UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1C37A2.6C37A2.64.999999999999999e-131chrI 6,788,535contains similarity to Pfam domain PF06325 Ribosomal protein L11 methyltransferase (PrmA) contains similarity to Interpro domain IPR010456 (Ribosomal L11 methyltransferase)
2srx-117C14C11.5n/achrV 5,645,343C. elegans SRX-117 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
3srw-133T05B4.6n/achrV 4,114,016C. elegans SRW-133 protein; contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR002455 (GPCR, family 3, gamma-aminobutyric acid receptor, type B)
4AH9.1AH9.1n/achrX 2,245,299contains similarity to Pfam domain PF00001 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
5K03H6.4K03H6.4n/achrIV 1,519,644
6C01B10.9C01B10.9n/achrIV 6,633,581contains similarity to Pfam domain PF01663 Type I phosphodiesterase / nucleotide pyrophosphatase contains similarity to Interpro domains IPR002591 (Type I phosphodiesterase/nucleotide pyrophosphatase/phosphate transferase), IPR017849 (Alkaline phosphatase-like, alpha/beta/alpha), IPR017850 (Alkaline-phosphatase-like, core domain)
7srz-54Y102A5C.25n/achrV 16,981,243C. elegans SRZ-54 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
8wah-1Y56A3A.32n/achrIII 11,994,707wah-1 encodes a putative flavin-adenine dinucleotide (FAD)-binding oxidoreductase orthologous to mammalian PDCD8 (AIF; OMIM:300169, mutated in Harlequin mice); WAH-1 is required for apoptotic DNA degratation, SCRM-1 phospholipid scramblase activity, phosphatidylserine exposure, rapid apoptosis during embryonic development, and rapid engulfment of apoptotic cells in the germline; WAH-1 is also required for normally rapid growth and large brood sizes, and has a subtle proapoptotic function revealed in ced-3 or ced-4 mutant backgrounds; WAH-1 is expressed in most, if not all, cells of embryos and larvae; WAH-1 is normally mitochondrial, but can be released into the cytosol and nucleus by EGL-1 and CED-3; residues 380-550 of WAH-1 specifically bind SCRM-1 in vitro, but not SCRM-2 through SCRM-4, and WAH-1 binding is required in liposomes for more than residual SCRM-1 activity; WAH-1 also binds and activates CPS-6, promoting apoptotic DNA degradation, and transgenic coexpression of WAH-1 with CPS-6 specifically induces ectopic CED-3-dependent apoptosis in touch receptor neurons; CPS-6 shares a genetic pathway with WAH-1, whereas CED-3, CED-4, CED-8, and NUC-1 act independently of it; WAH-1 is paralogous to C. elegans F20D6.11 and human AIFM3 (AIFL).
9C16D6.2C16D6.2n/achrX 12,544,267contains similarity to Pfam domain PF00001 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) contains similarity to Interpro domains IPR001402 (Prolactin-releasing peptide receptor), IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000405 (Galanin receptor), IPR000611 (Neuropeptide Y receptor), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
10cyp-33C1C45H4.2n/achrV 2,180,672C. elegans CYP-33C1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00067 Cytochrome P450 contains similarity to Interpro domains IPR001128 (Cytochrome P450), IPR002401 (Cytochrome P450, E-class, group I), IPR002403 (Cytochrome P450, E-class, group IV), IPR002397 (Cytochrome P450, B-class)
11T26E4.5T26E4.5n/achrV 15,787,827contains similarity to Interpro domain IPR008996 ()
12srz-70C09G12.6n/achrIV 3,478,198C. elegans SRZ-70 protein ;
13E03H4.4E03H4.4n/achrI 12,409,488contains similarity to Pfam domain PF03385 Protein of unknown function, DUF288 contains similarity to Interpro domain IPR005049 (Protein of unknown function DUF288)
14T11G6.5T11G6.5n/achrIV 10,839,263contains similarity to Interpro domain IPR000694 (Proline-rich region)
15K10F12.6K10F12.6n/achrIII 399,060
16E04D5.4E04D5.4n/achrII 10,441,286contains similarity to Pfam domain PF01549 ShK domain-like contains similarity to Interpro domain IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
17F13G3.10F13G3.10n/achrI 7,313,972contains similarity to Interpro domain IPR010989 (t-SNARE)
18F16G10.14F16G10.14n/achrII 2,398,093contains similarity to Pfam domain PF02343 Domain of unknown function DUF130 contains similarity to Interpro domain IPR003326 (Protein of unknown function DUF130)
19F28F8.7F28F8.7n/achrV 15,579,943contains similarity to Pfam domain PF01448 ELM2 domain contains similarity to Interpro domain IPR000949 (ELM2)
20fbxa-165C08E3.8n/achrII 1,615,632This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
21C23G10.5C23G10.5n/achrIII 6,191,540contains similarity to Pfam domain PF07735 F-box associated contains similarity to Interpro domain IPR012885 (F-box associated type 2)
22uvt-2C24H10.5n/achrX 5,076,202uvt-2 encodes a protein that contains four EF-hand calcium binding motifs with similarity to human calmodulin; mRNA weakly expressed in L1 through L4 larval stages and in the adult hermaphrodite.
