UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1clec-199C30H6.19e-137chrIV 17,352,393C. elegans CLEC-199 protein; contains similarity to Pfam domain PF00059 Lectin C-type domain contains similarity to Interpro domains IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
2skr-9C52D10.7n/achrIV 17,163,837skr-9 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a component of the SCF (Skp1, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that regulates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-9 is required for posterior body morphogenesis, embryonic and larval development, and postembryonic cell proliferation.
3psa-1Y113G7B.23n/achrV 20,239,752psa-1 encodes an ortholog of SWI3, a component of the SWI/SNF complex that is conserved from yeast to mammals and that is involved in chromatin remodeling; psa-1 is probably required during mitosis of the T cells for asymmetric cell division, and in addition, is required for embryonic and larval development, as well as normal levels of fertility; psa-1 exhibits strong genetic interactions with lin-35/Rb, as psa-1 larval lethality and sterility at 20 degrees C are greatly enhanced in lin-35;psa-1 double mutants.
4C37C3.11C37C3.11n/achrV 7,864,144
5Y106G6G.2Y106G6G.2n/achrI 10,325,764contains similarity to Interpro domain IPR000904 (SEC7-like)
6cyp-33C9C50H11.15n/achrV 3,093,157C. elegans CYP-33C9 protein; contains similarity to Pfam domain PF00067 Cytochrome P450 contains similarity to Interpro domains IPR001128 (Cytochrome P450), IPR002401 (Cytochrome P450, E-class, group I), IPR002403 (Cytochrome P450, E-class, group IV), IPR002397 (Cytochrome P450, B-class)
7F02D8.1F02D8.1n/achrV 14,975,819contains similarity to Rattus norvegicus P27 KIP1.; TR:O08769
8F35H10.3F35H10.3n/achrIV 8,326,450
9W02D7.3W02D7.3n/achrV 8,294,341
10fbxa-110Y102A5C.8n/achrV 16,937,848This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
11egl-23Y37A1B.11n/achrIV 14,007,827egl-23 encodes one of 44 C. elegans TWK (two-P domain K+) potassium channel subunits that contain two pore-forming domains and four transmembrane domains; egl-23 was originally defined by gain-of-function mutations that result in defects in locomotion, egg-laying, and enteric muscle activation; loss of egl-23 function via reversion or RNA-mediated interference (RNAi) does not result in any abnormalities suggesting that EGL-23 may function redundantly with other TWK channels; egl-23 does not, however, interact genetically with the UNC-93 group of TWKs encoded by unc-93, sup-9, and sup-10; the EGL-23 expression pattern is not yet known.
12sru-27C38C3.2n/achrV 1,500,054C. elegans SRU-27 protein; contains similarity to Pfam domain PF02688 Domain of unknown function DUF215 contains similarity to Interpro domain IPR003839 (Protein of unknown function DUF215)
13K08C9.6K08C9.6n/achrI 11,499,274contains similarity to Archaeoglobus fulgidus Hypothetical protein AF0327.; TR:O29920
14Y113G7A.12Y113G7A.12n/achrV 20,140,914
15T27A10.2T27A10.2n/achrX 3,586,399
16srz-1F14F8.3n/achrV 16,676,674srz-1 encodes a predicted seven-pass G protein-coupled receptor; as loss of srz-1 activity via large-scale RNAi screens results in no obvious abnormalities, the precise role of SRZ-1 in C. elegans development and/or behavior is not yet known.
17R05A10.7R05A10.7n/achrIV 14,161,499contains similarity to Pfam domain PF07801 Protein of unknown function (DUF1647) contains similarity to Interpro domain IPR012444 (Protein of unknown function DUF1647)
18str-3M7.13n/achrIV 11,099,437str-3 encodes a seven transmembrane chemosensory receptor; STR-3 is expressed in the ASI chemosensory neurons; STR-3 expression in ASI is repressed in the presence of dauer pheromone at concentrations lower than that which induces dauer formation.
19F54B11.9F54B11.9n/achrX 13,607,737contains similarity to Plasmodium falciparum Hypothetical protein.; TR:Q8I5W3
20T06C12.9T06C12.9n/achrV 15,885,834contains similarity to Pfam domain PF01679 Uncharacterized protein family UPF0057 contains similarity to Interpro domain IPR000612 (Protein of unknown function UPF0057)
21clec-256Y17D7B.6n/achrV 18,772,129C. elegans CLEC-256 protein; contains similarity to Pfam domain PF08277 PAN-like domain contains similarity to Interpro domains IPR006583 (CW), IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
22K03B4.6K03B4.6n/achrV 4,673,573contains similarity to Pfam domain PF03236 Domain of unknown function DUF263 contains similarity to Interpro domains IPR004920 (Protein of unknown function DUF263), IPR000366 (Fungal pheromone mating factor STE2 GPCR)
23srj-15Y40B10B.2n/achrV 1,963,860C. elegans SRJ-15 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1), IPR002120 (Thyrotrophin-releasing hormone receptor)
24str-261W09D6.2n/achrIII 11,075,857C. elegans STR-261 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR011256 (Regulatory factor, effector, bacterial), IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
25T10B10.5T10B10.5n/achrX 15,197,450contains similarity to Pfam domain PF00168 C2 domain contains similarity to Interpro domains IPR008973 (C2 calcium/lipid-binding region, CaLB), IPR000008 (C2 calcium-dependent membrane targeting)
26F47G6.2F47G6.2n/achrI 1,475,611contains similarity to Pfam domain PF00501 AMP-binding enzyme contains similarity to Interpro domain IPR000873 (AMP-dependent synthetase and ligase)
27lpr-2T12A7.5n/achrIV 11,783,102C. elegans LPR-2 protein; contains similarity to Interpro domains IPR012674 (Calycin), IPR011038 (Calycin-like), IPR002345 (Lipocalin)
28C53A5.13C53A5.13n/achrV 14,550,708contains similarity to Pfam domain PF00041 Fibronectin type III domain contains similarity to Interpro domains IPR008957 (Fibronectin, type III-like fold), IPR003961 (Fibronectin, type III), IPR003962 (Fibronectin, type III subdomain)
29sru-6C33A12.8n/achrIV 9,491,282C. elegans SRU-6 protein; contains similarity to Pfam domain PF02688 Domain of unknown function DUF215 contains similarity to Interpro domain IPR003839 (Protein of unknown function DUF215)
30ZC416.4ZC416.4n/achrIV 3,607,952n/a
31C14B1.3C14B1.3n/achrIII 3,704,316This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins.
