UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1ubc-23C28G1.10chrX 8,846,276ubc-23 encodes a predicted conjugating enzyme (UBCs/E2s) of the ubiquitin-conjugation system; expressed in larvae and adults in cells around the pharynx and in intestinal cells.
2F33C8.4F33C8.4n/achrX 14,733,294contains similarity to Interpro domain IPR006209 (EGF-like domain)
3D1007.3D1007.3n/achrI 4,576,495
4C33H5.16C33H5.16n/achrIV 7,802,511contains similarity to Pfam domain PF00102 Protein-tyrosine phosphatase contains similarity to Interpro domains IPR003595 (Protein-tyrosine phosphatase, catalytic), IPR016130 (Protein-tyrosine phosphatase, active site), IPR000242 (Protein-tyrosine phosphatase, receptor/non-receptor type), IPR000387 (Protein-tyrosine phosphatase)
5sulp-4K12G11.1n/achrV 11,877,220sulp-4 encodes one of eight C. elegans members of the sulfate permease family of anion transporters; by homology, SULP-4 is predicted to function as an anion transporter that regulates cellular pH and volume via transmembrane movement of electrolytes and fluids and when expressed in Xenopus oocytes, SULP-4 exhibits robust transport of sulfate and more modest transport of chloride ions and oxalate; a SULP-4::GFP fusion is expressed in the apical canaliculae of the excretory cell and also in some head neurons.
6egl-23Y37A1B.11n/achrIV 14,007,827egl-23 encodes one of 44 C. elegans TWK (two-P domain K+) potassium channel subunits that contain two pore-forming domains and four transmembrane domains; egl-23 was originally defined by gain-of-function mutations that result in defects in locomotion, egg-laying, and enteric muscle activation; loss of egl-23 function via reversion or RNA-mediated interference (RNAi) does not result in any abnormalities suggesting that EGL-23 may function redundantly with other TWK channels; egl-23 does not, however, interact genetically with the UNC-93 group of TWKs encoded by unc-93, sup-9, and sup-10; the EGL-23 expression pattern is not yet known.
7srh-115Y61B8A.2n/achrV 17,256,442C. elegans SRH-115 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
8ncr-1F02E8.6n/achrX 4,476,155ncr-1 encodes a large transmembrane glycoprotein with a patched-like domain that is orthologous to human NPC1 (OMIM:257220, mutated in Niemann-Pick type C disease); NCR-1 and NPC1 are eukaryotic members of the resistance-nodulation-division (RND) family of membrane permeases, and have a putative sterol-sensing domain; by homology, NCR-1 is predicted to function in intracellular cholesterol and glycolipid trafficking; in C. elegans, NCR-1 is required for growth and survival in the absence of cholesterol, newly hatched ncr-1 mutant larvae grow poorly on cholesterol-free medium and die at the L1 or L2 stage; NCR-1 is also involved in negative regulation of dauer formation, being required redundantly with NCR-2, a second C. elegans NPC1-like protein, for preventing constitutive dauer formation; dauer formation in ncr-1; ncr-2 double mutants is suppressed by mutations in daf-12, which encodes a steroid hormone receptor, and by overexpression of daf-9, which encodes a cytochrome P450, suggesting that NCR-1 and NCR-2 may function to transport a sterol precursor that is metabolized by DAF-9 to then serve as the DAF-12 ligand.
