UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1C31E10.6C31E10.60chrX 13,997,720contains similarity to Saccharomyces cerevisiae Mlp proteins restrict telomere length by influencing the Rif1-Tel1 pathway of telomerase regulation; also involved in the translocation of macromolecules between the nucleoplasm and the NPC; SGD:YKR095W
2ttr-35F22A3.2n/achrX 6,512,558C. elegans TTR-35 protein; contains similarity to Pfam domain PF01060 Transthyretin-like family contains similarity to Interpro domain IPR001534 (Transthyretin-like)
3C49A9.3C49A9.3n/achrIV 6,223,512contains similarity to Pfam domain PF03312 Protein of unknown function, DUF272 contains similarity to Interpro domains IPR000711 (ATPase, F1 complex, OSCP/delta subunit), IPR004987 (Protein of unknown function DUF272)
4srx-108F40H7.2n/achrII 3,706,336C. elegans SRX-108 protein ;
5T10B5.2T10B5.2n/achrV 1,849,449
6pxn-2K09C8.5n/achrX 10,975,651C. elegans PXN-2 protein; contains similarity to Pfam domains PF00047 (Immunoglobulin domain) (2), PF00560 (Leucine Rich Repeat) (3), PF01462 (Leucine rich repeat N-terminal domain) , PF07679 (Immunoglobulin I-set domain) (2), PF03098 (Animal haem peroxidase) contains similarity to Interpro domains IPR003598 (Immunoglobulin subtype 2), IPR000483 (Cysteine-rich flanking region, C-terminal), IPR001611 (Leucine-rich repeat), IPR013098 (Immunoglobulin I-set), IPR010255 (Haem peroxidase), IPR003596 (Immunoglobulin V-set, subgroup), IPR013783 (Immunoglobulin-like fold), IPR003591 (Leucine-rich repeat, typical subtype), IPR007110 (Immunoglobulin-like), IPR002007 (Haem peroxidase, animal), IPR000372 (Leucine-rich repeat, cysteine-rich flanking region, N-terminal), IPR003599 (Immunoglobulin subtype), IPR013151 (Immunoglobulin)
7hil-8T05E8.2n/achrI 5,467,787C. elegans HIL-8 protein; contains similarity to Interpro domain IPR005818 (Histone H1/H5)
8C32B5.13C32B5.13n/achrII 961,636contains similarity to Pfam domain PF00112 Papain family cysteine protease contains similarity to Interpro domains IPR013128 (Peptidase C1A, papain), IPR000668 (Peptidase C1A, papain C-terminal)
9srg-3C18F10.6n/achrIII 6,269,673C. elegans SRG-3 protein; contains similarity to Pfam domain PF02118 C.elegans Srg family integral membrane protein contains similarity to Interpro domain IPR000609 (Serpentine gamma receptor, Caenorhabditis species)
10F25H9.1F25H9.1n/achrV 13,454,521contains similarity to Interpro domain IPR016054 (Ly-6 antigen / uPA receptor -like)
11F56F10.4F56F10.4n/achrX 867,910contains similarity to Interpro domains IPR011046 (WD40 repeat-like), IPR000664 (Lethal(2) giant larvae protein)
12F36D3.1F36D3.1n/achrV 16,501,082contains similarity to Interpro domain IPR008928 ()
13lnp-1C05E11.1n/achrX 4,589,579lnp-1 encodes a highly conserved protein of unknown function, orthologous to human LUNAPARK/KIAA1715 (OMIM:610236), that is required for normally short body length, normal locomotion, fat content, acetylcholine neurotransmission, localization of RAB-3 and SNB-1, and sensitivity to aldicarb; LNP-1 is expressed in muscles, hypodermal cells, and neurons; within neurons, LNP-1 is localized to cell bodies, neuritic processes and commissures, and requiring UNC-104 for localization outside of cell bodies; LNP-1 is likely to act presynaptically; LNP-1 contains two N-terminal predicted transmembrane sequences, and an atypical zinc finger domain (C2HC2).
14C52G5.2C52G5.2n/achrX 12,844,270contains similarity to Pfam domain PF08768 Domain of unknown function (DUF1794) contains similarity to Interpro domain IPR014878 (Region of unknown function DUF1794)
15his-2T10C6.13n/achrV 16,041,899his-2 encodes an H3 histone; his-2 is contained within the histone gene cluster HIS1.
