UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1nhr-258C26B2.40chrIV 8,045,986C. elegans NHR-258 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
2mau-2C09H6.3n/achrI 8,127,936mau-2 encodes an ortholog of budding yeast Scc4p, Drosophila CG4203, and human KIAA0892; MAU-2 is required (with PQN-85 and SCC-3) for normal mitotic chromosome segregation, and for cellular (e.g., neuronal) or axonal migration; MAU-2 is required for migration both embryonically and postembryonically, along both dorsoventral and longitudinal body axes; MAU-2 guides the axonal projection of AVM (and probably other neurons) by some cell-autonomous mechanism independent of SLT-1; MAU-2 is also required for normal larval development, locomotion, excretory canals and osmoregulation, phasmid morphology, and egg-laying; the primary sequences of MAU-2 and its Scc4-like orthologs are composed of tetratricopeptide repeats, and are highly divergent between yeast and metazoa; MAU-2 is expressed ubiquitously in embryos during late gastrulation, subsequently becoming restricted to neurons; mau-2 transcripts are abundant in oocytes, and maternal transcripts alone can support normal MAU-2 protein synthesis through the L3 larval stage (but not in L4 larvae or adults); MAU-2's N-terminal 371 residues of MAU-2 are its most conserved domain, and are sufficient to transgenically rescue mau-2 mutants; despite its behavioral phenotype, MAU-2 is thought to act early in development, since the uncoordinated phenotype of mau-2 mutants is maternal; while the uncoordinated phenotype of mau-2 mutants can be rescued either maternally or zygotically, the egg-laying phenotype of mau-2 mutants is purely zygotic; partially penetrant mau-2 dye-filling phenotypes occur on one side of the body, suggesting that MAU-2 acts on a whole side of an embryo at a time; while mau-2(RNAi) has no obvious early embryonic phenotype, joint mau-2/scc-3(RNAi) grossly deranges chromosomal segregation in early embryos, and mau-2(RNAi) enhances the lagging of anaphase chromosomes induced by pqn-85(RNAi).
3C25G6.1C25G6.1n/achrX 1,271,143contains similarity to Pfam domain PF03803 Scramblase contains similarity to Interpro domain IPR005552 (Scramblase)
4F48E3.2F48E3.2n/achrX 7,491,715contains similarity to Pfam domains PF07690 (Major Facilitator Superfamily) , PF00083 (Sugar (and other) transporter) contains similarity to Interpro domains IPR007114 (Major facilitator superfamily), IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR005829 (Sugar transporter, conserved site), IPR005828 (General substrate transporter), IPR003663 (Sugar transporter), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
5exos-1Y48A6B.5n/achrIII 11,009,701C. elegans EXOS-1 protein ; contains similarity to Drosophila melanogaster Flybase gene name is Csl4-PA;; FLYBASE:CG6249
6srbc-61F08E10.2n/achrV 17,477,416C. elegans SRBC-61 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
7R05F9.9R05F9.9n/achrII 4,900,966
8btb-13ZC204.11n/achrII 1,654,256C. elegans BTB-13 protein; contains similarity to Pfam domain PF00651 BTB/POZ domain contains similarity to Interpro domains IPR000209 (Peptidase S8 and S53, subtilisin, kexin, sedolisin), IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR013069 (BTB/POZ)
9rfc-2F58F6.4n/achrIV 1,350,136rfc-2 encodes a member of the AAA family that are ATPases associated with DNA replication and has highest similarity to the mouse Replication factor C 40 kDa subunit, and affects embryonic viability, fertility, and locomotion in a large-scale RNAi screen.
10F41G4.1F41G4.1n/achrX 16,841,928contains similarity to Strongylocentrotus purpuratus 33 kDa inner dynein arm light chain, axonemal (p33).; SW:Q26630
11F29B9.1F29B9.1n/achrIV 4,666,256contains similarity to Pfam domain PF08242 Methyltransferase domain contains similarity to Interpro domain IPR013217 (Methyltransferase type 12)
12F44F4.9F44F4.9n/achrII 10,915,378contains similarity to Toxoplasma gondii Membrane skeletal protein IMC1.; TR:Q962H9
13F09E5.9F09E5.9n/achrII 5,346,983
14F19D8.2F19D8.2n/achrX 13,835,397contains similarity to Homo sapiens Splice isoform 1 of Q9UMN6 Myeloid/lymphoid or mixed-lineage leukemia protein 4; ENSEMBL:ENSP00000222270
15end-3F58E10.5n/achrV 14,015,253end-3 encodes a GATA zinc finger protein, paralogous to end-1, that helps specify mesoendodermal (as opposed to mesectodermal) lineages derived from the E blastomere.
