UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1C47F8.6C47F8.60chrI 12,320,092contains similarity to Pfam domain PF01762 Galactosyltransferase contains similarity to Interpro domain IPR002659 (Glycosyl transferase, family 31)
2elks-1F42A6.9n/achrIV 3,346,268elks-1 encodes the C. elegans homolog of the vertebrate ELKS (glutamine, leucine, lysine, and serine-rich) proteins; although loss of elks-1 activity results in no obvious developmental or behavioral abnormalities, the ELKS-1 C-terminus interacts with the PDZ domain of UNC-10/RIM in vitro, and in vivo each protein appears to play a nonessential role in localizing the other to the presynaptic active zone; in addition to the active zone, ELKS-1 also localizes to the pharyngeal basal lamina.
3M01G12.7M01G12.7n/achrI 12,115,167contains similarity to Arabidopsis thaliana Hypothetical protein.; TR:Q9LZ50
4R10D12.6R10D12.6n/achrV 13,949,458contains similarity to Pfam domain PF01679 Uncharacterized protein family UPF0057 contains similarity to Interpro domain IPR000612 (Protein of unknown function UPF0057)
5ugt-6ZC455.4n/achrV 12,796,799C. elegans UGT-6 protein; contains similarity to Pfam domains PF04101 (Glycosyltransferase family 28 C-terminal domain) , PF00201 (UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase) contains similarity to Interpro domains IPR002213 (UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase), IPR007235 (Glycosyl transferase, family 28, C-terminal)
6xnp-1B0041.7n/achrI 4,668,742xnp-1 encodes an ATP-dependent DNA helicase of the SNF2 family that is orthologous to human XNP/ATR-X, which is associated with a number of X-linked mental retardation syndromes; in C. elegans, xnp-1 activity is required at high temperatures for embryogenesis, somatic gonad development, fertility, and vulval morphogenesis; in addition, animals doubly mutant for xnp-1 and lin-35/Rb, hpl-2/HP1, or nucleosome remodelling and histone deacetylase (NuRD) complex members such as lin-53 and let-418, display larval arrest with growth cessation but continued cell proliferation; xnp-1 is also required, with lin-35/Rb and hpl-2/HP1, for proper regulation of transgene expression; xnp-1 mRNA, detectable in embryos and the germline by in situ hybridization, is expressed at highest levels in embryos with decreasing levels seen in successive larval stages; xnp-1 transcriptional reporter fusions exhibit strong expression beginning at mid-embryogenesis but fading by embryonic morphogenesis; at hatching, expression is observed in all dividing cells including the P lineage, and at later larval stages expression is observed in the vulval precursor cells.
7T12E12.1T12E12.1n/achrIV 5,554,964contains similarity to Pfam domain PF01485 IBR domain contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR002867 (Zinc finger, C6HC-type)
8Y57G7A.6Y57G7A.6n/achrII 1,283,801contains similarity to Pfam domain PF02206 Domain of unknown function contains similarity to Interpro domain IPR003125 (Protein of unknown function WSN)
9Y45G12C.11Y45G12C.11n/achrV 2,551,494contains similarity to Pfam domain PF03385 Protein of unknown function, DUF288 contains similarity to Interpro domain IPR005049 (Protein of unknown function DUF288)
10math-50ZK250.8n/achrII 1,957,153math-50 encodes a protein which has a meprin-associated Traf homology (MATH) domain and may be involved in apoptosis.
11F52D2.6F52D2.6n/achrX 1,977,920
12fbxa-89Y75B8A.21n/achrIII 12,237,580This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
13F19B10.6F19B10.6n/achrII 3,663,696
14T26E4.1T26E4.1n/achrV 15,780,361contains similarity to Pfam domain PF01030 (Receptor L domain)
15nhr-111F44G3.9n/achrV 16,123,891nhr-111 encodes a member of the nuclear receptor superfamily; by homology, NHR-111 is predicted to function as a ligand-dependent transcriptional regulator, but as loss of nhr-111 activity via large-scale RNAi screens does not result in any abnormalities, the precise role of NHR-111 in C. elegans development and/or behavior is not yet known; an nhr-111 reporter construct is expressed in embryos and early larvae in a pair of neurons in the ventral ganglion of the head and in two cells that may be the somatic gonad precursors.
