UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1C25G6.4C25G6.47e-91chrX 1,248,831
2F48A11.4F48A11.4n/achrII 214,905
3rod-1F55G1.4n/achrIV 7,481,969C. elegans ROD-1 protein ; contains similarity to Caenorhabditis remanei Putative RoughDeal (Fragment).; TR:Q4TTM7
4M01B2.10M01B2.10n/achrV 15,261,657contains similarity to Homo sapiens Phytanoyl-CoA 2-hydroxylase-interacting protein-like; ENSEMBL:ENSP00000362987
5Y76G2A.2Y76G2A.2n/achrI 5,979,210
6Y47H9C.7Y47H9C.7n/achrI 11,892,653Y47H9C.7 is orthologous to the human gene EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 2B, SUBUNIT 2 (BETA, 39KD) (EIF2B2; OMIM:606454), which when mutated leads to disease.
7nlr-1F20B10.1n/achrIV 12,174,554C. elegans NLR-1 protein; contains similarity to Pfam domains PF00008 (EGF-like domain) (2), PF02210 (Laminin G domain) (2), PF00054 (Laminin G domain) contains similarity to Interpro domains IPR000742 (EGF-like, type 3), IPR013320 (Concanavalin A-like lectin/glucanase, subgroup), IPR001791 (Laminin G), IPR006209 (EGF-like), IPR000152 (Aspartic acid and asparagine hydroxylation site), IPR006210 (EGF), IPR001881 (EGF-like calcium-binding), IPR013032 (EGF-like region, conserved site), IPR012680 (Laminin G, subdomain 2), IPR008985 (Concanavalin A-like lectin/glucanase), IPR012679 (Laminin G, subdomain 1)
8F32B6.9F32B6.9n/achrIV 9,904,788contains similarity to Pfam domain PF01062 Bestrophin contains similarity to Interpro domain IPR000615 (Bestrophin)
9twk-3M110.2n/achrII 8,211,638C. elegans TWK-3 protein; contains similarity to Pfam domain PF07885 Ion channel contains similarity to Interpro domains IPR003280 (Potassium channel, two pore-domain), IPR013099 (Ion transport 2)
10M60.6M60.6n/achrX 8,250,273
11cah-1F54D8.4n/achrIII 5,084,208cah-1 encodes a member of the carbonic anhydrase family.
12F54F2.7F54F2.7n/achrIII 8,806,716contains similarity to Interpro domain IPR011053 (Single hybrid motif)
13fbxb-76H02I12.2n/achrIV 11,378,732This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins.
14glr-1C06E1.4n/achrIII 8,586,335glr-1 encodes an AMPA (non-NMDA)-type ionotropic glutamate receptor subunit; GLR-1 activity is required for mediating the behavioral response to light nose touch and the frequency with which animals change locomotory direction in response to sensory cues such as food; GLR-1 and GLR-2, a second AMPA-type ionotropic glutatmate receptor, can interact to form functional heteromeric channels; GLR-1 is expressed in motorneurons and interneurons, including four of the five pairs of command interneurons that are required for locomotory control; in the ventral nerve cord and nerve ring, GLR-1 localizes to perinuclear structures in cell bodies and to punctate structures that appear to be glutamatergic postsynaptic specializations; proper GLR-1 localization in the anterior ventral nerve cord of older larvae and adults requires activity of the class I PDZ protein LIN-10; GLR-1 is ubiquitinated in vivo and its abundance at postsynaptic elements, which may influence postsynaptic strength, is regulated by ubiquitination.
15cdh-1R10F2.1n/achrIII 2,923,253cdh-1 encodes a cadherin that is similar, in the extracellular domain, to the Drosophila cadherin Dachsous (Ds); although the precise role of cdh-1 in C. elegans development and/or behavior is not yet known, loss of cdh-1 activity via RNAi using the hypersensitive rrf-3 strain can result in locomotion and growth defects, as well as larval lethality.
