UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1ceh-2C27A12.57e-88chrI 6,048,670ceh-2 encodes a homeodomain protein homologous to Drosophila empty spiracles (EMS) and the vertebrate EMX1 and EMX2 proteins (OMIM:600034, 600035); although the exact biological role of CEH-2 in C. elegans development and/or behavior is not yet known, expression in pharyngeal neurons and muscle, as well as vulval cells (vulB1, vulB2, and vulC) at late stages of development suggests that CEH-2 may play a role in terminal differentiation events in diverse cell types.
2acr-8ZC504.2n/achrX 10,414,628acr-8 encodes an alpha subunit of nicotinic acetylcholine receptor (nAChR); ACR-8 falls into the 'ACR-8' class of nAChR subunits, which includes ACR-12 and ACR-13.
3B0261.7B0261.7n/achrI 5,270,246
4R01H2.1R01H2.1n/achrIII 7,062,968
5eif-3.CT23D8.4n/achrI 9,978,188eif-3.C encodes a putative c subunit of translation initiation factor 3 that is required for fertility and for embryonic osmotic integrity; eif-3.C is orthologous to human EIF3S8 (OMIM:603916) and budding yeast NIP1.
6F08D12.7F08D12.7n/achrII 2,768,193F08D12.7 encodes a novel protein conserved amongst Caenorhaditis species; although loss of F08D12.7 activity via RNAi results in no obvious defects, F08D12.7 transcripts are enriched in L1-stage muscle and upregulated in L2 larvae in response to overexpression of hlh-2 and hlh-8; in addition, in analyses of the early embryonic transcriptome, F08D12.7 transcripts are classified as strictly maternal; an F08D12.7::gfp reporter fusion is expressed in the vm1 and vm2 vulval muscles, the intestinal and anal depressor muscles, the hypodermis, distal tip cell, ventral nerve cord, head and tail neurons, and body wall muscle.
7sru-42C55A1.8n/achrV 15,651,414C. elegans SRU-42 protein; contains similarity to Pfam domain PF02688 Domain of unknown function DUF215 contains similarity to Interpro domains IPR002208 (SecY protein), IPR003839 (Protein of unknown function DUF215)
8T14F9.2T14F9.2n/achrX 2,235,334
9C43E11.11C43E11.11n/achrI 4,251,319contains similarity to Homo sapiens Isoform 1 of Conserved oligomeric Golgi complex component 5; ENSEMBL:ENSP00000334703
10mvb-12C06A6.3n/achrIV 7,831,453C. elegans MVB-12 protein ; contains similarity to Homo sapiens Isoform 1 of Protein FAM125B; ENSEMBL:ENSP00000354772
11srw-61H25K10.7n/achrIV 16,237,697C. elegans SRW-61 protein; contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000611 (Neuropeptide Y receptor)
12F11A5.6F11A5.6n/achrV 16,203,986contains similarity to Bradyrhizobium japonicum Bll7368 protein.; TR:Q89DS1
13T15D6.4T15D6.4n/achrI 12,375,417contains similarity to Aedes aegypti N-acetyllactosaminide beta-1,3-n-acetylglucosaminyltransferase.; TR:Q175J5
14F38B2.3F38B2.3n/achrX 11,283,730contains similarity to Pfam domain PF00431 CUB domain contains similarity to Interpro domain IPR000859 (CUB)
15ZK265.8ZK265.8n/achrI 8,271,989contains similarity to Pfam domain PF00100 Zona pellucida-like domain contains similarity to Interpro domain IPR001507 (Endoglin/CD105 antigen)
16his-59F55G1.2n/achrIV 7,488,436his-59 encodes an H3 histone; by homology, HIS-59 is predicted to function as a nucleosome component required for packaging of DNA into chromatin; his-59 is a replication-dependent histone locus that resides in a histone gene-rich region on chromosome IV.