16eat-5F13G3.8n/achrI 7,310,218eat-5 encodes an innexin, expressed in pharyngeal muscle cell groups pm4 and pm5, that is required for synchronized pharyngeal muscle contractions, and for normal electrical connections between pharyngeal muscle cells; EAT-5 forms electrically permeable intercellular channels (gap junctions), with a predicted membrane topology analogous to that of connexins, which affects electrical coupling between different parts of the pharynx and thus affects feeding.
17str-74C14H10.4n/achrX 10,240,354C. elegans STR-74 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
18C55C3.5C55C3.5n/achrIV 5,699,611contains similarity to Interpro domain IPR001124 (Lipid-binding serum glycoprotein)
19srbc-7C18B10.4n/achrV 7,486,852C. elegans SRBC-7 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
20F53B7.3F53B7.3n/achrV 11,000,154contains similarity to Pfam domain PF06246 Isy1-like splicing family contains similarity to Interpro domain IPR009360 (Isy1-like splicing)
21C36B7.4C36B7.4n/achrX 7,086,834
22F39H11.1F39H11.1n/achrI 8,697,062contains similarity to Pfam domain PF07572 Bucentaur or craniofacial development contains similarity to Interpro domains IPR011421 (Bucentaur or craniofacial development), IPR005413 (Low calcium response V antigen)
23VH15N14R.1VH15N14R.1n/achrI 7,781,895contains similarity to Aspergillus niger Protein kinase C-like (EC 2.7.1.-).; SW:KPC1_ASPNG
24fbxb-78E04A4.1n/achrIV 4,738,137This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; its encoded protein also contains a Pfam-B45 motif of presently unknown function.
25C14A4.11C14A4.11n/achrII 10,606,420contains similarity to Pfam domain PF06840 Protein of unknown function (DUF1241) contains similarity to Interpro domain IPR009652 (Protein of unknown function DUF1241)
26hlh-19F57C12.3n/achrX 556,516C. elegans HLH-19 protein; contains similarity to Pfam domain PF00010 Helix-loop-helix DNA-binding domain contains similarity to Interpro domains IPR001092 (Basic helix-loop-helix dimerisation region bHLH), IPR011598 (Helix-loop-helix DNA-binding)
27K09A11.1K09A11.1n/achrX 13,263,425contains similarity to Pfam domains PF05699 (hAT family dimerisation domain) , PF02892 (BED zinc finger) contains similarity to Interpro domains IPR008906 (HAT dimerisation), IPR003656 (Zinc finger, BED-type predicted), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
28str-84F59E11.13n/achrV 8,980,200C. elegans STR-84 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
29pfd-5R151.9n/achrIII 7,198,447pfd-5 encodes a putative prefoldin 5 subunit, orthologous to human PFDN5 (OMIM:604899), that is required for normal microtubule growth, embryonic and larval viability, fertility, vulval development, and locomotion; PFD-5 is expressed in most, if not all, tissues; pfd-5(RNAi) animals show sterile progeny, larval arrest or lethality, uncoordination, and abnormal body shapes, and pfd-5(RNAi) embryos show a reduced microtubule growth rate.
30rpb-11W01G7.3n/achrII 14,060,256C. elegans RPB-11 protein; contains similarity to Pfam domain PF01193 RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain contains similarity to Interpro domains IPR008193 (DNA-directed RNA polymerase Rpb11, 13-16 kDa subunit, conserved site), IPR011261 (DNA-directed RNA polymerase, dimerisation), IPR009025 (DNA-directed RNA polymerase, RBP11-like)
31C48B6.2C48B6.2n/achrI 6,917,161contains similarity to Pfam domain PF01479 S4 domain contains similarity to Interpro domains IPR002942 (RNA-binding S4), IPR001912 (Ribosomal protein S4)
32uba-2W02A11.4n/achrI 12,745,085uba-2 encodes the C. elegans ortholog of Saccharomyces cerevisiae Uba2p and human ubiquitin-like 2 activating enzyme E1B; by homology, UBA-2 is predicted to form, with a regulatory subunit, AOS-1, a heterodimeric enzyme that activates the ubiquitin-like protein SMO-1/SUMO in preparation for its covalent attachment to target proteins to regulate their subcellular localization and/or stability; in C. elegans, UBA-2 is required for embryogenesis and vulval development, as well as for proper Hox gene regulation; uba-2/aos-1(RNAi) animals that survive embryogenesis show ectopic expression of EGL-5 and ectopic anterior sensory ray formation.
