UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1srt-5C50H11.140chrV 3,080,169C. elegans SRT-5 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
2K10D2.4K10D2.4n/achrIII 5,173,569
3tsp-11B0563.2n/achrX 9,164,502C. elegans TSP-11 protein; contains similarity to Pfam domain PF00335 Tetraspanin family contains similarity to Interpro domains IPR000301 (CD9/CD37/CD63 antigen), IPR008952 (Tetraspanin)
4F54E4.4F54E4.4n/achrX 14,643,359contains similarity to Pfam domain PF03931 Skp1 family, tetramerisation domain contains similarity to Interpro domains IPR001232 (SKP1 component), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR016073 (SKP1 component, POZ)
5F09D1.1F09D1.1n/achrII 2,570,590contains similarity to Pfam domains PF00443 (Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase) , PF02148 (Zn-finger in ubiquitin-hydrolases and other protein) contains similarity to Interpro domains IPR001394 (Peptidase C19, ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 2), IPR001607 (Zinc finger, UBP-type)
6str-240K02H11.2n/achrV 1,521,205C. elegans STR-240 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
7F29A7.5F29A7.5n/achrII 2,747,560
8srv-8F53F1.7n/achrV 13,419,959C. elegans SRV-8 protein; contains similarity to Interpro domains IPR002456 (GPCR, family 3, gamma-aminobutyric acid receptor, type B1), IPR002455 (GPCR, family 3, gamma-aminobutyric acid receptor, type B)
9pmp-3C54G10.3n/achrV 14,650,313pmp-3 encodes a putative ABC transporter orthologous to human ABCD4 (OMIM:603214) and paralogous to PMP-5; pmp-3 expression levels are unusually stable, with relatively little variation between adults, dauers, and L3 larvae, or between wild-type and daf-2(e1370ts) or daf-16(m26) mutant adults; PMP-3 has no obvious function in mass RNAi assays, and pmp-3(ok1087) mutants are at least grossly normal (in particular, they show no defects in the uptake stage of RNAi).
10srx-16T07H8.1n/achrV 6,976,849C. elegans SRX-16 protein; contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
11C18G1.7C18G1.7n/achrV 4,746,815contains similarity to Pfam domain PF01697 Domain of unknown function contains similarity to Interpro domains IPR002455 (GPCR, family 3, gamma-aminobutyric acid receptor, type B), IPR008166 (Protein of unknown function DUF23)
12C07D8.2C07D8.2n/achrX 7,362,559contains similarity to Interpro domain IPR000104 (Antifreeze protein, type I)
13gpa-4T07A9.7n/achrIV 403,531gpa-4 encodes a member of the G protein alpha subunit family of heterotrimeric GTPases; it is expressed in ASI.
14F25G6.1F25G6.1n/achrV 8,577,457
15F38A1.13F38A1.13n/achrIV 1,265,538
16T23F6.2T23F6.2n/achrIV 12,722,330
17T26C12.2T26C12.2n/achrIV 3,264,607contains similarity to Interpro domain IPR001991 (Sodium:dicarboxylate symporter)
18tag-83F46F11.3n/achrI 5,602,718C. elegans TAG-83 protein ; contains similarity to Homo sapiens TNS1 protein; ENSEMBL:ENSP00000308321
19F59E12.8F59E12.8n/achrII 5,635,699contains similarity to Interpro domain IPR015683 (Glutamate receptor-related)
20F48C5.1F48C5.1n/achrX 11,445,448contains similarity to Pfam domain PF00047 Immunoglobulin domain contains similarity to Interpro domains IPR003598 (Immunoglobulin subtype 2), IPR000742 (EGF-like, type 3), IPR007110 (Immunoglobulin-like), IPR013032 (EGF-like region, conserved site), IPR013151 (Immunoglobulin)
21T21H8.5T21H8.5n/achrX 13,878,684contains similarity to Interpro domain IPR000515 (Binding-protein-dependent transport systems inner membrane component)
