UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1C25D7.5C25D7.50chrV 15,054,998contains similarity to Pfam domain PF00753 (Metallo-beta-lactamase superfamily)
2csp-3Y47H9C.6n/achrI 11,888,911csp-3 encodes a protein that is homologous to the C-terminal domain of caspase-like cysteine proteases; unlike other caspases, CSP-3 does not contain a middle or N-terminal domain, and thus may either function in concert with the middle domains of other caspases or may play a regulatory (dominant negative) role in caspase activation; as loss of csp-3 activity via large-scale RNAi does not result in any obvious abnormalities, the precise role of CSP-3 in C. elegans development and/or behavior is not yet known.
3F49E11.2F49E11.2n/achrIV 13,037,470contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
4aman-3F48C1.1n/achrI 5,327,364aman-3 encodes a Co(II)-activated alpha-mannosidase II, orthologous to human MAN2C1; AMAN-3 is predicted to remove mannose residues from the N-linked oligosaccharides of glycoproteins; AMAN-3 contains three predicted N-glycosylation sites; AMAN-3 is biochemically active in vitro, with a pH optimum of 6.5; AMAN-3 requires either Co(II) or Mn(II) for activity, preferring the former ion; since aman-2(tm1078) mutants almost completely lack paucimannosidic glycans, the function of AMAN-3 in vivo is unclear.
5C10C5.1C10C5.1n/achrIV 9,362,924contains similarity to Drosophila melanogaster Flybase gene name is CG8486-PA;; FLYBASE:CG8486
6F14H12.3F14H12.3n/achrX 4,344,919contains similarity to Pfam domain PF00090 Thrombospondin type 1 domain contains similarity to Interpro domains IPR008085 (Thrombospondin, subtype 1), IPR000884 (Thrombospondin, type I)
7F27E5.3F27E5.3n/achrII 10,142,746contains similarity to Homo sapiens Isoform 1 of Cell division cycle 2-related protein kinase 7; ENSEMBL:ENSP00000300647
8F45H7.1F45H7.1n/achrIII 3,346,522contains similarity to Mus musculus Sphingosine kinase 2 (EC 2.7.1.-) (SK 2) (SPK 2).; SW:SPH2_MOUSE
9pgp-3ZK455.7n/achrX 11,354,551pgp-3 encodes a transmembrane protein that is a member of the P-glycoprotein subclass of the ATP-binding cassette (ABC) transporter superfamily; with PGP-1, PGP-3 is required for defense against the pathogenic Pseudomonas aeruginosa strain PA14, and may facilitate ATP-dependent efflux of the toxic phenazine compounds produced by the bacteria; PGP-3 is also required for resistance to colchicine and chloroquine; PGP-3 is expressed in the apical membranes of the excretory cell and the intestinal cells; loss of pgp-3 activity via large-scale RNAi screens does not result in any obvious abnormalities.
10wrt-3F38E11.7n/achrIV 9,476,571wrt-3 encodes a hedgehog-like protein, with an N-terminal signal sequence, a Wart domain, and a region of low-complexity sequence; WRT-3 is expressed in the trinucleate pharyngeal gland cell g1 beginning at the three-fold stage of embryogenesis, in seam cells and hypodermis, and in single muscle cells and the distal tip cells of late stage larvae and adults; the Wart domain is predicted to form a cysteine-crosslinked protein involved in intercellular signalling, and it has subtle similarity to the N-terminal Hedge domain of HEDGEHOG proteins; WRT-3 is required for normal growth to full size and locomotion; both of these requirements may reflect common defects in cholesterol-dependent hedgehog-like signalling or in vesicle trafficking.
11gst-14F37B1.3n/achrII 13,615,382C. elegans GST-14 protein; contains similarity to Pfam domains PF00043 (Glutathione S-transferase, C-terminal domain) , PF02798 (Glutathione S-transferase, N-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR012336 (Thioredoxin-like fold), IPR012335 (Thioredoxin fold), IPR004046 (Glutathione S-transferase, C-terminal), IPR004045 (Glutathione S-transferase, N-terminal), IPR010987 (Glutathione S-transferase, C-terminal-like)
12oig-2Y38F1A.9n/achrII 13,007,320C. elegans OIG-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF07679 Immunoglobulin I-set domain contains similarity to Interpro domains IPR003598 (Immunoglobulin subtype 2), IPR013098 (Immunoglobulin I-set), IPR013783 (Immunoglobulin-like fold), IPR007110 (Immunoglobulin-like), IPR003599 (Immunoglobulin subtype)
13F20G2.5F20G2.5n/achrV 13,772,581contains similarity to Pfam domain PF02408 (Domain of unknown function DUF141)
14Y54G9A.4Y54G9A.4n/achrII 13,714,353contains similarity to Pfam domain PF02535 ZIP Zinc transporter contains similarity to Interpro domain IPR003689 (Zinc/iron permease)
15twk-42W06D12.2n/achrV 17,728,557C. elegans TWK-42 protein; contains similarity to Pfam domain PF07885 Ion channel contains similarity to Interpro domains IPR003280 (Potassium channel, two pore-domain), IPR013099 (Ion transport 2)
16F58A6.1F58A6.1n/achrII 5,143,154contains similarity to Pfam domain PF00378 Enoyl-CoA hydratase/isomerase family contains similarity to Interpro domains IPR014748 (Crontonase, C-terminal), IPR001753 (Crotonase, core)
17prx-13F32A5.6n/achrII 7,251,051prx-13 is orthologous to the human gene PEX13 (OMIM:601789), which when mutated leads to Zellweger syndrome or neonatal adrenoleukodystrophy.
