UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1C44C10.4C44C10.40chrX 11,694,526contains similarity to Pfam domain PF02463 RecF/RecN/SMC N terminal domain contains similarity to Interpro domain IPR003395 (RecF/RecN/SMC protein, N-terminal)
2mes-6C09G4.5n/achrIV 8,512,584mes-6 encodes a WD repeat-containing protein that is orthologous to Drosophila Extra sex combs (Esc); as a member of a Polycomb-like chromatin repressive complex with MES-2 and MES-3, MES-6 is required maternally for normal germline development and during larval development, for anteroposterior patterning; during germline development, the MES-2/MES-3/MES-6 complex is believed to be essential for maintaining repression of the X chromosome, and in transgenic animals, the complex is necessary for germline repression of repetitive transgenes; in axial patterning, the MES-2/MES-3/MES-6 complex is required in somatic tissues for maintaining homeotic gene repression, acting upstream of the Hox genes lin-39, mab-5, and egl-5, as well as the egl-5 target gene lin-32; MES-6 expression is detected in the nuclei of all cells during early embryogenesis, in the germline precursors Z2 and Z3 and faintly in some somatic cells during late embryogenesis and the L1 larval stage, widely in later larvae, and in germline and oocyte nuclei in adults; normal MES-6 distribution is dependent upon wild-type activity of MES-2 and MES-3, and likewise, distribution of MES-3 is dependent upon wild-type activity of MES-2 and MES-6
3T24E12.2T24E12.2n/achrII 3,783,547
4F57G8.7F57G8.7n/achrV 16,329,811contains similarity to Antarctic bacterium str 643 Metalloproteinase precursor.; TR:Q9KH34
5C05E7.2C05E7.2n/achrX 12,939,625
6C25G6.1C25G6.1n/achrX 1,271,143contains similarity to Pfam domain PF03803 Scramblase contains similarity to Interpro domain IPR005552 (Scramblase)
7F54B11.10F54B11.10n/achrX 13,582,322contains similarity to Conus arenatus Conotoxin scaffold VI/VII.; TR:Q9BP99
8F10D2.8F10D2.8n/achrV 7,150,438contains similarity to Interpro domain IPR002213 (UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase)
9srw-142H05B21.3n/achrV 2,957,658C. elegans SRW-142 protein; contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
10sru-2C33A12.13n/achrIV 9,486,898C. elegans SRU-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF02688 Domain of unknown function DUF215 contains similarity to Interpro domain IPR003839 (Protein of unknown function DUF215)
11mau-2C09H6.3n/achrI 8,127,936mau-2 encodes an ortholog of budding yeast Scc4p, Drosophila CG4203, and human KIAA0892; MAU-2 is required (with PQN-85 and SCC-3) for normal mitotic chromosome segregation, and for cellular (e.g., neuronal) or axonal migration; MAU-2 is required for migration both embryonically and postembryonically, along both dorsoventral and longitudinal body axes; MAU-2 guides the axonal projection of AVM (and probably other neurons) by some cell-autonomous mechanism independent of SLT-1; MAU-2 is also required for normal larval development, locomotion, excretory canals and osmoregulation, phasmid morphology, and egg-laying; the primary sequences of MAU-2 and its Scc4-like orthologs are composed of tetratricopeptide repeats, and are highly divergent between yeast and metazoa; MAU-2 is expressed ubiquitously in embryos during late gastrulation, subsequently becoming restricted to neurons; mau-2 transcripts are abundant in oocytes, and maternal transcripts alone can support normal MAU-2 protein synthesis through the L3 larval stage (but not in L4 larvae or adults); MAU-2's N-terminal 371 residues of MAU-2 are its most conserved domain, and are sufficient to transgenically rescue mau-2 mutants; despite its behavioral phenotype, MAU-2 is thought to act early in development, since the uncoordinated phenotype of mau-2 mutants is maternal; while the uncoordinated phenotype of mau-2 mutants can be rescued either maternally or zygotically, the egg-laying phenotype of mau-2 mutants is purely zygotic; partially penetrant mau-2 dye-filling phenotypes occur on one side of the body, suggesting that MAU-2 acts on a whole side of an embryo at a time; while mau-2(RNAi) has no obvious early embryonic phenotype, joint mau-2/scc-3(RNAi) grossly deranges chromosomal segregation in early embryos, and mau-2(RNAi) enhances the lagging of anaphase chromosomes induced by pqn-85(RNAi).