22srh-136F36D3.6n/achrV 16,496,767C. elegans SRH-136 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
23C49A9.7C49A9.7n/achrIV 6,203,875contains similarity to Pfam domain PF00001 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR001681 (Neurokinin receptor), IPR005395 (Neuropeptide FF receptor), IPR005384 (Duffy antigen/chemokine receptor), IPR000611 (Neuropeptide Y receptor), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
24srh-269T03E6.5n/achrV 16,591,043C. elegans SRH-269 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
25F52D1.2F52D1.2n/achrX 447,631
26rab-33F43D9.2n/achrIII 10,501,953C. elegans RAB-33 protein; contains similarity to Pfam domains PF00071 (Ras family) , PF08477 (Miro-like protein) contains similarity to Interpro domains IPR002041 (Ran GTPase), IPR003577 (Ras small GTPase, Ras type), IPR013684 (Miro-like), IPR003578 (Ras small GTPase, Rho type), IPR005225 (Small GTP-binding protein), IPR001806 (Ras GTPase), IPR003579 (Ras small GTPase, Rab type), IPR000694 (Proline-rich region), IPR006688 (ADP-ribosylation factor), IPR013753 (Ras)
27kqt-3Y54G9A.3n/achrII 13,704,530kqt-3 encodes one of three C. elegans KCNQ-like potassium channel subunits and, with respect to humans, is most similar to the KCNQ1 channel protein which when mutated leads to inherited long QT syndrome (OMIM:607542); although loss of KQT-3 activity via large-scale RNAi screens results in no obvious abnormalities, KQT-3 likely functions to regulate cellular excitability as expression of KQT-3 in Xenopus oocytes can produce K+ channel currents that functionally resemble vertebrate M-currents; activity of these KQT-3 channels can be suppressed by coexpression with the human M1 muscarinic receptor and treatment with diacylglycerol analogs, although KQT-3 is less sensitive to each of these treatments than KQT-1; a KQT-3::GFP fusion protein is expressed in the anterior- and posterior-most intestinal cells, the anterior and posterior mechanosensory neurons ALM and PLM, amphid and phasmid neurons, and in some additional head neurons.
28W02D7.9W02D7.9n/achrV 8,326,331
29F47G4.8F47G4.8n/achrI 14,053,124
30Y37E11B.6Y37E11B.6n/achrIV 3,598,943Y37E11B.6 encodes an ortholog of Rpp21 (Rpr2), a protein subunit of the endoribonuclease RNAse P, which cleaves tRNA precursors to produce their mature 5' end.
31F59B2.13F59B2.13n/achrIII 9,025,413contains similarity to Pfam domain PF00001 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
32sre-49C50E10.9n/achrII 12,319,870C. elegans SRE-49 protein; contains similarity to Pfam domain PF03125 C. elegans Sre G protein-coupled chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR004151 (C. elegans Sre G protein-coupled chemoreceptor)
33F14E5.1F14E5.1n/achrII 8,418,639contains similarity to Pfam domains PF07690 (Major Facilitator Superfamily) , PF00083 (Sugar (and other) transporter) contains similarity to Interpro domains IPR007114 (Major facilitator superfamily), IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR005829 (Sugar transporter, conserved site), IPR005828 (General substrate transporter), IPR003663 (Sugar transporter), IPR002455 (GPCR, family 3, gamma-aminobutyric acid receptor, type B), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
34his-4T10C6.11n/achrV 16,040,303his-4 encodes an H2B histone.
35lis-1T03F6.5n/achrIII 13,373,822lis-1 encodes an ortholog of human LIS1, which when mutated leads to lissencephaly (OMIM:247200); it also encodes an ortholog of the Aspergillus nidulans nudF, which mediates nuclear migration along Aspergillus hyphae.
