UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1C25D7.10C25D7.102e-117chrV 15,067,993contains similarity to Mus musculus Probable taste receptor type 2 member 23 (T2R23) (STC9-2).; SW:T2R2_MOUSE
2skr-9C52D10.7n/achrIV 17,163,837skr-9 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a component of the SCF (Skp1, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that regulates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-9 is required for posterior body morphogenesis, embryonic and larval development, and postembryonic cell proliferation.
3C24G6.3C24G6.3n/achrV 5,517,383contains similarity to Interpro domain IPR016024 (Armadillo-type fold)
4F43G9.10F43G9.10n/achrI 8,639,367contains similarity to Pfam domain PF06991 Micro-fibrillar-associated protein 1 C-terminus contains similarity to Interpro domains IPR009730 (Micro-fibrillar-associated 1, C-terminal), IPR000533 (Tropomyosin)
5smp-2D1037.2n/achrI 3,669,414C. elegans SMP-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF01403 Sema domain contains similarity to Interpro domains IPR001627 (Semaphorin/CD100 antigen), IPR003659 (Plexin/semaphorin/integrin), IPR016201 (Plexin-like fold), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
6ttll-5C55A6.2n/achrV 11,510,749ttll-5 encodes a putative tubulin polyglutamylase orthologous to human TTLL5; TTLL-5 is required for embryonic development and fertility; by orthology, TTLL-5 is expected to initiate glutamyl chains rather than elongating them, to prefer alpha-tubulin over beta-tubulin as a substrate, and to have non-tubulin substrates.
7D2096.1D2096.1n/achrIV 8,397,532contains similarity to Pfam domain PF02466 Tim17/Tim22/Tim23 family contains similarity to Interpro domain IPR003397 (Mitochondrial import inner membrane translocase, subunit Tim17/22)
8F20H11.1F20H11.1n/achrIII 6,590,715contains similarity to Pfam domain PF00130 Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR002219 (Protein kinase C, phorbol ester/diacylglycerol binding)
9T02G5.1T02G5.1n/achrII 7,098,996
10F55A3.2F55A3.2n/achrI 10,795,710contains similarity to Interpro domains IPR000209 (Peptidase S8 and S53, subtilisin, kexin, sedolisin), IPR015880 (Zinc finger, C2H2-like)
11F25H5.5F25H5.5n/achrI 9,161,573F25H5.5 encodes the C. elegans homologue of Claspin, an S-phase checkpoint component that interacts with Chk1 and negatively regulates cell cycle progression; in wild-type animals, loss of F25H5.5 activity results in some embryonic lethality; loss of F25H5.5 activity in a lin-35 mutant background, however, results in sterility, as well as smaller than normal body size, uncoordinated locomotion, and a protruding vulva; weaker F25H5.5 RNAi phenotypes are seen in lin-15B and eri-1; lin-15B backgrounds.
12R05F9.11R05F9.11n/achrII 4,913,028
13srj-4C27A7.7n/achrV 12,163,847C. elegans SRJ-4 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
14srw-121K12D9.3n/achrV 2,990,948C. elegans SRW-121 protein; contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
15R07E5.1R07E5.1n/achrIII 4,410,321contains similarity to Pfam domains PF07713 (Protein of unknown function (DUF1604)) , PF01585 (G-patch domain) contains similarity to Interpro domains IPR011666 (Protein of unknown function DUF1604), IPR000467 (D111/G-patch), IPR005398 (Tubby, N-terminal)
16CD4.8CD4.8n/achrV 5,600,286contains similarity to Pfam domain PF04435 Domain of unknown function (DUF545) contains similarity to Interpro domain IPR006570 (SPK)
17duo-3Y106G6H.12n/achrI 10,467,681C. elegans DUO-3 protein; contains similarity to Pfam domains PF00443 (Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase) , PF02338 (OTU-like cysteine protease) contains similarity to Interpro domains IPR003323 (Ovarian tumour, otubain), IPR001394 (Peptidase C19, ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 2)