23F55D1.2F55D1.2n/achrX 5,488,910
24hyl-2K02G10.6n/achrX 4,698,095hyl-2 encodes a predicted transmembrane protein that is related to Saccharomyces cerevisiae LAG1 (longevity assurance gene), a protein preferentially expressed in young yeasts; by homology, HYL-2 is predicted to have several possible functions, including regulation of lipid, particularly ceramide, biosynthesis, regulation of lipid transport, and regulation of protein translocation in the endoplasmic reticulum ; however, as loss of hyl-2 activity via RNA-mediated interference (RNAi) does not result in any obvious abnormalities, the precise role of hyl-2 in C. elegans development and/or behavior is not yet known.
25str-233C06C6.2n/achrV 16,008,971C. elegans STR-233 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
26srh-296Y94A7B.4n/achrV 17,811,540C. elegans SRH-296 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
27F54F2.6F54F2.6n/achrIII 8,800,500
28C03E10.1C03E10.1n/achrV 11,291,855contains similarity to Anopheles quadrimaculatus NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4 (EC 1.6.5.3).; SW:NU4M_ANOQU
29C47F8.5C47F8.5n/achrI 12,322,989contains similarity to Pfam domain PF01762 Galactosyltransferase contains similarity to Interpro domain IPR002659 (Glycosyl transferase, family 31)
30grl-13F32D1.4n/achrV 4,363,652grl-13 encodes a hedgehog-like protein, with an N-terminal signal sequence, a central low-complexity region, and a C-terminal Ground-like (Grl) domain; GRL-13 is expressed in larval arcade cells; the Grl domain is predicted to form a cysteine-crosslinked protein involved in intercellular signalling, and it has subtle similarity to the N-terminal Hedge domain of HEDGEHOG proteins.
31B0244.6B0244.6n/achrIII 5,741,364contains similarity to Pfam domain PF00014 Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain contains similarity to Interpro domains IPR006150 (Cysteine-rich repeat), IPR002223 (Proteinase inhibitor I2, Kunitz metazoa)
32gcy-22T03D8.5n/achrV 20,818,085gcy-22 is predicted to encode a guanylate cyclase.
33F09E5.10F09E5.10n/achrII 5,349,294contains similarity to Interpro domain IPR009079 (Four-helical cytokine-like, core)
34Y62H9A.3Y62H9A.3n/achrX 11,879,462contains similarity to Interpro domains IPR000694 (Proline-rich region), IPR000480 (Glutelin)
35C09B9.1C09B9.1n/achrIV 5,039,116
36F44F4.1F44F4.1n/achrII 10,881,580contains similarity to Interpro domain IPR016054 (Ly-6 antigen / uPA receptor -like)
37nhr-76C05G6.1n/achrIV 630,739C. elegans NHR-76 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
38T20D4.6T20D4.6n/achrV 3,411,676contains similarity to Pfam domains PF00339 (Arrestin (or S-antigen), N-terminal domain) , PF02752 (Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR014756 (Immunoglobulin E-set), IPR011022 (Arrestin-like, C-terminal), IPR014752 (Arrestin, C-terminal), IPR011021 (Arrestin-like, N-terminal)
39srw-69F18E3.5n/achrV 7,428,134C. elegans SRW-69 protein; contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
40str-63C17B7.1n/achrV 3,352,167C. elegans STR-63 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
41gcy-19C17F4.6n/achrII 3,254,897gcy-19 encodes a predicted transmembrane guanylyl cyclase; as loss of gcy-19 activity via RNA-mediated interference does not result in any abnormalities, the precise role of GCY-19 in C. elegans development and/or behavior is not yet known; by sequence similarity, however, GCY-19 can be predicted to function in chemosensory signal transduction.
42srb-9F37C12.16n/achrIII 7,174,868C. elegans SRB-9 protein; contains similarity to Pfam domains PF02117 (C.elegans Sra family integral membrane protein) , PF02175 (C.elegans integral membrane protein Srb) contains similarity to Interpro domains IPR002184 (Serpentine beta receptor), IPR000344 (Nematode chemoreceptor, Sra)
43T05A6.5T05A6.5n/achrII 7,824,034contains similarity to Pfam domain PF01030 Receptor L domain contains similarity to Interpro domain IPR000494 (EGF receptor, L domain)
44ZK218.4ZK218.4n/achrV 17,100,011contains similarity to Interpro domain IPR000434 (Polycystic kidney disease type 1 protein)
45F46B3.16F46B3.16n/achrV 20,630,275
46F54G8.1F54G8.1n/achrIII 9,156,050contains similarity to Pfam domain PF01030 Receptor L domain contains similarity to Interpro domain IPR000494 (EGF receptor, L domain)
47K03E5.1K03E5.1n/achrI 3,431,349contains similarity to Pfam domain PF00431 CUB domain contains similarity to Interpro domains IPR002172 (Low density lipoprotein-receptor, class A, cysteine-rich), IPR000859 (CUB)
48mdf-1C50F4.11n/achrV 9,542,977mdf-1 encodes a coiled-coil domain-containing protein that is orthologous to the Saccharomyces cerevisiae mitotic spindle checkpoint protein Mad1p; consistent with a role as a checkpoint protein, MDF-1 is required in C. elegans for mitotic genome stability and hence, long-term survival and fertility; in vitro, MDF-1 interacts with MDF-2, the C. elegans Mad2p ortholog.
49rrf-2M01G12.12n/achrI 12,102,320rrf-2 encodes an RNA-directed RNA polymerase (RdRP) homolog of unknown function; RRF-2 is not obviously required for either somatic or germline RNAi, or for transitive RNAi.
50clec-131W10G11.7n/achrII 3,575,385C. elegans CLEC-131 protein; contains similarity to Interpro domains IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)