9F38E1.3F38E1.3n/achrV 8,376,994contains similarity to Pfam domain PF00069 Protein kinase domain contains similarity to Interpro domains IPR017441 (Protein kinase ATP binding, conserved site), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related)
10T25G12.6T25G12.6n/achrX 17,227,557contains similarity to Pfam domain PF00092 von Willebrand factor type A domain contains similarity to Interpro domain IPR002035 (von Willebrand factor, type A)
11F40A3.7F40A3.7n/achrV 7,897,725contains similarity to Pfam domain PF00001 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
12B0238.1B0238.1n/achrV 5,241,934contains similarity to Pfam domain PF00135 Carboxylesterase contains similarity to Interpro domain IPR002018 (Carboxylesterase, type B)
13nhr-79T26H2.9n/achrV 19,209,750C. elegans NHR-79 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
14R07H5.9R07H5.9n/achrIV 11,208,377contains similarity to Saccharomyces cerevisiae involved in septin organization; SGD:YCL024W
15C25F9.5C25F9.5n/achrV 19,409,124contains similarity to Pfam domain PF00176 SNF2 family N-terminal domain contains similarity to Interpro domain IPR000330 (SNF2-related)
16W07B8.3W07B8.3n/achrV 1,125,705
17C55C3.1C55C3.1n/achrIV 5,711,705contains similarity to Pfam domains PF02886 (LBP / BPI / CETP family, C-terminal domain) , PF01273 (LBP / BPI / CETP family, N-terminal domain) contains similarity to Interpro domain IPR001124 (Lipid-binding serum glycoprotein)
18cyp-33C9C50H11.15n/achrV 3,093,157C. elegans CYP-33C9 protein; contains similarity to Pfam domain PF00067 Cytochrome P450 contains similarity to Interpro domains IPR001128 (Cytochrome P450), IPR002401 (Cytochrome P450, E-class, group I), IPR002403 (Cytochrome P450, E-class, group IV), IPR002397 (Cytochrome P450, B-class)
19lips-13T13B5.7n/achrII 1,116,848C. elegans LIPS-13 protein; contains similarity to Pfam domain PF01674 Lipase (class 2) contains similarity to Interpro domain IPR002918 (Lipase, class 2)
20C34G6.1C34G6.1n/achrI 5,912,249contains similarity to Pfam domain PF02985 HEAT repeat contains similarity to Interpro domains IPR011989 (Armadillo-like helical), IPR000357 (HEAT), IPR016024 (Armadillo-type fold)
21srh-105T27A1.7n/achrII 508,784C. elegans SRH-105 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
22F42G2.2F42G2.2n/achrII 2,423,776contains similarity to Pfam domain PF01827 FTH domain contains similarity to Interpro domain IPR002900 (Protein of unknown function DUF38, Caenorhabditis species)
23ctl-1Y54G11A.6n/achrII 14,304,828ctl-1 encodes one of three C. elegans catalases; CTL-1 exhibits catalase activity in vitro, and thus likely functions in vivo as an antioxidant enzyme that protects cells from reactive oxygen species; ctl-1 activity contributes to the extended lifespan seen in daf-2 mutant animals; in addition, ctl-1 expression is negatively regulated by DAF-2-mediated insulin signaling; as CTL-1 does not possess a C-terminal peroxisomal targeting signal (PTS), it is predicted to be a cytosolic catalase.
24M04D8.5M04D8.5n/achrIII 10,032,724contains similarity to Periplaneta americana Large conductance calcium activated potassium channel pSlo spliceforms1-5A.; TR:Q8I9V1
25ZK688.2ZK688.2n/achrIII 7,902,682contains similarity to Pfam domain PF01062 Bestrophin contains similarity to Interpro domain IPR000615 (Bestrophin)
26F37C4.2F37C4.2n/achrIV 3,887,244contains similarity to Pfam domain PF01757 Acyltransferase family contains similarity to Interpro domain IPR002656 (Acyltransferase 3)
27C29F9.6C29F9.6n/achrIII 115,990contains similarity to Pfam domain PF02135 TAZ zinc finger contains similarity to Interpro domains IPR003101 (Coactivator CBP, KIX), IPR000197 (Zinc finger, TAZ-type)
28T01D3.1T01D3.1n/achrV 13,691,269contains similarity to Pfam domain PF00008 (EGF-like domain)
29bcmo-2F53C3.12n/achrII 3,909,661C. elegans BCMO-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF03055 Retinal pigment epithelial membrane protein contains similarity to Interpro domains IPR004294 (Carotenoid oxygenase), IPR015123 (Bcr-Abl oncoprotein oligomerisation)
30T28C12.1T28C12.1n/achrV 6,332,957contains similarity to Pfam domain PF07690 Major Facilitator Superfamily contains similarity to Interpro domains IPR007114 (Major facilitator superfamily), IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
31pat-10F54C1.7n/achrI 5,019,533pat-10 encodes body wall muscle troponin C, the calcium-binding component of the troponin complex of actin thin filaments; PAT-10 is essential for muscle contraction and thus for completion of embryonic morphogenesis and elongation; by homology, PAT-10 likely functions to regulate body wall muscle contraction in response to changes in intracellular calcium; PAT-10 is expressed in body wall muscle but is also detected in vulval and anal muscles; expression in body wall muscle begins during early embryonic morphogenesis, concurrent with expression of other body wall muscle structural components.