16F53H4.3F53H4.3n/achrX 15,886,572contains similarity to Mus musculus Ataxin-1 (Spinocerebellar ataxia type 1 protein homolog).; SW:ATX1_MOUSE
17lin-1C37F5.1n/achrIV 2,288,106lin-1 encodes an Ets-domain-containing transcription factor that is a member of the ETS gene family that includes human ELK1, 3, and 4 (OMIM:600247); LIN-1 functions as a general effector of MAP kinase-mediated signaling; when MAP kinase is inactive, LIN-1 forms a complex with LIN-31/WH that inhibits vulval cell fate specification; upon MAP kinase activation (vulval induction), LIN-1 is phosphorylated, dissociates from LIN-31, and becomes inactive, thus allowing for vulval development.
18C49H3.9C49H3.9n/achrIV 7,908,266contains similarity to Pfam domain PF07967 C3HC zinc finger-like contains similarity to Interpro domain IPR012935 (Zinc finger, C3HC-like)
19C14B1.5C14B1.5n/achrIII 3,708,022C14B1.5 encodes an ortholog of S. cerevisiae YIL103 and human DPH2L1/OVCA1 (OMIM:603527, deleted or downregulated in ovarian tumors); C14B1.5 is paralogous to S. cerevisiae DPH2/YKL191W, a protein component of diphtamide synthesis; C14B1.5 has no obvious function in mass RNAi assays.
20F53A2.9F53A2.9n/achrIII 13,357,930contains similarity to Pfam domain PF00646 (F-box domain)
21K02E7.4K02E7.4n/achrII 1,073,572contains similarity to Pfam domain PF02214 K+ channel tetramerisation domain contains similarity to Interpro domain IPR003131 (Potassium channel, voltage dependent, Kv, tetramerisation)
22math-39T08E11.2n/achrII 1,832,929C. elegans MATH-39 protein; contains similarity to Pfam domain PF00917 MATH domain contains similarity to Interpro domains IPR008974 (TRAF-like), IPR002083 (MATH)
23T07F12.3T07F12.3n/achrX 4,887,726contains similarity to Pfam domains PF00339 (Arrestin (or S-antigen), N-terminal domain) , PF02752 (Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR014756 (Immunoglobulin E-set), IPR011022 (Arrestin-like, C-terminal), IPR011021 (Arrestin-like, N-terminal)
24F33D11.5F33D11.5n/achrI 5,836,021contains similarity to Pfam domain PF07885 Ion channel contains similarity to Interpro domains IPR013099 (Ion transport 2), IPR003092 (Potassium channel, two pore-domain, TASK)
25str-20C05E4.2n/achrV 757,182C. elegans STR-20 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
26dct-10Y38H6C.5n/achrV 20,503,211C. elegans DCT-10 protein; contains similarity to Pfam domains PF03732 (Retrotransposon gag protein) , PF00098 (Zinc knuckle) contains similarity to Interpro domains IPR009007 (Peptidase aspartic, catalytic), IPR005162 (Retrotransposon gag protein), IPR001878 (Zinc finger, CCHC-type)
27tsp-15F53B6.1n/achrI 8,929,911C. elegans TSP-15 protein; contains similarity to Pfam domain PF00335 Tetraspanin family contains similarity to Interpro domains IPR000301 (CD9/CD37/CD63 antigen), IPR008952 (Tetraspanin)
28Y38H6C.14Y38H6C.14n/achrV 20,527,484contains similarity to Leishmania major strain Friedlin Proteophosphoglycan 5.; TR:Q4FX62
29K06A4.4K06A4.4n/achrV 9,502,894contains similarity to Pfam domain PF03083 MtN3/saliva family contains similarity to Interpro domain IPR004316 (MtN3 and saliva related transmembrane protein)
30K07E8.7K07E8.7n/achrII 645,697contains similarity to Pfam domain PF00849 RNA pseudouridylate synthase contains similarity to Interpro domains IPR006145 (Pseudouridine synthase), IPR006224 (Pseudouridine synthase, conserved site), IPR002942 (RNA-binding S4), IPR006225 (Pseudouridine synthase, RluD)
31srg-45C51F7.2n/achrV 12,308,051C. elegans SRG-45 protein; contains similarity to Interpro domain IPR000609 (Serpentine gamma receptor, Caenorhabditis species)
32R01H2.1R01H2.1n/achrIII 7,062,968
33F40G12.6F40G12.6n/achrV 14,272,120contains similarity to Pfam domain PF03236 Domain of unknown function DUF263 contains similarity to Interpro domain IPR004920 (Protein of unknown function DUF263)
34Y37E11B.6Y37E11B.6n/achrIV 3,598,943Y37E11B.6 encodes an ortholog of Rpp21 (Rpr2), a protein subunit of the endoribonuclease RNAse P, which cleaves tRNA precursors to produce their mature 5' end.
