UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1nhr-261C49D10.90chrII 3,863,911C. elegans NHR-261 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
2T26E4.5T26E4.5n/achrV 15,787,827contains similarity to Interpro domain IPR008996 ()
3ugt-33C35A5.2n/achrV 10,494,911C. elegans UGT-33 protein; contains similarity to Pfam domains PF04101 (Glycosyltransferase family 28 C-terminal domain) , PF00201 (UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase) contains similarity to Interpro domains IPR002213 (UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase), IPR007235 (Glycosyl transferase, family 28, C-terminal)
4vha-19Y55H10A.1n/achrIV 3,371,328vha-19 encodes an ortholog of subunit Ac45 of the membrane-bound (V0) domain of vacuolar proton-translocating ATPase (V-ATPase); VHA-19 is a predicted V-ATPase transmembrane rotor component; Ac45 is a nonhomologous replacement for subunit c', which is found in fungi but not in animals; conversely, orthologs of Ac45 are only found in animals; VHA-19 is predicted to help carry protons from the cytosol to a-subunits (VHA-5, VHA-6, VHA-7, or UNC-32) for transmembrane export.
5scrm-4F11A6.2n/achrI 11,681,649scrm-4 encodes a putative phospholipid scramblase homologous to human PLSCR1-5, and paralogous to other C. elegans SCRMs (e.g., SCRM-1); in apoptotic germline cells, SCRM-4 is fully dispensable for normally rapid engulfment and largely dispensable for phosphatidylserine exposure; SCRM-4 does not bind WAH-1 in vitro, and scrm-4(tm624) mutants have no obvious phenotype.
6lpd-6K09H9.6n/achrI 3,146,111lpd-6 encodes a predicted rRNA-binding protein that is orthologous to Drosophila Peter Pan and the Saccharomyces cerevisiae SSF1 and SSF2 proteins that are required for ribosomal large subunit maturation; loss of lpd-6 activity via RNAi indicates that, in C. elegans, LPD-6 is required for fat storage and for larval growth and development; based upon its similarity to yeast SSF1 and SSF2, LPD-6 is predicted to be a nucleolar protein.
7W04G3.5W04G3.5n/achrX 11,074,823contains similarity to Pfam domain PF00156 Phosphoribosyl transferase domain contains similarity to Interpro domains IPR005946 (Phosphoribosyl pyrophosphokinase), IPR000836 (Phosphoribosyltransferase)
8T05B4.12T05B4.12n/achrV 4,124,080contains similarity to Pfam domain PF01549 ShK domain-like contains similarity to Interpro domain IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
9pqn-74W02A2.3n/achrIV 13,330,430pqn-74 encodes a protein with two chitin-binding peritrophin-A domains, separated by a glutamine/asparagine (Q/N)-rich ('prion') domain; like CEJ-1 and CPG-2, PQN-74 might participate in eggshell synthesis and early embryonic development, and PQN-74's peritrophin-A domains might enable mechanical cross-linking of chitin.
10ZK185.3ZK185.3n/achrIV 4,529,575contains similarity to Interpro domain IPR016181 (Acyl-CoA N-acyltransferase)
11stc-1F54C9.2n/achrII 8,564,862C. elegans STC-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00012 Hsp70 protein contains similarity to Interpro domains IPR001023 (Heat shock protein Hsp70), IPR013126 (Heat shock protein 70)
12F35D11.4F35D11.4n/achrII 4,603,738contains similarity to Pfam domain PF01928 CYTH domain contains similarity to Interpro domains IPR008172 (Adenylate cyclase), IPR008173 (Adenylyl cyclase CyaB)
13W07E6.2W07E6.2n/achrII 482,556W07E6.2 encodes an ortholog of S. cerevisiae RSA4 that may suppress tumorous growth in the germline; like PRO-1, -2, and -3, W07E6.2 is probably required for ribosome biogenesis, suggesting a link between biogenesis in the distal sheath and control of cell division in the germline.
14Y53C12B.1Y53C12B.1n/achrII 9,744,521contains similarity to Pfam domains PF08625 (Utp13 specific WD40 associated domain) , PF00400 (WD domain, G-beta repeat) (8)contains similarity to Interpro domains IPR011046 (WD40 repeat-like), IPR001680 (WD40 repeat), IPR013934 (Small-subunit processome, Utp13), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
15F25G6.2F25G6.2n/achrV 8,576,005contains similarity to Homo sapiens Isoform 1 of Symplekin; ENSEMBL:ENSP00000245934
16ost-1C44B12.2n/achrIV 1,109,128ost-1 encodes the C. elegans ortholog of the conserved basement membrane glycoprotein component osteonectin/SPARC/BM-40; loss of ost-1 function via RNAi indicates that ost-1 activity is required for embryonic and larval development, as well as for normal gut development, body size, and fecundity; an OST-1::GFP reporter fusion protein localizes to the basement membranes along body wall and sex muscles, as well as around the pharynx and gonad, with particular concentration at the spermatheca and distal tip cells.
