UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1srsx-30C51E3.57e-173chrV 10,159,536C. elegans SRSX-30 protein; contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
2nhr-79T26H2.9n/achrV 19,209,750C. elegans NHR-79 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
3W02B8.2W02B8.2n/achrII 13,911,962contains similarity to Pfam domains PF00169 (PH domain) , PF00780 (CNH domain) , PF00130 (Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain)) contains similarity to Interpro domains IPR001849 (Pleckstrin-like), IPR011993 (Pleckstrin homology-type), IPR000533 (Tropomyosin), IPR001180 (Citron-like), IPR002219 (Protein kinase C, phorbol ester/diacylglycerol binding)
4T02H6.8T02H6.8n/achrII 681,180
5C31E10.3C31E10.3n/achrX 13,987,732contains similarity to Pfam domain PF01030 Receptor L domain contains similarity to Interpro domain IPR000494 (EGF receptor, L domain)
6H36L18.1H36L18.1n/achrX 12,650,135contains similarity to Pfam domains PF00413 (Matrixin) , PF00045 (Hemopexin) (3)contains similarity to Interpro domains IPR000585 (Hemopexin), IPR006025 (Peptidase M, neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding site), IPR006026 (Peptidase, metallopeptidases), IPR001818 (Peptidase M10A and M12B, matrixin and adamalysin)
7col-147T06E4.4n/achrV 9,632,778C. elegans COL-147 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (3)contains similarity to Interpro domains IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
8T05B4.10T05B4.10n/achrV 4,120,294contains similarity to Pfam domain PF01549 ShK domain-like contains similarity to Interpro domain IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
9M153.2M153.2n/achrX 12,152,642contains similarity to Pfam domains PF07690 (Major Facilitator Superfamily) , PF05978 (Eukaryotic protein of unknown function (DUF895)) contains similarity to Interpro domains IPR010291 (Protein of unknown function DUF895, eukaryotic), IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
10F16G10.11F16G10.11n/achrII 2,392,784contains similarity to Pfam domain PF02343 Domain of unknown function DUF130 contains similarity to Interpro domain IPR003326 (Protein of unknown function DUF130)
11F28B4.1F28B4.1n/achrX 3,205,615
12flp-4C18D1.3n/achrII 10,054,913C. elegans FLP-4 protein ;
13W04C9.5W04C9.5n/achrI 464,897contains similarity to Pfam domain PF00071 Ras family contains similarity to Interpro domains IPR003577 (Ras small GTPase, Ras type), IPR001806 (Ras GTPase), IPR003579 (Ras small GTPase, Rab type), IPR013753 (Ras)
14glb-11C36E8.2n/achrIII 3,990,752glb-11 encodes a globin; glb-11 transcription is higher in L3 and dauers than in young adults; glb-11 has no obvious function in mass RNAi assays; glb-11 expression is induced by anoxia in a HIF-1 dependent manner, although it is also paradoxically upregulated in a hif-1 mutant background.
15str-149Y32B12B.5n/achrV 16,574,182C. elegans STR-149 protein ;
16Y116A8B.5Y116A8B.5n/achrIV 17,228,490contains similarity to Pfam domain PF00001 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
17F02E11.3F02E11.3n/achrII 3,273,416contains similarity to Interpro domain IPR010993 (Sterile alpha motif homology)
18R07A4.3R07A4.3n/achrX 10,756,469contains similarity to Interpro domain IPR000694 (Proline-rich region)
19F16C3.2F16C3.2n/achrI 10,152,680contains similarity to Clostridium acetobutylicum DNA repair protein recN, ATPase.; TR:Q97HD9
20spe-38Y52B11A.1n/achrI 10,965,401C. elegans SPE-38 protein ;
21srd-49R04B5.8n/achrV 10,095,486C. elegans SRD-49 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
22C46E10.5C46E10.5n/achrII 3,712,130
23C44E4.2C44E4.2n/achrI 4,632,370contains similarity to Interpro domain IPR016024 (Armadillo-type fold)
24R10F2.4R10F2.4n/achrIII 2,921,110contains similarity to Interpro domain IPR001778 (Pollen allergen Poa pIX/Phl pVI, C-terminal)
25T20B6.3T20B6.3n/achrIII 2,899,911contains similarity to Interpro domains IPR002952 (Eggshell protein), IPR000817 (Prion protein), IPR008119 (Dense granule Gra6 protein)
26F53H4.4F53H4.4n/achrX 15,867,475contains similarity to Salmonella typhi Hypothetical protein STY0658.; TR:Q8Z8J9
27dmd-3Y43F8C.10n/achrV 19,652,807C. elegans DMD-3 protein; contains similarity to Pfam domain PF00751 DM DNA binding domain contains similarity to Interpro domain IPR001275 (DM DNA-binding)
28F11D11.3F11D11.3n/achrV 18,759,090contains similarity to Pfam domain PF03409 Protein of unknown function (DUF274) contains similarity to Interpro domain IPR005071 (Protein of unknown function DUF274)
29F49C12.1F49C12.1n/achrIV 9,295,603contains similarity to Pfam domain PF03407 Protein of unknown function (DUF271) contains similarity to Interpro domain IPR005069 (Protein of unknown function DUF271)
30str-129F58G4.5n/achrV 8,091,709C. elegans STR-129 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
