UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1hnd-1C44C10.84.9999999999999997e-116chrX 11,685,111hnd-1 encodes a Hand bHLH transcription factor required for normal viability, gonadogenesis, and posterior body morphology; HND-1 is required for the formation of both somatic gonadal precursors and primordial germ cells, but not for later gonadogenesis; HND-1 is expressed embryogenesis in embryonic mesodermal precursor cells generating (mostly) body wall muscle, in somatic gonad precursor cells, and in some unidentified head cells; the primary defect in hnd-1 mutants may be, nonautonomously, in mesodermal precursor cells; somatic gonad precursor cells are normally generated in hnd-1 mutants, but not maintained.
2C24B5.4C24B5.4n/achrV 9,196,537contains similarity to Pfam domain PF08925 Domain of Unknown Function (DUF1907) contains similarity to Interpro domain IPR015021 (Region of unknown function DUF1907)
3F33E11.3F33E11.3n/achrV 302,371contains similarity to Interpro domain IPR015988 (STAT transcription factor, coiled coil)
4F31C3.3F31C3.3n/achrI 15,045,790contains similarity to Interpro domain IPR001000 (Glycoside hydrolase, family 10)
5his-2T10C6.13n/achrV 16,041,899his-2 encodes an H3 histone; his-2 is contained within the histone gene cluster HIS1.
6ttr-35F22A3.2n/achrX 6,512,558C. elegans TTR-35 protein; contains similarity to Pfam domain PF01060 Transthyretin-like family contains similarity to Interpro domain IPR001534 (Transthyretin-like)
7K09C4.2K09C4.2n/achrX 3,297,833
8C31E10.6C31E10.6n/achrX 13,997,720contains similarity to Saccharomyces cerevisiae Mlp proteins restrict telomere length by influencing the Rif1-Tel1 pathway of telomerase regulation; also involved in the translocation of macromolecules between the nucleoplasm and the NPC; SGD:YKR095W
9R03E9.2R03E9.2n/achrX 6,731,598contains similarity to Interpro domain IPR001220 (Legume lectin, beta domain)
10hil-8T05E8.2n/achrI 5,467,787C. elegans HIL-8 protein; contains similarity to Interpro domain IPR005818 (Histone H1/H5)
11mab-7ZC13.4n/achrX 895,155mab-7 encodes a protein with a hydrophobic type II transmembrane region at the N-terminus, an EGF-like motif, a ShKT motif and a long C-terminus; mab-7 is involved in morphogenesis of the male tail, specifically affecting the structural cells, neuronal processes and the hypodermal sheath of the sensory rays, as such, it affects mating in males; a mab-7 promoter-gfp construct is expressed in hypodermis, body seam, ray structural cells, and several neurons in the head and tail region.
12C42D4.13C42D4.13n/achrIV 7,187,729contains similarity to Interpro domain IPR004052 (Potassium channel, voltage dependent, Kv1.5)
13K06A5.1K06A5.1n/achrI 6,475,395contains similarity to Xenopus laevis MGC52985 protein.; TR:Q7ZWX1
14fbxb-51K05F6.3n/achrII 1,552,094C. elegans FBXB-51 protein; contains similarity to Pfam domain PF07735 F-box associated contains similarity to Interpro domain IPR012885 (F-box associated type 2)
15C49A9.3C49A9.3n/achrIV 6,223,512contains similarity to Pfam domain PF03312 Protein of unknown function, DUF272 contains similarity to Interpro domains IPR000711 (ATPase, F1 complex, OSCP/delta subunit), IPR004987 (Protein of unknown function DUF272)
16srg-3C18F10.6n/achrIII 6,269,673C. elegans SRG-3 protein; contains similarity to Pfam domain PF02118 C.elegans Srg family integral membrane protein contains similarity to Interpro domain IPR000609 (Serpentine gamma receptor, Caenorhabditis species)
17W06A11.2W06A11.2n/achrII 4,060,321
18his-66H02I12.6n/achrIV 11,400,571his-66 encodes an H2B histone.
19F39G3.2F39G3.2n/achrV 4,739,477contains similarity to Pfam domain PF01697 Domain of unknown function contains similarity to Interpro domain IPR008166 (Protein of unknown function DUF23)
20his-59F55G1.2n/achrIV 7,488,436his-59 encodes an H3 histone; by homology, HIS-59 is predicted to function as a nucleosome component required for packaging of DNA into chromatin; his-59 is a replication-dependent histone locus that resides in a histone gene-rich region on chromosome IV.