17srh-274C32B5.2n/achrII 983,859C. elegans SRH-274 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
18unc-116R05D3.7n/achrIII 8,353,130unc-116 encodes a kinesin-1 heavy chain orthologue; UNC-116 is predicted to function as an an anterograde microtubule-based motor and its activity is required for normal early translocation of the meiotic spindle to the oocyte cortex, cortical positioning of the meiosis II spindle, polar body formation, locomotion, and larval development; in regulating meiotic spindle translocation, UNC-116 may function as part of a complex containing the kinesin light chain KLC-2 and a novel cargo adaptor protein, KCA-1.
19D2013.6D2013.6n/achrII 9,330,348contains similarity to Pfam domain PF02893 GRAM domain contains similarity to Interpro domains IPR000694 (Proline-rich region), IPR004182 (GRAM)
20ugt-22C08F11.8n/achrIV 13,641,793C. elegans UGT-22 protein; contains similarity to Pfam domain PF00201 UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase contains similarity to Interpro domain IPR002213 (UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase)
21F34D10.4F34D10.4n/achrIII 3,737,977contains similarity to Interpro domain IPR000694 (Proline-rich region)
22K05C4.5K05C4.5n/achrI 14,745,264contains similarity to Interpro domains IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like), IPR011044 (Quinoprotein amine dehydrogenase, beta chain-like)
23C15C7.5C15C7.5n/achrX 3,151,795contains similarity to Oryctolagus cuniculus Trichohyalin.; SW:P37709
24K11D12.5K11D12.5n/achrV 5,030,085contains similarity to Pfam domain PF03083 MtN3/saliva family contains similarity to Interpro domains IPR001411 (Tetracycline resistance protein, TetB), IPR004316 (MtN3 and saliva related transmembrane protein)
25F48E3.3F48E3.3n/achrX 7,498,278contains similarity to Pfam domain PF06427 UDP-glucose:Glycoprotein Glucosyltransferase contains similarity to Interpro domain IPR009448 (UDP-glucose:Glycoprotein Glucosyltransferase)
26F07A5.3F07A5.3n/achrI 7,355,830contains similarity to Pfam domain PF01130 CD36 family contains similarity to Interpro domain IPR002159 (CD36 antigen)
27C52A10.3C52A10.3n/achrV 5,238,510contains similarity to Pfam domains PF07735 (F-box associated) , PF00646 (F-box domain) contains similarity to Interpro domains IPR001810 (Cyclin-like F-box), IPR012885 (F-box associated type 2)
28ife-2R04A9.4n/achrX 382,059ife-2 encodes a translation initiation factor 4F, cap-binding subunit (eIF-4E); by homology, IFE-2 is predicted to function in cap-dependent mRNA translation initiation; loss of ife-2 activity in adult animals extends lifespan.
29T10H9.1T10H9.1n/achrV 6,650,816contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
30mbf-1H21P03.1n/achrIV 11,479,744C. elegans MBF-1 protein; contains similarity to Pfam domains PF01381 (Helix-turn-helix) , PF08523 (Multiprotein bridging factor 1) contains similarity to Interpro domains IPR010982 (Lambda repressor-like, DNA-binding), IPR013729 (Multiprotein bridging factor 1, N-terminal), IPR001387 (Helix-turn-helix type 3)
31col-113C34D4.15n/achrIV 7,151,565C. elegans COL-113 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (3)contains similarity to Interpro domains IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR009143 (Wnt-6 protein), IPR008161 (Collagen helix repeat), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
32dnj-2B0035.2n/achrIV 11,313,197This gene encodes a protein containing a DnaJ ('J') domain.