18F35E8.1F35E8.1n/achrV 15,904,615contains similarity to Pfam domain PF01549 ShK domain-like contains similarity to Interpro domain IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
19C25E10.5C25E10.5n/achrV 9,031,538contains similarity to Pfam domain PF07690 Major Facilitator Superfamily contains similarity to Interpro domains IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
20VT23B5.1VT23B5.1n/achrIV 12,665,034contains similarity to Homo sapiens Isoform 2 of WD repeat and FYVE domain-containing protein 3; ENSEMBL:ENSP00000318466
21abt-4Y39D8C.1n/achrV 327,261abt-4 encodes a predicted ATP-binding cassette (ABC) transporter that is a member of the ABCA subfamily of transport proteins; ABT-4 is predicted to function as a transmembrane protein that couples energy to transport of various molecules across membranes, but as loss of abt-4 activity via RNAi results in no obvious defects, the precise role of abt-4 in C. elegans development and/or behavior is not yet known; abt-4 promoter-gfp fusion proteins are widely expressed in larvae and adults, with expression seen in the pharynx, the pharyngeal-intestinal valve, the intestine, renal gland cells, hypodermis, various neurons, and unidentified cells in the head and tail.
22ZC247.1ZC247.1n/achrI 10,271,766contains similarity to Drosophila melanogaster Flybase gene name is CG32377-PA;; FLYBASE:CG32377
23ech-8F01G10.2n/achrIV 10,237,849C. elegans ECH-8 protein; contains similarity to Pfam domains PF00725 (3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, C-terminal domain) , PF02737 (3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, NAD binding domain) contains similarity to Interpro domains IPR008927 (6-phosphogluconate dehydrogenase, C-terminal-like), IPR006108 (3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, C-terminal), IPR013328 (Dehydrogenase, multihelical), IPR006176 (3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, NAD binding), IPR016040 (NAD(P)-binding)
24Y39A1A.14Y39A1A.14n/achrIII 10,649,949contains similarity to Pfam domain PF03587 Nep1 ribosome biogenesis protein contains similarity to Interpro domain IPR005304 (Suppressor Mra1)
25M02F4.3M02F4.3n/achrX 3,038,574M02F4.3 encodes a predicted transmembrane protein orthologous to human ACDP1-ACDP4 and S. cerevisiae MAM3, and paralogous to C01H6.6, C33D12.2, C52D10.12, R04E5.2, and R13G10.4; by orthology with MAM3, M02F4.3 may participate in metal homoeostasis; M02F4.3, MAM3, and ACDP1-ACDP4 belong to a family of proteins (sharing an ACD domain) from bacteria, yeast, plants, and metazoa; murine Acdp1 is a plasma membrane protein; bacterial proteins containing the ACD domain include CorC from Salmonella typhimurium, which is involved in magnesium and cobalt efflux; M02F4.3 has no obvious function in RNAi assays.
26F53C11.1F53C11.1n/achrV 13,776,738contains similarity to Pfam domain PF02408 CUB-like domain contains similarity to Interpro domain IPR003366 (CUB-like region)
27prp-8C50C3.6n/achrIII 8,168,465prp-8 is orthologous to the human gene SIMILAR TO U5 SNRNP-SPECIFIC PROTEIN (220 KD), ORTHOLOG OF S.
