UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1srw-15C41G6.30chrV 15,231,194C. elegans SRW-15 protein; contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
2skr-9C52D10.7n/achrIV 17,163,837skr-9 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a component of the SCF (Skp1, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that regulates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-9 is required for posterior body morphogenesis, embryonic and larval development, and postembryonic cell proliferation.
3F47B8.6F47B8.6n/achrV 14,329,569contains similarity to Drosophila heteroneura Aminopeptidase N (Fragment).; TR:O61534
4F32D8.2F32D8.2n/achrV 10,884,916contains similarity to Pfam domain PF02995 Protein of unknown function (DUF229) contains similarity to Interpro domain IPR004245 (Protein of unknown function DUF229)
5srab-17T11A5.2n/achrV 9,867,491C. elegans SRAB-17 protein; contains similarity to Pfam domain PF02117 C.elegans Sra family integral membrane protein contains similarity to Interpro domain IPR000344 (Nematode chemoreceptor, Sra)
6fbxa-2T13F3.5n/achrV 16,268,911This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
7fbxb-70ZK909.5n/achrI 14,956,357C. elegans FBXB-70 protein; contains similarity to Pfam domain PF07735 F-box associated contains similarity to Interpro domain IPR012885 (F-box associated type 2)
8tag-97C33A11.4n/achrX 15,373,762C. elegans TAG-97 protein; contains similarity to Pfam domains PF02198 (Sterile alpha motif (SAM)/Pointed domain) , PF00178 (Ets-domain) contains similarity to Interpro domains IPR010993 (Sterile alpha motif homology), IPR000418 (Ets), IPR011991 (Winged helix repressor DNA-binding), IPR003118 (Sterile alpha motif/pointed), IPR013761 (Sterile alpha motif-type)
9sru-18T04A11.9n/achrIV 12,503,147C. elegans SRU-18 protein; contains similarity to Pfam domain PF02688 Domain of unknown function DUF215 contains similarity to Interpro domains IPR003839 (Protein of unknown function DUF215), IPR000609 (Serpentine gamma receptor, Caenorhabditis species)
10twk-2T12C9.3n/achrII 4,447,199twk-2 encodes one of 44 C. elegans TWK (two-P domain K+) potassium channel subunits that contain two pore-forming domains and four transmembrane domains; the precise role of TWK-2 in C. elegans development and/or behavior is not yet known, but TWK-2 may function redundantly with other TWK channels; TWK-2 is expressed in a subset of neurons.
11srd-26T02B5.4n/achrV 14,162,174C. elegans SRD-26 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
12ocr-3T10B10.7n/achrX 15,171,101ocr-3 encodes a predicted TRPV channel (transient receptor potential cation channel, subfamily V) containing six membrane-spanning regions, cytoplasmic ankyrin repeats, and a long, unconserved cytoplasmic tail that is related to the mammalian TRPV1 cation channel (OMIM:602076) activated by capsaicin and other noxious stimuli; although the precise role of OCR-3 in C. elegans development and/or behavior is not yet known, OCR-3 expression is detected solely in the rectal gland cells and occasionally the glial socket cells of the head, suggesting that OCR-3 may function in sensory signal transduction in these cell types.
13F32D8.3F32D8.3n/achrV 10,887,380F32D8.3 encodes a putative secreted TIL-domain protease inhibitor paralogous to SWM-1, ISL-1, and the products of 11 other C. elegans genes; F32D8.3 and its relatives are collectively similar to other TIL-domain protease inhibitors from nematodes, insects, and vertebrates; F32D8.3 has no obvious function in mass RNAi assays.
14lov-1ZK945.9n/achrII 10,115,543lov-1 encodes an ortholog of human PKD1 (OMIM:601313; mutated in autosomal dominant polycystic kidney disease) that is expressed in the ciliated sensory endings of three types of male-specific neurons and that is required for two aspects of male mating behavior: response to hermaphrodite contact and vulva location; LOV-1 acts with PKD-2; EGL-44 and EGL-46 regulate cell-specific expression of lov-1 and pkd-2 to specify the behavioral function of the HOB neuron; in vitro, LOV-1 interacts, via its conserved PLAT domain, with the N-terminus of ATP-2, the beta subunit of ATP synthase that also localizes to cilia, suggesting that ATP synthase may play a role in C. elegans polycystin signaling.