32ndx-2W02G9.1n/achrV 2,664,041ndx-2 encodes a NUDIX hydrolase; by sequence comparison, NDX-2 is predicted to be orthologous to human NUDT5 which, in vitro, possesses ADP-sugar diphosphatase activity; in C. elegans, loss of ndx-2 activity via RNA-mediated interference (RNAi) does not result in any obvious abnormalities, consistent with the proposed nonessential roles for Nudix proteins in eliminating potentially toxic nucleotide metabolites from cells and modulating levels of metabolic intermediates by shuttling them into alternative biochemical pathways.
33F34D10.6F34D10.6n/achrIII 3,756,086contains similarity to Pfam domain PF00023 Ankyrin repeat contains similarity to Interpro domain IPR002110 (Ankyrin)
34sulp-4K12G11.1n/achrV 11,877,220sulp-4 encodes one of eight C. elegans members of the sulfate permease family of anion transporters; by homology, SULP-4 is predicted to function as an anion transporter that regulates cellular pH and volume via transmembrane movement of electrolytes and fluids and when expressed in Xenopus oocytes, SULP-4 exhibits robust transport of sulfate and more modest transport of chloride ions and oxalate; a SULP-4::GFP fusion is expressed in the apical canaliculae of the excretory cell and also in some head neurons.
35W03B1.9W03B1.9n/achrIV 4,354,761contains similarity to Interpro domain IPR000694 (Proline-rich region)
36C44F1.1C44F1.1n/achrIII 3,761,814contains similarity to Interpro domain IPR008967 (p53-like transcription factor, DNA-binding)
37kin-21W08D2.8n/achrIV 9,833,852C. elegans KIN-21 protein; contains similarity to Pfam domains PF07714 (Protein tyrosine kinase) , PF00069 (Protein kinase domain) , PF00017 (SH2 domain) contains similarity to Interpro domains IPR017441 (Protein kinase ATP binding, conserved site), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related), IPR000980 (SH2 motif), IPR008266 (Tyrosine protein kinase, active site)
38clec-211F19F10.6n/achrV 7,560,915C. elegans CLEC-211 protein; contains similarity to Interpro domain IPR016187 (C-type lectin fold)
39ZK1240.1ZK1240.1n/achrII 2,330,574contains similarity to Pfam domain PF00097 Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type), IPR000315 (Zinc finger, B-box)
40W01B6.3W01B6.3n/achrIV 10,071,407contains similarity to Pfam domain PF07690 Major Facilitator Superfamily contains similarity to Interpro domains IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
41C08H9.1C08H9.1n/achrII 9,876,448contains similarity to Pfam domain PF00450 Serine carboxypeptidase contains similarity to Interpro domain IPR001563 (Peptidase S10, serine carboxypeptidase)
42R09E10.2R09E10.2n/achrIV 10,317,896contains similarity to Pfam domain PF00102 (Protein-tyrosine phosphatase)
43lgc-42Y39A3B.2n/achrIII 2,000,367C. elegans LGC-42 protein; contains similarity to Pfam domains PF02931 (Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain) , PF02932 (Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region) contains similarity to Interpro domains IPR006028 (Gamma-aminobutyric acid A receptor), IPR006201 (Neurotransmitter-gated ion-channel), IPR006202 (Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding), IPR006029 (Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region)
44E03H12.4E03H12.4n/achrIV 4,982,952contains similarity to Pfam domain PF08277 PAN-like domain contains similarity to Interpro domain IPR006583 (CW)
45fip-3C06E1.5n/achrIII 8,589,320C. elegans FIP-3 protein ;
46F36H2.3F36H2.3n/achrI 9,258,077contains similarity to Pfam domain PF00084 Sushi domain (SCR repeat) contains similarity to Interpro domains IPR000436 (Sushi/SCR/CCP), IPR016060 (Complement control module)
47K08D10.9K08D10.9n/achrIV 4,159,983
48Y49A3A.4Y49A3A.4n/achrV 14,357,603contains similarity to Pfam domain PF01549 ShK domain-like contains similarity to Interpro domain IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
49C30B5.5C30B5.5n/achrII 6,204,855contains similarity to Pfam domain PF00001 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR013806 (Kringle-like fold), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
50srw-66Y57G7A.4n/achrII 1,270,733C. elegans SRW-66 protein; contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)