UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1C41H7.6C41H7.61e-158chrII 3,001,613contains similarity to Pfam domain PF03353 DUF278 contains similarity to Interpro domain IPR005020 (Protein of unknown function DUF278)
2skr-9C52D10.7n/achrIV 17,163,837skr-9 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a component of the SCF (Skp1, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that regulates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-9 is required for posterior body morphogenesis, embryonic and larval development, and postembryonic cell proliferation.
3C46E10.4C46E10.4n/achrII 3,718,412
4T25E4.1T25E4.1n/achrII 5,579,115contains similarity to Interpro domain IPR000694 (Proline-rich region)
5F37F2.2F37F2.2n/achrI 1,442,805contains similarity to Pfam domain PF01922 SRP19 protein contains similarity to Interpro domain IPR002778 (Signal recognition particle, SRP19 subunit)
6W04C9.4W04C9.4n/achrI 462,326
7F39H12.3F39H12.3n/achrX 839,898contains similarity to Pfam domains PF00612 (IQ calmodulin-binding motif) (3), PF02197 (Regulatory subunit of type II PKA R-subunit) contains similarity to Interpro domains IPR003117 (cAMP-dependent protein kinase, regulatory subunit, type I/II alpha/beta), IPR000048 (IQ calmodulin-binding region)
8C30C11.1C30C11.1n/achrIII 8,450,050contains similarity to Pfam domain PF01783 Ribosomal L32p protein family contains similarity to Interpro domain IPR002677 (Ribosomal protein L32p)
9rpb-8F26F4.11n/achrIII 4,917,583C. elegans RPB-8 protein; contains similarity to Pfam domain PF03870 RNA polymerase Rpb8 contains similarity to Interpro domains IPR005570 (RNA polymerase, Rpb8), IPR016027 (Nucleic acid-binding, OB-fold-like), IPR012340 (Nucleic acid-binding, OB-fold)
10hsp-12.2C14B9.1n/achrIII 8,138,785hsp-12.2 encodes a small heat-shock protein that forms heterotetramers with HSP-12.3 and has no chaperone-like activity; structurally, HSP-12.2 is mostly a beta-sheet; at least one HSP-12 (which may or may not be HSP-12.2) is ubiquitously expressed in L1 larvae, and later expressed in adult spermatids (and perhaps spermatocytes), and some adult vulval cells.
11tag-267W06E11.2n/achrIII 641,164C. elegans TAG-267 protein ;
12F33E2.5F33E2.5n/achrI 12,591,727contains similarity to Pyrococcus horikoshii Hypothetical protein PH1222.; TR:O58961
13nhr-273T12C9.1n/achrII 4,436,140C. elegans NHR-273 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
14ZK418.5ZK418.5n/achrIII 7,073,217contains similarity to Mus musculus Transmembrane protein 147.; SW:Q9CQG6
15T25E12.6T25E12.6n/achrV 16,743,622contains similarity to Pfam domain PF01827 FTH domain contains similarity to Interpro domain IPR002900 (Protein of unknown function DUF38, Caenorhabditis species)
16aly-1C01F6.5n/achrIV 9,109,321aly-1 encodes an RRM motif-containing protein required for normal export of TRA-1/tra-2 mRNA complexes, and thus for normal hermaphroditism; ALY-1 is orthologous to human THOC4 (OMIM:604171), and paralogous to ALY-2 and ALY-3; in the absence of TRA-1, and in conjunction with NXF-2, ALY-1 and its paralog ALY-2 are required to bind the TRE 3' UTR element of tra-2 mRNA, and block tra-2 mRNA's export from the nucleus; ALY-1 and NXF-2 bind the TRE element in vitro; ALY-1 is also bound competitively by either NXF-2 or TRA-1 in vitro; aly-1(RNAi) animals have abnormal female (as opposed to hermaphrodite) sexual phenotypes; by orthology, ALY-1 is thought to promote recruitment of mRNA export factor to mRNAs; other than these sex-determination phenotypes, ALY-1 has no grossly obvious function in four-way RNAi assays of ALY-1/-3 and W04D2.6.
17K01A2.9K01A2.9n/achrII 316,397contains similarity to Interpro domain IPR002229 (Blood group Rhesus C/E and D polypeptide)
18ceh-41T26C11.5n/achrX 1,847,671ceh-41 encodes a a ONECUT class CUT homeobox protein with a single N-terminal OCAM domain; the OCAM domain is a nematode-specific motif conserved between CEH-21, CEH-41, and T02B5.2; ceh-41 is one of three nematode-specific ONECUT genes in a cluster with ceh-21 and ceh-39; ceh-41 has no obvious function in mass RNAi assays.
