465,679contains similarity to Pfam domain PF01545 Cation efflux family contains similarity to Interpro domains IPR002524 (Cation efflux protein), IPR000425 (Major intrinsic protein)
15Y54G11A.4Y54G11A.4n/achrII 14,294,300contains similarity to Interpro domains IPR011990 (Tetratricopeptide-like helical), IPR003006 (Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site), IPR000023 (Phosphofructokinase)
16Y43F8C.4Y43F8C.4n/achrV 19,627,836contains similarity to Homo sapiens 90 kDa protein; VG:OTTHUMP00000182483
17mec-5E03G2.3n/achrX 15,946,401mec-5 encodes a collagen unique in the number of Gly-X-Y repeats and in the composition of amino acids surrounding these repeats; MEC-5 is required for normal mechanosensory response to gentle touch and for the proper functioning of the touch receptor neurons; mec-5 interacts genetically with mec-4 and mec-10 which encode degenerins (ion channels) expressed in the touch neurons, mec-9, which encodes a protein containing EGF-like and Kunitz/protease inhibitor domains secreted by the touch neurons, and mec-12, which encodes an alpha-tubulin expressed in the touch neurons; these genetic interactions suggest that MEC-5 may play a role in anchoring the degenerin complex to the extracellular matrix; MEC-5 is produced and secreted by hypodermal cells.
18prp-8C50C3.6n/achrIII 8,168,465prp-8 is orthologous to the human gene SIMILAR TO U5 SNRNP-SPECIFIC PROTEIN (220 KD), ORTHOLOG OF S.
19Y54E5A.1Y54E5A.1n/achrI 14,690,180contains similarity to Pfam domains PF00487 (Fatty acid desaturase) , PF08557 (Sphingolipid Delta4-desaturase (DES)) contains similarity to Interpro domains IPR013866 (Sphingolipid delta4-desaturase, N-terminal), IPR010257 (Fatty acid desaturase, type 1, N-terminal), IPR011388 (Sphingolipid delta4-desaturase), IPR005804 (Fatty acid desaturase, type 1)
20twk-42W06D12.2n/achrV 17,728,557C. elegans TWK-42 protein; contains similarity to Pfam domain PF07885 Ion channel contains similarity to Interpro domains IPR003280 (Potassium channel, two pore-domain), IPR013099 (Ion transport 2)
21K04C1.4K04C1.4n/achrX 14,246,093contains similarity to Pfam domain PF00036 EF hand contains similarity to Interpro domains IPR011992 (EF-Hand type), IPR002048 (Calcium-binding EF-hand)
22W10G11.19W10G11.19n/achrII 3,552,038contains similarity to Interpro domains IPR012336 (Thioredoxin-like fold), IPR000886 (Endoplasmic reticulum, targeting sequence)
23glb-13F19H6.2n/achrX 12,374,995glb-13 encodes a globin with no obvious function in mass RNAi assays.
24F18A11.2F18A11.2n/achrII 13,034,546contains similarity to Pfam domain PF00650 CRAL/TRIO domain contains similarity to Interpro domains IPR001251 (Cellular retinaldehyde-binding/triple function, C-terminal), IPR011074 (Phosphatidylinositol transfer protein-like, N-terminal)
25F53C11.3F53C11.3n/achrV 13,783,418contains similarity to Pfam domain PF00106 short chain dehydrogenase contains similarity to Interpro domains IPR000507 (Adrenergic receptor, beta 1), IPR002424 (Insect alcohol dehydrogenase family), IPR003560 (2,3-dihydro-2,3-dihydroxybenzoate dehydrogenase), IPR002347 (Glucose/ribitol dehydrogenase), IPR002198 (Short-chain dehydrogenase/reductase SDR), IPR016040 (NAD(P)-binding)
26Y43F4A.4Y43F4A.4n/achrIII 13,245,650contains similarity to Homo sapiens Putative uncharacterized protein DKFZp313C0640; ENSEMBL:ENSP00000367438
27T24D11.1T24D11.1n/achrX 16,409,674contains similarity to Pfam domain PF00566 TBC domain contains similarity to Interpro domain IPR000195 (RabGAP/TBC)
28H02F09.3H02F09.3n/achrX 1,570,762contains similarity to Interpro domain IPR001757 (ATPase, P-type, K/Mg/Cd/Cu/Zn/Na/Ca/Na/H-transporter)
29pgp-4F42E11.1n/achrX 11,361,531pgp-4 encodes an ATP-binding protein that is a member of the P-glycoprotein subclass of the ATP-binding cassette (ABC) transporter superfamily; PGP-4 is predicted to function as a transmembrane protein that couples energy to transport of various molecules across membranes, but as loss of pgp-4 activity via deletion mutations or RNAi results in no obvious defects, the precise role of PGP-4 in C. elegans development and/or behavior is not yet known; pgp-4 promoter-gfp fusion proteins are expressed in the larval excretory cell.