21clx-1C50F7.2n/achrIV 7,735,511clx-1 encodes a protein that contains 23 copies of a 15 amino acid repeat, possibly derived from a collagen triplet; there is no transcript evidence for this locus.
22cgr-1T27A10.7n/achrX 3,598,867C. elegans CGR-1 protein; contains similarity to Pfam domains PF01105 (emp24/gp25L/p24 family/GOLD) , PF00650 (CRAL/TRIO domain) contains similarity to Interpro domains IPR001251 (Cellular retinaldehyde-binding/triple function, C-terminal), IPR009038 (GOLD), IPR011074 (Phosphatidylinositol transfer protein-like, N-terminal), IPR000348 (emp24/gp25L/p24)
23cup-4C02C2.3n/achrIII 7,867,528The primary phenotype of cup-4 animals is an accumulation of secreted GFP in the pseudocoelom, suggesting a decrease in, or the absence of, endocytosis in coelomocytes.
24C14C11.7C14C11.7n/achrV 5,665,729
25nspb-12F09F7.8n/achrIII 5,568,450C. elegans NSPB-12 protein ;
26ubc-16Y54E5B.4n/achrI 14,822,998C. elegans UBC-16 protein; contains similarity to Pfam domain PF00179 Ubiquitin-conjugating enzyme contains similarity to Interpro domains IPR000608 (Ubiquitin-conjugating enzyme, E2), IPR016135 (Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like)
27C52G5.2C52G5.2n/achrX 12,844,270contains similarity to Pfam domain PF08768 Domain of unknown function (DUF1794) contains similarity to Interpro domain IPR014878 (Region of unknown function DUF1794)
28dos-2K10G6.2n/achrII 3,977,041C. elegans DOS-2 protein ;
29nspb-11F35C5.10n/achrII 12,907,461C. elegans NSPB-11 protein ;
30F36D3.1F36D3.1n/achrV 16,501,082contains similarity to Interpro domain IPR008928 ()
31ugt-24C49A9.8n/achrIV 6,208,144C. elegans UGT-24 protein; contains similarity to Pfam domains PF04101 (Glycosyltransferase family 28 C-terminal domain) , PF00201 (UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase) contains similarity to Interpro domains IPR002213 (UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase), IPR007235 (Glycosyl transferase, family 28, C-terminal)
32lnp-1C05E11.1n/achrX 4,589,579lnp-1 encodes a highly conserved protein of unknown function, orthologous to human LUNAPARK/KIAA1715 (OMIM:610236), that is required for normally short body length, normal locomotion, fat content, acetylcholine neurotransmission, localization of RAB-3 and SNB-1, and sensitivity to aldicarb; LNP-1 is expressed in muscles, hypodermal cells, and neurons; within neurons, LNP-1 is localized to cell bodies, neuritic processes and commissures, and requiring UNC-104 for localization outside of cell bodies; LNP-1 is likely to act presynaptically; LNP-1 contains two N-terminal predicted transmembrane sequences, and an atypical zinc finger domain (C2HC2).
33kin-29F58H12.1n/achrX 2,848,198kin-29 encodes a serine/threonine kinase with significant homology in the kinase domain to the AMP-activated protein kinase (AMPK) and SNF1 kinases; the AMP-kinase cascade is activated by cellular stresses that deplete ATP; AMP-kinase is believed to protect the mammalian cell by 'switching off' ATP-consuming pathways like fatty acid synthesis, by phosphorylating key regulatory enzymes, and switching on alternative pathways for ATP generation; kin-29 is involved in regulating the expression of chemosensory receptors and entry into the daur pathway; kin-29 also affects body size via interaction with the Sma/Mab pathway and lifespan, with mutants exhibiting a smaller body size and increased life span; a functional KIN-29-GFP fusion protein is expressed in sensory neurons and many other cell types, and localizes to the cytoplasm; under conditions of cellular stress like heat shock and starvation, KIN-29-GFP translocates to the nucleus.
