UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1spp-8C28C12.50chrIV 8,482,669C. elegans SPP-8 protein; contains similarity to Pfam domain PF03489 Saposin-like type B, region 2 contains similarity to Interpro domains IPR008138 (Saposin-like type B, 2), IPR011001 (Saposin-like), IPR008139 (Saposin B)
2F19D8.2F19D8.2n/achrX 13,835,397contains similarity to Homo sapiens Splice isoform 1 of Q9UMN6 Myeloid/lymphoid or mixed-lineage leukemia protein 4; ENSEMBL:ENSP00000222270
3ttr-24Y51A2D.9n/achrV 18,555,981C. elegans TTR-24 protein; contains similarity to Pfam domain PF01060 Transthyretin-like family contains similarity to Interpro domain IPR001534 (Transthyretin-like)
4nhr-273T12C9.1n/achrII 4,436,140C. elegans NHR-273 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
5ZC196.1ZC196.1n/achrV 8,744,495
6T24E12.5T24E12.5n/achrII 3,755,632contains similarity to Interpro domain IPR000104 (Antifreeze protein, type I)
7dnj-4C01G8.4n/achrI 5,283,025This gene encodes a protein containing a DnaJ ('J') domain.
8hex-1T14F9.3n/achrX 2,225,047hex-1 encodes a beta-N-acetylhexosaminidase that is orthologous to the human gene CERVICAL CANCER PROTO-ONCOGENE 7 (HEXB; OMIM:606873), which when mutated leads to disease.
9C04F5.9C04F5.9n/achrV 5,116,964contains similarity to Pfam domain PF00096 Zinc finger, C2H2 type contains similarity to Interpro domains IPR015880 (Zinc finger, C2H2-like), IPR013087 (Zinc finger, C2H2-type/integrase, DNA-binding), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
10Y51B9A.9Y51B9A.9n/achrII 9,396,480contains similarity to Pfam domain PF00069 Protein kinase domain contains similarity to Interpro domains IPR008351 (JNK MAP kinase), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR008271 (Serine/threonine protein kinase, active site), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related)
11F15B9.6F15B9.6n/achrV 13,015,372contains similarity to Interpro domain IPR001211 (Phospholipase A2)
12K08D8.1K08D8.1n/achrIV 12,893,458contains similarity to Fusobacterium nucleatum Tryptophanase (EC 4.1.99.1).; TR:Q8RHQ6
13mxl-3F46G10.6n/achrX 13,350,149C. elegans MXL-3 protein; contains similarity to Pfam domain PF00010 Helix-loop-helix DNA-binding domain contains similarity to Interpro domains IPR001092 (Basic helix-loop-helix dimerisation region bHLH), IPR011598 (Helix-loop-helix DNA-binding), IPR002418 (Transcription regulator Myc)
14math-7C16C4.12n/achrII 1,885,961C. elegans MATH-7 protein; contains similarity to Pfam domain PF00917 MATH domain contains similarity to Interpro domains IPR008974 (TRAF-like), IPR002083 (MATH)
15ttm-2F26G1.4n/achrII 4,765,267C. elegans TTM-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF00339 Arrestin (or S-antigen), N-terminal domain contains similarity to Interpro domains IPR014756 (Immunoglobulin E-set), IPR011021 (Arrestin-like, N-terminal)
16rlbp-1T23G11.5n/achrI 7,688,763C. elegans RLBP-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00620 RhoGAP domain contains similarity to Interpro domains IPR008936 (Rho GTPase activation protein), IPR000198 (RhoGAP)
17K02F3.9K02F3.9n/achrIII 840,905
18ttr-8R13A5.6n/achrIII 7,564,873R13A5.6 encodes a protein containing a predicted signal sequence followed by a transthyretin-like domain; the product of R13A5.6 belongs to a family of apparently nematode-specific proteins whose function is not yet known; an R13A5.6::GFP promoter fusion directs expression outside of the nervous system.
