UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1C46H11.1C46H11.14e-33chrI 5,055,865
2B0302.4B0302.4n/achrX 17,176,549
3fbxa-112Y102A5C.13n/achrV 16,947,523C. elegans FBXA-112 protein; contains similarity to Pfam domain PF01827 FTH domain contains similarity to Interpro domain IPR002900 (Protein of unknown function DUF38, Caenorhabditis species)
4W02B8.1W02B8.1n/achrII 13,900,226
5T23F6.2T23F6.2n/achrIV 12,722,330
6C54G4.4C54G4.4n/achrI 7,999,947contains similarity to Pfam domain PF00084 Sushi domain (SCR repeat) contains similarity to Interpro domains IPR002396 (Selectin (CD62E/L/P antigen)), IPR006585 (Fucolectin tachylectin-4 pentraxin-1), IPR000436 (Sushi/SCR/CCP), IPR000694 (Proline-rich region), IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016060 (Complement control module), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
7M01H9.1M01H9.1n/achrIV 4,487,922contains similarity to Pfam domain PF00085 Thioredoxin contains similarity to Interpro domains IPR012336 (Thioredoxin-like fold), IPR012335 (Thioredoxin fold), IPR013766 (Thioredoxin domain), IPR006662 (Thioredoxin-related)
8Y32B12C.3Y32B12C.3n/achrV 16,613,751contains similarity to Pfam domains PF01827 (FTH domain) , PF00646 (F-box domain) contains similarity to Interpro domains IPR002900 (Protein of unknown function DUF38, Caenorhabditis species), IPR001810 (Cyclin-like F-box)
9gpa-13F18E2.5n/achrV 12,753,806gpa-13 encodes a member of the G protein alpha subunit family of heterotrimeric GTPases; it is expressed in ADF, ASH, AWC, PHA, and PHB.
10F14E5.1F14E5.1n/achrII 8,418,639contains similarity to Pfam domains PF07690 (Major Facilitator Superfamily) , PF00083 (Sugar (and other) transporter) contains similarity to Interpro domains IPR007114 (Major facilitator superfamily), IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR005829 (Sugar transporter, conserved site), IPR005828 (General substrate transporter), IPR003663 (Sugar transporter), IPR002455 (GPCR, family 3, gamma-aminobutyric acid receptor, type B), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
11R11G10.2R11G10.2n/achrV 13,513,568contains similarity to Pfam domain PF05694 56kDa selenium binding protein (SBP56) contains similarity to Interpro domain IPR008826 (Selenium-binding protein)
12B0391.3B0391.3n/achrV 15,616,248contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1), IPR000802 (Arsenical pump membrane protein)
13rog-1F54D12.6n/achrII 1,374,343rog-1 encodes a protein with an insulin receptor substrate-1 (IRS-type) phosphotyrosine-binding (PTB) domain that is required for the progression from pachytene to diakinesis in meiosis; rog-1 is primarily transcribed in germ cells, and this expression is required for oocyte development; ROG-1 is orthologous to human FRS2 (OMIM:607743) and FRS3 (OMIM:607744); rog-1(tm1031) mutant oocytes fail to progress from pachytene to diakinesis, a phenotype reminiscent of let-60 or mpk-1 mutant oocytes, and rog-1(tm1031) gonads lack phosphorylated MPK-1; rog-1(tm1031) and rog-1(RNAi) hermaphrodites show reduced brood sizes and increased embryonic lethality, with rog-1(tm1031) being more phenotypically severe than rog-1(RNAi); rog-1(tm1031) germ cell, brood size, and MPK-1 phosphorylation phenotypes are suppressed by the gain-of-function mutations let-60(n1046) or let-60(ga89ts); during meiosis, ROG-1 may function as an adaptor downstream of LET-23 and upstream of LET-60.