34K10H10.4K10H10.4n/achrII 14,500,979contains similarity to Saccharomyces cerevisiae topoisomerase I; SGD:YOL006C
35T10B5.2T10B5.2n/achrV 1,849,449
36R07E5.4R07E5.4n/achrIII 4,395,532contains similarity to Pfam domain PF03227 Gamma interferon inducible lysosomal thiol reductase (GILT) contains similarity to Interpro domain IPR004911 (Gamma interferon inducible lysosomal thiol reductase GILT)
37F26A1.9F26A1.9n/achrIII 4,825,812
38pxn-2K09C8.5n/achrX 10,975,651C. elegans PXN-2 protein; contains similarity to Pfam domains PF00047 (Immunoglobulin domain) (2), PF00560 (Leucine Rich Repeat) (3), PF01462 (Leucine rich repeat N-terminal domain) , PF07679 (Immunoglobulin I-set domain) (2), PF03098 (Animal haem peroxidase) contains similarity to Interpro domains IPR003598 (Immunoglobulin subtype 2), IPR000483 (Cysteine-rich flanking region, C-terminal), IPR001611 (Leucine-rich repeat), IPR013098 (Immunoglobulin I-set), IPR010255 (Haem peroxidase), IPR003596 (Immunoglobulin V-set, subgroup), IPR013783 (Immunoglobulin-like fold), IPR003591 (Leucine-rich repeat, typical subtype), IPR007110 (Immunoglobulin-like), IPR002007 (Haem peroxidase, animal), IPR000372 (Leucine-rich repeat, cysteine-rich flanking region, N-terminal), IPR003599 (Immunoglobulin subtype), IPR013151 (Immunoglobulin)
39Y54G11A.9Y54G11A.9n/achrII 14,345,333contains similarity to Pfam domain PF01521 Iron-sulphur cluster biosynthesis contains similarity to Interpro domains IPR016092 (HesB/YadR/YfhF), IPR000361 (HesB/YadR/YfhF-like)
40T01D1.3T01D1.3n/achrII 175,055
41srw-127C33G8.1n/achrV 7,013,646C. elegans SRW-127 protein; contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
42ZK1290.5ZK1290.5n/achrII 7,530,168contains similarity to Pfam domain PF00248 Aldo/keto reductase family contains similarity to Interpro domain IPR001395 (Aldo/keto reductase)
43C32B5.13C32B5.13n/achrII 961,636contains similarity to Pfam domain PF00112 Papain family cysteine protease contains similarity to Interpro domains IPR013128 (Peptidase C1A, papain), IPR000668 (Peptidase C1A, papain C-terminal)
44H28O16.2H28O16.2n/achrI 12,649,720contains similarity to Pfam domain PF00498 FHA domain contains similarity to Interpro domains IPR008984 (SMAD/FHA domain), IPR000253 (Forkhead-associated)
45K08B5.1K08B5.1n/achrX 16,560,293
46sdz-31T11A5.5n/achrV 9,880,568C. elegans SDZ-31 protein; contains similarity to Interpro domains IPR001376 (Gliadin, alpha/beta), IPR000896 (Hemocyanin, copper-containing)
47dao-3K07E3.3n/achrX 8,085,329dao-3 encodes a protein containing tetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase catalytic and NAD(P)-binding domains; by similarity to mammalian enzymes, DAO-3 is predicted to function in one-carbon unit metabolism and thus, in amino acid and nucleotide biosynthesis; dao-3 expression appears to be regulated by daf-2-mediated insulin signaling: microarray experiments suggest that it is upregulated in daf-2 mutant adults, while differential display and Northern analyses suggest that it is down-regulated; a dao-3 promoter gfp fusion is expressed in larvae in the hypodermis and in the nervous system, including tail neurons and phasmids.
48T09E8.3T09E8.3n/achrV 13,180,913contains similarity to Pfam domain PF03311 Cornichon protein contains similarity to Interpro domain IPR003377 (Cornichon)
49ttr-53T14G10.3n/achrIV 10,158,369C. elegans TTR-53 protein; contains similarity to Pfam domain PF01060 Transthyretin-like family contains similarity to Interpro domain IPR001534 (Transthyretin-like)
50col-70H17B01.2n/achrII 1,471,156C. elegans COL-70 protein; contains similarity to Interpro domain IPR000694 (Proline-rich region)