12srt-13ZC142.1n/achrV 4,249,044C. elegans SRT-13 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domains IPR002651 (Protein of unknown function DUF32), IPR000539 (Frizzled protein)
13C34E10.8C34E10.8n/achrIII 5,251,598contains similarity to Leishmania major strain Friedlin Proteophosphoglycan 5.; TR:Q4FX62
14F46F5.14F46F5.14n/achrII 800,774contains similarity to Pfam domain PF03314 Protein of unknown function, DUF273 contains similarity to Interpro domain IPR004988 (Protein of unknown function DUF273)
15F48E3.2F48E3.2n/achrX 7,491,715contains similarity to Pfam domains PF07690 (Major Facilitator Superfamily) , PF00083 (Sugar (and other) transporter) contains similarity to Interpro domains IPR007114 (Major facilitator superfamily), IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR005829 (Sugar transporter, conserved site), IPR005828 (General substrate transporter), IPR003663 (Sugar transporter), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
16ZC239.16ZC239.16n/achrII 3,225,022contains similarity to Pfam domain PF02214 K+ channel tetramerisation domain contains similarity to Interpro domains IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR003131 (Potassium channel, voltage dependent, Kv, tetramerisation)
17srbc-7C18B10.4n/achrV 7,486,852C. elegans SRBC-7 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
18C07B5.6C07B5.6n/achrX 9,520,189contains similarity to Helicobacter pylori Hypothetical protein HP1327.; TR:O25885
19srbc-61F08E10.2n/achrV 17,477,416C. elegans SRBC-61 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
20C50F4.14C50F4.14n/achrV 9,548,707The C50F4.14 gene encodes a putative GDP-fucose transporter orthologous to the human GDP-FUCOSE TRANSPORTER 1 gene (LAD II; OMIM:605881), which when mutated leads to congenital disorder of glycosylation, type IIc.
21F39H12.2F39H12.2n/achrX 832,122contains similarity to Pfam domain PF00400 WD domain, G-beta repeat contains similarity to Interpro domains IPR011046 (WD40 repeat-like), IPR001680 (WD40 repeat), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
22fbxa-43T20H9.2n/achrIII 2,258,234C. elegans FBXA-43 protein; contains similarity to Pfam domains PF01827 (FTH domain) , PF00646 (F-box domain) contains similarity to Interpro domains IPR002900 (Protein of unknown function DUF38, Caenorhabditis species), IPR001810 (Cyclin-like F-box)
23exos-1Y48A6B.5n/achrIII 11,009,701C. elegans EXOS-1 protein ; contains similarity to Drosophila melanogaster Flybase gene name is Csl4-PA;; FLYBASE:CG6249
24adr-2T20H4.4n/achrIII 7,231,956adr-2 encodes an adenosine deaminase that acts on RNA (ADAR); ADARs are RNA-editing enzymes that deaminate adenosines to create inosines in double-stranded RNA (dsRNA); adr-2 is expressed ubiquitously in early embryos, as well as in the germline of early adults; ADR-2 is required for ADAR activity in vivo, and for normal chemotaxis.
25pqn-11C09G1.1n/achrX 15,969,125PQN-11 encodes an unfamiliar protein with a glutamine/asparagine-rich domain that is dispensable for viability and gross morphology.
26srg-4T12A2.12n/achrIII 6,261,094C. elegans SRG-4 protein; contains similarity to Pfam domain PF02118 C.elegans Srg family integral membrane protein contains similarity to Interpro domain IPR000609 (Serpentine gamma receptor, Caenorhabditis species)
27F41G4.1F41G4.1n/achrX 16,841,928contains similarity to Strongylocentrotus purpuratus 33 kDa inner dynein arm light chain, axonemal (p33).; SW:Q26630
28nhr-258C26B2.4n/achrIV 8,045,986C. elegans NHR-258 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
29pfd-5R151.9n/achrIII 7,198,447pfd-5 encodes a putative prefoldin 5 subunit, orthologous to human PFDN5 (OMIM:604899), that is required for normal microtubule growth, embryonic and larval viability, fertility, vulval development, and locomotion; PFD-5 is expressed in most, if not all, tissues; pfd-5(RNAi) animals show sterile progeny, larval arrest or lethality, uncoordination, and abnormal body shapes, and pfd-5(RNAi) embryos show a reduced microtubule growth rate.