35C11D2.2C11D2.2n/achrIV 6,187,162contains similarity to Pfam domain PF00026 Eukaryotic aspartyl protease contains similarity to Interpro domains IPR009007 (Peptidase aspartic, catalytic), IPR001969 (Peptidase aspartic, active site), IPR001461 (Peptidase A1)
36M163.5M163.5n/achrX 14,475,017contains similarity to Interpro domain IPR008995 ()
37C53C11.1C53C11.1n/achrX 17,340,978contains similarity to Interpro domain IPR010993 (Sterile alpha motif homology)
38srh-269T03E6.5n/achrV 16,591,043C. elegans SRH-269 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
39coq-6K07B1.2n/achrV 9,337,783coq-6 encodes a putative flavin-dependent aromatic-ring monooxygenase, homologous to yeast COQ6; COQ-6 is required for ubiquinone (coenzyme Q9) biosynthesis and for normally short lifespan; coq-6(RNAi) animals have reduced levels of coenzyme Q9 and superoxide, and have abnormally long lifespans.
40K02D7.2K02D7.2n/achrIV 312,624K02D7.2 encodes an ortholog of human SNAI2/SLUG (OMIM:602150, mutated in Waardenburg syndrome type IID) and Drosophila ESCARGOT; based on its orthology to SNAI2, K02D7.2 is predicted to be a transcriptional inhibitor.
41srx-36T01C4.6n/achrV 7,130,371C. elegans SRX-36 protein; contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
42Y69H2.2Y69H2.2n/achrV 18,632,391contains similarity to Pfam domains PF00008 (EGF-like domain) (5), PF00858 (Amiloride-sensitive sodium channel) , PF07974 (EGF-like domain) (2)contains similarity to Interpro domains IPR001438 (EGF-like, type 2), IPR000742 (EGF-like, type 3), IPR006209 (EGF-like), IPR006210 (EGF), IPR002049 (EGF-like, laminin), IPR001881 (EGF-like calcium-binding), IPR013032 (EGF-like region, conserved site), IPR013111 (EGF, extracellular), IPR001873 (Na+ channel, amiloride-sensitive)
43T21B4.3T21B4.3n/achrII 12,495,897contains similarity to Pfam domain PF01681 C6 domain contains similarity to Interpro domain IPR002601 (Protein of unknown function C6)
44B0198.3B0198.3n/achrX 12,045,895contains similarity to Pfam domain PF00069 Protein kinase domain contains similarity to Interpro domains IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR000719 (Protein kinase, core)
45F54F11.1F54F11.1n/achrII 13,505,368contains similarity to Interpro domain IPR013830 (Esterase, SGNH hydrolase-type)
46T13C5.6T13C5.6n/achrX 6,207,063contains similarity to Pfam domain PF01569 PAP2 superfamily contains similarity to Interpro domains IPR000326 (Phosphatidic acid phosphatase type 2/haloperoxidase), IPR016118 (Phosphatidic acid phosphatase/chloroperoxidase, N-terminal)
47F44E5.3F44E5.3n/achrII 11,763,830contains similarity to Homo sapiens Hypothetical protein; ENSEMBL:ENSP00000304160
48C02B8.6C02B8.6n/achrX 8,134,694contains similarity to Pfam domains PF00097 (Zinc finger, C3HC4 type (RING finger)) , PF02825 (WWE domain) contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR004170 (WWE), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type)
49ubc-19Y69H2.6n/achrV 18,688,049ubc-19 encodes a predicted conjgating enzyme (UBCs/E2s) of the ubiquitin-conjugation system with a potentially low effect on embryonic viability, based on RNAi analysis.
50gpa-6F48C11.1n/achrX 13,192,522gpa-6 encodes a member of the G protein alpha subunit family of heterotrimeric GTPases that affects response to water-soluble odorants; it is expressed in AWA amphid neurons, the PHB sensory cell, and (at low levels) in ASI amphid neurons.