UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description                                       
1mcm-3C25D7.60chrV 15,058,134mcm-3 encodes a member of the MCM2/3/5 family with similarity to human DNA replication licensing factor, MCM3, and affects embryonic viability.
2C14C11.4C14C11.4n/achrV 5,649,282contains similarity to Pfam domain PF02408 CUB-like domain contains similarity to Interpro domains IPR000859 (CUB), IPR003366 (CUB-like region)
3K05C4.7K05C4.7n/achrI 14,738,206contains similarity to Interpro domains IPR016617 (Uncharacterised conserved protein UCP013899, metal binding), IPR016024 (Armadillo-type fold)
4F19D8.2F19D8.2n/achrX 13,835,397contains similarity to Homo sapiens Splice isoform 1 of Q9UMN6 Myeloid/lymphoid or mixed-lineage leukemia protein 4; ENSEMBL:ENSP00000222270
5C17E4.6C17E4.6n/achrI 9,426,826contains similarity to Pfam domains PF05764 (YL1 nuclear protein) , PF08265 (YL1 nuclear protein C-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR013272 (YL1 nuclear, C-terminal), IPR008895 (YL1 nuclear)
6unc-71Y37D8A.13n/achrIII 12,886,268unc-71 encodes an ADAM, a disintegrin and metalloprotease-containing transmembrane protein that is a member of the metzincin superfamily of proteases; UNC-71 is required non-cell autonomously for motor axon guidance and sex myoblast migration; UNC-71 does not appear to have an active metalloprotease domain, but functions with UNC-6/netrin and integrins INA-1/PAT-3 to provide guidance cues during axonal migration; UNC-71 is expressed in a restricted pattern in the excretory and excretory gland cells, some head neurons, the sphincter muscles, and hypodermal cells surrounding the vulva.
7C43H8.2C43H8.2n/achrI 10,623,645contains similarity to Pfam domain PF09174 Maf1 regulator contains similarity to Interpro domains IPR017152 (RNA polymerase III transcriptional repressor, MAF1), IPR015257 (Maf1 regulator)
8Y4C6B.1Y4C6B.1n/achrIV 5,355,504contains similarity to Interpro domain IPR000694 (Proline-rich region)
9lin-46R186.4n/achrV 12,969,772lin-46 encodes one of two C. elegans paralogs of bacterial MoeA proteins and mammalian gephyrins (E domain, only); LIN-46 is predicted to function as a scaffolding protein for a developmental timing complex, and may also play a role in molybdenum cofactor biosynthesis; identified in screens for suppressors of precocious heterochronic mutations in lin-14 and lin-28, lin-46 is required for stage-specific developmental events at the third larval and adult stages of development; as a component of the heterochronic pathway, lin-46 appears to act immediately downstream of lin-28, which encodes a predicted RNA binding protein required for cell fate specification at the L2 stage; a LIN-46:GFP fusion protein is detected in the cytoplasm and non-nucleolar part of the nucleus of ventral and lateral hypodermal cells around the time of the larval molts; in addition, the LIN-46 fusion protein is detected in cell bodies and axons of the AVBL/R motor interneurons.
10W04B5.5W04B5.5n/achrIII 2,414,713The W04B5.5 gene encodes a phospholipid-independent AKT/PKB kinase.
11C02B8.2C02B8.2n/achrX 8,144,673
12M151.4M151.4n/achrII 3,625,534contains similarity to Interpro domain IPR000533 (Tropomyosin)
13F25B3.6F25B3.6n/achrV 9,581,315contains similarity to Pfam domain PF03126 Plus-3 domain contains similarity to Interpro domain IPR004343 (Plus-3)
14T08E11.5T08E11.5n/achrII 1,822,035
15F10G2.4F10G2.4n/achrV 7,327,473
16R05D11.7R05D11.7n/achrI 8,601,675contains similarity to Pfam domain PF08648 Protein of unknown function (DUF1777) contains similarity to Interpro domain IPR013957 (Protein of unknown function DUF1777)
17ekl-6T16G12.5n/achrIII 10,066,125C. elegans EKL-6 protein; contains similarity to Interpro domain IPR016024 (Armadillo-type fold)
18agt-2F09E5.13n/achrII 5,372,696agt-2 encodes a paralog of the DNA repair enzyme O6-Alkylguanine DNA-alkyltransferase (AGT); AGT-2 has AGT biochemical activity and is expressed at all developmental stages.
19nud-2R11A5.2n/achrI 7,858,613nud-2 encodes an ortholog of human NDE1 (OMIM:609449) and NDEL1 (OMIM:607538), effectors of LIS1 (OMIM:601545); NUD-2, along with other orthologs of LIS1-associated proteins (NUD-1, DHC-1, CDK-5, and CDKA-1), is required to prevent convulsions induced by exposure to the GABA antagonist pentylenetetrazole (PTZ); nud-2(RNAi), like RNAi of nud-1 et al., not only induces PTZ susceptibility but also causes GABA-containing synaptic vesicles in the ventral nerve cord to be distributed raggedly, and nud-2(RNAi) animals are abnormally susceptible to paralysis by the GABA agonist muscimol; nud-2(RNAi) phenotypes are dominantly enhanced by a heterozygous lis-1 allele, and nud-2(RNAi) delays the recovery from PTZ-induced paralysis of lis-1 heterozygotes.
