UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1C42D4.13C42D4.132e-117chrIV 7,187,729contains similarity to Interpro domain IPR004052 (Potassium channel, voltage dependent, Kv1.5)
2fbxb-119B0462.3n/achrV 18,319,134C. elegans FBXB-119 protein; contains similarity to Pfam domain PF07735 F-box associated contains similarity to Interpro domain IPR012885 (F-box associated type 2)
3W06A11.2W06A11.2n/achrII 4,060,321
4M18.3M18.3n/achrIV 12,107,094contains similarity to Pfam domain PF00733 Asparagine synthase contains similarity to Interpro domains IPR001962 (Asparagine synthase), IPR014729 (Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold)
5aat-8F28F9.4n/achrIV 3,863,573aat-8 encodes a predicted amino acid transporter catalytic subunit; unlike catalytic subunits in other organisms, however, AAT-8 does not contain the highly conserved cysteine residue known to facilitate covalent interaction with a glycoprotein subunit, suggesting that AAT-8 does not require this residue for heterodimer formation or alternatively, does not require the glycoprotein subunit for function.
6lgc-14T01H10.2n/achrX 12,112,417C. elegans LGC-14 protein; contains similarity to Pfam domain PF02931 Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain contains similarity to Interpro domains IPR006028 (Gamma-aminobutyric acid A receptor), IPR006201 (Neurotransmitter-gated ion-channel), IPR006202 (Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding)
7K03H1.11K03H1.11n/achrIII 9,951,334contains similarity to Pfam domain PF00646 (F-box domain)
8ZK822.1ZK822.1n/achrIV 11,920,082contains similarity to Homo sapiens myosin, heavy polypeptide 7B, cardiac muscle, beta; ENSEMBL:ENSP00000262873
9sdz-26R06A4.6n/achrII 14,382,371C. elegans SDZ-26 protein; contains similarity to Pfam domain PF07149 Pes-10 contains similarity to Interpro domain IPR009819 (Pes-10)
10C14C6.3C14C6.3n/achrV 544,415
11F31C3.3F31C3.3n/achrI 15,045,790contains similarity to Interpro domain IPR001000 (Glycoside hydrolase, family 10)
12F28C6.1F28C6.1n/achrII 8,591,963F28C6.1 encodes an AP-2-like transcription factor that is ~60% identical to that of F28C6.2 which lies immediately adjacent to F28C6.1 on chromosome II; loss of F28C6.1 activity via large-scale RNAi experiments results in embryonic and larval lethality.
13hnd-1C44C10.8n/achrX 11,685,111hnd-1 encodes a Hand bHLH transcription factor required for normal viability, gonadogenesis, and posterior body morphology; HND-1 is required for the formation of both somatic gonadal precursors and primordial germ cells, but not for later gonadogenesis; HND-1 is expressed embryogenesis in embryonic mesodermal precursor cells generating (mostly) body wall muscle, in somatic gonad precursor cells, and in some unidentified head cells; the primary defect in hnd-1 mutants may be, nonautonomously, in mesodermal precursor cells; somatic gonad precursor cells are normally generated in hnd-1 mutants, but not maintained.
14srw-127C33G8.1n/achrV 7,013,646C. elegans SRW-127 protein; contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
15K07F5.12K07F5.12n/achrIV 9,856,975contains similarity to Pfam domain PF07857 CEO family (DUF1632) contains similarity to Interpro domain IPR012435 (Protein of unknown function DUF1632)
16his-66H02I12.6n/achrIV 11,400,571his-66 encodes an H2B histone.
17srx-65K07C6.8n/achrV 3,922,434C. elegans SRX-65 protein; contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
18str-245F32A7.7n/achrI 14,853,699C. elegans STR-245 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1), IPR001991 (Sodium:dicarboxylate symporter)
19Y20C6A.3Y20C6A.3n/achrV 17,382,699contains similarity to Saccharomyces cerevisiae Myo1 is a type II myosin, is localized to the actomyosin ring and is important for cytokinesis.; SGD:YHR023W
20tag-296F49D11.9n/achrI 10,934,755C. elegans TAG-296 protein; contains similarity to Pfam domain PF08718 Glycolipid transfer protein (GLTP) contains similarity to Interpro domain IPR014830 (Glycolipid transfer protein, GLTP)
21ZK112.4ZK112.4n/achrIII 7,729,788
22nth-1R10E4.5n/achrIII 4,292,462C. elegans NTH-1 protein; contains similarity to Pfam domains PF00633 (Helix-hairpin-helix motif) , PF00730 (HhH-GPD superfamily base excision DNA repair protein) contains similarity to Interpro domains IPR011257 (DNA glycosylase), IPR003651 (Iron-sulphur cluster loop), IPR000445 (Helix-hairpin-helix motif), IPR004035 (Endonuclease III, iron-sulphur binding, conserved site-1), IPR004036 (Endonuclease III, conserved site-2), IPR003265 (HhH-GPD)
23ugt-32F47C10.6n/achrV 3,842,918C. elegans UGT-32 protein; contains similarity to Pfam domain PF00201 UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase contains similarity to Interpro domain IPR002213 (UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase)
24T06C12.8T06C12.8n/achrV 15,883,366contains similarity to Interpro domain IPR016054 (Ly-6 antigen / uPA receptor -like)
25T28F2.1T28F2.1n/achrI 3,640,560contains similarity to Pfam domain PF01531 Glycosyl transferase family 11 contains similarity to Interpro domain IPR002516 (Glycosyl transferase, family 11)
26F14B8.2F14B8.2n/achrX 6,904,852
27ZK632.11ZK632.11n/achrIII 9,828,713contains similarity to Pfam domain PF04046 PSP contains similarity to Interpro domains IPR006568 (PSP, proline-rich), IPR001878 (Zinc finger, CCHC-type)
28Y54G9A.5Y54G9A.5n/achrII 13,723,894
29K09F6.5K09F6.5n/achrII 2,272,724contains similarity to Interpro domain IPR000358 (Ribonucleotide reductase)
30C48B4.8C48B4.8n/achrIII 9,560,470contains similarity to Bacillus subtilis Hypothetical protein ywcE precursor.; SW:YWCE_BACSU
31his-48B0035.8n/achrIV 11,324,941his-48 encodes an H2B histone; by homology, HIS-48 is predicted to function as a nucleosome component required for packaging of DNA into chromatin; his-48 is a replication-dependent histone locus that resides in a histone gene-rich region on chromosome IV.
