UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1syg-2C26G2.10chrX 14,658,836syg-2 encodes a transmembrane protein that is a member of the immunoglobulin superfamily of proteins; during larval development, SYG-2 activity is required in vulval epithelial cells for proper synaptic specificity of the HSNL neuron; in regulating synapse formation, SYG-2 acts as a guidepost protein for the SYG-1 receptor that interacts with SYG-2 and acts within HSNL to regulate synaptic specificity; a SYG-2::GFP fusion protein is expressed in the primary vulval cell lineages beginning at the L3 larval stage, with expression increasing during the L4 stage and finally disappearing by adulthood; in embryos, SYG-2::GFP expression is detected in some head neurons and body wall muscles, the latter of which also express the reporter during the L1 and L2 larval stages.
2F09B12.2F09B12.2n/achrX 15,099,156contains similarity to Pfam domain PF01529 DHHC zinc finger domain contains similarity to Interpro domain IPR001594 (Zinc finger, DHHC-type)
3lgc-34T27A1.4n/achrII 528,462C. elegans LGC-34 protein; contains similarity to Pfam domain PF02931 Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain contains similarity to Interpro domains IPR000585 (Hemopexin), IPR006028 (Gamma-aminobutyric acid A receptor), IPR006201 (Neurotransmitter-gated ion-channel), IPR006202 (Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding)
4tag-303C52B11.2n/achrX 1,304,138C. elegans TAG-303 protein; contains similarity to Pfam domain PF02214 K+ channel tetramerisation domain contains similarity to Interpro domains IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR003131 (Potassium channel, voltage dependent, Kv, tetramerisation)
5C43G2.2C43G2.2n/achrIV 6,569,098contains similarity to Interpro domain IPR000533 (Tropomyosin)
6T01B6.1T01B6.1n/achrX 2,342,147n/a
7jph-1T22C1.7n/achrI 7,948,882jph-1 encodes a junctophilin, a protein that belongs to a transmembrane family of proteins implicated in the formation of the junctional membrane complex that forms between the plasma membrane and the endoplasmic reticulum in excitable cells; this complex facilitates cross-talk between the cell surface and intracellular ionic channels; RNA interference of jph-1 results in a locomotion defect suggesting impaired body-wall muscle function; a jph-1 promoter-gfp fusion reporter is expressed in all muscle cells and certain neurons of the nerve ring.
8R02D5.1R02D5.1n/achrV 14,508,925contains similarity to Saccharomyces cerevisiae Delayed Anaerobic Gene; SGD:YJR151C
9cst-2C24A8.4n/achrX 4,334,568C. elegans CST-2 protein; contains similarity to Pfam domains PF07714 (Protein tyrosine kinase) , PF00069 (Protein kinase domain) contains similarity to Interpro domains IPR017441 (Protein kinase ATP binding, conserved site), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related)
10dyb-1F47G6.1n/achrI 1,486,779The dyb-1 gene encodes a homolog of mammalian alpha-dystrobrevin (DTNA; OMIM:601239), mutation of which can lead to left ventricular noncompaction with congenital heart defects.
11tab-1F31E8.3n/achrII 6,804,197tab-1 encodes a homeodomain protein homologous to Drosophila bsh (brain-specific homeodomain protein) and the vertebrate BarH-like homeodomain protein 1; TAB-1 is required, during early larval development, for backward movement in response to anterior touch with a wire, while during later larval stages, TAB-1 is required for response to gentle touch with a hair; TAB-1 expression begins in the early embryo in approximately 20-30 cells and is then restricted to a subset of neurons including AIB, AVJ, and RIV; TAB-1 expression in AIB may be controlled by the UNC-42 homeodomain protein and TAB-1 may autoregulate in the AVJ and RIV neurons.
12adm-2C04A11.4n/achrX 13,691,794adm-2 encodes a protein containing a snake venom disintegrin-domain and a metalloprotease-like domain (i.e., a protein of the ADAM family); like ADM-1, ADM-2 is homologous to a mammalian sperm glycoprotein (PH-30/fertilin) implicated in sperm-egg fusion, and ADM-2 might thus be a fusogenic protein mediating the merging of plasma membranes during development.