17F37D6.3F37D6.3n/achrI 10,487,009contains similarity to Interpro domain IPR002004 (Polyadenylate-binding protein/Hyperplastic disc protein)
18ZK154.5ZK154.5n/achrX 7,785,505contains similarity to Homo sapiens Isoform 4 of Target of Nesh-SH3 precursor; ENSEMBL:ENSP00000373190
19W10G11.3W10G11.3n/achrII 3,562,186contains similarity to Pfam domain PF01579 Domain of unknown function DUF19 contains similarity to Interpro domains IPR016638 (Uncharacterised conserved protein UPF0376), IPR002542 (Protein of unknown function DUF19)
20Y116A8C.40Y116A8C.40n/achrIV 17,147,619contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
21Y47H9C.7Y47H9C.7n/achrI 11,892,653Y47H9C.7 is orthologous to the human gene EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 2B, SUBUNIT 2 (BETA, 39KD) (EIF2B2; OMIM:606454), which when mutated leads to disease.
22F53B1.2F53B1.2n/achrX 2,110,346contains similarity to Pfam domains PF07647 (SAM domain (Sterile alpha motif)) , PF00536 (SAM domain (Sterile alpha motif)) contains similarity to Interpro domains IPR010993 (Sterile alpha motif homology), IPR000326 (Phosphatidic acid phosphatase type 2/haloperoxidase), IPR013761 (Sterile alpha motif-type), IPR001660 (Sterile alpha motif SAM), IPR011510 (Sterile alpha motif homology 2)
23knl-1C02F5.1n/achrIII 8,252,399knl-1 encodes a novel acidic protein with a coiled-coil region at its C-terminus; KNL-1 is an essential kinetochore component that is required for proper spindle elongation and chromosome separation, and in the kinetochore assembly pathway, plays a key role in linking the initiation of kinetochore formation with the construction of a functional microtubule-binding interface; in the assembly pathway, KNL-1 functions downstream of the DNA-proximal kinetochore components CeCENP-A/HCP-3 and CeCENP-B/HCP-4 and upstream of the outer kinetochore components HIM-10/Nuf2p, NDC-80/HEC1, CeBUB-1, HCP-1, and CeCLASP2/CLS-2; in expression studies in the one-cell embryo, KNL-1 localizes to kinetochores throughout mitosis.
24skr-9C52D10.7n/achrIV 17,163,837skr-9 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a component of the SCF (Skp1, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that regulates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-9 is required for posterior body morphogenesis, embryonic and larval development, and postembryonic cell proliferation.
25rib-2K01G5.6n/achrIII 10,744,609The rib-2 gene encodes an ortholog of human EXT2, which when mutated leads to hereditary multiple exostoses, type II (OMIM:133701).
26rom-1F26F4.3n/achrIII 4,907,987C. elegans ROM-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF01694 Rhomboid family contains similarity to Interpro domains IPR002610 (Peptidase S54, rhomboid), IPR017213 (Peptidase S54, rhomboid, metazoan)
27F22F7.6F22F7.6n/achrV 2,116,951contains similarity to Homo sapiens N-acetyllactosaminide beta-1,3-N-acetylglucosaminyltransferase; ENSEMBL:ENSP00000309096
28F55F8.9F55F8.9n/achrI 5,671,663contains similarity to Pfam domain PF02535 ZIP Zinc transporter contains similarity to Interpro domain IPR003689 (Zinc/iron permease)
29C27B7.7C27B7.7n/achrIV 8,911,257contains similarity to Pfam domains PF00047 (Immunoglobulin domain) , PF00041 (Fibronectin type III domain) (6)contains similarity to Interpro domains IPR003598 (Immunoglobulin subtype 2), IPR008957 (Fibronectin, type III-like fold), IPR003961 (Fibronectin, type III), IPR013783 (Immunoglobulin-like fold), IPR007110 (Immunoglobulin-like), IPR003599 (Immunoglobulin subtype), IPR003962 (Fibronectin, type III subdomain), IPR013151 (Immunoglobulin)
30srd-40F17A2.12n/achrX 12,324,508C. elegans SRD-40 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
31F54F11.1F54F11.1n/achrII 13,505,368contains similarity to Interpro domain IPR013830 (Esterase, SGNH hydrolase-type)
32mtm-5H28G03.6n/achrX 5,239,010C. elegans MTM-5 protein; contains similarity to Pfam domains PF00169 (PH domain) , PF06602 (Myotubularin-related) , PF02893 (GRAM domain) , PF02141 (DENN (AEX-3) domain) , PF03456 (uDENN domain) , PF03455 (dDENN domain) contains similarity to Interpro domains IPR005112 (dDENN), IPR010569 (Myotubularin-related), IPR001849 (Pleckstrin-like), IPR011993 (Pleckstrin homology-type), IPR005113 (uDENN), IPR002219 (Protein kinase C, phorbol ester/diacylglycerol binding), IPR001194 (DENN), IPR004182 (GRAM)
33dnj-24W03A5.7n/achrIII 5,417,808This gene encodes a protein containing a DnaJ ('J') domain.
