UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1srw-12C41G6.20chrV 15,237,968C. elegans SRW-12 protein ;
2acbp-4F56C9.5n/achrIII 7,308,549acbp-4 encodes an Acyl-CoA-binding protein.
3H12D21.9H12D21.9n/achrV 14,908,258contains similarity to Oceanobacillus iheyensis Hypothetical UPF0090 protein OB1594.; SW:YF94_OCEIH
4ztf-8ZC395.8n/achrIII 5,271,035C. elegans ZTF-8 protein; contains similarity to Pfam domain PF00096 Zinc finger, C2H2 type contains similarity to Interpro domains IPR004355 (Type IV secretion system CagA exotoxin), IPR015880 (Zinc finger, C2H2-like), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
5srh-10Y38A10A.3n/achrV 6,066,281C. elegans SRH-10 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
6immp-1C24H11.6n/achrIII 11,775,731C. elegans IMMP-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00717 Peptidase S24-like contains similarity to Interpro domains IPR001733 (Peptidase S26B, eukaryotic signal peptidase), IPR015927 (Peptidase S24, S26A, S26B and S26C), IPR014037 (Peptidase S26A), IPR011056 (Peptidase S24, S26A and S26B, C-terminal), IPR000223 (Peptidase S26A, signal peptidase I)
7Y79H2A.4Y79H2A.4n/achrIII 12,041,576contains similarity to Interpro domains IPR012677 (Nucleotide-binding, alpha-beta plait), IPR000504 (RNA recognition motif, RNP-1)
8unc-39F56A12.1n/achrV 14,374,572unc-39 encodes a homeodomain transcription factor that belongs to the Six4/5 family of homeodomain proteins that includes human Six5; UNC-39 is required for axonal pathfinding in anterior-derived neurons and for specification of most mesodermal cell types and may regulate a developmental decision between migration and differentiation; UNC-39 is expressed in the embryo in anterior neurons, posteriorly derived mesoderm (somatic gonad, M mesoblast, and possibly the coelomocytes and muIntR), the CAN neurons, and body wall muscle.
9fbxa-113Y113G7B.6n/achrV 20,199,350This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
10R11G11.3R11G11.3n/achrV 531,412contains similarity to Interpro domain IPR000215 (Protease inhibitor I4, serpin)
11mcd-1Y51H1A.6n/achrII 13,891,577mcd-1 encodes a highly acidic C2H2-type zinc-finger protein that, in conjunction with LIN-35/Rb, DPL-1/DP, EFL-1/E2F, LIN-37/Mip40, and LIN-52, promotes the developmentally programmed progression of cells through full apoptosis; MCD-1 can promote ectopic apoptosis in cells normally fated to live, and is thus active in such cells; MCD-1 is not required for CED-3-independent cell death, does not regulate CED-9, and probably does not transcriptionally regulate egl-1; MCD-1 and its partners do not act together with CED-1 or CED-8, and their function in cell death is distinct from the LET-60/RAS or SynMuv pathways; however, MCD-1 is redundantly required with some class B/C synMuv proteins for viability (LIN-9, LIN-35/Rb, or LIN-37/Mip40) and normally rapid growth (DPL-1/DP, LIN-13, LIN-53, LIN-54, or MYS-1); in mcd-1(n4005) animals, cells that would normally undergo apoptosis can instead pass through an episode of pre-apoptotic condensation, after which they sometimes revert to normal shape, survive, and differentiate; MCD-1 contains an N-terminal low-complexity region and a single central zinc-finger, but no other recognizable protein domains; MCD-1 is paralogous to Y48E1B.7, but has no obvious non-nematode orthologs.
12sru-19T04A11.8n/achrIV 12,499,445C. elegans SRU-19 protein; contains similarity to Pfam domain PF02688 Domain of unknown function DUF215 contains similarity to Interpro domain IPR003839 (Protein of unknown function DUF215)
13T27F6.7T27F6.7n/achrI 12,496,077contains similarity to Timmia bavarica NADH dehydrogenase subunit 4 (Fragment).; TR:Q94YV9
14ZK353.2ZK353.2n/achrIII 8,398,849contains similarity to Interpro domain IPR002952 (Eggshell protein)
15D1007.9D1007.9n/achrI 4,591,009
16nspb-11F35C5.10n/achrII 12,907,461C. elegans NSPB-11 protein ;
17W02B8.1W02B8.1n/achrII 13,900,226
18Y32B12C.3Y32B12C.3n/achrV 16,613,751contains similarity to Pfam domains PF01827 (FTH domain) , PF00646 (F-box domain) contains similarity to Interpro domains IPR002900 (Protein of unknown function DUF38, Caenorhabditis species), IPR001810 (Cyclin-like F-box)
19W04A8.1W04A8.1n/achrI 13,837,656W04A8.1 encodes a protein weakly similar to human microcephalin (MCPH1; OMIM:607117, mutated in primary microcephaly); while their primary sequence similarity is very subtle (only being detectable with psi-BLAST on NCBI-nr, using C. briggsae CBG13622 as a query sequence), both W04A8.1 and microcephalin has similar ordering of BRCT domains (one N-terminal, two C-terminal); W04A8.1 has no obvious function in mass RNAi screens.