14R06B9.4R06B9.4n/achrII 13,754,197contains similarity to Pfam domains PF00339 (Arrestin (or S-antigen), N-terminal domain) , PF02752 (Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR014756 (Immunoglobulin E-set), IPR011022 (Arrestin-like, C-terminal), IPR011021 (Arrestin-like, N-terminal)
15trxr-2ZK637.10n/achrIII 8,915,015C. elegans TRXR-2 protein; contains similarity to Pfam domains PF02852 (Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, dimerisation domain) , PF07992 (Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase) , PF00070 (Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase) contains similarity to Interpro domains IPR013027 (FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase), IPR000447 (FAD-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase), IPR000103 (Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, class-II), IPR012999 (Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, class I, active site), IPR004099 (Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, dimerisation), IPR006338 (Thioredoxin and glutathione reductase selenoprotein), IPR016156 (FAD/NAD-linked reductase, dimerisation), IPR001327 (Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, NAD-binding region), IPR000815 (Mercuric reductase), IPR016040 (NAD(P)-binding), IPR001100 (Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, class I)
16T05G5.5T05G5.5n/achrIII 9,750,414contains similarity to Pfam domain PF01121 Dephospho-CoA kinase contains similarity to Interpro domains IPR000764 (Uridine kinase), IPR001977 (Dephospho-CoA kinase)
17sra-8AH6.12n/achrII 9,538,328C. elegans SRA-8 protein; contains similarity to Pfam domain PF02117 C.elegans Sra family integral membrane protein contains similarity to Interpro domain IPR000344 (Nematode chemoreceptor, Sra)
18acbp-4F56C9.5n/achrIII 7,308,549acbp-4 encodes an Acyl-CoA-binding protein.
19F55E10.5F55E10.5n/achrX 8,335,538
20K02F3.8K02F3.8n/achrIII 838,968
21K09C6.3K09C6.3n/achrV 852,829
22T21H8.5T21H8.5n/achrX 13,878,684contains similarity to Interpro domain IPR000515 (Binding-protein-dependent transport systems inner membrane component)
23M02B1.2M02B1.2n/achrIV 12,846,951contains similarity to Melanoplus sanguinipes entomopoxvirus ORF MSV233 hypothetical protein.; TR:Q9YVK8
24str-71T23F1.4n/achrV 15,458,547C. elegans STR-71 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
25F25H2.3F25H2.3n/achrI 10,548,642contains similarity to Interpro domain IPR002110 (Ankyrin)
26sre-49C50E10.9n/achrII 12,319,870C. elegans SRE-49 protein; contains similarity to Pfam domain PF03125 C. elegans Sre G protein-coupled chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR004151 (C. elegans Sre G protein-coupled chemoreceptor)
27rab-33F43D9.2n/achrIII 10,501,953C. elegans RAB-33 protein; contains similarity to Pfam domains PF00071 (Ras family) , PF08477 (Miro-like protein) contains similarity to Interpro domains IPR002041 (Ran GTPase), IPR003577 (Ras small GTPase, Ras type), IPR013684 (Miro-like), IPR003578 (Ras small GTPase, Rho type), IPR005225 (Small GTP-binding protein), IPR001806 (Ras GTPase), IPR003579 (Ras small GTPase, Rab type), IPR000694 (Proline-rich region), IPR006688 (ADP-ribosylation factor), IPR013753 (Ras)
28srj-29F22B8.1n/achrV 16,076,456C. elegans SRJ-29 protein; contains similarity to Pfam domains PF00060 (Ligand-gated ion channel) , PF01094 (Receptor family ligand binding region) contains similarity to Interpro domains IPR001638 (Bacterial extracellular solute-binding protein, family 3), IPR015683 (Glutamate receptor-related), IPR001320 (Ionotropic glutamate receptor), IPR001828 (Extracellular ligand-binding receptor), IPR001508 (NMDA receptor)
29C11G6.2C11G6.2n/achrX 16,329,525contains similarity to Interpro domain IPR003593 (AAA+ ATPase, core)
30ZK353.2ZK353.2n/achrIII 8,398,849contains similarity to Interpro domain IPR002952 (Eggshell protein)
31C18G1.7C18G1.7n/achrV 4,746,815contains similarity to Pfam domain PF01697 Domain of unknown function contains similarity to Interpro domains IPR002455 (GPCR, family 3, gamma-aminobutyric acid receptor, type B), IPR008166 (Protein of unknown function DUF23)
