UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description                                       
1C50C3.1C50C3.15.9999999999999995e-174chrIII 8,192,662contains similarity to Pfam domain PF00642 Zinc finger C-x8-C-x5-C-x3-H type (and similar) contains similarity to Interpro domain IPR000571 (Zinc finger, CCCH-type)
2skr-9C52D10.7n/achrIV 17,163,837skr-9 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a component of the SCF (Skp1, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that regulates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-9 is required for posterior body morphogenesis, embryonic and larval development, and postembryonic cell proliferation.
3F13E9.1F13E9.1n/achrIV 10,868,951contains similarity to Pfam domains PF00560 (Leucine Rich Repeat) (4), PF00787 (PX domain) contains similarity to Interpro domains IPR001611 (Leucine-rich repeat), IPR001683 (Phox-like), IPR003591 (Leucine-rich repeat, typical subtype)
4C29H12.5C29H12.5n/achrII 6,111,947contains similarity to Pfam domain PF00385 'chromo' (CHRromatin Organisation MOdifier) domain contains similarity to Interpro domains IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR000953 (Chromo domain), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR016197 (Chromo domain-like)
5pme-2E02H1.4n/achrII 9,594,003pme-2 encodes a poly(ADP-ribose) polymerase (PARP) orthologous to human PARP2 (OMIM:607725); PME-2 has a predicted C-terminal catalytic domain; PME-2 has PARP activity in vitro, which is blocked by mammalian PARP inhibitors; since these inhibitors also cause embryonic lethality in worms exposed to ionizing radiation, PME-1 is likely to be required in vivo for repairing broken DNA.
6ced-5C02F4.1n/achrIV 10,488,503The ced-5 gene a homolog of the human protein DOCK180 that is required for the cell engulfment stage of programmed cell death.
7dct-12Y57A10C.7n/achrII 12,431,464C. elegans DCT-12 protein ;
8rfc-1C54G10.2n/achrV 14,644,310C. elegans RFC-1 protein; contains similarity to Pfam domains PF00004 (ATPase family associated with various cellular activities (AAA)) , PF08519 (Replication factor RFC1 C terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR013725 (DNA replication factor RFC1, C-terminal), IPR003959 (AAA ATPase, core), IPR008921 (DNA polymerase III clamp loader subunit, C-terminal), IPR012178 (DNA replication factor C, large subunit), IPR003593 (AAA+ ATPase, core), IPR001984 (Peptidase S16, Lon protease)
9acl-2T06E8.1n/achrV 10,029,692T06E8.1 is orthologous to the human gene 1-ACYLGLYCEROL-3-PHOSPHATE O-ACYLTRANSFERASE 2 (LYSOPHOSPHATIDIC ACID ACYLTRANSFERASE, BETA) (AGPAT2; OMIM:603100), which when mutated leads to disease; T06E8.1 protein is predicted to be mitochondrial.
10C47D12.2C47D12.2n/achrII 11,677,666C47D12.2 encodes an ortholog of human FLJ20071/FLJ90130 (dymeclin, OMIM:607461, mutated in Dyggve-Melchior-Clausen dysplasia and Smith-McCort dysplasia), which has no obvious function in mass RNAi assays
11cka-1C28D4.2n/achrIV 9,734,654cka-1 encodes an isoform of choline kinase whose activity has been verified in vitro, and that has a strong preference for choline over ethanolamine; CKA-1 and CKA-2 comprise a related group ('A') of choline kinases.
12F43H9.3F43H9.3n/achrV 8,024,072contains similarity to Homo sapiens PAP associated domain containing 4; ENSEMBL:ENSP00000296783
13K02E7.3K02E7.3n/achrII 1,077,813contains similarity to Pfam domain PF06869 Protein of unknown function (DUF1258) contains similarity to Interpro domain IPR009667 (Protein of unknown function DUF1258)
14Y102A5C.2Y102A5C.2n/achrV 16,919,147contains similarity to Saccharomyces cerevisiae anti-silencing protein that causes depression of silent loci when overexpressed; SGD:YJL115W
15cas-2C18E3.6n/achrI 4,191,639C. elegans CAS-2 protein; contains similarity to Pfam domains PF01213 (Adenylate cyclase associated (CAP) N terminal) , PF08603 (DE   Adenylate cyclase associated (CAP) C terminal) contains similarity to Interpro domains IPR001837 (Adenylate cyclase-associated CAP), IPR000694 (Proline-rich region), IPR013992 (Adenylate cyclase-associated CAP, N-terminal), IPR003073 (Orphan nuclear receptor, NURR type), IPR016098 (Cyclase-associated protein CAP/septum formation inhibitor MinC, C-terminal), IPR006599 (CARP motif), IPR013912 (Adenylate cyclase-associated CAP, C-terminal)
16nhr-273T12C9.1n/achrII 4,436,140C. elegans NHR-273 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
17ZC404.11ZC404.11n/achrV 6,803,107contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
18B0205.9B0205.9n/achrI 10,722,143contains similarity to Pfam domain PF04435 Domain of unknown function (DUF545) contains similarity to Interpro domain IPR006570 (SPK)
19fbxa-192F57G4.8n/achrV 17,645,592This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
20F26E4.5F26E4.5n/achrI 9,769,984F26E4.5 encodes an SH2 domain-containing tyrosine kinase related to the vertebrate FER non-receptor protein tyrosine kinase; loss of F26E4.5 activity in an RNAi-hypersensitive strain results in axon guidance defects indicating that F26E4.5 likely plays a role in regulation of axon navigation.
