UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1C32D5.3C32D5.30chrII 6,319,574C32D5.3 encodes an ortholog of ROLLING BLACKOUT (RBO; also called CMP44E or STAMPHA), a eukaryotic protein required for sustained phospholipase C activity during Drosophila phototransduction; RBO homologs have two predicted transmembrane helices, are significantly similar to several acylglycerol lipases, and share motifs characteristic of carboxyesterases and lipases.
2dcr-1K12H4.8n/achrIII 8,076,021The dcr-1 gene encodes a bidentate ribonuclease that is homologous to E. coli RNAse III; dcr-1 is required both for RNA interference and for synthesis of small developmental RNAs; DCR-1 interacts in vivo with RDE-4, a double-stranded RNA (dsRNA) binding protein required for RNAi that interacts with trigger dsRNAs and may function to deliver dsRNAs to DCR-1 for endonucleolytic processing.
3C29H12.5C29H12.5n/achrII 6,111,947contains similarity to Pfam domain PF00385 'chromo' (CHRromatin Organisation MOdifier) domain contains similarity to Interpro domains IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR000953 (Chromo domain), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR016197 (Chromo domain-like)
4T20F5.3T20F5.3n/achrI 3,910,087contains similarity to Pfam domain PF01765 Ribosome recycling factor contains similarity to Interpro domains IPR002661 (Ribosome recycling factor), IPR001669 (Arginine repressor)
5D2085.6D2085.6n/achrII 8,660,679D2085.6 is orthologous to the human gene CLASS A GLCNAC-INOSITOL PHOSPHOLIPID ASSEMBLY PROTEIN (PIGA; OMIM:311770), which when mutated leads to paroxysmal nocturnal hemoglobinuria.
6F52B5.3F52B5.3n/achrI 8,321,160The F52B5.3 gene encodes a DEAH helicase orthologous to the Drosophila SpindleE protein.
7ZK1193.2ZK1193.2n/achrX 411,499contains similarity to Pfam domains PF00092 (von Willebrand factor type A domain) , PF00059 (Lectin C-type domain) contains similarity to Interpro domains IPR000742 (EGF-like, type 3), IPR002049 (EGF-like, laminin), IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR013032 (EGF-like region, conserved site), IPR001304 (C-type lectin), IPR006582 (Region of unknown fuction MD, Caenorhabditis elegans), IPR002035 (von Willebrand factor, type A)
8K10C8.1K10C8.1n/achrV 12,693,876contains similarity to Pfam domain PF04857 CAF1 family ribonuclease contains similarity to Interpro domains IPR006941 (Ribonuclease CAF1), IPR012337 (Polynucleotidyl transferase, Ribonuclease H fold)
9rabn-5F01F1.4n/achrIII 5,865,475C. elegans RABN-5 protein; contains similarity to Pfam domains PF09311 (Rab5 binding) , PF01363 (FYVE zinc finger) contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR000306 (Zinc finger, FYVE-type), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type), IPR002867 (Zinc finger, C6HC-type), IPR015390 (Rabaptin, GTPase-Rab5 binding), IPR017455 (Zinc finger, FYVE-related), IPR011011 (Zinc finger, FYVE/PHD-type)
10mrp-2F57C12.4n/achrX 568,214mrp-2 encodes a predicted multidomain transmembrane protein that is a member of the ATP-binding cassette (ABC) superfamily of transport proteins and is homologous to the human multidrug resistance-associated protein 1 (MRP1, OMIM:158343); by homology, MRP-2 is predicted to function as a membrane pump that couples the energy of ATP hydrolysis to membrane transport; as loss of MRP-2 function via RNA-mediated interference (RNAi) does not result in any abnormalities, the precise role of MRP-2 in C. elegans development and/or behavior is not yet known; mrp-2 expression is, however, upregulated early in the exit from the alternative dauer stage and then remains induced, suggesting that MRP-2 activity is required for the transition to, and maintenance of, a more active metabolic state.