32math-36R52.8n/achrII 2,118,724C. elegans MATH-36 protein; contains similarity to Pfam domain PF00917 MATH domain contains similarity to Interpro domains IPR008974 (TRAF-like), IPR002083 (MATH)
33K03A11.1K03A11.1n/achrX 13,053,489contains similarity to Interpro domain IPR001130 (Deoxyribonuclease, TatD-related)
34hpr-17F32A11.2n/achrII 13,155,162C. elegans HPR-17 protein; contains similarity to Pfam domain PF03215 Rad17 cell cycle checkpoint protein contains similarity to Interpro domains IPR004582 (Checkpoint protein Rad24), IPR003593 (AAA+ ATPase, core)
35kbp-3F26H11.1n/achrII 14,389,558C. elegans KBP-3 protein ; contains similarity to Homo sapiens similar to Kinesin heavy chain isoform 5C; ENSEMBL:ENSP00000334176
36C48B6.9C48B6.9n/achrI 6,924,938contains similarity to Interpro domain IPR000366 (Fungal pheromone mating factor STE2 GPCR)
37nhl-1F54G8.4n/achrIII 9,150,557The nhl-1 gene encodes an RBCC protein, orthologous to the mammalian protein BERP; its C. elegans paralogs include ncl-1 and lin-41.
38T05B4.8T05B4.8n/achrV 4,115,949contains similarity to Pfam domain PF01549 ShK domain-like contains similarity to Interpro domain IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
39C49D10.4C49D10.4n/achrII 3,871,448contains similarity to Pfam domain PF01757 Acyltransferase family contains similarity to Interpro domain IPR002656 (Acyltransferase 3)
40sago-1K12B6.1n/achrV 6,306,024sago-1 encodes an Argonaute homolog that is partially required for the amplification phase of RNAi responses; a multiply mutant strain (MAGO), consisting of ppw-1(tm914), sago-1(tm1195), sago-2(tm894), F58G1.1(tm1019), C06A1.4(tm887), and M03D4.6(tm1144) alleles, is completely resistant to both germline and somatic RNAi; sago-1 is genetically redundant with ppw-1 and sago-2, with any one of these genes being able to transgenically partially restore the deficiency of MAGO worms; GFP-tagged SAGO-1 binds small secondary siRNAs produced by RNAi against GFP; MAGO is not transgenically rescued by rde-1; strains overexpressing GFP::SAGO-1 exhibited an enhanced level of RNAi overall, suggesting that SAGO-1 and its congeners are rate-limiting in vivo for RNAi.
41glr-7C43H6.9n/achrX 2,415,895glr-7 encodes a protein containing a ligand-gated ion channel domain and is a predicted non-NMDA type ionotropic glutamate receptor; expressed in the pharyngeal nervous system.
42C47G2.4C47G2.4n/achrII 11,292,129contains similarity to Pfam domain PF04791 LMBR1-like membrane protein contains similarity to Interpro domain IPR006876 (LMBR1-like conserved region)
43fbxb-51K05F6.3n/achrII 1,552,094C. elegans FBXB-51 protein; contains similarity to Pfam domain PF07735 F-box associated contains similarity to Interpro domain IPR012885 (F-box associated type 2)
44fbxa-139B0391.9n/achrV 15,593,604C. elegans FBXA-139 protein; contains similarity to Pfam domain PF01827 FTH domain contains similarity to Interpro domain IPR002900 (Protein of unknown function DUF38, Caenorhabditis species)
45T21C9.1T21C9.1n/achrV 10,577,614contains similarity to Pfam domain PF00595 PDZ domain (Also known as DHR or GLGF) contains similarity to Interpro domain IPR001478 (PDZ/DHR/GLGF)
46str-230T16A9.2n/achrV 14,209,976C. elegans STR-230 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
47F23D12.2F23D12.2n/achrX 14,418,796This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
48C08A9.9C08A9.9n/achrX 17,107,104contains similarity to Pfam domain PF03353 DUF278 contains similarity to Interpro domain IPR005020 (Protein of unknown function DUF278)
49acr-18F28F8.1n/achrV 15,555,125acr-18 encodes an alpha subunit of nicotinic acetylcholine receptor (nAChR), predicted to be a ligand-gated ion channel regulating fast action of acetylcholine at neuromuscular junctions and in the nervous system; ACR-18 falls into the 'DEG-3' class of nAChR subunits, apparently unique to nematodes, which includes DEG-3, DES-2, ACR-5, ACR-17, ACR-20, and ACR-23.
50C07E3.9C07E3.9n/achrII 10,351,043contains similarity to Pfam domain PF00068 Phospholipase A2 contains similarity to Interpro domains IPR016090 (Phospholipase A2), IPR001211 (Phospholipase A2, eukaryotic), IPR013090 (Phospholipase A2, active site)