21btb-19F57C2.2n/achrII 14,521,504C. elegans BTB-19 protein; contains similarity to Pfam domain PF00651 BTB/POZ domain contains similarity to Interpro domains IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR013069 (BTB/POZ)
22opt-1C06G8.2n/achrIV 10,792,535opt-1 encodes a high-affinity, proton-coupled oligopeptide transporter; when expressed in Xenopus ooctyes, OPT-1 exhibits proton-coupled transport activity for a broad spectrum of peptide substrates; opt-1 mRNA is detected at all stages of development, but is expressed at highest levels in late larval and adult stages; additionally, an opt-1::GFP reporter exhibits expression primarily in vulval, pharyngeal, and anal muscles; as loss of opt-1 activity via large-scale RNAi screens does not result in any obvious abnormalities, the precise role of opt-1 in C. elegans development and/or behavior is not yet known.
23F46F11.6F46F11.6n/achrI 5,617,576contains similarity to Pfam domain PF00646 F-box domain contains similarity to Interpro domain IPR001810 (Cyclin-like F-box)
24B0564.7B0564.7n/achrIV 13,102,647contains similarity to Aedes aegypti Cell cycle progression.; TR:Q16U20
25K02B7.2K02B7.2n/achrII 14,692,031contains similarity to Pfam domains PF07735 (F-box associated) , PF00646 (F-box domain) contains similarity to Interpro domains IPR001810 (Cyclin-like F-box), IPR012885 (F-box associated type 2)
26rrt-2C29H12.1n/achrII 6,126,706C. elegans RRT-2 protein; contains similarity to Pfam domains PF05746 (DALR anticodon binding domain) , PF00750 (tRNA synthetases class I (R)) contains similarity to Interpro domains IPR015945 (Arginyl-tRNA synthetase, class Ic, core), IPR008909 (DALR anticodon binding), IPR001412 (Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, conserved site), IPR009080 (Aminoacyl-tRNA synthetase, class 1a, anticodon-binding), IPR001278 (Arginyl-tRNA synthetase, class Ic), IPR014729 (Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold)
27D1046.4D1046.4n/achrIV 8,935,680contains similarity to Pfam domain PF07690 Major Facilitator Superfamily contains similarity to Interpro domains IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
28ZK1248.15ZK1248.15n/achrII 5,837,633contains similarity to Pfam domain PF00397 WW domain contains similarity to Interpro domains IPR006596 (Nucleotide binding protein, PINc), IPR001202 (WW/Rsp5/WWP)
29K09H9.7K09H9.7n/achrI 3,151,195contains similarity to Interpro domains IPR015880 (Zinc finger, C2H2-like), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
30mgl-2F45H11.4n/achrI 10,387,757mgl-2 encodes a Group I metabotropic glutamate receptor (OMIM:604473, 604102, loss-of-function mutations in mice are associated with defects in long-term potentiation); by homology, MGL-2 is predicted to function as a post-synaptic G protein-coupled receptor that, in response to glutamate binding, stimulates phospholipase C activity and increases neuronal excitation, and in mammalian tissue culture cells, glutamate stimulation of MGL-2 does result in increased phosphoinositide turnover; a mutation in mgl-2 indicates that it is required for normal head movements and tap reversal reflexes, while loss of mgl-2 activity via large-scale RNAi screens indicates that MGL-2 is also required for embryogenesis; a mgl-2::GFP reporter is expressed in interneurons.
31osm-11F11C7.5n/achrX 17,420,817C. elegans OSM-11 protein ;
32M18.6M18.6n/achrIV 12,122,042contains similarity to Interpro domain IPR003111 (Peptidase S16, lon N-terminal)
33R05D3.8R05D3.8n/achrIII 8,357,800contains similarity to Pfam domain PF00076 RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) contains similarity to Interpro domains IPR012677 (Nucleotide-binding, alpha-beta plait), IPR000504 (RNA recognition motif, RNP-1)
34dcr-1K12H4.8n/achrIII 8,076,021The dcr-1 gene encodes a bidentate ribonuclease that is homologous to E. coli RNAse III; dcr-1 is required both for RNA interference and for synthesis of small developmental RNAs; DCR-1 interacts in vivo with RDE-4, a double-stranded RNA (dsRNA) binding protein required for RNAi that interacts with trigger dsRNAs and may function to deliver dsRNAs to DCR-1 for endonucleolytic processing.