15fbxb-48F45C12.13n/achrII 1,718,632C. elegans FBXB-48 protein; contains similarity to Pfam domain PF07735 F-box associated contains similarity to Interpro domain IPR012885 (F-box associated type 2)
16C06E1.8C06E1.8n/achrIII 8,596,527contains similarity to Pfam domain PF00096 Zinc finger, C2H2 type contains similarity to Interpro domains IPR015880 (Zinc finger, C2H2-like), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
17nhr-18F44C8.3n/achrV 2,228,092The nhr-18 gene encodes a member of the superfamily of nuclear receptors, which is one of the most abundant class of transcriptional regulators; nuclear receptors have a well conserved DNA binding domain and a less conserved C-terminal ligand binding domain; the human homolog of nhr-18, CYP21, when mutated leads to congenital adrenal hyperplasia (OMIM:201910).
18C13A10.1C13A10.1n/achrII 1,353,185
19nhr-140C33G8.9n/achrV 6,988,762C. elegans NHR-140 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
20Y20C6A.1Y20C6A.1n/achrV 17,374,108This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
21F32B4.8F32B4.8n/achrI 11,504,367contains similarity to Pfam domain PF00024 PAN domain contains similarity to Interpro domains IPR003609 (Apple-like), IPR003014 (N/apple PAN)
22C34C6.3C34C6.3n/achrII 8,692,922contains similarity to Pfam domains PF00008 (EGF-like domain) , PF07974 (EGF-like domain) contains similarity to Interpro domains IPR000742 (EGF-like, type 3), IPR000585 (Hemopexin), IPR006209 (EGF-like), IPR006210 (EGF), IPR002049 (EGF-like, laminin), IPR005018 (DOMON related), IPR013032 (EGF-like region, conserved site), IPR013111 (EGF, extracellular)
23nas-20T11F9.3n/achrV 11,471,595nas-20 encodes an astacin-like metalloprotease.
24R06B9.1R06B9.1n/achrII 13,764,398contains similarity to Pfam domains PF00339 (Arrestin (or S-antigen), N-terminal domain) , PF02752 (Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR014756 (Immunoglobulin E-set), IPR011022 (Arrestin-like, C-terminal), IPR000698 (Arrestin), IPR014752 (Arrestin, C-terminal), IPR011021 (Arrestin-like, N-terminal)
25F14H12.8F14H12.8n/achrX 4,363,765
26srh-20C02E7.3n/achrV 4,925,540C. elegans SRH-20 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
27C11D2.1C11D2.1n/achrIV 6,191,401
28ZC443.1ZC443.1n/achrV 12,809,256contains similarity to Pfam domain PF00248 Aldo/keto reductase family contains similarity to Interpro domain IPR001395 (Aldo/keto reductase)
29cpr-3T10H4.12n/achrV 15,297,739C. elegans CPR-3 protein; contains similarity to Pfam domain PF00112 Papain family cysteine protease contains similarity to Interpro domains IPR013128 (Peptidase C1A, papain), IPR000169 (Peptidase, cysteine peptidase active site), IPR000668 (Peptidase C1A, papain C-terminal)
30srbc-29C02A12.2n/achrV 3,470,161C. elegans SRBC-29 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
31K02E2.7K02E2.7n/achrV 20,380,450contains similarity to Homo sapiens RB1-inducible coiled-coil protein 1; ENSEMBL:ENSP00000025008
32F56H6.1F56H6.1n/achrI 12,281,908contains similarity to Pfam domain PF01762 Galactosyltransferase contains similarity to Interpro domain IPR002659 (Glycosyl transferase, family 31)
33ric-3T14A8.1n/achrIV 7,819,689The ric-3 gene encodes a novel, highly charged protein with two transmembrane domains and extensive coiled-coil domains; it is necessary for the function of at least four nicotinic acetylcholine receptors; specifically, it is needed for assembly or trafficking of the DEG-3 nicotinic acetylcholine receptor.
