UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1glr-7C43H6.90chrX 2,415,895glr-7 encodes a protein containing a ligand-gated ion channel domain and is a predicted non-NMDA type ionotropic glutamate receptor; expressed in the pharyngeal nervous system.
2skr-9C52D10.7n/achrIV 17,163,837skr-9 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a component of the SCF (Skp1, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that regulates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-9 is required for posterior body morphogenesis, embryonic and larval development, and postembryonic cell proliferation.
3T02G6.7T02G6.7n/achrI 11,828,074contains similarity to Pfam domains PF00337 (Galactoside-binding lectin) , PF08277 (PAN-like domain) contains similarity to Interpro domains IPR006583 (CW), IPR001079 (Galectin, galactose-binding lectin), IPR013320 (Concanavalin A-like lectin/glucanase, subgroup), IPR008985 (Concanavalin A-like lectin/glucanase)
4str-245F32A7.7n/achrI 14,853,699C. elegans STR-245 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1), IPR001991 (Sodium:dicarboxylate symporter)
5srd-19F53F1.11n/achrV 13,428,164C. elegans SRD-19 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
6C08A9.9C08A9.9n/achrX 17,107,104contains similarity to Pfam domain PF03353 DUF278 contains similarity to Interpro domain IPR005020 (Protein of unknown function DUF278)
7F36H2.2F36H2.2n/achrI 9,247,697contains similarity to Pfam domain PF01733 Nucleoside transporter contains similarity to Interpro domains IPR002259 (Delayed-early response protein/equilibrative nucleoside transporter), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
8daf-8R05D11.1n/achrI 8,586,024daf-8 encodes a Smad protein that represses dauer development, perhaps by antagonizing DAF-3 activity, and promotes a commitment to reproductive growth; genetic interactions suggest partial functional redundancy with daf-14 with respect to the TGF-beta signaling pathway that regulates dauer formation.
9T15D6.10T15D6.10n/achrI 12,395,188contains similarity to Pfam domain PF01697 Domain of unknown function contains similarity to Interpro domain IPR008166 (Protein of unknown function DUF23)
10srsx-29C51E3.4n/achrV 10,155,688C. elegans SRSX-29 protein; contains similarity to Pfam domain PF00001 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR001991 (Sodium:dicarboxylate symporter), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
11F46C5.4F46C5.4n/achrII 8,837,535
12T22C1.3T22C1.3n/achrI 7,939,331contains similarity to Pfam domain PF06728 GPI transamidase subunit PIG-U contains similarity to Interpro domain IPR009600 (GPI transamidase subunit PIG-U)
13C05C8.8C05C8.8n/achrV 7,253,723contains similarity to Pfam domain PF01697 Domain of unknown function contains similarity to Interpro domain IPR008166 (Protein of unknown function DUF23)
14M01E5.1M01E5.1n/achrI 13,275,251contains similarity to Ichthyophthirius multifiliis Immobilization antigen isoform.; TR:Q9BMH3
15C18E3.5C18E3.5n/achrI 4,198,275contains similarity to Pfam domain PF00400 WD domain, G-beta repeat contains similarity to Interpro domains IPR011046 (WD40 repeat-like), IPR001680 (WD40 repeat), IPR001632 (G-protein, beta subunit), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
16F35H10.6F35H10.6n/achrIV 8,300,273contains similarity to Pfam domain PF02996 Prefoldin subunit contains similarity to Interpro domains IPR004127 (Prefoldin alpha-like), IPR009053 (Prefoldin)
17F21D5.2F21D5.2n/achrIV 8,729,166contains similarity to Pfam domain PF02338 OTU-like cysteine protease contains similarity to Interpro domain IPR003323 (Ovarian tumour, otubain)
18Y54G9A.5Y54G9A.5n/achrII 13,723,894
19ZK1128.1ZK1128.1n/achrIII 10,113,863contains similarity to Pfam domain PF02636 Uncharacterized ACR, COG1565 contains similarity to Interpro domain IPR003788 (Protein of unknown function DUF185)
20W02D7.5W02D7.5n/achrV 8,298,506contains similarity to Interpro domain IPR016181 (Acyl-CoA N-acyltransferase)
21hcp-3F58A4.3n/achrIII 9,615,787The hcp-3 gene encodes a centromere protein (CENP)-A homolog required for kinetochore function; inactivation of hcp-3 in one-cell embryos by RNAi causes a complete loss of kinetochores, with total failure of chromosomes to segregate properly during mitosis, to recruit components to the kinetochore other than HCP-3, or to assemble a stable mitotic spindle; in addition, HCP-4 fails to localize properly to the kinetochore in hcp-3(RNAi) embryos.