35tat-3W09D10.2n/achrIII 10,725,682C. elegans TAT-3 protein; contains similarity to Pfam domain PF00702 haloacid dehalogenase-like hydrolase contains similarity to Interpro domains IPR006539 (Phospholipid-translocating P-type ATPase, flippase), IPR001757 (ATPase, P-type, K/Mg/Cd/Cu/Zn/Na/Ca/Na/H-transporter), IPR005834 (Haloacid dehalogenase-like hydrolase)
36ZK593.8ZK593.8n/achrIV 10,938,663contains similarity to Pfam domains PF07719 (Tetratricopeptide repeat) , PF02661 (Fic protein family) contains similarity to Interpro domains IPR003812 (Filamentation induced by cAMP protein Fic), IPR011990 (Tetratricopeptide-like helical), IPR013105 (Tetratricopeptide TPR2), IPR013026 (Tetratricopeptide region)
37srx-10R10D12.4n/achrV 13,945,845C. elegans SRX-10 protein; contains similarity to Pfam domain PF08560 Protein of unknown function (DUF1757) contains similarity to Interpro domain IPR013869 (Protein of unknown function DUF1757)
38M03C11.2M03C11.2n/achrIII 10,402,129contains similarity to Pfam domain PF06733 DEAD_2 contains similarity to Interpro domains IPR014013 (Helicase, superfamily 1 and 2, ATP-binding, DinG/Rad3-type), IPR010614 (DEAD2), IPR006554 (Helicase-like, DEXD box c2 type), IPR006555 (Helicase, ATP-dependent, c2 type), IPR014001 (DEAD-like helicase, N-terminal), IPR013020 (DNA helicase (DNA repair), Rad3 type)
39clec-212F19F10.7n/achrV 7,566,626C. elegans CLEC-212 protein; contains similarity to Interpro domains IPR016187 (C-type lectin fold), IPR001304 (C-type lectin)
40nth-1R10E4.5n/achrIII 4,292,462C. elegans NTH-1 protein; contains similarity to Pfam domains PF00633 (Helix-hairpin-helix motif) , PF00730 (HhH-GPD superfamily base excision DNA repair protein) contains similarity to Interpro domains IPR011257 (DNA glycosylase), IPR003651 (Iron-sulphur cluster loop), IPR000445 (Helix-hairpin-helix motif), IPR004035 (Endonuclease III, iron-sulphur binding, conserved site-1), IPR004036 (Endonuclease III, conserved site-2), IPR003265 (HhH-GPD)
41ZC196.4ZC196.4n/achrV 8,734,518contains similarity to Pfam domain PF05218 Protein of unknown function (DUF713) contains similarity to Interpro domains IPR007883 (Protein of unknown function DUF713), IPR000565 (DNA topoisomerase, type IIA, subunit B)
42srx-86F38B7.7n/achrV 11,563,703C. elegans SRX-86 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
43F15H10.7F15H10.7n/achrV 10,404,755contains similarity to Pfam domain PF02995 Protein of unknown function (DUF229) contains similarity to Interpro domains IPR004245 (Protein of unknown function DUF229), IPR017850 (Alkaline-phosphatase-like, core domain)
44Y57G11A.5Y57G11A.5n/achrIV 14,512,160contains similarity to Pfam domain PF00076 RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) contains similarity to Interpro domains IPR012677 (Nucleotide-binding, alpha-beta plait), IPR000504 (RNA recognition motif, RNP-1)
45T11F8.2T11F8.2n/achrIV 5,477,982
46R02D3.8R02D3.8n/achrIV 256,589contains similarity to Pfam domain PF00929 Exonuclease contains similarity to Interpro domains IPR013520 (Exonuclease, RNase T and DNA polymerase III), IPR006055 (Exonuclease), IPR012337 (Polynucleotidyl transferase, Ribonuclease H fold)
47K11G9.3K11G9.3n/achrV 6,670,893contains similarity to Pfam domain PF00135 Carboxylesterase contains similarity to Interpro domain IPR002018 (Carboxylesterase, type B)
48ego-1F26A3.3n/achrI 7,653,372The ego-1 gene encodes a homolog of RNA-directed RNA polymerase that is essential for germ-line development.
49str-165F55B12.6n/achrV 13,832,194C. elegans STR-165 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1), IPR001358 (Neuropeptide Y2 receptor)
50sre-9C17E7.3n/achrV 3,896,569C. elegans SRE-9 protein; contains similarity to Pfam domain PF03125 C. elegans Sre G protein-coupled chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR004151 (C. elegans Sre G protein-coupled chemoreceptor)