34C24H12.2C24H12.2n/achrII 437,796
35tpst-2F42G9.8n/achrIII 772,135C. elegans TPST-2 protein ; contains similarity to Drosophila melanogaster Flybase gene name is Tango13-PC;; FLYBASE:CG32632
36C34F6.5C34F6.5n/achrX 11,208,547contains similarity to Homo sapiens Histone acetyltransferase MORF beta; ENSEMBL:ENSP00000287239
37glr-8F22A3.3n/achrX 6,508,340glr-8 encodes a highly divergent putative ionotropic glutamate receptor subunit, unclassifiable as NMDA or non-NMDA (though possibly of the Delta subfamily), and without any clear close homologs in metazoa or plants; glr-8 is expressed in the pharyngeal nervous system, the body wall mechanoreceptors ALM and PLM, and two other neurons (BDU and URB); glr-8 is expressed from embryogenesis to adulthood.
38pqn-59R119.4n/achrI 377,739The protein product of this gene is predicted to contain a glutamine/asparagine (Q/N)-rich ('prion') domain, by the algorithm of Michelitsch and Weissman (as of the WS77 release of WormBase, i.e., in wormpep77).
39ncs-2F10G8.5n/achrI 10,034,037C. elegans NCS-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF00036 EF hand contains similarity to Interpro domains IPR001125 (Recoverin), IPR011992 (EF-Hand type), IPR002048 (Calcium-binding EF-hand), IPR000261 (EPS15 homology (EH))
40nhr-271T03E6.3n/achrV 16,579,462C. elegans NHR-271 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
41C02B8.6C02B8.6n/achrX 8,134,694contains similarity to Pfam domains PF00097 (Zinc finger, C3HC4 type (RING finger)) , PF02825 (WWE domain) contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR004170 (WWE), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type)
42nhr-273T12C9.1n/achrII 4,436,140C. elegans NHR-273 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
43prx-14R07H5.1n/achrIV 11,183,588C. elegans PRX-14 protein; contains similarity to Pfam domain PF04695 Peroxisomal membrane anchor protein (Pex14p) conserved region contains similarity to Interpro domain IPR006785 (Peroxisome membrane anchor protein Pex14p, N-terminal)
44lsd-1T08D10.2n/achrX 11,950,295T08D10.2 encodes an ortholog of the human histone demethylase LSD1 (KIAA0601), and a paralog of C. elegans SPR-5; similar histone demethylase homologs are found in human, mouse, Drosophila, fission yeast, and Arabidopsis; T08D10.2 is predicted to demethylate histone H3 lysine 4 residues and act as a transcriptional corepressor.
45F01G10.9F01G10.9n/achrIV 10,257,677contains similarity to Interpro domain IPR000694 (Proline-rich region)
46T26A5.6T26A5.6n/achrIII 6,449,449contains similarity to Interpro domain IPR001194 (DENN)
47R02F11.4R02F11.4n/achrV 4,814,781contains similarity to Pfam domain PF00560 Leucine Rich Repeat contains similarity to Interpro domains IPR008378 (Ubiquitous surface protein), IPR008957 (Fibronectin, type III-like fold), IPR001611 (Leucine-rich repeat), IPR003961 (Fibronectin, type III), IPR003591 (Leucine-rich repeat, typical subtype), IPR009053 (Prefoldin)
48srgp-1F12F6.5n/achrIV 11,574,575C. elegans SRGP-1 protein; contains similarity to Pfam domains PF00620 (RhoGAP domain) , PF00611 (Fes/CIP4 homology domain) contains similarity to Interpro domains IPR001060 (Cdc15/Fes/CIP4), IPR008936 (Rho GTPase activation protein), IPR000198 (RhoGAP)
49Y40B1A.2Y40B1A.2n/achrI 13,348,157contains similarity to Pfam domain PF00397 WW domain contains similarity to Interpro domains IPR002349 (WW), IPR001202 (WW/Rsp5/WWP)
50str-37C50B6.12n/achrV 13,328,296C. elegans STR-37 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)