19die-1C18D1.1n/achrII 10,064,931die-1 encodes a C2H2 zinc finger protein containing four fingers, homologous to CG18265-PA in Drosophila; DIE-1 is autonomously required in the posterior dorsal hypodermis for intercalation, for morphogenesis in other embryonic tissues, and for normal postembryonic growth and vulval development.
20cdh-9F59C12.1n/achrX 16,598,558cdh-9 encodes a member of the cadherin superfamily of transmembrane glycoproteins that mediate homophilic cell-cell adhesion; as loss of CDH-9 activity via RNA-mediated interference (RNAi) does not result in any abnormalities, the precise role of CDH-9 in C. elegans development and/or behavior is not yet known.
21amx-1R13G10.2n/achrIII 3,824,311C. elegans AMX-1 protein; contains similarity to Pfam domains PF01593 (Flavin containing amine oxidoreductase) , PF01266 (FAD dependent oxidoreductase) contains similarity to Interpro domains IPR006076 (FAD dependent oxidoreductase), IPR001613 (Flavin-containing amine oxidase), IPR000960 (Flavin-containing monooxygenase FMO), IPR002937 (Amine oxidase), IPR016040 (NAD(P)-binding), IPR007526 (SWIRM)
22unc-45F30H5.1n/achrIII 497,067C. elegans UNC-45 protein; contains similarity to Pfam domains PF07719 (Tetratricopeptide repeat) , PF00515 (Tetratricopeptide repeat) (2)contains similarity to Interpro domains IPR011990 (Tetratricopeptide-like helical), IPR011989 (Armadillo-like helical), IPR001440 (Tetratricopeptide TPR-1), IPR013105 (Tetratricopeptide TPR2), IPR016024 (Armadillo-type fold), IPR013026 (Tetratricopeptide region)
23pro-1R166.4n/achrII 10,540,649pro-1 encodes a WD-repeat-containing protein that is orthologous to Saccharomyces cerevisiae IPI3; pro-1 activity is required for ribosome biogenesis and specifically, for efficient processing of intervening sequence 2 (ITS2) from rRNA intermediates during 26S rRNA maturation; during development, pro-1 is essential for larval growth, fertility, and normal cell division patterns; in addition, pro-1 is required cell autonomously in the somatic gonad for proper spatial and temporal regulation of germline development and proliferation; a pro-1 promoter::gfp fusion construct reveals that pro-1 is widely expressed in the embryo as well as in every major post-embryonic lineage including the somatic gonad.
24tag-289F14F3.3n/achrX 10,523,120C. elegans TAG-289 protein; contains similarity to Pfam domain PF03062 MBOAT family contains similarity to Interpro domain IPR004299 (Membrane bound O-acyl transferase, MBOAT)
25F19D8.2F19D8.2n/achrX 13,835,397contains similarity to Homo sapiens Splice isoform 1 of Q9UMN6 Myeloid/lymphoid or mixed-lineage leukemia protein 4; ENSEMBL:ENSP00000222270
26F11A10.2F11A10.2n/achrIV 12,084,859contains similarity to Interpro domains IPR003604 (Zinc finger, U1-type), IPR000690 (Zinc finger, C2H2-type matrin)
27K01A2.3K01A2.3n/achrII 315,416
28cdr-1F35E8.11n/achrV 15,922,065cdr-1 encodes a member of the cadmium-inducible lysosomal family that affects susceptibility to cadmium toxicity; expressed in intestinal cells.
29W03B1.7W03B1.7n/achrIV 4,337,935contains similarity to Pfam domain PF01757 Acyltransferase family contains similarity to Interpro domain IPR002656 (Acyltransferase 3)
30dnj-14K02G10.8n/achrX 4,710,717This gene encodes a protein containing a DnaJ ('J') domain.
31div-1R01H10.1n/achrIII 10,246,876div-1 encodes a homolog of the B subunit of the DNA polymerase alpha-primase complex; DIV-1 is required in embryos for the normal timing of interphase in cell divisions, and for the asymmetric distribution of PIE-1 and P granules.