30T05A8.6T05A8.6n/achrII 2,739,156contains similarity to Xenopus laevis Integumentary mucin C.1 (FIM-C.1) (Fragment).; SW:Q05049
31ZK1098.3ZK1098.3n/achrIII 9,535,467contains similarity to Pfam domain PF01612 3'-5' exonuclease contains similarity to Interpro domains IPR002562 (3'-5' exonuclease), IPR012337 (Polynucleotidyl transferase, Ribonuclease H fold)
32ZK380.2ZK380.2n/achrX 1,633,167contains similarity to Interpro domain IPR011072 (HR1 rho-binding repeat)
33srab-2C04F5.5n/achrV 5,104,023C. elegans SRAB-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF02175 C.elegans integral membrane protein Srb contains similarity to Interpro domains IPR001005 (SANT, DNA-binding), IPR002184 (Serpentine beta receptor), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
34dhs-19T11F9.11n/achrV 11,489,664dhs-19 encodes a short-chain dehydrogenase predicted to be mitochondrial.
35Y62H9A.11Y62H9A.11n/achrX 11,906,196
36Y54G11A.1Y54G11A.1n/achrII 14,262,654contains similarity to Mesocricetus auratus Nucleolin (Protein C23).; SW:NUCL_MESAU
37sel-12F35H12.3n/achrX 917,054sel-12 encodes a transmembrane domain protein orthologous to presenilins; during gonadal, germline, and vulval development, sel-12 functions, within receiving cells, to positively regulate lin-12 and glp-1 Notch-like signaling pathways; sel-12 presenilin activity and/or levels are likely regulated by the SET/NAP protein sub-family member encoded by spr-2, as mutations in sel-12 are suppressed by mutations in spr-2; spr-2 regulation of sel-12 occurs in a hop-1 presenilin dependent manner.
38F56H11.2F56H11.2n/achrIV 9,532,255contains similarity to Bacillus cereus Hypothetical protein.; TR:Q81E16
39taf-9T12D8.7n/achrIII 13,624,992C. elegans TAF-9 protein; contains similarity to Pfam domain PF02291 Transcription initiation factor IID, 31kD subunit contains similarity to Interpro domains IPR003162 (Transcription factor TAFII-31), IPR009072 (Histone-fold)
40C49F5.3C49F5.3n/achrX 11,983,268contains similarity to Phytophthora infestans SECY-independent transporter protein.; TR:Q9T238
41T22H2.4T22H2.4n/achrI 11,694,849contains similarity to Pfam domain PF03860 Domain of Unknown Function (DUF326) contains similarity to Interpro domain IPR005560 (Protein of unknown function DUF326)
42T18D3.1T18D3.1n/achrX 12,456,267contains similarity to Interpro domains IPR000009 (Protein phosphatase 2A, regulatory subunit PR55), IPR011046 (WD40 repeat-like), IPR001680 (WD40 repeat), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
43ZK856.4ZK856.4n/achrV 10,183,835contains similarity to Interpro domain IPR011001 (Saposin-like)
44D2092.5D2092.5n/achrI 6,603,752contains similarity to Interpro domains IPR002713 (FF), IPR000533 (Tropomyosin)
45B0379.2B0379.2n/achrI 10,071,342contains similarity to Saccharomyces cerevisiae Possible role for UBP3 in controlling the activity or assembly of the SIR protein complex.; SGD:YER151C
46F20C5.5F20C5.5n/achrIV 8,768,884contains similarity to Interpro domain IPR001395 (Aldo/keto reductase)
47twk-32F53C11.6n/achrV 13,798,574C. elegans TWK-32 protein; contains similarity to Pfam domains PF00041 (Fibronectin type III domain) (2), PF07885 (Ion channel) (2)contains similarity to Interpro domains IPR003280 (Potassium channel, two pore-domain), IPR008957 (Fibronectin, type III-like fold), IPR003961 (Fibronectin, type III), IPR009147 (Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator), IPR013099 (Ion transport 2)
48F58B3.7F58B3.7n/achrIV 11,639,167contains similarity to Pfam domains PF01585 (G-patch domain) , PF00076 (RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain)) contains similarity to Interpro domains IPR012677 (Nucleotide-binding, alpha-beta plait), IPR016967 (Splicing factor, SPF45), IPR003954 (RNA recognition, region 1), IPR000467 (D111/G-patch), IPR000504 (RNA recognition motif, RNP-1), IPR009145 (U2 auxiliary factor small subunit)
49end-3F58E10.5n/achrV 14,015,253end-3 encodes a GATA zinc finger protein, paralogous to end-1, that helps specify mesoendodermal (as opposed to mesectodermal) lineages derived from the E blastomere.
50str-244C50H11.9n/achrV 3,058,396C. elegans STR-244 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)