13trpa-1C29E6.2n/achrIV 11,870,347trpa-1 encodes a transient receptor potential (TRP) ion channel orthologous to the vertebrate and Drosophila TRPA1 channels; in C. elegans, trpa-1 activity is required for specific mechanosensory behaviors such as nose-touch avoidance and touch-mediated foraging; when expressed in mammalian cells, TRPA-1 exhibits channel activity in response to mechanical stimulation; TRPA-1::GFP reporters are expressed in a number of different cell types including sensory neurons, muscle, and epithelial cells.
14T23G5.6T23G5.6n/achrIII 9,241,340contains similarity to Pfam domain PF02178 AT hook motif contains similarity to Interpro domain IPR000637 (HMG-I and HMG-Y, DNA-binding)
15aff-1C44B7.3n/achrII 6,862,137aff-1 encodes a cell-surface protein required in late L4 larvae for various cell fusions, of which at least one (AC-utse) does not require EFF-1; in vulval development, AFF-1 is required for fusion of the anchor cell (AC) with the utse syncytium, of A cells to one another, and of D cells to one another; AFF-1 is also required for lateral seam cell fusions; since aff-1 mutants fail to mix AC with utse cytoplasm, AFF-1 is probably required to begin cell fusion by forming intercellular pores; AFF-1 has no obvious non-nematode orthologs, but is paralogous to EFF-1 and C26D10.7; AFF-1 is predicted to be largely extracellular, with eight conserved predicted disulfide bonds in its ectodomain and a single C-terminal transmembrane domain; AFF-1 is expressed in the AC, beginning around the AC's invasion of basement membrane in mid-L3 larvae, and continuing until the AC's fusion to utse; AFF-1 is also expressed in utse, beginning in L4 larvae, after which AC-utse fusion immediately ensues; in both AC and utse, AFF-1 expression requires FOS-1, and the aff-1 promoter has predicted FOS-1 binding sites; other sites of AFF-1 expression include embryonic hyp5 cells, pharyngeal muscles (Pm3 and Pm5), head and tail neurons, sheath cells of chemosensory neurons, and male tail neurons; subcellularly, AFF-1::GFP localizes to plasma membrane and (undefined) intracellular organelles; generally, AFF-1 is expressed in cells whose fusion does not require EFF-1, which may explain why AFF-1 and EFF-1 are redundantly required for viability; heat shock-driven overexpression of AFF-1, even in an eff-1 null mutant background, can induce ectopic cell fusion, and heterologous AFF-1 can induce insect Sf9 cells to fuse in vitro.
16unc-29T08G11.5n/achrI 8,899,525unc-29 encodes an non-alpha subunit of the nicotinic acetylcholine receptor (nAChR) superfamily; UNC-29 is required for normal locomotion and egg-laying, and functions as a subunit of a ligand-gated ion channel that likely mediates fast actions of acetylcholine at neuromuscular junctions and in the nervous system; when coexpressed with LEV-1, a non-alpha nAChR subunit, and UNC-38 or UNC-63, alpha AChR subunits, the resulting multimer can form levamisole-gated channels; UNC-29 is expressed in body wall muscle.
17lrk-1T27C10.6n/achrI 10,886,998lrk-1 encodes a homolog of GbpC, the primary high-affinity cGMP-binding protein in Dictyostelium discoideum, which is required for normal phosphorylation and cytoskeletal assembly of myosin during chemotaxis; GbpC is generally conserved in eukaryotes, with homologs in mammals and flies.
18C17E4.11C17E4.11n/achrI 9,420,385contains similarity to Pfam domain PF08241 Methyltransferase domain contains similarity to Interpro domain IPR013216 (Methyltransferase type 11)
19hum-7F56A6.2n/achrI 596,704hum-7 encodes a class IX unconventional myosin heavy chain that contains a myosin motor domain in the head region and zinc-finger and rhoGAP (rho GTPase activating protein) domains in the tail region; HUM-7 is required during embryogenesis for cytokinesis and normal cytoplasmic rearrangements, and by homology, may function in organization of the actin cytoskeleton; the precise expression and localization patterns of HUM-7 are not yet known.