30C52E4.5C52E4.5n/achrV 11,984,169contains similarity to Pfam domain PF01532 Glycosyl hydrolase family 47 contains similarity to Interpro domain IPR001382 (Glycoside hydrolase, family 47)
31nhr-272T07C5.2n/achrX 12,704,012C. elegans NHR-272 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
32C04E12.12C04E12.12n/achrV 3,390,139contains similarity to Pfam domains PF00339 (Arrestin (or S-antigen), N-terminal domain) , PF02752 (Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR014756 (Immunoglobulin E-set), IPR011022 (Arrestin-like, C-terminal), IPR000698 (Arrestin), IPR014752 (Arrestin, C-terminal), IPR011021 (Arrestin-like, N-terminal)
33gex-2F56A11.1n/achrIV 578,227The gex-2 gene encodes a homolog of p140/Sra-1, a mammalian protein ligand of the small GTPase Rac1; gex-2 is required for tissue morphogenesis and cell migrations.
34his-16ZK131.10n/achrII 13,817,860his-16 encodes an H2A histone; his-16 is contained within the histone gene cluster HIS3.
35C29F4.3C29F4.3n/achrIV 11,222,963contains similarity to Spodoptera litura nucleopolyhedrovirus Hypothetical protein.; TR:Q91BF2
36M28.8M28.8n/achrII 10,630,658contains similarity to Interpro domain IPR000583 (Glutamine amidotransferase, class-II)
37gpb-2F52A8.2n/achrI 7,319,690gpb-2 encodes an ortholog of Gbeta(5), that is dispensable for viability, but required for normal egg-laying, locomotion, and pharyngeal pumping; GBP-2 may regulate the interaction between the GOA-1 and EGL-30 signaling pathways based on genetic analysis; gpb-2 is expressed throughout development in the nervous system and in muscle, and expression is dependent upon expression of both EAT-16 and EGL-10.
38sec-24.2ZC518.2n/achrIV 12,358,176C. elegans SEC-24.2 protein; contains similarity to Pfam domains PF04811 (Sec23/Sec24 trunk domain) , PF04815 (Sec23/Sec24 helical domain) , PF04810 (Sec23/Sec24 zinc finger) , PF00626 (Gelsolin repeat) , PF08033 (Sec23/Sec24 beta-sandwich domain) contains similarity to Interpro domains IPR006900 (Sec23/Sec24 helical region), IPR012990 (Sec23/Sec24 beta-sandwich), IPR000694 (Proline-rich region), IPR006896 (Sec23/Sec24 trunk region), IPR006895 (Zinc finger, Sec23/Sec24-type), IPR007123 (Gelsolin region)
39pgp-3ZK455.7n/achrX 11,354,551pgp-3 encodes a transmembrane protein that is a member of the P-glycoprotein subclass of the ATP-binding cassette (ABC) transporter superfamily; with PGP-1, PGP-3 is required for defense against the pathogenic Pseudomonas aeruginosa strain PA14, and may facilitate ATP-dependent efflux of the toxic phenazine compounds produced by the bacteria; PGP-3 is also required for resistance to colchicine and chloroquine; PGP-3 is expressed in the apical membranes of the excretory cell and the intestinal cells; loss of pgp-3 activity via large-scale RNAi screens does not result in any obvious abnormalities.
40B0554.2B0554.2n/achrV 435,748contains similarity to Pfam domain PF02795 Domain of unknown function (DUF225) contains similarity to Interpro domain IPR004024 (Protein of unknown function DUF225)
41F13D2.1F13D2.1n/achrX 11,169,479contains similarity to Interpro domain IPR008930 (Terpenoid cylases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid)
42pqn-40F52D1.3n/achrX 454,005The protein product of this gene is predicted to contain a glutamine/asparagine (Q/N)-rich ('prion') domain, by the algorithm of Michelitsch and Weissman (as of the WS77 release of WormBase, i.e., in wormpep77).
43H22K11.2H22K11.2n/achrX 6,785,820contains similarity to Pfam domain PF01301 Glycosyl hydrolases family 35 contains similarity to Interpro domains IPR000583 (Glutamine amidotransferase, class-II), IPR017853 (Glycoside hydrolase, catalytic core), IPR013781 (Glycoside hydrolase, subgroup, catalytic core), IPR001944 (Glycoside hydrolase, family 35)
44F21F8.11F21F8.11n/achrV 8,283,727contains similarity to Pfam domains PF07690 (Major Facilitator Superfamily) , PF00083 (Sugar (and other) transporter) contains similarity to Interpro domains IPR007114 (Major facilitator superfamily), IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR005828 (General substrate transporter), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
45F54D10.3F54D10.3n/achrII 3,812,819contains similarity to Pfam domain PF03353 DUF278 contains similarity to Interpro domains IPR000976 (Wilm's tumour protein), IPR005020 (Protein of unknown function DUF278)
46ZK228.3ZK228.3n/achrV 18,459,731contains similarity to Interpro domain IPR016181 (Acyl-CoA N-acyltransferase)
47ZK488.6ZK488.6n/achrV 591,473contains similarity to Pfam domain PF01697 Domain of unknown function contains similarity to Interpro domain IPR008166 (Protein of unknown function DUF23)
48R07H5.9R07H5.9n/achrIV 11,208,377contains similarity to Saccharomyces cerevisiae involved in septin organization; SGD:YCL024W
49F58A6.1F58A6.1n/achrII 5,143,154contains similarity to Pfam domain PF00378 Enoyl-CoA hydratase/isomerase family contains similarity to Interpro domains IPR014748 (Crontonase, C-terminal), IPR001753 (Crotonase, core)
50T28F4.6T28F4.6n/achrI 7,493,740contains similarity to Interpro domain IPR016024 (Armadillo-type fold)