UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1sym-5C44H4.20chrX 14,579,420sym-5 encodes a predicted transmembrane protein that contains 13 contiguous leucine-rich repeats (LRRs) and that is similar to SYM-1, a secreted protein involved in muscle attachment; sym-5 activity appears to be required for embryogenesis and functionally overlaps with that of sym-1 and mec-8 in affecting muscle attachment; in addition, loss of sym-5 activity via RNA-mediated interference (RNAi) in a hypersensitized strain indicates that SYM-5 may also be required for locomotion, body morphology, and normal rates of postembryonic growth.
2skr-9C52D10.7n/achrIV 17,163,837skr-9 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a component of the SCF (Skp1, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that regulates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-9 is required for posterior body morphogenesis, embryonic and larval development, and postembryonic cell proliferation.
3phg-1F27E5.4n/achrII 10,138,351C. elegans PHG-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF02351 GDNF/GAS1 domain contains similarity to Interpro domain IPR016017 (GDNF/GAS1)
4col-17F11G11.10n/achrII 4,866,996col-17 encodes a collagen which is expressed in all developmental stages except eggs, like col-15, col-16, and col-20; collagen genes with this expression pattern may be used for synthesis of cuticles after the L1 stage (e.g., the L4 cuticle).
5R07G3.6R07G3.6n/achrII 7,604,709contains similarity to Interpro domain IPR000694 (Proline-rich region)
6B0395.2B0395.2n/achrX 16,032,720contains similarity to Pfam domain PF03062 MBOAT family contains similarity to Interpro domain IPR004299 (Membrane bound O-acyl transferase, MBOAT)
7F13B9.2F13B9.2n/achrX 8,286,170
8ZC434.3ZC434.3n/achrI 10,334,634contains similarity to Interpro domain IPR000931 (Adenovirus fibre protein)
9C14F11.6C14F11.6n/achrX 6,238,566contains similarity to Pfam domain PF00908 dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase contains similarity to Interpro domains IPR000888 (dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase related), IPR011051 (Cupin, RmlC-type), IPR014710 (RmlC-like jelly roll fold)
10F22F4.1F22F4.1n/achrX 6,005,723
11F49E11.2F49E11.2n/achrIV 13,037,470contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
12R07E3.6R07E3.6n/achrX 10,319,714contains similarity to Interpro domain IPR000694 (Proline-rich region)
13F20G2.3F20G2.3n/achrV 13,767,197contains similarity to Pfam domains PF01105 (emp24/gp25L/p24 family/GOLD) , PF00650 (CRAL/TRIO domain) contains similarity to Interpro domains IPR001251 (Cellular retinaldehyde-binding/triple function, C-terminal), IPR011074 (Phosphatidylinositol transfer protein-like, N-terminal), IPR000348 (emp24/gp25L/p24)
14zbed-6F25H8.6n/achrIV 9,919,215zbed-6 encodes a protein that contains a BED-type zinc finger domain; loss of zbed-6 activity in large-scale RNAi screens indicates that zbed-6 is required for larval development.
15F09C12.6F09C12.6n/achrII 5,117,137contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
16Y38H6C.16Y38H6C.16n/achrV 20,532,568contains similarity to Pfam domain PF03125 C. elegans Sre G protein-coupled chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR004151 (C. elegans Sre G protein-coupled chemoreceptor)
17dpy-2T14B4.6n/achrII 6,715,073The dpy-2 gene encodes an unusual cuticular collagen that is required for maintaining the normal body length of the animal in later larval stages; dpy-2 interacts with other cuticular collagens such as dpy-10 and sqt-1, and suppresses mutations in glp-1, mup-1, and emb-5.
18F42A9.8F42A9.8n/achrIV 8,618,533
19wrt-2F52E4.6n/achrX 3,093,375wrt-2 encodes a hedgehog-like protein, with an N-terminal signal sequence, a Wart domain, and a C-terminal region of low-complexity sequence; WRT-2 is expressed in seam cells and hypodermal syncytia; the Wart domain is predicted to form a cysteine-crosslinked protein involved in intercellular signalling, and it has subtle similarity to the N-terminal Hedge domain of HEDGEHOG proteins; WRT-2 is weakly required for normal molting; WRT-2 is also required for normal growth to full size and locomotion; all of these requirements may reflect common defects in cholesterol-dependent hedgehog-like signalling or in vesicle trafficking; in two-hybrid assays, WRT-2 binds EYA-1, which may parallel the derepression of Drosophila eyes absent by HEDGEHOG.