32R04A9.2R04A9.2n/achrX 374,567contains similarity to Pfam domains PF02170 (PAZ domain) , PF02171 (Piwi domain) contains similarity to Interpro domains IPR003165 (Stem cell self-renewal protein Piwi), IPR003100 (Argonaute and Dicer protein, PAZ), IPR012337 (Polynucleotidyl transferase, Ribonuclease H fold)
33fbxa-216Y47H9C.10n/achrI 11,902,379C. elegans FBXA-216 protein; contains similarity to Pfam domains PF01827 (FTH domain) , PF00646 (F-box domain) contains similarity to Interpro domains IPR002900 (Protein of unknown function DUF38, Caenorhabditis species), IPR001810 (Cyclin-like F-box)
34snr-2W08E3.1n/achrI 13,339,794C. elegans SNR-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF01423 LSM domain contains similarity to Interpro domains IPR001163 (Like-Sm ribonucleoprotein, core), IPR006649 (Like-Sm ribonucleoprotein, eukaryotic and archaea-type, core), IPR010920 (Like-Sm ribonucleoprotein-related, core)
35glit-1F55D10.3n/achrX 4,713,649C. elegans GLIT-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00135 Carboxylesterase contains similarity to Interpro domain IPR002018 (Carboxylesterase, type B)
36ubl-5F46F11.4n/achrI 5,608,335This gene encodes an ortholog of the human ubiquitin-like gene UBL5, which is a distinct cytoplasmic paralog of nuclear ubiquitin or ubiquitin-like proteins; ubl-5 shares an operon with vha-10, and thus might be a previously undescribed V-ATPase component or ancillary protein.
37F52C12.2F52C12.2n/achrIV 1,956,651contains similarity to Pfam domains PF04068 (Possible metal-binding domain in RNase L inhibitor, RLI) , PF04034 (Domain of unknown function (DUF367)) contains similarity to Interpro domains IPR007209 (Possible metal-binding region in RNase L inhibitor, RLI), IPR007177 (Protein of unknown function DUF367)
38R05H10.2R05H10.2n/achrII 14,861,825contains similarity to Pfam domain PF00076 RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) contains similarity to Interpro domains IPR004838 (Aminotransferases, class-I, pyridoxal-phosphate-binding site), IPR012677 (Nucleotide-binding, alpha-beta plait), IPR003954 (RNA recognition, region 1), IPR000504 (RNA recognition motif, RNP-1)
39F22B5.10F22B5.10n/achrII 8,467,514contains similarity to Pfam domain PF05809 Eukaryotic protein of unknown function (DUF841) contains similarity to Interpro domain IPR008559 (Protein of unknown function DUF841, eukaryotic)
40T05G5.1T05G5.1n/achrIII 9,741,123contains similarity to Pfam domain PF00008 EGF-like domain contains similarity to Interpro domains IPR000742 (EGF-like, type 3), IPR006209 (EGF-like)
41smo-1K12C11.2n/achrI 1,340,894C. elegans SMO-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00240 Ubiquitin family contains similarity to Interpro domain IPR000626 (Ubiquitin)
42F47G4.2F47G4.2n/achrI 14,080,352contains similarity to Interpro domain IPR016024 (Armadillo-type fold)
43C41H7.5C41H7.51.9999999999999998e-100chrII 3,003,154contains similarity to Pfam domain PF03353 DUF278 contains similarity to Interpro domain IPR005020 (Protein of unknown function DUF278)
44T07A9.1T07A9.1n/achrIV 384,318contains similarity to Homo sapiens Protein; VG:OTTHUMP00000025811
45T01G5.1T01G5.1n/achrV 15,117,760contains similarity to Pfam domains PF07714 (Protein tyrosine kinase) , PF00069 (Protein kinase domain) contains similarity to Interpro domains IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related)
46ZK265.6ZK265.6n/achrI 8,255,792contains similarity to Tetraodon nigroviridis UPF0384 protein CGI-117 homolog.; SW:Q4SQ06
47Y9D1A.1Y9D1A.1n/achrII 7,447,545
48hsp-70C12C8.1n/achrI 9,321,427hsp-70 encodes a heat-shock protein that is a member of the hsp70 family of molecular chaperones.
49dpy-27R13G10.1n/achrIII 3,816,595dpy-27 encodes an ATP-binding protein that is a homolog of the SMC4 subunit of mitotic condensin; DPY-27, in combination with other proteins including MIX-1, act as a unit to repress X-linked gene expression during hermaphrodite dosage compensation; in XX oocytes and early embryos, DPY-27 exhibits diffuse nuclear localization, but by the 30-cell stage of embryogenesis, DPY-27 specifically localizes to X chromosomes; in XO animals at all stages, DPY-27 remains diffusely nuclear; the sex-specific localization of DPY-27 to X chromosomes is dependent upon wild-type activity of xol-1, as DPY-27 mislocalizes to the X chromosome of XO embryos in a xol-1 mutant background.
50R09F10.3R09F10.3n/achrX 8,295,584contains similarity to Dictyostelium discoideum Spore coat protein sp96.; SW:P14328