16him-14ZK1127.11n/achrII 7,067,448him-14 encodes a germline-specific member of the MutS family of DNA mismatch repair (MMR) proteins that is orthologous to human MSH4 and Saccharomyces cerevisiae Msh4p; during the pachytene stage of meiosis, HIM-14 activity is required for promoting crossing over between homologous chromosomes and thus, for chiasmata formation and proper chromosome segregation; in contrast, HIM-14 activity does not appear to be required for mismatch repair, nor for chromosome pairing or synapsis; him-14 mRNA expression is detected exclusively in the germline.
17F40H6.2F40H6.2n/achrIII 6,042,332
18F55C12.6F55C12.6n/achrII 5,875,271contains similarity to Pfam domain PF06852 Protein of unknown function (DUF1248) contains similarity to Interpro domain IPR009658 (Protein of unknown function DUF1248)
19D1065.1D1065.1n/achrV 4,075,636contains similarity to Pfam domain PF03189 Protein of unknown function, DUF270 contains similarity to Interpro domain IPR004878 (Protein of unknown function DUF270)
20srj-10F14H3.1n/achrV 16,073,333C. elegans SRJ-10 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
21F21G4.4F21G4.4n/achrX 9,898,328contains similarity to Pfam domain PF00628 PHD-finger contains similarity to Interpro domains IPR001965 (Zinc finger, PHD-type), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type), IPR011011 (Zinc finger, FYVE/PHD-type)
22C08E3.13C08E3.13n/achrII 1,632,158C08E3.13 encodes a novel protein; expression studies indicate that C08E3.13 expression is positively regulated by signaling through the DBL-1/TGF-beta signaling pathway; in situ hybridization experiments reveal that C08E3.13 transcripts are expressed in the intestine and the vulva.
23elpc-3ZK863.3n/achrV 12,180,438C. elegans ELPC-3 protein; contains similarity to Pfam domains PF04055 (Radical SAM superfamily) , PF00583 (Acetyltransferase (GNAT) family) contains similarity to Interpro domains IPR007197 (Radical SAM), IPR006638 (Elongator protein 3/MiaB/NifB), IPR000182 (GCN5-related N-acetyltransferase), IPR016181 (Acyl-CoA N-acyltransferase), IPR005910 (Histone acetyltransferase ELP3)
24K07C11.10K07C11.10n/achrV 8,226,436contains similarity to Homo sapiens hypothetical protein isoform 1; ENSEMBL:ENSP00000381337
25srw-113ZK1037.9n/achrV 15,333,837C. elegans SRW-113 protein; contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
26F30F8.1F30F8.1n/achrI 7,834,052contains similarity to Mus musculus Nuclear factor of activated T cells 5 (T cell transcription factorsNFAT5) (NF-AT5) (Rel domain-containing transcription factor NFAT5).; SW:NFT5_MOUSE
27T08D2.8T08D2.8n/achrX 196,174contains similarity to Pfam domain PF02985 HEAT repeat contains similarity to Interpro domains IPR000694 (Proline-rich region), IPR000357 (HEAT), IPR016024 (Armadillo-type fold)
28str-89F59A1.4n/achrV 17,670,073C. elegans STR-89 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
29C35C5.2C35C5.2n/achrX 11,539,654contains similarity to Pfam domains PF04389 (Peptidase family M28) , PF02225 (PA domain) , PF04253 (Transferrin receptor-like dimerisation domain) contains similarity to Interpro domains IPR007365 (Transferrin receptor-like, dimerisation), IPR007484 (Peptidase M28), IPR003137 (Protease-associated PA)
30dod-20B0554.6n/achrV 423,333C. elegans DOD-20 protein; contains similarity to Pfam domain PF03409 Protein of unknown function (DUF274) contains similarity to Interpro domain IPR005071 (Protein of unknown function DUF274)