20C31H2.4C31H2.4n/achrX 5,157,381C31H2.4 encodes a possible 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase, orthologous to human HPDL/GLOXD1, and paralogous to HPD-1 and human HPD (OMIM:609695, mutated in tyrosinemia type III); C31H2.4 has no obvious function in mass RNAi experiments.
21C07B5.2C07B5.2n/achrX 9,516,733contains similarity to Listeria monocytogenes Probable tRNA (5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)-methyltransferases(EC 2.1.1.61).; SW:TRMU_LISMO
22nhr-79T26H2.9n/achrV 19,209,750C. elegans NHR-79 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
23pat-4C29F9.7n/achrIII 92,134The pat-4 gene encodes a serine/threonine kinase orthologous to human integrin-linked kinase (ILK, OMIM:602366) and is required for formation of integrin-mediated muscle cell attachments during embryogenesis; PAT-4 probably functions as an adaptor molecule and localizes to dense bodies and M lines; PAT-4 forms a ternary complex with PAT-6/actopaxin and UNC-112, and requires UNC-112, UNC-52/perlecan, PAT-2/alpha integrin, and PAT-3/beta integrin for proper localization to newly forming integrin adhesion complexes.
24T04B8.1T04B8.1n/achrII 635,951
25R13D11.3R13D11.3n/achrV 815,301contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
26T05A1.3T05A1.3n/achrIV 9,563,673contains similarity to Pfam domain PF00560 Leucine Rich Repeat contains similarity to Interpro domains IPR000483 (Cysteine-rich flanking region, C-terminal), IPR001611 (Leucine-rich repeat), IPR003591 (Leucine-rich repeat, typical subtype)
27K10C9.3K10C9.3n/achrV 1,064,729contains similarity to Pfam domain PF00445 Ribonuclease T2 family contains similarity to Interpro domain IPR001568 (Ribonuclease T2)
28F46C8.3F46C8.3n/achrX 7,526,360
29ZC416.1ZC416.1n/achrIV 3,637,332n/a
30dgn-2F56C3.6n/achrX 1,366,491C. elegans DGN-2 protein ;
31fbn-1ZK783.1n/achrIII 7,633,447fbn-1 encodes a protein homologous to the human extracellular matrix protein fibrillin-1 (FBN1) which when mutated leads to Marfan syndrome (OMIM:154700), a connective tissue disorder; in C. elegans, fbn-1 activity is required for completion of molting, particularly the L3/L4 or L4/Adult molts.
32sop-2C50E10.4n/achrII 12,342,269sop-2 encodes a SAM domain-containing protein that is related to, but not orthologous with, Polycomb group proteins and ETS transcription factors; during development, SOP-2 activity is required for maintaining a restricted pattern of Hox gene expression, such as that of mab-5 and egl-5, to specific cells and tissues; thus, SOP-2 is required for proper cell fate specification in a variety of cell lineages, including the serotonergic and dopaminergic male tail neurons and the ventral nerve cord; in regulating neurotransmitter phenotype, sop-2 functions together with sor-3, which also encodes a Polycomb group protein, and members of the TGF-beta signaling pathway; sop-2 and sor-3 also function together to regulate progression through larval development; a SOP-2::GFP reporter fusion is expressed in the nuclei of all somatic cells beginning at the 50-cell stage of embryogenesis; SOP-2::GFP expression is initially diffuse, but by the 200-cell stage is visible in distinct nuclear bodies, the size and number of which may correlate with DNA content.
33F16C3.2F16C3.2n/achrI 10,152,680contains similarity to Clostridium acetobutylicum DNA repair protein recN, ATPase.; TR:Q97HD9
34ife-4C05D9.5n/achrX 1,105,125The ife-4 gene encodes a member of the Initiation Factor 4E (eIF4E) family.