22T21C9.1T21C9.1n/achrV 10,577,614contains similarity to Pfam domain PF00595 PDZ domain (Also known as DHR or GLGF) contains similarity to Interpro domain IPR001478 (PDZ/DHR/GLGF)
23sra-9AH6.14n/achrII 9,533,057C. elegans SRA-9 protein; contains similarity to Pfam domain PF02117 C.elegans Sra family integral membrane protein contains similarity to Interpro domain IPR000344 (Nematode chemoreceptor, Sra)
24F23D12.2F23D12.2n/achrX 14,418,796This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
25E01G6.3E01G6.3n/achrX 12,243,099contains similarity to Pfam domain PF00135 Carboxylesterase contains similarity to Interpro domains IPR002018 (Carboxylesterase, type B), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
26flh-2C26E6.2n/achrIII 4,953,580C. elegans FLH-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF04500 FLYWCH zinc finger domain contains similarity to Interpro domain IPR007588 (Zinc finger, FLYWCH-type)
27C45G9.2C45G9.2n/achrIII 5,069,704contains similarity to Pfam domain PF01207 Dihydrouridine synthase (Dus) contains similarity to Interpro domains IPR013785 (Aldolase-type TIM barrel), IPR003733 (Thiamine monophosphate synthase), IPR001269 (Dihydrouridine synthase, DuS)
28C41D7.1C41D7.1n/achrII 357,032
29F36F12.4F36F12.4n/achrV 2,089,002contains similarity to Pfam domain PF01697 Domain of unknown function contains similarity to Interpro domain IPR008166 (Protein of unknown function DUF23)
30C16C2.4C16C2.4n/achrI 9,714,017contains similarity to Pfam domain PF03909 BSD domain contains similarity to Interpro domain IPR005607 (BSD)
31exos-7F31D4.1n/achrV 20,835,609C. elegans EXOS-7 protein; contains similarity to Pfam domain PF01138 3' exoribonuclease family, domain 1 contains similarity to Interpro domain IPR001247 (Exoribonuclease, phosphorolytic domain 1)
32W06A11.2W06A11.2n/achrII 4,060,321
33F37D6.3F37D6.3n/achrI 10,487,009contains similarity to Interpro domain IPR002004 (Polyadenylate-binding protein/Hyperplastic disc protein)
34hpr-17F32A11.2n/achrII 13,155,162C. elegans HPR-17 protein; contains similarity to Pfam domain PF03215 Rad17 cell cycle checkpoint protein contains similarity to Interpro domains IPR004582 (Checkpoint protein Rad24), IPR003593 (AAA+ ATPase, core)
35R11A8.2R11A8.2n/achrIV 10,359,115contains similarity to Interpro domains IPR008991 (Translation protein SH3-like), IPR005824 (KOW), IPR000467 (D111/G-patch)
36ubc-16Y54E5B.4n/achrI 14,822,998C. elegans UBC-16 protein; contains similarity to Pfam domain PF00179 Ubiquitin-conjugating enzyme contains similarity to Interpro domains IPR000608 (Ubiquitin-conjugating enzyme, E2), IPR016135 (Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like)
37fcd-2Y41E3.9n/achrIV 15,031,338fcd-2 encodes an ortholog of the human gene FANCD2 (mutated in Fanconi anemia, OMIM:227646) that is strongly required for resistance to DNA interstrand crosslinking (ICL) agents, but not to ionizing radiation (IR); fcd-2 mutants are viable and dispensable for resistance to IR, meiotic recombination, and S-phase checkpoint activation, but are hypersensitive to ICL agents; like its human ortholog, FCD-2 is monoubiquitylated and recruited to chromosomal foci after ICL but not IR; transgenic expresssion of the FANCD2 gene in mutant FA-D2 cells rescues their abnormal sensitivity to mitomycin C, an agent that cross-links strands of DNA.
38C09D4.2C09D4.2n/achrI 5,492,333
39K01G12.3K01G12.3n/achrIV 14,194,711contains similarity to Homo sapiens Acidic (Leucine-rich) nuclear phosphoprotein 32 family, member E; ENSEMBL:ENSP00000358111
40his-64F22B3.1n/achrIV 11,407,277his-64 encodes an H4 histone.
41srw-16T10H4.5n/achrV 15,274,096C. elegans SRW-16 protein; contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR008365 (Prostanoid receptor)
42sqv-3R10E11.4n/achrIII 9,779,478sqv-3 encodes a beta(1,4)-galactosyltransferase, biochemically active in vitro, that is required for cytokinesis of one-cell embryos, vulval morphogenesis, and chondroitin synthesis; SQV-3 is orthologous to human human galactosyltransferase I (B4GALT7; OMIM:604327, mutated in the progeroid form of Ehlers-Danlos syndrome); sqv-3 transgenically rescues hamster cells lacking galactosyl transferase I; the common requirement for SQV-3 in both cytokinesis and morphogenesis may be to promote filling an extracellular space with hygroscopic proteoglycans (either in the eggshell, or underneath the L4 cuticle), which in turn may cause the space to fill with fluid.
43srh-52R08H2.7n/achrV 15,375,587C. elegans SRH-52 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
44Y102A5C.4Y102A5C.4n/achrV 16,923,224contains similarity to Pfam domain PF05075 Protein of unknown function (DUF684) contains similarity to Interpro domain IPR007767 (Protein of unknown function DUF684)
45C07E3.9C07E3.9n/achrII 10,351,043contains similarity to Pfam domain PF00068 Phospholipase A2 contains similarity to Interpro domains IPR016090 (Phospholipase A2), IPR001211 (Phospholipase A2, eukaryotic), IPR013090 (Phospholipase A2, active site)
46C34B7.1C34B7.1n/achrI 8,331,627The C34B7.1 gene encodes a divergent MYST acetyltransferase that is (apparently) unique to Caenorhabditis; it has no well-characterized orthologs in the complete Drosophila or S. cerevisiae genomes, and no obvious orthologs in the draft human genome sequence either.
47nhr-231Y17D7B.1n/achrV 18,792,886C. elegans NHR-231 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
48tag-296F49D11.9n/achrI 10,934,755C. elegans TAG-296 protein; contains similarity to Pfam domain PF08718 Glycolipid transfer protein (GLTP) contains similarity to Interpro domain IPR014830 (Glycolipid transfer protein, GLTP)
49C09F5.3C09F5.3n/achrIII 664,551contains similarity to Pfam domain PF00096 Zinc finger, C2H2 type contains similarity to Interpro domains IPR015880 (Zinc finger, C2H2-like), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
50C49C3.6C49C3.6n/achrIV 17,331,938contains similarity to Saccharomyces cerevisiae a homologue of BUL1; SGD:YML111W