36fbxa-112Y102A5C.13n/achrV 16,947,523C. elegans FBXA-112 protein; contains similarity to Pfam domain PF01827 FTH domain contains similarity to Interpro domain IPR002900 (Protein of unknown function DUF38, Caenorhabditis species)
37ces-1F43G9.11n/achrI 8,634,989ces-1 encodes a C2H2-type zinc finger transcription factor that is a member of the Snail family of proteins that includes Drosophila Scratch, Snail, and Slug, and human SNAIL and SLUG; although the normal function of CES-1 is not fully understood, gain-of-function mutations indicate that CES-1 can function as a transcriptional repressor that blocks programmed cell death in specific neurons by inhibiting expression of the cell-death activator EGL-1; in regulating EGL-1 expression, CES-1 appears to antagonize the transcriptional activity of the bHLH proteins, HLH-2 and HLH-3; despite its cell-type specific role in apoptosis, CES-1 expression is reportedly detected in many embryonic nuclei from the 100-cell stage of embryogenesis through the beginning of morphogenesis, with some CES-1 expression remaining at later embryonic stages; genetic studies indicate that CES-1 is negatively regulated by the bZIP transcription factor CES-2, which can bind CES-1 upstream sequences in vitro and thus may directly regulate CES-1 transcription in vivo
38srj-40F38H12.2n/achrV 4,102,865C. elegans SRJ-40 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
39nhr-230Y17D7A.1n/achrV 18,849,704C. elegans NHR-230 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
40his-25ZK131.2n/achrII 13,824,963his-25 encodes an H3 histone.
41rog-1F54D12.6n/achrII 1,374,343rog-1 encodes a protein with an insulin receptor substrate-1 (IRS-type) phosphotyrosine-binding (PTB) domain that is required for the progression from pachytene to diakinesis in meiosis; rog-1 is primarily transcribed in germ cells, and this expression is required for oocyte development; ROG-1 is orthologous to human FRS2 (OMIM:607743) and FRS3 (OMIM:607744); rog-1(tm1031) mutant oocytes fail to progress from pachytene to diakinesis, a phenotype reminiscent of let-60 or mpk-1 mutant oocytes, and rog-1(tm1031) gonads lack phosphorylated MPK-1; rog-1(tm1031) and rog-1(RNAi) hermaphrodites show reduced brood sizes and increased embryonic lethality, with rog-1(tm1031) being more phenotypically severe than rog-1(RNAi); rog-1(tm1031) germ cell, brood size, and MPK-1 phosphorylation phenotypes are suppressed by the gain-of-function mutations let-60(n1046) or let-60(ga89ts); during meiosis, ROG-1 may function as an adaptor downstream of LET-23 and upstream of LET-60.
42twk-3M110.2n/achrII 8,211,638C. elegans TWK-3 protein; contains similarity to Pfam domain PF07885 Ion channel contains similarity to Interpro domains IPR003280 (Potassium channel, two pore-domain), IPR013099 (Ion transport 2)
43T07H6.4T07H6.4n/achrX 6,284,028contains similarity to Pfam domain PF00084 Sushi domain (SCR repeat) contains similarity to Interpro domains IPR002396 (Selectin (CD62E/L/P antigen)), IPR000436 (Sushi/SCR/CCP), IPR016060 (Complement control module)
44K06A4.4K06A4.4n/achrV 9,502,894contains similarity to Pfam domain PF03083 MtN3/saliva family contains similarity to Interpro domain IPR004316 (MtN3 and saliva related transmembrane protein)
45T08A9.5T08A9.5n/achrX 7,312,937
46C11D2.2C11D2.2n/achrIV 6,187,162contains similarity to Pfam domain PF00026 Eukaryotic aspartyl protease contains similarity to Interpro domains IPR009007 (Peptidase aspartic, catalytic), IPR001969 (Peptidase aspartic, active site), IPR001461 (Peptidase A1)
47smf-2K11G12.3n/achrX 6,717,366C. elegans SMF-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF01566 Natural resistance-associated macrophage protein contains similarity to Interpro domain IPR001046 (Natural resistance-associated macrophage protein)
48F53E10.3F53E10.3n/achrV 2,606,470
49sri-31B0454.2n/achrII 3,051,657C. elegans SRI-31 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
50ceh-24F55B12.1n/achrV 13,814,273ceh-24 is orthologous to the human gene SIMILAR TO THYROID TRANSCRIPTION FACTOR 1 (TITF1; OMIM:600635), which when mutated leads to disease.