18F31E3.4F31E3.4n/achrIII 6,965,804contains similarity to Pfam domain PF00929 Exonuclease contains similarity to Interpro domains IPR013520 (Exonuclease, RNase T and DNA polymerase III), IPR011046 (WD40 repeat-like), IPR006055 (Exonuclease), IPR001680 (WD40 repeat), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like), IPR012337 (Polynucleotidyl transferase, Ribonuclease H fold)
19F56C11.3F56C11.3n/achrI 182,455contains similarity to Pfam domain PF04777 Erv1 / Alr family contains similarity to Interpro domain IPR006863 (Erv1/Alr)
20T12G3.5T12G3.5n/achrIV 12,031,705contains similarity to Drosophila melanogaster Flybase gene name is mRpL51-PA;; FLYBASE:CG13098
21math-37R52.9n/achrII 2,121,460C. elegans MATH-37 protein; contains similarity to Pfam domain PF00917 MATH domain contains similarity to Interpro domains IPR008974 (TRAF-like), IPR002083 (MATH)
22C53D6.7C53D6.7n/achrIV 9,035,988contains similarity to Pfam domain PF00337 Galactoside-binding lectin contains similarity to Interpro domains IPR001079 (Galectin, galactose-binding lectin), IPR013320 (Concanavalin A-like lectin/glucanase, subgroup), IPR008985 (Concanavalin A-like lectin/glucanase)
23K11E4.2K11E4.2n/achrX 13,718,299contains similarity to Pfam domain PF00017 SH2 domain contains similarity to Interpro domains IPR006020 (Phosphotyrosine interaction region), IPR000980 (SH2 motif)
24srd-2R05H5.1n/achrII 10,186,817C. elegans SRD-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like), IPR000609 (Serpentine gamma receptor, Caenorhabditis species)
25C10A4.2C10A4.2n/achrX 7,412,571
26bath-35W02A11.8n/achrI 12,758,985C. elegans BATH-35 protein; contains similarity to Pfam domain PF00651 BTB/POZ domain contains similarity to Interpro domains IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR013069 (BTB/POZ)
27T08A11.1T08A11.1n/achrIII 4,255,571contains similarity to Interpro domains IPR015425 (Actin-binding FH2), IPR000694 (Proline-rich region), IPR000591 (Pleckstrin/ G-protein, interacting region)
28C29F7.7C29F7.7n/achrX 13,442,218contains similarity to Peromyscus maniculatus Alcohol dehydrogenase 2 (EC 1.1.1.1).; SW:ADH2_PERMA
29ZK1236.7ZK1236.7n/achrIII 8,441,581contains similarity to Drosophila melanogaster Flybase gene name is CG5862-PA;; FLYBASE:CG5862
30F22F7.4F22F7.4n/achrV 2,104,867contains similarity to Pfam domain PF01697 Domain of unknown function contains similarity to Interpro domains IPR008167 (Protein of unknown function DUF23, C-terminal), IPR008166 (Protein of unknown function DUF23)
31his-62F55G1.3n/achrIV 7,486,714his-62 encodes an H2B histone.
32ucp-4K07B1.3n/achrV 9,335,690C. elegans UCP-4 protein; contains similarity to Pfam domain PF00153 Mitochondrial carrier protein contains similarity to Interpro domains IPR002067 (Mitochondrial carrier protein), IPR002030 (Mitochondrial brown fat uncoupling protein), IPR001993 (Mitochondrial substrate carrier), IPR002113 (Adenine nucleotide translocator 1)
33F56G4.4F56G4.4n/achrI 11,377,362contains similarity to Interpro domains IPR003604 (Zinc finger, U1-type), IPR000533 (Tropomyosin), IPR001202 (WW/Rsp5/WWP)
34dyrb-1T24H10.6n/achrII 9,106,748dyrb-1 encodes a small (95-residue) putative cytoplasmic dynein light chain 2A that inhibits DHC-1 in vivo, and is also required for mitotic spindle positioning, embryonic viability and fertility; DYRB-1 is orthologous to Drosophila ROADBLOCK (and six Drosophila paralogs), Chlamydomonas LC7, human DYNLRB1 (OMIM:607167), and human DYNLRB2 (OMIM:607168); dyrb-1(RNAi) and dyrb-1(tm2645) both suppress the lethality of conditional dhc-1 mutations, and dyrb-1(RNAi) suppresses dhc-1(or195) spindle length and cytokinesis defects as well, indicating that DYRB-1 negatively regulates dynein; in oocytes and early embryos, DYRB-1 is associated with nuclear envelopes and centrosomes, and with meiotic and mitotic spindle poles; like DHC-1 itself, DYRB-1 is strongly mislocalized to centrosomes in dhc-1(or195) animals shifted to nonpermissive temperature.