16ZK1055.4ZK1055.4n/achrV 6,586,468contains similarity to Pfam domain PF03314 Protein of unknown function, DUF273 contains similarity to Interpro domain IPR004988 (Protein of unknown function DUF273)
17cdh-3ZK112.7n/achrIII 7,747,815cdh-3 encodes a member of the cadherin superfamily that affects morphogenesis of tail epithelia and excretory function; expressed predominantly in developing epithelial cells, and also expressed in the AC, excretory cell, various neurons, and vulval cells during different stages of development.
18F38E1.6F38E1.6n/achrV 8,360,585contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
19ZC250.2ZC250.2n/achrV 5,793,898contains similarity to Pfam domain PF00535 Glycosyl transferase family 2 contains similarity to Interpro domain IPR001173 (Glycosyl transferase, family 2)
20sdz-31T11A5.5n/achrV 9,880,568C. elegans SDZ-31 protein; contains similarity to Interpro domains IPR001376 (Gliadin, alpha/beta), IPR000896 (Hemocyanin, copper-containing)
21C33G3.4C33G3.4n/achrX 14,073,660C33G3.4 is orthologous to the human gene BETA-MANNOSIDASE (MANBA; OMIM:248510), which when mutated leads to disease.
22F54D8.6F54D8.6n/achrIII 5,104,430contains similarity to Interpro domain IPR000694 (Proline-rich region)
23T15B7.13T15B7.13n/achrV 6,827,999contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
24wrt-9B0344.2n/achrX 1,583,762wrt-9 encodes a hedgehog-like protein, with an N-terminal signal sequence, a Wart domain, and a C-terminal region of proline-rich, low-complexity sequence; the Wart domain is predicted to form a cysteine-crosslinked protein involved in intercellular signalling, and it has subtle similarity to the N-terminal Hedge domain of HEDGEHOG proteins; WRT-9 has no obvious function in RNAi assays.
25fbxb-51K05F6.3n/achrII 1,552,094C. elegans FBXB-51 protein; contains similarity to Pfam domain PF07735 F-box associated contains similarity to Interpro domain IPR012885 (F-box associated type 2)
26R11E3.2R11E3.2n/achrIV 4,773,617contains similarity to Pfam domain PF00860 Permease family contains similarity to Interpro domain IPR006043 (Xanthine/uracil/vitamin C permease)
27cgr-1T27A10.7n/achrX 3,598,867C. elegans CGR-1 protein; contains similarity to Pfam domains PF01105 (emp24/gp25L/p24 family/GOLD) , PF00650 (CRAL/TRIO domain) contains similarity to Interpro domains IPR001251 (Cellular retinaldehyde-binding/triple function, C-terminal), IPR009038 (GOLD), IPR011074 (Phosphatidylinositol transfer protein-like, N-terminal), IPR000348 (emp24/gp25L/p24)
28R03E9.2R03E9.2n/achrX 6,731,598contains similarity to Interpro domain IPR001220 (Legume lectin, beta domain)
29ugt-49AC3.2n/achrV 10,373,259C. elegans UGT-49 protein; contains similarity to Pfam domain PF00201 UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase contains similarity to Interpro domain IPR002213 (UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase)
30T09E8.3T09E8.3n/achrV 13,180,913contains similarity to Pfam domain PF03311 Cornichon protein contains similarity to Interpro domain IPR003377 (Cornichon)
31F40F9.5F40F9.5n/achrV 9,721,836contains similarity to Pfam domain PF07690 Major Facilitator Superfamily contains similarity to Interpro domains IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
32B0041.3B0041.3n/achrI 4,645,153contains similarity to Pfam domain PF01476 LysM domain contains similarity to Interpro domain IPR002482 (Peptidoglycan-binding LysM)
33chd-3T14G8.1n/achrX 12,849,438chd-3 encodes a PHD-finger SNF2 family member containing a chromo domain and a C-terminal helicase domain that affects Notch-dependent vulval development; expressed in virtually all embryonic cells and in many larval nuclei.
34dpy-19F22B7.10n/achrIII 8,663,628The dpy-19 gene encodes a novel transmembrane protein whose human homolog is expressed in brain, and that is required for correct polarization and migration of the neuroblasts QL and QR.
35gfi-3M163.4n/achrX 14,482,535gfi-3 is also known as apc-5, encoding a distant homolog of the human anaphase promoting complex subunit APC5, but is most closely related to its C. elegans paralog Y66D12A.17; gfi-3(RNAi) animals are generally unable to progress through meiotic divisions; initially they produce reduced numbers of viable embryos mixed with inviable embryos, but then show severe germline maintenance defects and become sterile.