28B0524.1B0524.1n/achrIII 1,908,251contains similarity to Homo sapiens Isoform 1 of Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase G; ENSEMBL:ENSP00000260970
29F48B9.2F48B9.2n/achrX 2,173,341
30col-177F59F3.2n/achrX 11,000,722C. elegans COL-177 protein; contains similarity to Pfam domain PF01391 Collagen triple helix repeat (20 copies) contains similarity to Interpro domains IPR008161 (Collagen helix repeat), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
31nhr-272T07C5.2n/achrX 12,704,012C. elegans NHR-272 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
32ZC262.5ZC262.5n/achrIII 8,342,336contains similarity to Pfam domain PF04627 Mitochondrial ATP synthase epsilon chain contains similarity to Interpro domain IPR006721 (ATPase, F1 complex, epsilon subunit, mitochondrial)
33Y75B8A.4Y75B8A.4n/achrIII 12,110,492contains similarity to Pfam domains PF07726 (ATPase family associated with various cellular activities (AAA)) , PF00004 (ATPase family associated with various cellular activities (AAA)) , PF05362 (Lon protease (S16) C-terminal proteolytic domain) , PF07728 (ATPase family associated with various cellular activities (AAA)) contains similarity to Interpro domains IPR003959 (AAA ATPase, core), IPR000767 (Disease resistance protein), IPR011704 (ATPase associated with various cellular activities, AAA-5), IPR011703 (ATPase associated with various cellular activities, AAA-3), IPR004815 (Peptidase S16, ATP-dependent protease La), IPR008269 (Peptidase S16, lon C-terminal), IPR003111 (Peptidase S16, lon N-terminal), IPR003593 (AAA+ ATPase, core), IPR001984 (Peptidase S16, Lon protease)
34BE10.3BE10.3n/achrIII 12,810,237contains similarity to Pfam domain PF06542 Protein of unknown function (DUF1114) contains similarity to Interpro domain IPR009497 (Protein of unknown function DUF1114)
35lact-1F46H5.8n/achrX 7,259,241lact-1 encodes a beta-lactamase domain-containing protein.
36fbxa-90Y102A5C.19n/achrV 16,967,704This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
37oat-1T01B11.7n/achrIV 8,468,702oat-1 encodes a transmembrane organic anion transporter; although loss of oat-1 activity via large-scale RNAi screens results in no obvious abnormalities, when expressed in mammalian cells OAT-1 can transport a variety of structurally diverse organic anions via an anion exchange mechanism that is functionally coupled to a sodium-coupled dicarboxylate transporter; by homology with mammalian OAT1 transporters, C. elegans OAT-1 is predicted to function in xenobiotic elimination.
38M28.8M28.8n/achrII 10,630,658contains similarity to Interpro domain IPR000583 (Glutamine amidotransferase, class-II)
39F40F9.8F40F9.8n/achrV 9,734,765contains similarity to Interpro domains IPR011992 (EF-Hand type), IPR002048 (Calcium-binding EF-hand)
40C53B4.3C53B4.3n/achrIV 8,972,115C53B4.3 is orthologous to the human gene UNKNOWN (PROTEIN FOR MGC:23098) (SLC22A1L; OMIM:602631), which when mutated leads to disease.
41ZK180.2ZK180.2n/achrIV 4,504,345contains similarity to Pfam domain PF01094 Receptor family ligand binding region contains similarity to Interpro domains IPR002455 (GPCR, family 3, gamma-aminobutyric acid receptor, type B), IPR001828 (Extracellular ligand-binding receptor), IPR000923 (Blue (type 1) copper domain)
42T05H10.3T05H10.3n/achrII 8,049,736
43F42G8.9F42G8.9n/achrIV 8,117,087
44ttr-12F46B3.4n/achrV 20,603,550C. elegans TTR-12 protein; contains similarity to Pfam domain PF01060 Transthyretin-like family contains similarity to Interpro domain IPR001534 (Transthyretin-like)
45F41H10.2F41H10.2n/achrIV 5,381,978
46grd-14T01B10.2n/achrX 8,500,290grd-14 encodes a hedgehog-like protein, with an N-terminal signal sequence and a C-terminal Ground domain; the Ground domain is predicted to form a cysteine-crosslinked protein involved in intercellular signalling, and it has subtle similarity to the N-terminal Hedge domain of HEDGEHOG proteins; GRD-14 is required for normal growth to full size, locomotion, and vulval morphogenesis; all of these requirements may reflect common defects in cholesterol-dependent hedgehog-like signalling or in vesicle trafficking.
47R08C7.5R08C7.5n/achrIV 4,431,281contains similarity to Pfam domain PF03941 Inner centromere protein, ARK binding region contains similarity to Interpro domains IPR005819 (Histone H5), IPR005635 (Inner centromere protein, ARK binding region)
48W06G6.1W06G6.1n/achrV 16,625,961contains similarity to Pfam domain PF01757 Acyltransferase family contains similarity to Interpro domains IPR002656 (Acyltransferase 3), IPR006621 (Nose resistant to fluoxetine-4, N-terminal)
49srh-277K05D4.6n/achrV 16,186,134C. elegans SRH-277 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1), IPR001280 (Photosystem I psaA and psaB)
50W07B8.3W07B8.3n/achrV 1,125,705