20nhr-79T26H2.9n/achrV 19,209,750C. elegans NHR-79 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
21ptr-15T07H8.6n/achrV 6,968,181ptr-15 encodes a nematode-specific member of the sterol sensing domain (SSD) proteins, distantly paralogous to Drosophila PATCHED (PTC) and human PTCH (OMIM:601309, mutated in basal cell nevus syndrome); PTR-15 has no known function in vivo.
22ptr-4C45B2.7n/achrX 6,063,339ptr-4 encodes a nematode-specific member of the sterol sensing domain (SSD) proteins, distantly paralogous to Drosophila PATCHED (PTC) and human PTCH (OMIM:601309, mutated in basal cell nevus syndrome); PTR-4 is strongly required for normal molting from L4 to adult stages male tail development (a role conserved in C. briggsae); PTR-4 is also required for normal endocytosis of yolk by oocytes, adult alae formation, growth to full size, locomotion, and viability.
23T26E4.5T26E4.5n/achrV 15,787,827contains similarity to Interpro domain IPR008996 ()
24B0507.1B0507.1n/achrV 8,777,950contains similarity to Interpro domains IPR006150 (Cysteine-rich repeat), IPR013032 (EGF-like region, conserved site)
25W03B1.6W03B1.6n/achrIV 4,340,378contains similarity to Pfam domain PF01757 Acyltransferase family contains similarity to Interpro domain IPR002656 (Acyltransferase 3)
26F25D1.3F25D1.3n/achrV 10,529,632contains similarity to Pfam domain PF06083 Interleukin-17 contains similarity to Interpro domain IPR010345 (Interleukin-17)
27uig-1F32F2.1n/achrV 13,278,769C. elegans UIG-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00621 RhoGEF domain contains similarity to Interpro domains IPR000219 (Dbl homology (DH) domain), IPR001849 (Pleckstrin-like), IPR011993 (Pleckstrin homology-type), IPR001331 (Guanine-nucleotide dissociation stimulator, CDC24, conserved site)
28grl-15Y75B8A.20n/achrIII 12,234,051grl-15 encodes a hedgehog-like protein, with an N-terminal signal sequence, a central proline-rich low-complexity region, and a C-terminal Ground-like (Grl) domain; GRL-15 is expressed in the reproductive system, vulva, and larval hypodermis; the Grl domain is predicted to form a cysteine-crosslinked protein involved in intercellular signalling, and it has subtle similarity to the N-terminal Hedge domain of HEDGEHOG proteins.
29M153.1M153.1n/achrX 12,147,684contains similarity to Pfam domains PF03807 (NADP oxidoreductase coenzyme F420-dependent) , PF01210 (NAD-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase N-terminus) contains similarity to Interpro domains IPR004455 (NADP oxidoreductase, coenzyme F420-dependent), IPR000304 (Delta 1-pyrroline-5-carboxylate reductase), IPR011128 (NAD-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase, N-terminal), IPR016040 (NAD(P)-binding)
30F53H4.5F53H4.5n/achrX 15,883,542contains similarity to Pfam domain PF01342 SAND domain contains similarity to Interpro domains IPR010919 (SAND-like), IPR000770 (SAND)
31C06A6.5C06A6.5n/achrIV 7,833,492contains similarity to Pfam domain PF00085 Thioredoxin contains similarity to Interpro domains IPR012336 (Thioredoxin-like fold), IPR012335 (Thioredoxin fold), IPR013766 (Thioredoxin domain), IPR006662 (Thioredoxin-related)
32pqn-26DY3.5n/achrI 8,774,608The protein product of this gene is predicted to contain a glutamine/asparagine (Q/N)-rich ('prion') domain, by the algorithm of Michelitsch and Weissman (as of the WS77 release of WormBase, i.e., in wormpep77).
33F35D2.2F35D2.2n/achrII 7,575,045
34C38C6.3C38C6.3n/achrII 14,633,822contains similarity to Schizosaccharomyces pombe Hypothetical transmembrane protein.; TR:O74525
35ZC328.1ZC328.1n/achrI 6,405,136
36cpt-6W01A11.5n/achrV 6,491,977C. elegans CPT-6 protein; contains similarity to Pfam domain PF00755 Choline/Carnitine o-acyltransferase contains similarity to Interpro domain IPR000542 (Acyltransferase ChoActase/COT/CPT)
37F18C5.5F18C5.5n/achrII 6,566,049contains similarity to Interpro domains IPR000694 (Proline-rich region), IPR002373 (cAMP/cGMP-dependent protein kinase)
38C07E3.10C07E3.10n/achrII 10,346,620contains similarity to Saccharomyces cerevisiae Ring finger protein involved in the DNA damage response with possible recombination role; genetically identified by synthetic lethality with SGS1 (DNA helicase) and TOP3 (DNA topoisomerase); sporulation role; interacts with Slx8p and Lin1p; SGD:YDL013W
39T19B10.5T19B10.5n/achrV 11,235,863T19B10.5 encodes a protein with partial similarity to human PERIAXIN (PRX; OMIM:605725), which when mutated leads to Dejerine-Sottas neuropathy.