36K01D12.5K01D12.5n/achrV 12,398,255contains similarity to Interpro domain IPR003980 (Histamine H3 receptor)
37H03G16.5H03G16.5n/achrX 15,056,081contains similarity to Saccharomyces cerevisiae Myo1 is a type II myosin, is localized to the actomyosin ring and is important for cytokinesis.; SGD:YHR023W
38kin-29F58H12.1n/achrX 2,848,198kin-29 encodes a serine/threonine kinase with significant homology in the kinase domain to the AMP-activated protein kinase (AMPK) and SNF1 kinases; the AMP-kinase cascade is activated by cellular stresses that deplete ATP; AMP-kinase is believed to protect the mammalian cell by 'switching off' ATP-consuming pathways like fatty acid synthesis, by phosphorylating key regulatory enzymes, and switching on alternative pathways for ATP generation; kin-29 is involved in regulating the expression of chemosensory receptors and entry into the daur pathway; kin-29 also affects body size via interaction with the Sma/Mab pathway and lifespan, with mutants exhibiting a smaller body size and increased life span; a functional KIN-29-GFP fusion protein is expressed in sensory neurons and many other cell types, and localizes to the cytoplasm; under conditions of cellular stress like heat shock and starvation, KIN-29-GFP translocates to the nucleus.
39T09B9.5T09B9.5n/achrX 9,778,986contains similarity to Streptococcus pneumoniae Hypothetical protein.; TR:P96479
40F58E1.4F58E1.4n/achrII 1,680,715contains similarity to Pfam domain PF01030 Receptor L domain contains similarity to Interpro domain IPR000494 (EGF receptor, L domain)
41ZC373.5ZC373.5n/achrX 10,073,415contains similarity to Pfam domain PF00596 Class II Aldolase and Adducin N-terminal domain contains similarity to Interpro domain IPR001303 (Class II aldolase/adducin, N-terminal)
42F52H2.6F52H2.6n/achrX 2,561,931F52H2.6 is orthologous to the human gene 3BETA-HYDROXYSTEROL DELTA 24 REDUCTASE (DHCR24; OMIM:606418), which when mutated leads to disease.
43srt-17F48G7.6n/achrV 624,474C. elegans SRT-17 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
44mab-7ZC13.4n/achrX 895,155mab-7 encodes a protein with a hydrophobic type II transmembrane region at the N-terminus, an EGF-like motif, a ShKT motif and a long C-terminus; mab-7 is involved in morphogenesis of the male tail, specifically affecting the structural cells, neuronal processes and the hypodermal sheath of the sensory rays, as such, it affects mating in males; a mab-7 promoter-gfp construct is expressed in hypodermis, body seam, ray structural cells, and several neurons in the head and tail region.
45B0285.6B0285.6n/achrIII 4,354,080B0285.6 encodes a predicted sodium-coupled carboxylate transporter that is one of four C. elegans proteins related to Drosophila Indy and the mammalian NaDC1 and NaDC3 transporters; B0285.6::lacZ reporter fusions are expressed in the excretory cell, from early larval stages through adulthood, with some later expression occasionally seen in two large unidentified structures on the dorsal side of the pharyngeal terminal bulb.
46T05D4.3T05D4.3n/achrIII 13,568,545contains similarity to Interpro domain IPR005838 (Type III secretion system inner membrane P protein)
47T19B10.3T19B10.3n/achrV 11,224,368The T19B10.3 gene encodes an ortholog of the human gene GALACTOSIDASE, BETA 1 (GLB1), which when mutated leads to gangliosidosis type I (OMIM:230500).
48ZC204.2ZC204.2n/achrII 1,664,783contains similarity to Pfam domain PF00046 Homeobox domain contains similarity to Interpro domains IPR012287 (Homeodomain-related), IPR001356 (Homeobox), IPR009057 (Homeodomain-like)
49hnd-1C44C10.8n/achrX 11,685,111hnd-1 encodes a Hand bHLH transcription factor required for normal viability, gonadogenesis, and posterior body morphology; HND-1 is required for the formation of both somatic gonadal precursors and primordial germ cells, but not for later gonadogenesis; HND-1 is expressed embryogenesis in embryonic mesodermal precursor cells generating (mostly) body wall muscle, in somatic gonad precursor cells, and in some unidentified head cells; the primary defect in hnd-1 mutants may be, nonautonomously, in mesodermal precursor cells; somatic gonad precursor cells are normally generated in hnd-1 mutants, but not maintained.
50R151.1R151.1n/achrIII 7,218,656