33F57G8.7F57G8.7n/achrV 16,329,811contains similarity to Antarctic bacterium str 643 Metalloproteinase precursor.; TR:Q9KH34
34ZC239.16ZC239.16n/achrII 3,225,022contains similarity to Pfam domain PF02214 K+ channel tetramerisation domain contains similarity to Interpro domains IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR003131 (Potassium channel, voltage dependent, Kv, tetramerisation)
35ZK1248.11ZK1248.11n/achrII 5,828,127contains similarity to Xenopus laevis E3 SUMO-protein ligase NSE2 (EC 6.-.-.-) (Non-structural maintenancesof chromosomes element 2 homolog) (Non-SMC element 2 homolog).; SW:Q7ZXH2
36F58B3.7F58B3.7n/achrIV 11,639,167contains similarity to Pfam domains PF01585 (G-patch domain) , PF00076 (RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain)) contains similarity to Interpro domains IPR012677 (Nucleotide-binding, alpha-beta plait), IPR016967 (Splicing factor, SPF45), IPR003954 (RNA recognition, region 1), IPR000467 (D111/G-patch), IPR000504 (RNA recognition motif, RNP-1), IPR009145 (U2 auxiliary factor small subunit)
37lir-3F37H8.1n/achrII 11,183,865lir-3 encodes a LIN-26-like zinc-finger protein that shares a unique C2H2 motif together with LIR-1, LIR-2 and LIN-26; as loss of lir-3 activity via mutation or RNAi results in no obvious abnormalities, the precise role of lir-3 in C. elegans development and/or behavior is not yet known.
38srab-2C04F5.5n/achrV 5,104,023C. elegans SRAB-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF02175 C.elegans integral membrane protein Srb contains similarity to Interpro domains IPR001005 (SANT, DNA-binding), IPR002184 (Serpentine beta receptor), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
39srz-94F49H6.11n/achrV 17,034,553C. elegans SRZ-94 protein ;
40D2030.3D2030.3n/achrI 7,579,667contains similarity to Interpro domain IPR016024 (Armadillo-type fold)
41C14F11.2C14F11.2n/achrX 6,211,298contains similarity to Pfam domains PF00560 (Leucine Rich Repeat) (6), PF00307 (Calponin homology (CH) domain) contains similarity to Interpro domains IPR001611 (Leucine-rich repeat), IPR003591 (Leucine-rich repeat, typical subtype), IPR016146 (Calponin-homology), IPR001715 (Calponin-like actin-binding), IPR003590 (Leucine-rich repeat, ribonuclease inhibitor subtype)
42Y54G11A.1Y54G11A.1n/achrII 14,262,654contains similarity to Mesocricetus auratus Nucleolin (Protein C23).; SW:NUCL_MESAU
43taf-11.3F43D9.5n/achrIII 10,504,535The taf-11.3 gene encodes an ortholog of human TATA-binding protein associated factor TAF11 (TAFII28, OMIM:600772) that is a component of the TFIID general transcription factor that recognizes the transcription start site; TAF-11.3 is required for proper post-embryonic development.
44abce-1Y39E4B.1n/achrIII 13,156,917C. elegans ABCE-1 protein; contains similarity to Pfam domains PF04068 (Possible metal-binding domain in RNase L inhibitor, RLI) , PF00037 (4Fe-4S binding domain) , PF00005 (ABC transporter) (2)contains similarity to Interpro domains IPR003439 (ABC transporter-like), IPR001450 (4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding), IPR013283 (ABC transporter, ABCE), IPR007209 (Possible metal-binding region in RNase L inhibitor, RLI), IPR003593 (AAA+ ATPase, core)
45T08A9.6T08A9.6n/achrX 7,312,318This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins.
46cic-1H14E04.5n/achrIII 2,397,836C. elegans CIC-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00134 Cyclin, N-terminal domain contains similarity to Interpro domains IPR006670 (Cyclin), IPR011028 (Cyclin-like), IPR013763 (Cyclin-related), IPR006671 (Cyclin, N-terminal), IPR015429 (Transcription regulator cyclin)
47str-134C05E4.6n/achrV 744,563C. elegans STR-134 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
48T08E11.5T08E11.5n/achrII 1,822,035
49F53H4.3F53H4.3n/achrX 15,886,572contains similarity to Mus musculus Ataxin-1 (Spinocerebellar ataxia type 1 protein homolog).; SW:ATX1_MOUSE
50srh-17C47E8.2n/achrV 14,662,094C. elegans SRH-17 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)