20nhr-273T12C9.1n/achrII 4,436,140C. elegans NHR-273 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
21K03B8.4K03B8.4n/achrV 11,394,932contains similarity to Homo sapiens Isoform 2 of SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily D member 3; ENSEMBL:ENSP00000349254
22zfp-2F35H8.3n/achrII 9,558,501zfp-2 encodes a zinc-finger transcription factor; loss of zfp-2 and lin-35/Rb results in almost complete sterility accompanied by defects in somatic gonad development and vulval morphology, as well as polyploidization of somatic cell nuclei; loss of zfp-2 activity by itself reveals that zfp-2 is also required for cosuppression, inhibition of RNAi of some genes, and wild-type levels of expression of a rol-6 extrachromosomal array; a zfp-2::GFP promoter fusion construct is expressed in vulval cells and all somatic gonad structures, such as the spermatheca, sheath cells, uterine cells and distal tip cells (DTCs).
23F52C12.1F52C12.1n/achrIV 1,961,538contains similarity to Pfam domain PF06087 Tyrosyl-DNA phosphodiesterase contains similarity to Interpro domains IPR001736 (Phospholipase D/Transphosphatidylase), IPR010347 (Tyrosyl-DNA phosphodiesterase)
24him-10R12B2.4n/achrIII 5,804,132him-10 encodes a coiled coil protein that is structurally related to the Nuf2 kinetochore proteins of Schizosaccharaomyces pombe, Saccharomyces cerevisiae, and humans; in C. elegans, him-10 activity is essential for the proper structure and function of mitotic and meiotic kinetochores and thus, for proper attachment and segregation of chromosomes during mitosis and meiosis; during mitosis, HIM-10 localizes to the kinetochore region of the kinetochore-centromere complex from prophase to anaphase; during oocytes meiosis, HIM-10 surrounds chromosomes in diakinesis and prometaphase of meiosis I and meiosis II, while during male meiosis, HIM-10 surrounds spermatocyte chromosomes during metaphase I, anaphase I, and metaphase II.
25B0511.2B0511.2n/achrI 10,651,985contains similarity to Interpro domain IPR015804 (Cysteinyl-tRNA synthetase, class Ia, C-terminal)
26tag-298C01H6.7n/achrI 7,226,247C. elegans TAG-298 protein; contains similarity to Pfam domain PF00439 Bromodomain contains similarity to Interpro domain IPR001487 (Bromodomain)
27hcf-1C46A5.9n/achrIV 7,772,495C. elegans HCF-1 protein; contains similarity to Pfam domains PF01344 (Kelch motif) (3), PF00041 (Fibronectin type III domain) , PF07646 (Kelch motif) (4)contains similarity to Interpro domains IPR011043 (Galactose oxidase/kelch, beta-propeller), IPR008957 (Fibronectin, type III-like fold), IPR003961 (Fibronectin, type III), IPR006652 (Kelch repeat type 1), IPR011498 (Kelch repeat type 2), IPR015915 (Kelch-type beta propeller)
28Y106G6H.15Y106G6H.15n/achrI 10,473,965contains similarity to Pfam domain PF07160 Protein of unknown function (DUF1395) contains similarity to Interpro domain IPR009829 (Protein of unknown function DUF1395)
29T24C4.7T24C4.7n/achrIII 893,471contains similarity to Pfam domain PF00096 Zinc finger, C2H2 type contains similarity to Interpro domains IPR015880 (Zinc finger, C2H2-like), IPR012337 (Polynucleotidyl transferase, Ribonuclease H fold), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
30C27A12.9C27A12.9n/achrI 6,064,908contains similarity to Pfam domain PF01663 Type I phosphodiesterase / nucleotide pyrophosphatase contains similarity to Interpro domains IPR017849 (Alkaline phosphatase-like, alpha/beta/alpha), IPR002591 (Type I phosphodiesterase/nucleotide pyrophosphatase/phosphate transferase), IPR017850 (Alkaline-phosphatase-like, core domain)
31C39E9.11C39E9.11n/achrIV 13,092,485C39E9.11 is orthologous to the human gene PAPILLARY RENAL CELL CARCINOMA (TRANSLOCATION-ASSOCIATED) (PRCC; OMIM:179755), which when mutated leads to disease.