31srx-7C14C6.1n/achrV 561,828C. elegans SRX-7 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domains IPR002651 (Protein of unknown function DUF32), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
32srb-8F37C12.15n/achrIII 7,172,652C. elegans SRB-8 protein; contains similarity to Pfam domains PF02117 (C.elegans Sra family integral membrane protein) , PF02175 (C.elegans integral membrane protein Srb) contains similarity to Interpro domains IPR002184 (Serpentine beta receptor), IPR000344 (Nematode chemoreceptor, Sra)
33str-112F10D2.4n/achrV 7,137,353C. elegans STR-112 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
34srh-55T09F5.5n/achrV 15,154,261C. elegans SRH-55 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
35W09G12.8W09G12.8n/achrIV 1,226,925contains similarity to Pfam domain PF04721 Domain of unknown function (DUF750) contains similarity to Interpro domain IPR006588 (Protein of unknown function PAW)
36fbxb-108F08D12.6n/achrII 2,766,099This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; its encoded protein also contains a Pfam-B45 motif of presently unknown function.
37B0496.1B0496.1n/achrIV 7,446,888contains similarity to Pfam domain PF00651 BTB/POZ domain contains similarity to Interpro domains IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR013069 (BTB/POZ), IPR000210 (BTB/POZ-like)
38C40H1.3C40H1.3n/achrIII 9,328,239contains similarity to Homo sapiens Protein; VG:OTTHUMP00000003630
39F15D3.7F15D3.7n/achrI 11,579,107contains similarity to Pfam domain PF02466 Tim17/Tim22/Tim23 family contains similarity to Interpro domain IPR003397 (Mitochondrial import inner membrane translocase, subunit Tim17/22)
40T14E8.2T14E8.2n/achrX 6,542,867contains similarity to Interpro domain IPR002172 (Low density lipoprotein-receptor, class A, cysteine-rich)
41lgc-7Y57G11C.2n/achrIV 14,712,127C. elegans LGC-7 protein; contains similarity to Pfam domains PF02931 (Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain) , PF02932 (Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region) contains similarity to Interpro domains IPR006201 (Neurotransmitter-gated ion-channel), IPR006202 (Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding), IPR006029 (Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region)
42srh-72ZC204.5n/achrII 1,639,907C. elegans SRH-72 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
43bath-13F40B1.1n/achrII 2,521,505C. elegans BATH-13 protein; contains similarity to Pfam domains PF00651 (BTB/POZ domain) , PF00917 (MATH domain) contains similarity to Interpro domains IPR002083 (MATH), IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR013069 (BTB/POZ)
44F31A3.5F31A3.5n/achrX 17,558,148contains similarity to Interpro domain IPR000694 (Proline-rich region)
45Y75B8A.7Y75B8A.7n/achrIII 12,156,145contains similarity to Pfam domain PF04006 Mpp10 protein contains similarity to Interpro domains IPR012173 (U3 small nucleolar ribonucleoprotein complex, subunit Mpp10p), IPR007151 (Mpp10 protein)
46F18E2.1F18E2.1n/achrV 12,758,672contains similarity to Pfam domain PF00149 Calcineurin-like phosphoesterase contains similarity to Interpro domains IPR015914 (Purple acid phosphatase, N-terminal), IPR004843 (Metallophosphoesterase)
47srh-228C35D6.1n/achrIV 16,340,479C. elegans SRH-228 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
48Y62H9A.11Y62H9A.11n/achrX 11,906,196
49T23H2.4T23H2.4n/achrI 6,455,456
50srh-82W03F9.6n/achrV 146,062C. elegans SRH-82 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)