35tsp-16F01E11.4n/achrX 6,995,740C. elegans TSP-16 protein; contains similarity to Pfam domain PF00335 Tetraspanin family contains similarity to Interpro domains IPR000301 (CD9/CD37/CD63 antigen), IPR008952 (Tetraspanin), IPR013838 (Beta tubulin, autoregulation binding site)
36clec-229H02K04.1n/achrV 15,340,763C. elegans CLEC-229 protein; contains similarity to Interpro domains IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin), IPR001202 (WW/Rsp5/WWP)
37F02D10.4F02D10.4n/achrX 13,458,404contains similarity to Emericella nidulans Anucleate primary sterigmata protein B.; SW:APSB_EMENI
38nhr-204R02C2.4n/achrV 256,479C. elegans NHR-204 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
39H22K11.2H22K11.2n/achrX 6,785,820contains similarity to Pfam domain PF01301 Glycosyl hydrolases family 35 contains similarity to Interpro domains IPR000583 (Glutamine amidotransferase, class-II), IPR017853 (Glycoside hydrolase, catalytic core), IPR013781 (Glycoside hydrolase, subgroup, catalytic core), IPR001944 (Glycoside hydrolase, family 35)
40srw-67F18E3.2n/achrV 7,418,725C. elegans SRW-67 protein; contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
41R04B3.1R04B3.1n/achrX 2,468,815contains similarity to Interpro domain IPR000998 (MAM)
42T23F11.4T23F11.4n/achrIII 4,664,270contains similarity to Interpro domain IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
43dpy-27R13G10.1n/achrIII 3,816,595dpy-27 encodes an ATP-binding protein that is a homolog of the SMC4 subunit of mitotic condensin; DPY-27, in combination with other proteins including MIX-1, act as a unit to repress X-linked gene expression during hermaphrodite dosage compensation; in XX oocytes and early embryos, DPY-27 exhibits diffuse nuclear localization, but by the 30-cell stage of embryogenesis, DPY-27 specifically localizes to X chromosomes; in XO animals at all stages, DPY-27 remains diffusely nuclear; the sex-specific localization of DPY-27 to X chromosomes is dependent upon wild-type activity of xol-1, as DPY-27 mislocalizes to the X chromosome of XO embryos in a xol-1 mutant background.
44cand-1Y102A5A.1n/achrV 16,808,692C. elegans CAND-1 protein; contains similarity to Pfam domains PF02985 (HEAT repeat) (2), PF08623 (TATA-binding protein interacting (TIP20)) contains similarity to Interpro domains IPR011989 (Armadillo-like helical), IPR000357 (HEAT), IPR013932 (TATA-binding protein interacting (TIP20)), IPR016024 (Armadillo-type fold)
45C29F9.6C29F9.6n/achrIII 115,990contains similarity to Pfam domain PF02135 TAZ zinc finger contains similarity to Interpro domains IPR003101 (Coactivator CBP, KIX), IPR000197 (Zinc finger, TAZ-type)
46F16H11.1F16H11.1n/achrX 4,670,622contains similarity to Pfam domain PF07690 Major Facilitator Superfamily contains similarity to Interpro domains IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
47ZC449.5ZC449.5n/achrX 5,036,581contains similarity to Lodderomyces elongisporus Putative uncharacterized protein.; TR:A5DYU9
48ctbp-1F49E10.5n/achrX 5,867,998tag-45 encodes a D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase.
49rpm-1C01B7.6n/achrV 8,812,661rpm-1 encodes an E3 ubiquitin ligase that contains an N-terminal RCC1 (regulator of chromosome condensation)-like guanine nucleotide exchange factor (GEF) domain and that is orthologous to Drosophila highwire and murine Phr1; RPM-1 functions autonomously within several different types of neurons to regulate presynaptic differentiation; in regulating axon termination, RPM-1 acts through the GLO-4 guanine nucleotide exchange factor that positively regulates vesicular trafficking through GLO-1/Rab; in regulating synaptogenesis, RPM-1 functions as part of an SCF-like ubiquitin ligase complex that negatively regulates signaling through the DLK-1 MAP kinase cascade; RPM-1 is expressed in most, if not all, neurons from the comma stage of embryogenesis through adulthood; RPM-1 expression is also seen in the pharynx, coelomocytes, and distal tip cells; in neurons, RPM-1 localizes to presynaptic terminals.
50F45B8.3F45B8.3n/achrX 14,960,981contains similarity to Interpro domains IPR003267 (Small proline-rich), IPR000694 (Proline-rich region)