31C26E6.12C26E6.12n/achrIII 4,931,357contains similarity to Pfam domains PF01018 (GTP1/OBG) , PF01926 (GTPase of unknown function) contains similarity to Interpro domains IPR000795 (Protein synthesis factor, GTP-binding), IPR014100 (GTP-binding protein Obg/CgtA), IPR006169 (GTP1/OBG subdomain), IPR002917 (GTP-binding protein, HSR1-related), IPR006073 (GTP1/OBG)
32srg-13T23F11.5n/achrIII 4,673,171C. elegans SRG-13 protein; contains similarity to Pfam domain PF02118 C.elegans Srg family integral membrane protein contains similarity to Interpro domains IPR001411 (Tetracycline resistance protein, TetB), IPR000609 (Serpentine gamma receptor, Caenorhabditis species)
33srh-298Y94A7B.5n/achrV 17,819,902C. elegans SRH-298 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
34Y37H2C.4Y37H2C.4n/achrV 18,271,444contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
35srsx-24C03G6.160.000000000000001chrV 7,378,672C. elegans SRSX-24 protein; contains similarity to Pfam domain PF00001 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
36str-217Y102A5C.28n/achrV 16,999,587C. elegans STR-217 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
37del-1E02H4.1n/achrX 14,274,420del-1 encodes an ion channel protein of the DEG/ENaC (degenerin/epithelial Na+ channel) family; like other members of the degenerin family, DEL-1 is predicted to function as a sensory mechanotransduction channel, however detailed analysis of the DEL-1 mutant phenotype has not yet been reported; DEL-1 is expressed postembryonically in the VA and VB motor neurons and in the FLP sensory neurons; the DEL-1 expression pattern overlaps that of UNC-8, an additional C. elegans degenerin involved in movement control, with which DEL-1 may coassemble to form mechanically activated cation channels.
38C31H2.4C31H2.4n/achrX 5,157,381C31H2.4 encodes a possible 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase, orthologous to human HPDL/GLOXD1, and paralogous to HPD-1 and human HPD (OMIM:609695, mutated in tyrosinemia type III); C31H2.4 has no obvious function in mass RNAi experiments.
39Y54E2A.2Y54E2A.2n/achrII 14,750,101contains similarity to Interpro domain IPR003593 (AAA+ ATPase, core)
40T05A7.9T05A7.9n/achrII 4,684,669contains similarity to Pfam domain PF01744 GLTT repeat (6 copies) contains similarity to Interpro domain IPR008164 (Repeat of unknown function XGLTT)
41B0041.1B0041.1n/achrI 4,665,314
42F13A2.3F13A2.3n/achrV 4,394,967
43fax-1F56E3.4n/achrX 3,198,294fax-1 encodes a conserved nuclear receptor that contains two C4-type zinc fingers and is orthologous to the vertebrate photoreceptor-specific nuclear receptor PNR (OMIM:604485, mutated in enhanced S-cone syndrome and retinitis pigmentosa); fax-1 is required for normal locomotion and neuron fate specification, including specification of the AVA, AVE, and AVK interneurons and proper axon pathfinding of the AVK, HSNL, and PVQL axons; expression of reporter gene fusions in fax-1 mutants suggests that fax-1 functions by regulating expression of a number of downstream targets, including nmr-1 and nmr-2, opt-3, flp-1, and ncs-1; in some neurons, fax-1 regulates expression combinatorially with unc-42, which encodes a paired-like homeodomain protein that additionally, regulates fax-1 expression in AVK neurons; FAX-1 is expressed in the nuclei of 18 neurons, including the AVK, AVA, AVB, and AVE interneurons, beginning at mid-embryogenesis and continuing through larval and adult stages; FAX-1 is also seen in two non-neuronal cell types: the distal tip cells (DTCs), from L2 to L4 larval stages, and two pairs of vulval cells in L4 animals.
44Y37D8A.22Y37D8A.22n/achrIII 12,937,773contains similarity to Danio rerio Transmembrane protein 49.; SW:Q6NYY9
45flnb-1C23F12.2n/achrX 9,402,619C. elegans FLNB-1 protein; contains similarity to Pfam domains PF00630 (Filamin/ABP280 repeat) (2), PF00307 (Calponin homology (CH) domain) (3)contains similarity to Interpro domains IPR001298 (Filamin/ABP280 repeat), IPR014756 (Immunoglobulin E-set), IPR013783 (Immunoglobulin-like fold), IPR000694 (Proline-rich region), IPR016146 (Calponin-homology), IPR003006 (Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site), IPR001715 (Calponin-like actin-binding)
46mec-10F16F9.5n/achrX 8,467,984The mec-10 gene encodes an amiloride-sensitive Na+ channel protein (degenerin) required to sense gentle mechanical stimuli (e.g. touch) along the body wall; it is paralogous to mec-4, which has similar function in vivo.
47R09H10.1R09H10.1n/achrIV 10,601,257contains similarity to Pfam domain PF01482 Domain of unknown function DUF13 contains similarity to Interpro domain IPR002485 (Protein of unknown function DUF13)
48Y116A8C.29Y116A8C.29n/achrIV 17,094,627contains similarity to Homo sapiens Class-I MHC-restricted T cell associated molecule; ENSEMBL:ENSP00000227348
49nhr-180F31F4.12n/achrV 666,725C. elegans NHR-180 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
50T13A10.1T13A10.1n/achrIV 6,276,666contains similarity to Danio rerio Synaptic vesicle membrane protein VAT-1 homolog (EC 1.-.-.-).; SW:Q8JFV8