11C43D7.4C43D7.4n/achrV 19,322,158contains similarity to Saccharomyces cerevisiae Protein of unknown function, rich in asparagine residues; SGD:YDL167C
12K02E7.2K02E7.2n/achrII 1,080,452
13T19B10.8T19B10.8n/achrV 11,243,290contains similarity to Pfam domain PF07819 PGAP1-like protein contains similarity to Interpro domain IPR012908 (PGAP1-like)
14F20A1.9F20A1.9n/achrV 7,050,345contains similarity to Pfam domains PF04326 (Divergent AAA domain) , PF00622 (SPRY domain) contains similarity to Interpro domains IPR001870 (B302, (SPRY)-like), IPR003877 (SPla/RYanodine receptor SPRY), IPR007421 (ATPase associated with various cellular activities, AAA-4)
156R55.26R55.2n/achrX 17,713,765
163R5.13R5.1n/achrIII 13,780,560contains similarity to Mus musculus Paired amphipathic helix protein Sin3a.; SW:SN3A_MOUSE
17apc-2K06H7.6n/achrIII 8,082,080apc-2 encodes an ortholog of subunit 2 of anaphase-promoting complex (APC, a cyclin-specific E3 RING ubiquitin ligase); APC-2 and S. cerevisiae's Apc2p have 32% identity in their cullin domains (considered crucial for function), but otherwise share no obvious similarity; inactivating apc-2 with RNAi causes embryos to arrest at the meiotic one-cell stage, implying that APC-2 is required for the metaphase-to-anaphase transition of meiosis I; this RNAi phenotype of apc-2 is shared by apc-1, apc-4, apc-11, cdc-16, cdc-23, and cdc-27; by analogy with other APC subunits with hypomorphic alleles, APC-2 is likely to be required for asymmetrical segregation of cell fate determinants in two-cell embryos.
18C50F7.4C50F7.4n/achrIV 7,729,765contains similarity to Pfam domains PF08442 (ATP-grasp domain) , PF00549 (CoA-ligase) contains similarity to Interpro domains IPR013650 (ATP-grasp fold, succinyl-CoA synthetase-type), IPR005811 (ATP-citrate lyase/succinyl-CoA ligase), IPR005809 (Succinyl-CoA synthetase, beta subunit), IPR013815 (ATP-grasp fold, subdomain 1), IPR002347 (Glucose/ribitol dehydrogenase), IPR002198 (Short-chain dehydrogenase/reductase SDR), IPR013816 (ATP-grasp fold, subdomain 2), IPR016102 (Succinyl-CoA synthetase-like)
19ehbp-1F25B3.1n/achrV 9,553,309C. elegans EHBP-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00307 Calponin homology (CH) domain contains similarity to Interpro domains IPR016146 (Calponin-homology), IPR001715 (Calponin-like actin-binding)
20C30G12.2C30G12.2n/achrII 7,290,986contains similarity to Pfam domain PF00106 short chain dehydrogenase contains similarity to Interpro domains IPR003560 (2,3-dihydro-2,3-dihydroxybenzoate dehydrogenase), IPR002347 (Glucose/ribitol dehydrogenase), IPR002198 (Short-chain dehydrogenase/reductase SDR), IPR016040 (NAD(P)-binding)
21F25G6.9F25G6.9n/achrV 8,567,613contains similarity to Interpro domain IPR016024 (Armadillo-type fold)
22ZK829.7ZK829.7n/achrIV 11,960,692contains similarity to Pfam domains PF00107 (Zinc-binding dehydrogenase) , PF08240 (Alcohol dehydrogenase GroES-like domain) contains similarity to Interpro domains IPR013149 (Alcohol dehydrogenase, zinc-binding), IPR011032 (GroES-like), IPR013154 (Alcohol dehydrogenase GroES-like), IPR002085 (Alcohol dehydrogenase superfamily, zinc-containing), IPR016040 (NAD(P)-binding)
23W01A11.1W01A11.1n/achrV 6,500,809contains similarity to Pfam domains PF06441 (Epoxide hydrolase N terminus) , PF00561 (alpha/beta hydrolase fold) contains similarity to Interpro domains IPR016292 (Epoxide hydrolase), IPR000073 (Alpha/beta hydrolase fold-1), IPR000639 (Epoxide hydrolase-like), IPR010497 (Epoxide hydrolase, N-terminal)
24F16A11.1F16A11.1n/achrI 9,398,979contains similarity to Pfam domain PF00622 SPRY domain contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR001870 (B302, (SPRY)-like), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type), IPR003877 (SPla/RYanodine receptor SPRY)
25asp-4R12H7.2n/achrX 13,220,146asp-4 encodes an aspartyl protease homolog that is required, in parallel with ASP-3 but downstream of CLP-1 and TRA-3, for degenerative (necrotic-like) cell death in neurons induced by mutations such as mec-4(d), deg-3(d), or gsa-1(gf).