32F59E12.11F59E12.11n/achrII 5,648,707contains similarity to Homo sapiens Isoform 1 of Loss of heterozygosity 12 chromosomal region 1 protein; ENSEMBL:ENSP00000321546
33C24D10.4C24D10.4n/achrIV 5,160,919
34R166.3R166.3n/achrII 10,538,486The R166.3 gene encodes an unfamiliar protein, with homologs in yeast and archaea, that is orthologous to the human gene ALPORT SYNDROME, MENTAL RETARDATION, MIDFACE HYPOPLASIA, AND ELLIPTOCYTOSIS CHROMOSOMAL REGION GENE 1 (AMMECR1; OMIM:300195); AMMECR1, when mutated, may be at least partially responsible for mental retardation, midface hypoplasia, or elliptocytosis.
35cic-1H14E04.5n/achrIII 2,397,836C. elegans CIC-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00134 Cyclin, N-terminal domain contains similarity to Interpro domains IPR006670 (Cyclin), IPR011028 (Cyclin-like), IPR013763 (Cyclin-related), IPR006671 (Cyclin, N-terminal), IPR015429 (Transcription regulator cyclin)
36elb-1Y41C4A.10n/achrIII 11,719,034elb-1 encodes an Elongin B ortholog required for chromosome condensation and segregation during mitosis and meiotic division II, and also for cell proliferation (probably through degradation of CKI-1); elb-1(RNAi) animals tend to arrest at the second meiotic cell division, with escapers showing many other defects in chromosomal dynamics and cell cycle control such as abnormal pronuclear rotation and cortical protrusion, aberrant chromosomal structures in the intestine, and deficient germ cell proliferation; ELB-1 interacts with ELC-1 and ELC-2 in bacterial two-hybrid experiments.
37C14A4.11C14A4.11n/achrII 10,606,420contains similarity to Pfam domain PF06840 Protein of unknown function (DUF1241) contains similarity to Interpro domain IPR009652 (Protein of unknown function DUF1241)
38F37B4.10F37B4.10n/achrV 2,876,718contains similarity to Interpro domains IPR015880 (Zinc finger, C2H2-like), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
39T10C6.5T10C6.5n/achrV 16,023,741contains similarity to Pfam domain PF04889 Cwf15/Cwc15 cell cycle control protein contains similarity to Interpro domain IPR006973 (Cwf15/Cwc15 cell cycle control protein)
40srsx-19T22G5.4n/achrV 13,888,537C. elegans SRSX-19 protein; contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
41K08F9.4K08F9.4n/achrV 15,145,223contains similarity to Saccharomyces cerevisiae Essential protein with a highly acidic N-terminal domain; IFH1 exhibits genetic interactions with FHL1, overexpression interferes with silencing at telomeres and HM loci; potential Cdc28p substrate; SGD:YLR223C
42F45C12.2F45C12.2n/achrII 1,732,740contains similarity to Interpro domains IPR001356 (Homeobox), IPR009057 (Homeodomain-like)
43abu-3F31A3.1n/achrX 17,553,848abu-3 encodes a transmembrane protein with a predicted signal sequence, a glutamine/asparagine-rich domain and multiple cysteine-rich repeats (DUF139); abu-3 expression is induced by blockage of the unfolded-protein response in the endoplasmic reticulum (ER), and ABU-3 may function within the ER to protect the organism from damage by improperly folded nascent protein; abu-3 expression is enhanced in ER-stressed animals in which the unfolded protein response (UPR) is blocked by mutations in xbp-1, a bZIP transcription factor.
44F59A2.5F59A2.5n/achrIII 3,405,129F59A2.5 encodes a moderately small (123-residue) protein; F59A2.5 is orthologous to Brugia 14979.m04575, and more distantly similar to budding yeast Pcc1p, to human CTAG1B (OMIM:300156, cancer antigen), CTAG2 (OMIM:300396, melanoma antigen), and LAGE3 (OMIM:300060), and to many other uncharacterized proteins, ~80-200 residues long, in animals, fungi, and plants; F59A2.5 is required for fertility and embryonic development in mass RNAi assays and is bound by CKU-80 in two-hybrid assays; F59A2.5 is transcriptionally activated by HLH-2 and HLH-8, but has no known expression pattern; while F59A2.5 is putatively secreted and its human homologs are antigens, its yeast homolog Pcc1p is thought to be a transcription factor.
45R05F9.9R05F9.9n/achrII 4,900,966
46F32E10.5F32E10.5n/achrIV 7,576,352contains similarity to Pfam domain PF00567 Tudor domain contains similarity to Interpro domains IPR008191 (Maternal tudor protein), IPR002011 (Receptor tyrosine kinase, class II, conserved site), IPR002999 (Tudor)
47fbxb-78E04A4.1n/achrIV 4,738,137This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; its encoded protein also contains a Pfam-B45 motif of presently unknown function.
48C36B7.4C36B7.4n/achrX 7,086,834
49nhr-59T27B7.1n/achrV 2,277,137C. elegans NHR-59 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
50srh-128Y47G7B.1n/achrII 2,704,344C. elegans SRH-128 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)