40F47C12.1F47C12.1n/achrIV 4,001,937contains similarity to Pfam domains PF00008 (EGF-like domain) (4), PF00754 (F5/8 type C domain) , PF07645 (Calcium binding EGF domain) (2), PF07699 (GCC2 and GCC3) (3), PF00431 (CUB domain) , PF07974 (EGF-like domain) , PF02494 (HYR domain) (2), PF00084 (Sushi domain (SCR repeat)) (6)contains similarity to Interpro domains IPR001438 (EGF-like, type 2), IPR000742 (EGF-like, type 3), IPR003410 (Hyalin), IPR000436 (Sushi/SCR/CCP), IPR006209 (EGF-like), IPR000152 (Aspartic acid and asparagine hydroxylation site), IPR006210 (EGF), IPR002049 (EGF-like, laminin), IPR008979 (Galactose-binding like), IPR000859 (CUB), IPR011641 (GCC2 and GCC3), IPR001881 (EGF-like calcium-binding), IPR016060 (Complement control module), IPR009030 (Growth factor, receptor), IPR013032 (EGF-like region, conserved site), IPR000421 (Coagulation factor 5/8 type, C-terminal), IPR013111 (EGF, extracellular), IPR013091 (EGF calcium-binding)
41F52F10.2F52F10.2n/achrV 1,549,423contains similarity to Interpro domain IPR016196 (MFS general substrate transporter)
42W08A12.3W08A12.3n/achrV 3,683,717
43R07B1.5R07B1.5n/achrX 9,865,660contains similarity to Pfam domain PF01681 C6 domain contains similarity to Interpro domain IPR002601 (Protein of unknown function C6)
44F30H5.3F30H5.3n/achrIII 508,704contains similarity to Pfam domains PF01683 (EB module) (3), PF00014 (Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain) (5)contains similarity to Interpro domains IPR002223 (Proteinase inhibitor I2, Kunitz metazoa), IPR008197 (Whey acidic protein, 4-disulphide core), IPR006150 (Cysteine-rich repeat), IPR002198 (Short-chain dehydrogenase/reductase SDR), IPR006149 (Nematode-specific EB region)
45R01E6.2R01E6.2n/achrX 13,565,948contains similarity to Pfam domain PF06394 Pepsin inhibitor-3-like repeated domain contains similarity to Interpro domain IPR010480 (Proteinase inhibitor I33, aspin)
46M03F4.6M03F4.6n/achrX 4,966,692contains similarity to Pfam domain PF01683 EB module contains similarity to Interpro domains IPR006150 (Cysteine-rich repeat), IPR009030 (Growth factor, receptor), IPR006149 (Nematode-specific EB region)
47W04E12.7W04E12.7n/achrV 19,731,742contains similarity to Pfam domain PF06162 Caenorhabditis elegans protein of unknown function (DUF976) contains similarity to Interpro domains IPR010381 (Protein of unknown function DUF976, Caenorhabditis species), IPR016125 (Peptidase C15, pyroglutamyl peptidase I-like)
48hog-1W06B11.4n/achrX 5,852,661hog-1 encodes a hedgehog-like protein, with a solitary Hint/Hog domain; the function of HOG-1's isolated Hint/Hog domain is unknown; in proteins where they coexist with other, N-terminal, domains, the Hint/Hog domain is predicted to cut its host protein into two halves and then covalently link cholesterol to the C-terminus of the N-terminal domain; HOG-1 is weakly required for normal molting; HOG-1 is also required for normal adult alae formation, growth to full size, cuticle adhesion, and locomotion; all of these requirements may reflect common defects in cholesterol-dependent hedgehog-like signalling or in vesicle trafficking.
49F53B3.3F53B3.3n/achrX 2,868,560
50R07B1.7R07B1.7n/achrX 9,869,453contains similarity to Candida albicans Chitinase 2 precursor (EC 3.2.1.14).; SW:CHI2_CANAL