32F52E1.9F52E1.9n/achrV 8,398,736contains similarity to Interpro domain IPR011332 (Ribosomal protein, zinc-binding)
33F47G4.8F47G4.8n/achrI 14,053,124
34B0348.1B0348.1n/achrV 49,270contains similarity to Interpro domain IPR006629 (LPS-induced tumor necrosis factor alpha factor)
35EGAP2.2EGAP2.2n/achrII 5,230,269
36srh-283C47A10.2n/achrV 17,766,031C. elegans SRH-283 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
37C09G9.3C09G9.3n/achrIV 8,871,534contains similarity to Pfam domain PF01681 C6 domain contains similarity to Interpro domain IPR002601 (Protein of unknown function C6)
38C37E2.3C37E2.3n/achrX 14,180,268contains similarity to Pfam domain PF04750 FAR-17a/AIG1-like protein contains similarity to Interpro domains IPR006838 (FAR-17a/AIG1-like protein), IPR002208 (SecY protein)
39C50F7.6C50F7.6n/achrIV 7,721,871contains similarity to Homo sapiens Isoform 4 of PDZ domain-containing RING finger protein 4; ENSEMBL:ENSP00000370169
40lis-1T03F6.5n/achrIII 13,373,822lis-1 encodes an ortholog of human LIS1, which when mutated leads to lissencephaly (OMIM:247200); it also encodes an ortholog of the Aspergillus nidulans nudF, which mediates nuclear migration along Aspergillus hyphae.
41srj-45T03D3.6n/achrV 2,836,005C. elegans SRJ-45 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1), IPR006162 (Phosphopantetheine attachment site)
42srd-56E04F6.14n/achrII 7,202,553C. elegans SRD-56 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
43apc-11F35G12.9n/achrIII 4,594,070apc-11 encodes a predicted key catalytic subunit of the anaphase promoting complex that is required for embryonic development past the embryonic one- cell stage.
44mcd-1Y51H1A.6n/achrII 13,891,577mcd-1 encodes a highly acidic C2H2-type zinc-finger protein that, in conjunction with LIN-35/Rb, DPL-1/DP, EFL-1/E2F, LIN-37/Mip40, and LIN-52, promotes the developmentally programmed progression of cells through full apoptosis; MCD-1 can promote ectopic apoptosis in cells normally fated to live, and is thus active in such cells; MCD-1 is not required for CED-3-independent cell death, does not regulate CED-9, and probably does not transcriptionally regulate egl-1; MCD-1 and its partners do not act together with CED-1 or CED-8, and their function in cell death is distinct from the LET-60/RAS or SynMuv pathways; however, MCD-1 is redundantly required with some class B/C synMuv proteins for viability (LIN-9, LIN-35/Rb, or LIN-37/Mip40) and normally rapid growth (DPL-1/DP, LIN-13, LIN-53, LIN-54, or MYS-1); in mcd-1(n4005) animals, cells that would normally undergo apoptosis can instead pass through an episode of pre-apoptotic condensation, after which they sometimes revert to normal shape, survive, and differentiate; MCD-1 contains an N-terminal low-complexity region and a single central zinc-finger, but no other recognizable protein domains; MCD-1 is paralogous to Y48E1B.7, but has no obvious non-nematode orthologs.
45clec-238Y102A5C.17n/achrV 16,952,706C. elegans CLEC-238 protein; contains similarity to Interpro domains IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
46K09C4.6K09C4.6n/achrX 3,275,175
47smf-2K11G12.3n/achrX 6,717,366C. elegans SMF-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF01566 Natural resistance-associated macrophage protein contains similarity to Interpro domain IPR001046 (Natural resistance-associated macrophage protein)
48C54F6.3C54F6.3n/achrV 7,534,164contains similarity to Pfam domain PF04590 Protein of unknown function, DUF595 contains similarity to Interpro domain IPR007669 (Protein of unknown function DUF595)
49sre-33W05H5.6n/achrII 12,453,974C. elegans SRE-33 protein; contains similarity to Pfam domain PF03125 C. elegans Sre G protein-coupled chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR004151 (C. elegans Sre G protein-coupled chemoreceptor)
50F33C8.2F33C8.2n/achrX 14,722,337contains similarity to Interpro domain IPR003382 (Flavoprotein)