19spp-1T07C4.4n/achrIII 10,355,287spp-1 encodes a predicted transmembrane protein containing a saposin (B) domain that is a member of a saposin-like protein superfamily containing mammalian NK-lysin and granulysin and the protozoan amoebapores; SPP-1 is predicted to function as a lipid-binding protein with cytotoxic, pore-forming activity, and in vitro, does exhibit antibacterial activity; loss of SPP-1 function via RNA-mediated interference (RNAi) does not, however, result in any abnormalities.
20asah-1K11D2.2n/achrI 12,506,351K11D2.2 is orthologous to the human gene N-ACYLSPHINGOSINE AMIDOHYDROLASE (ASAH; OMIM:228000), which when mutated leads to Farber lipogranulomatosis.
21F46B3.15F46B3.15n/achrV 20,628,725contains similarity to Interpro domain IPR003645 (Follistatin-like, N-terminal)
22nhr-269R08H2.9n/achrV 15,369,318C. elegans NHR-269 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
23F59H5.1F59H5.1n/achrII 2,509,863F59H5.1 encodes an unfamiliar protein with a low-complexity N-terminal region and a C-terminal DUF545 motif (of unknown function, found solely in nematode proteins); F59H5.1 is expressed in neuronal head ganglia, intestinal cells, hypodermal cells, and coelomocytes, with strong expression in embryos; F59H5.1 has no obvious function or phenotype in RNAi assays, whether in a normal background or in goa-1(-) or goa-1(gf) mutant backgrounds.
24glc-1F11A5.10n/achrV 16,220,736glc-1 encodes the alpha subunit of a glutamate-gated chloride channel and forms a functional channel in Xenopus oocytes; mutations genetically interact with avr-14 and avr-15 mutations such that triple mutants exhibit high level resistance to ivermectin.
25F59B10.2F59B10.2n/achrII 10,508,511contains similarity to Interpro domains IPR003993 (Treacher Collins syndrome, treacle), IPR005819 (Histone H5)
26srx-128F55B12.7n/achrV 13,838,056C. elegans SRX-128 protein ;
27F48A9.2F48A9.2n/achrI 6,593,082
28Y40H7A.11Y40H7A.11n/achrIV 15,219,977contains similarity to Interpro domain IPR006629 (LPS-induced tumor necrosis factor alpha factor)
29F14H3.12F14H3.12n/achrV 16,074,705contains similarity to Pfam domain PF02149 Kinase associated domain 1 contains similarity to Interpro domain IPR001772 (Kinase-associated KA1)
30str-183T13F3.1n/achrV 16,276,778C. elegans STR-183 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
31Y66H1A.5Y66H1A.5n/achrIV 428,660
32F48E8.3F48E8.3n/achrIII 5,462,687contains similarity to Pfam domains PF00890 (FAD binding domain) , PF01266 (FAD dependent oxidoreductase) contains similarity to Interpro domains IPR013027 (FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase), IPR010960 (Flavocytochrome c), IPR006076 (FAD dependent oxidoreductase), IPR003953 (Fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein, N-terminal), IPR016040 (NAD(P)-binding)
33K03H6.2K03H6.2n/achrIV 1,512,894contains similarity to Pfam domain PF01764 Lipase (class 3) contains similarity to Interpro domains IPR002921 (Lipase, class 3), IPR003659 (Plexin/semaphorin/integrin), IPR008262 (Lipase, active site), IPR016201 (Plexin-like fold)
34bath-45F29C12.5n/achrII 13,123,821C. elegans BATH-45 protein; contains similarity to Pfam domains PF00651 (BTB/POZ domain) (2), PF00917 (MATH domain) contains similarity to Interpro domains IPR002083 (MATH), IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR013069 (BTB/POZ)
35btb-16F39E9.2n/achrII 3,297,442C. elegans BTB-16 protein; contains similarity to Pfam domain PF00651 BTB/POZ domain contains similarity to Interpro domains IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR013069 (BTB/POZ)
36srj-29F22B8.1n/achrV 16,076,456C. elegans SRJ-29 protein; contains similarity to Pfam domains PF00060 (Ligand-gated ion channel) , PF01094 (Receptor family ligand binding region) contains similarity to Interpro domains IPR001638 (Bacterial extracellular solute-binding protein, family 3), IPR015683 (Glutamate receptor-related), IPR001320 (Ionotropic glutamate receptor), IPR001828 (Extracellular ligand-binding receptor), IPR001508 (NMDA receptor)
37B0250.4B0250.4n/achrV 20,456,958contains similarity to Interpro domains IPR015880 (Zinc finger, C2H2-like), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
38Y65A5A.1Y65A5A.1n/achrIV 16,399,303contains similarity to Interpro domain IPR001092 (Basic helix-loop-helix dimerization domain bHLH)
39T14G8.2T14G8.2n/achrX 12,858,701This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins.