34srh-193F47D2.9n/achrV 4,289,288C. elegans SRH-193 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
35let-502C10H11.9n/achrI 4,741,246let-502 encodes a Rho-binding Ser/Thr kinase orthologous to human myotonic dystrophy kinase (DM-kinase); let-502 is required for early embryonic cleavages, embryonic elongation, migration of hypodermal P cells to a ventral position, normal spermathecal contraction, and fertility; LET-502 is required for hypodermal cells to properly change their shape, and is expressed in those cells, during embryonic elongation; let-502 mutations are suppressed by mel-11 mutations, and the pattern of LET-502 expression in the embryonic epidermis and the spermatheca is opposite to that of MEL-11, indicating that LET-502 and MEL-11 have opposing functions (presumably tissue contraction and relaxation); MEL-11 requires LET-502 (along with the nonmuscle myosin NMY-1) for proper localization.
36T10B11.2T10B11.2n/achrI 6,934,027contains similarity to Pfam domain PF00781 Diacylglycerol kinase catalytic domain (presumed) contains similarity to Interpro domain IPR001206 (Diacylglycerol kinase, catalytic region)
37srx-56C03G6.2n/achrV 7,374,979C. elegans SRX-56 protein; contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
38F35E8.13F35E8.13n/achrV 15,925,673contains similarity to Pfam domain PF01549 ShK domain-like contains similarity to Interpro domain IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
39Y6E2A.5Y6E2A.5n/achrV 15,717,512contains similarity to Pfam domain PF05218 Protein of unknown function (DUF713) contains similarity to Interpro domain IPR007883 (Protein of unknown function DUF713)
40cav-1T13F2.8n/achrIV 9,772,964cav-1 encodes a member of the caveolin protein family that affects viability and Ras/MAP-kinase-dependent progression through the meiotic cell cycle meiotic; expressed in the adult germ line and during embryonic development.
41C15B12.2C15B12.2n/achrX 6,464,379
42bra-2F23H11.1n/achrIII 911,744The bra-2 gene encodes a homolog of the human BMP receptor-associated molecule (BRAM1), paralogous to bra-1, that may act upon the SMA-6 TGF-beta signalling pathway
43ulp-1T10F2.3n/achrIII 5,167,689C. elegans ULP-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF02902 Ulp1 protease family, C-terminal catalytic domain contains similarity to Interpro domain IPR003653 (Peptidase C48, SUMO/Sentrin/Ubl1)
44T25C8.1T25C8.1n/achrIII 13,611,268contains similarity to Interpro domains IPR002345 (Lipocalin), IPR000577 (Carbohydrate kinase, FGGY)
45mat-2W10C6.1n/achrII 11,116,985mat-2 encodes a subunit of the anaphase-promoting complex or cyclosome (APCC) which is a multi-subunit E3 ubiquitin ligase that targets proteins for degradation during the metaphase-to-anaphase transition of the cell cycle; mat-2 is required for chromosome segregation during meiosis I and is involved in polarity specification of the anterior/posterior axis in the developing embryo.
46C05D11.13C05D11.13n/achrIII 6,443,485contains similarity to Drosophila melanogaster Flybase gene name is CG2839-PA;; FLYBASE:CG2839
47C06A5.6C06A5.6n/achrI 5,984,551
48srr-8C13D9.3n/achrV 5,002,438C. elegans SRR-8 protein; contains similarity to Pfam domain PF03268 Caenorhabditis protein of unknown function, DUF267 contains similarity to Interpro domain IPR004950 (Protein of unknown function DUF267, Caenorhabditis species)
49ZC581.3ZC581.3n/achrI 6,653,325contains similarity to Interpro domain IPR011046 (WD40 repeat-like)
50srj-25C05E4.10n/achrV 735,347C. elegans SRJ-25 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1), IPR001991 (Sodium:dicarboxylate symporter)