20F48A11.2F48A11.2n/achrII 198,605
21apc-11F35G12.9n/achrIII 4,594,070apc-11 encodes a predicted key catalytic subunit of the anaphase promoting complex that is required for embryonic development past the embryonic one- cell stage.
22F08B4.3F08B4.3n/achrIV 8,666,337contains similarity to Interpro domain IPR000719 (Protein kinase, core)
23C09G9.3C09G9.3n/achrIV 8,871,534contains similarity to Pfam domain PF01681 C6 domain contains similarity to Interpro domain IPR002601 (Protein of unknown function C6)
24Y116A8C.15Y116A8C.15n/achrIV 16,996,337contains similarity to Homo sapiens similar to KIAA1357 protein; ENSEMBL:ENSP00000258005
25phat-1C46H11.8n/achrI 5,045,010C. elegans PHAT-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF01549 ShK domain-like contains similarity to Interpro domain IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
26F17A2.13F17A2.13n/achrX 12,322,252contains similarity to Mus musculus X-linked retinitis pigmentosa GTPase regulator-interacting protein 1s(RPGR-interacting protein 1).; SW:Q9EPQ2
27srd-29F07C4.3n/achrV 7,636,306C. elegans SRD-29 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
28F56E10.3F56E10.3n/achrV 82,911contains similarity to Pfam domain PF06371 Diaphanous GTPase-binding Domain contains similarity to Interpro domain IPR010473 (Diaphanous GTPase-binding)
29R17.3R17.3n/achrIII 10,836,977R17.3 encodes an ortholog of human retinal pigment epithelium (RPE)-spondin (RPESP).
30sru-4C33A12.10n/achrIV 9,498,965C. elegans SRU-4 protein; contains similarity to Pfam domain PF02688 Domain of unknown function DUF215 contains similarity to Interpro domain IPR003839 (Protein of unknown function DUF215)
31C06E4.5C06E4.5n/achrIV 7,255,611contains similarity to Interpro domain IPR011009 (Protein kinase-like)
32F47E1.3F47E1.3n/achrX 9,049,405contains similarity to Pfam domain PF00096 Zinc finger, C2H2 type contains similarity to Interpro domains IPR015880 (Zinc finger, C2H2-like), IPR007086 (Zinc finger, C2H2-subtype), IPR013087 (Zinc finger, C2H2-type/integrase, DNA-binding), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
33Y49F6C.8Y49F6C.8n/achrII 3,369,682
34clec-245C31G12.2n/achrV 18,187,150C. elegans CLEC-245 protein; contains similarity to Pfam domain PF00059 Lectin C-type domain contains similarity to Interpro domains IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
35T05B4.13T05B4.13n/achrV 4,126,750contains similarity to Pfam domain PF01549 ShK domain-like contains similarity to Interpro domain IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
36T23F6.2T23F6.2n/achrIV 12,722,330
37C44C10.5C44C10.5n/achrX 11,691,705contains similarity to Homo sapiens Structural maintenance of chromosomes protein 1A; ENSEMBL:ENSP00000323421
38ccb-2W10C8.1n/achrI 2,848,257C. elegans CCB-2 protein; contains similarity to Pfam domains PF00774 (Dihydropyridine sensitive L-type calcium channel (Beta subunit)) (2), PF00018 (SH3 domain) contains similarity to Interpro domains IPR000584 (Voltage-dependent calcium channel, L-type, beta subunit), IPR001452 (Src homology-3)
39hap-1ZC395.7n/achrIII 5,264,428C. elegans HAP-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF01725 Ham1 family contains similarity to Interpro domain IPR002637 (Ham1-like protein)
40F33C8.2F33C8.2n/achrX 14,722,337contains similarity to Interpro domain IPR003382 (Flavoprotein)
41F53A3.1F53A3.1n/achrIII 1,941,574
42nlp-13E03D2.1n/achrV 4,237,211nlp-13 encodes a predicted neuropeptide of the MSFamide family; expressed primarily in neurons or in the endocrine/secretory cells, and expression includes pharyngeal neurons that modulate pharyngeal pumping of food.
43F48G7.9F48G7.9n/achrV 628,338contains similarity to Pfam domain PF00130 Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) contains similarity to Interpro domains IPR015727 (Protein kinase C mu-related), IPR002219 (Protein kinase C, phorbol ester/diacylglycerol binding)
44C11G6.2C11G6.2n/achrX 16,329,525contains similarity to Interpro domain IPR003593 (AAA+ ATPase, core)
45srw-139C44C3.70.0000002chrV 2,984,742C. elegans SRW-139 protein; contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
46K09F5.4K09F5.4n/achrX 7,710,385
47srw-112K12D9.90.000000000004chrV 3,005,101C. elegans SRW-112 protein; contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
48W04C9.6W04C9.6n/achrI 485,237contains similarity to Pfam domain PF07690 Major Facilitator Superfamily contains similarity to Interpro domains IPR000694 (Proline-rich region), IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
49sdz-34Y73C8C.7n/achrV 3,108,727C. elegans SDZ-34 protein; contains similarity to Pfam domain PF00097 Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR001965 (Zinc finger, PHD-type), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type), IPR000533 (Tropomyosin), IPR011016 (Zinc finger, variant RING-type)
50B0302.4B0302.4n/achrX 17,176,549