40D1079.1D1079.1n/achrX 4,405,551
41clec-15T07D10.4n/achrI 12,631,859C. elegans CLEC-15 protein; contains similarity to Pfam domains PF00431 (CUB domain) , PF00059 (Lectin C-type domain) (2)contains similarity to Interpro domains IPR000859 (CUB), IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
42snb-2F23H12.1n/achrV 12,345,050C. elegans SNB-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF00957 Synaptobrevin contains similarity to Interpro domains IPR016444 (Synaptobrevin, metazoa/fungi), IPR001388 (Synaptobrevin)
43C10G8.3C10G8.3n/achrV 5,313,573contains similarity to Pfam domain PF00014 Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain contains similarity to Interpro domain IPR002223 (Proteinase inhibitor I2, Kunitz metazoa)
44F59H6.6F59H6.6n/achrII 2,011,980contains similarity to Interpro domain IPR009057 (Homeodomain-like)
45R11G10.2R11G10.2n/achrV 13,513,568contains similarity to Pfam domain PF05694 56kDa selenium binding protein (SBP56) contains similarity to Interpro domain IPR008826 (Selenium-binding protein)
46T08E11.1T08E11.1n/achrII 1,838,405This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
47pah-1K08F8.4n/achrII 8,763,866pah-1 encodes a biochemically active phenylalanine-4-hydroxylase orthologous to human PAH (OMIM:261600, mutated in phenylketonuria); recombinant PAH-1 has hydroxylase activity on phenylalanine and tryptophan substrates in vitro; pah-1 is expressed in seam cells, tail hypodermal cells, and ventral hypodermis, with stronger posterior than anterior expression; PAH-1 might help provide tyrosine for cross-linking in the cuticle, and is partially required for the tyrosinemic phenotype of K10C2.4(RNAi) animals.
48srp-6C03G6.19n/achrV 7,385,156srp-6 encodes a functional serpin (serine protease inhibitor)
49wrn-1F18C5.2n/achrII 6,557,068wrn-1 encodes an ortholog of human WRN, which when mutated leads to Werner syndrome (OMIM:277700), and one of four C. elegans homologs of the RecQ DNA helicase family that includes E. coli RecQ; by homology, WRN-1 is predicted to function as a helicase, DNA-dependent ATPase, and exonuclease that plays a key role in DNA replication, recombination, and repair; RNA interference studies in C. elegans and the enhancement of many of the resulting phenotypes by ionizing radiation indicate that wrn-1 affects life span and aging and acts at a DNA damage checkpoint; the wrn-1 phenotypes such as premature aging are similar to those of Werner syndrome; immunolocalization studies indicate that WRN-1 expression is nuclear in cells at the embryonic, larval and adult stages.
50F35F10.10F35F10.10n/achrV 3,304,887contains similarity to Pfam domain PF04721 Domain of unknown function (DUF750) contains similarity to Interpro domain IPR006588 (Protein of unknown function PAW)