32F57G4.5F57G4.5n/achrV 17,642,359contains similarity to Mus musculus Dentin sialophosphoprotein precursor (Dentin matrix protein-3) (DMP-s3) [Contains: Dentin phosphoprotein (Dentin phosphophoryn) (DPP);sDentin sialoprotein (DSP)].; SW:DSPP_MOUSE
33nxf-1C15H11.3n/achrV 14,414,076nxf-1 encodes a homolog of human TAP protein, a member of the NXF family of shuttling transport receptors for nuclear export of mRNA; binds RNA directly and its function has been shown to be conserved with the NXF family.
34F59F5.1F59F5.1n/achrX 10,530,779contains similarity to Pfam domain PF07690 Major Facilitator Superfamily contains similarity to Interpro domains IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
35glb-13F19H6.2n/achrX 12,374,995glb-13 encodes a globin with no obvious function in mass RNAi assays.
36F34H10.4F34H10.4n/achrX 9,649,656contains similarity to Interpro domain IPR002253 (Flavin-containing monooxygenase (FMO) 1)
37E03H4.12E03H4.12n/achrI 12,436,494contains similarity to Pfam domain PF03360 Glycosyltransferase family 43 contains similarity to Interpro domain IPR005027 (Glycosyl transferase, family 43)
38ZK892.4ZK892.4n/achrII 10,007,287ZK892.4 is orthologous to the human gene ALPHA-METHYLACYL-CoA RACEMASE (AMACR; OMIM:604489), which when mutated leads to AMACR deficiency.
39F48F5.2F48F5.2n/achrV 20,441,470contains similarity to Homo sapiens Intestinal mucin; TR:O43420
40C04F6.2C04F6.2n/achrX 3,397,298
41F17C8.6F17C8.6n/achrIII 4,745,411F17C8.6 encodes an alpha1 Ca2+ channel subunit; large-scale RNAi experiments indicate that during development F17C8.6, along with nca-2, may play a role in regulating egg size and shape.
42F55G11.7F55G11.7n/achrIV 12,961,290contains similarity to Pfam domain PF02408 CUB-like domain contains similarity to Interpro domain IPR003366 (CUB-like region)
43K05G3.1K05G3.1n/achrX 16,501,554contains similarity to Pfam domain PF01612 3'-5' exonuclease contains similarity to Interpro domain IPR002562 (3'-5' exonuclease)
44cyp-13A1T10B9.8n/achrII 9,780,487C. elegans CYP-13A1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00067 Cytochrome P450 contains similarity to Interpro domains IPR001128 (Cytochrome P450), IPR002401 (Cytochrome P450, E-class, group I), IPR002402 (Cytochrome P450, E-class, group II), IPR002403 (Cytochrome P450, E-class, group IV)
45ZC416.4ZC416.4n/achrIV 3,607,952n/a
46Y41E3.6Y41E3.6n/achrIV 15,006,683contains similarity to Bacillus halodurans Stress-and starvation-induced gene controlled by sigma-B.; TR:Q9KE40
47F29B9.11F29B9.11n/achrIV 4,659,939
48R07H5.10R07H5.10n/achrIV 11,214,469contains similarity to Pfam domain PF07716 Basic region leucine zipper contains similarity to Interpro domains IPR011700 (Basic leucine zipper), IPR004827 (Basic-leucine zipper (bZIP) transcription factor)
49C45G9.8C45G9.8n/achrIII 5,052,953
50T28F3.9T28F3.9n/achrIV 17,310,065contains similarity to Pfam domain PF02485 Core-2/I-Branching enzyme contains similarity to Interpro domain IPR003406 (Glycosyl transferase, family 14)