26cka-1C28D4.2n/achrIV 9,734,654cka-1 encodes an isoform of choline kinase whose activity has been verified in vitro, and that has a strong preference for choline over ethanolamine; CKA-1 and CKA-2 comprise a related group ('A') of choline kinases.
27C50C3.1C50C3.1n/achrIII 8,192,662contains similarity to Pfam domain PF00642 Zinc finger C-x8-C-x5-C-x3-H type (and similar) contains similarity to Interpro domain IPR000571 (Zinc finger, CCCH-type)
28F55C10.4F55C10.4n/achrV 11,387,665contains similarity to Pfam domain PF01697 Domain of unknown function contains similarity to Interpro domains IPR008167 (Protein of unknown function DUF23, C-terminal), IPR008166 (Protein of unknown function DUF23)
29F38B6.4F38B6.4n/achrX 6,677,310contains similarity to Pfam domains PF02844 (Phosphoribosylglycinamide synthetase, N domain) , PF02769 (AIR synthase related protein, C-terminal domain) , PF02843 (Phosphoribosylglycinamide synthetase, C domain) , PF01071 (Phosphoribosylglycinamide synthetase, ATP-grasp (A) domain) , PF00551 (Formyl transferase) , PF00586 (AIR synthase related protein, N-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR016185 (PreATP-grasp-like fold), IPR011761 (ATP-grasp fold), IPR004733 (Phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase), IPR002376 (Formyl transferase, N-terminal), IPR016188 (PurM, N-terminal-like), IPR000728 (AIR synthase related protein), IPR004607 (Phosphoribosylglycinamide formyltransferase), IPR013815 (ATP-grasp fold, subdomain 1), IPR010918 (AIR synthase related protein, C-terminal), IPR013816 (ATP-grasp fold, subdomain 2), IPR013817 (Pre-ATP-grasp fold), IPR011054 (Rudiment single hybrid motif), IPR000115 (Phosphoribosylglycinamide synthetase)
30smg-5W02D3.8n/achrI 6,735,096smg-5 encodes a novel protein that contains two N-terminal tetratricopeptide (TPR) repeats and a C-terminal PINc domain found in nucleotide-binding proteins; SMG-5 is a component of the nonsense-mediated mRNA decay (NMD) pathway and likely functions in regulation of dephosphorylation of SMG-2, the C. elegans UPF1 ortholog, an ATPase and RNA helicase required for NMD in worms, yeast, and mammals; SMG-5 physically interacts with SMG-7, SMG-2, and the PAA-1 and LET-92 structural and catalytic subunits, respectively, of a protein phosphatase 2A (PP2A), suggesting that SMG-5 may function to direct SMG-2 to a PP2A phosphatase that regulates its activity in vivo; SMG-5 also interacts, in vivo, with components of the RNA interference (RNAi) pathway, suggesting a potential link between RNAi and NMD; SMG-5::GFP fusion proteins localize to both the nucleus and the cytoplasm.
31F46F11.6F46F11.6n/achrI 5,617,576contains similarity to Pfam domain PF00646 F-box domain contains similarity to Interpro domain IPR001810 (Cyclin-like F-box)
32uev-1F39B2.2n/achrI 14,790,521uev-1 encodes a ubiquitin-conjugating enzyme (UBC or E2) variant that contains the characteristic UBC motif, but lacks the critical active-site cysteine residue necessary for catalytic activity; as loss of UEV-1 function via RNA-mediated interference (RNAi) does not result in any abnormalities, the precise role of UEV-1 in C. elegans development and/or behavior is not yet known; UEV-1 does, however, interact with a number of proteins, such as UBC-13, that are likely involved in the response to DNA damage; thus, UEV-1 may play a role in ubiquitination and protein turnover in conjunction with DNA repair or the DNA damage checkpoint pathway.