33F01D5.1F01D5.1n/achrII 13,997,179contains similarity to Pfam domain PF01549 ShK domain-like contains similarity to Interpro domain IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
34H06H21.3H06H21.3n/achrIV 4,811,443contains similarity to Pfam domain PF01176 Translation initiation factor 1A / IF-1 contains similarity to Interpro domains IPR016027 (Nucleic acid-binding, OB-fold-like), IPR012340 (Nucleic acid-binding, OB-fold), IPR006196 (S1, IF1 type), IPR001253 (Eukaryotic initiation factor 1A (eIF-1A))
35B0393.5B0393.5n/achrIII 4,772,641contains similarity to Pfam domains PF00008 (EGF-like domain) (2), PF07645 (Calcium binding EGF domain) (6), PF06119 (Nidogen-like) (2)contains similarity to Interpro domains IPR003886 (Nidogen, extracellular region), IPR001438 (EGF-like, type 2), IPR001881 (EGF-like calcium-binding), IPR000742 (EGF-like, type 3), IPR013032 (EGF-like region, conserved site), IPR006209 (EGF-like), IPR000152 (Aspartic acid and asparagine hydroxylation site), IPR013091 (EGF calcium-binding), IPR006210 (EGF)
36E03H4.8E03H4.8n/achrI 12,425,649contains similarity to Pfam domain PF04053 Coatomer WD associated region contains similarity to Interpro domains IPR006692 (Coatomer, WD associated region), IPR011046 (WD40 repeat-like)
37odc-1K11C4.4n/achrV 6,899,252odc-1 encodes ornithine decarboxylase, the first enzyme of polyamine biosynthesis that catalyzes the conversion of ornithine to putrescine; ODC-1 is required for development when animals are deprived of exogenous polyamines, which are required for oogenesis and completion of embryogenesis; in addition,ODC-1 may contribute to male fertility; ODC-1 activity is detectable at all developmental stages, with highest levels observed in adults and L4 larvae.
38F48A9.1F48A9.1n/achrI 6,595,234
39F55A11.1F55A11.1n/achrV 11,763,785contains similarity to Pfam domain PF00036 EF hand contains similarity to Interpro domains IPR011992 (EF-Hand type), IPR002048 (Calcium-binding EF-hand)
40math-41T08E11.4n/achrII 1,827,415C. elegans MATH-41 protein; contains similarity to Pfam domain PF00917 MATH domain contains similarity to Interpro domains IPR008974 (TRAF-like), IPR002083 (MATH)
41C01F1.5C01F1.5n/achrII 4,280,801contains similarity to Interpro domain IPR001506 (Peptidase M12A, astacin)
42K09A9.1K09A9.1n/achrX 15,609,812contains similarity to Pfam domain PF00069 Protein kinase domain contains similarity to Interpro domains IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related)
43F26E4.12F26E4.12n/achrI 9,780,834contains similarity to Pfam domain PF00255 Glutathione peroxidase contains similarity to Interpro domains IPR012336 (Thioredoxin-like fold), IPR012335 (Thioredoxin fold), IPR000889 (Glutathione peroxidase)
44ZK686.3ZK686.3n/achrIII 7,768,245ZK686.3 is orthologous to the putative tumor suppressor N33 (OMIM:601385, associated with homozygous deletion in metastatic prostate cancer and with loss of function in other tumors); ZK686.3 is also homologous to the S. cerevisiae dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase gamma chain (34-kD) subunit, OST3.
45nhr-3H01A20.10.00000008chrX 14,559,886nhr-3 encodes a member of the superfamily of nuclear receptors which is one of the most abundant class of transcriptional regulators; nuclear receptors have a well conserved DNA binding domain and a less conserved C-terminal ligand binding domain; nhr-3 has been identified and characterised as a gene affected by ethanol exposure in a microarray analysis of all C. elegans ORFs.
46ugt-13H23N18.1n/achrV 4,910,117C. elegans UGT-13 protein; contains similarity to Pfam domain PF00201 UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase contains similarity to Interpro domain IPR002213 (UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase)
47tag-175D2013.10n/achrII 9,324,253tag-175 encodes an ortholog of human TMEM41B, whose protein family is ancient (conserved in both animals and plants) but functionally uncharacterized; TAG-175 is broadly expressed (in hypodermis, muscle, neurons, intestine, spermetheca, and vulva); TAG-175 has no known function in vivo, since neither tag-175(RNAi) nor tag-175(gk278) has obvious phenotypes.
48dnj-19T05C3.5n/achrV 5,504,025This gene encodes a protein containing a DnaJ ('J') domain.
49T16G12.3T16G12.3n/achrIII 10,052,465contains similarity to Homo sapiens Hypothetical protein KIAA0053; ENSEMBL:ENSP00000295381
50pqn-57R09F10.7n/achrX 8,320,224The protein product of this gene is predicted to contain a glutamine/asparagine (Q/N)-rich ('prion') domain, by the algorithm of Michelitsch and Weissman (as of the WS77 release of WormBase, i.e., in wormpep77).