33T23G4.3T23G4.3n/achrIV 13,686,045contains similarity to Homo sapiens BAG-family molecular chaperone regulator-4; ENSEMBL:ENSP00000287322
34F13E9.1F13E9.1n/achrIV 10,868,951contains similarity to Pfam domains PF00560 (Leucine Rich Repeat) (4), PF00787 (PX domain) contains similarity to Interpro domains IPR001611 (Leucine-rich repeat), IPR001683 (Phox-like), IPR003591 (Leucine-rich repeat, typical subtype)
35clec-144T27D12.3n/achrII 11,831,976C. elegans CLEC-144 protein; contains similarity to Interpro domains IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
36T01G1.3T01G1.3n/achrIV 11,368,676contains similarity to Pfam domain PF00400 WD domain, G-beta repeat contains similarity to Interpro domains IPR011046 (WD40 repeat-like), IPR000694 (Proline-rich region), IPR002110 (Ankyrin), IPR001680 (WD40 repeat), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
37F15H10.7F15H10.7n/achrV 10,404,755contains similarity to Pfam domain PF02995 Protein of unknown function (DUF229) contains similarity to Interpro domains IPR004245 (Protein of unknown function DUF229), IPR017850 (Alkaline-phosphatase-like, core domain)
38coh-3F08H9.1n/achrV 14,458,664coh-3 encodes a member of the Rad21/Rec8-like family of cohesion proteins that is expressed in the germline; an effect on embryonic viability has been reported based on some RNAi screens, but has not been demonstrated in others.
39W07G4.4W07G4.4n/achrV 13,045,013contains similarity to Pfam domain PF00883 Cytosol aminopeptidase family, catalytic domain contains similarity to Interpro domain IPR000819 (Peptidase M17, leucyl aminopeptidase, C-terminal)
40R05D3.8R05D3.8n/achrIII 8,357,800contains similarity to Pfam domain PF00076 RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) contains similarity to Interpro domains IPR012677 (Nucleotide-binding, alpha-beta plait), IPR000504 (RNA recognition motif, RNP-1)
41fbxa-60T12B5.10n/achrIII 945,562This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
42R02D3.8R02D3.8n/achrIV 256,589contains similarity to Pfam domain PF00929 Exonuclease contains similarity to Interpro domains IPR013520 (Exonuclease, RNase T and DNA polymerase III), IPR006055 (Exonuclease), IPR012337 (Polynucleotidyl transferase, Ribonuclease H fold)
43F59A2.6F59A2.6n/achrIII 3,420,133contains similarity to Pfam domains PF02524 (KID repeat) , PF01465 (GRIP domain) contains similarity to Interpro domains IPR004089 (Chemotaxis methyl-accepting receptor, signalling), IPR000533 (Tropomyosin), IPR009053 (Prefoldin), IPR000237 (GRIP)
44rrt-2C29H12.1n/achrII 6,126,706C. elegans RRT-2 protein; contains similarity to Pfam domains PF05746 (DALR anticodon binding domain) , PF00750 (tRNA synthetases class I (R)) contains similarity to Interpro domains IPR015945 (Arginyl-tRNA synthetase, class Ic, core), IPR008909 (DALR anticodon binding), IPR001412 (Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, conserved site), IPR009080 (Aminoacyl-tRNA synthetase, class 1a, anticodon-binding), IPR001278 (Arginyl-tRNA synthetase, class Ic), IPR014729 (Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold)
45F19C7.6F19C7.6n/achrIV 4,595,282
46Y57G11C.4Y57G11C.4n/achrIV 14,766,103contains similarity to Pfam domain PF05008 Vesicle transport v-SNARE protein contains similarity to Interpro domains IPR000727 (Target SNARE coiled-coil region), IPR007705 (Vesicle transport v-SNARE)
47wts-1T20F10.1n/achrI 10,294,898C. elegans WTS-1 protein; contains similarity to Pfam domains PF00069 (Protein kinase domain) , PF00433 (Protein kinase C terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR017441 (Protein kinase ATP binding, conserved site), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR008271 (Serine/threonine protein kinase, active site), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR000694 (Proline-rich region), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related), IPR000961 (Protein kinase, C-terminal)
48F45E4.11F45E4.11n/achrIV 7,652,864contains similarity to Pfam domain PF07690 Major Facilitator Superfamily contains similarity to Interpro domains IPR007114 (Major facilitator superfamily), IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
49W03G1.3W03G1.3n/achrIV 512,107
50C47D12.2C47D12.2n/achrII 11,677,666C47D12.2 encodes an ortholog of human FLJ20071/FLJ90130 (dymeclin, OMIM:607461, mutated in Dyggve-Melchior-Clausen dysplasia and Smith-McCort dysplasia), which has no obvious function in mass RNAi assays