35F08F1.9F08F1.9n/achrX 8,410,171contains similarity to Pfam domain PF00134 Cyclin, N-terminal domain contains similarity to Interpro domains IPR006670 (Cyclin), IPR011028 (Cyclin-like), IPR013763 (Cyclin-related), IPR006671 (Cyclin, N-terminal)
36C08H9.12C08H9.12n/achrII 9,856,818contains similarity to Pfam domain PF00704 Glycosyl hydrolases family 18 contains similarity to Interpro domains IPR011583 (Chitinase II), IPR017853 (Glycoside hydrolase, catalytic core), IPR001223 (Glycoside hydrolase, family 18, catalytic domain), IPR013781 (Glycoside hydrolase, subgroup, catalytic core)
37dnj-15K08D10.2n/achrIV 4,177,547This gene encodes a protein containing a DnaJ ('J') domain.
38his-47B0035.7n/achrIV 11,324,148his-47 encodes an H2A histone; by homology, HIS-47 is predicted to function as a nucleosome component required for packaging of DNA into chromatin; his-47 is a replication-dependent histone locus that resides in a histone gene-rich region on chromosome IV.
39fbxa-200T07D3.1n/achrII 905,248C. elegans FBXA-200 protein; contains similarity to Pfam domain PF01827 FTH domain contains similarity to Interpro domain IPR002900 (Protein of unknown function DUF38, Caenorhabditis species)
40ekl-1F22D6.6n/achrI 7,096,946C. elegans EKL-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00567 Tudor domain contains similarity to Interpro domains IPR008191 (Maternal tudor protein), IPR002999 (Tudor)
41W05G11.2W05G11.2n/achrIII 58,191contains similarity to Pfam domain PF00134 Cyclin, N-terminal domain contains similarity to Interpro domains IPR006670 (Cyclin), IPR011028 (Cyclin-like), IPR013763 (Cyclin-related), IPR006671 (Cyclin, N-terminal)
42mtr-4W08D2.7n/achrIV 9,828,133C. elegans MTR-4 protein; contains similarity to Pfam domains PF00270 (DEAD/DEAH box helicase) , PF08148 (DSHCT (NUC185) domain) , PF00271 (Helicase conserved C-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR011545 (DNA/RNA helicase, DEAD/DEAH box type, N-terminal), IPR002048 (Calcium-binding EF-hand), IPR016438 (RNA helicase, ATP-dependent, SK12/DOB1), IPR014021 (Helicase, superfamily 1 and 2, ATP-binding), IPR012961 (DSH, C-terminal), IPR003593 (AAA+ ATPase, core), IPR014001 (DEAD-like helicase, N-terminal), IPR001650 (DNA/RNA helicase, C-terminal)
43C08F11.1C08F11.1n/achrIV 13,624,656contains similarity to Coxiella burnetii Hypothetical protein.; TR:Q83D43
44W06B4.3W06B4.3n/achrII 4,464,653contains similarity to Pfam domain PF05131 Pep3/Vps18/deep orange family contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR007810 (Pep3/Vps18/deep orange), IPR016024 (Armadillo-type fold)
45cua-1Y76A2A.2n/achrIII 13,447,397The cua-1 gene encodes a putative E1-E2 ATPase orthologous to the human gene KIAA1347 (ATP7A; OMIM:604384), which when mutated leads to Hailey-Hailey disease.
46Y37E11B.3Y37E11B.3n/achrIV 3,581,983contains similarity to Homo sapiens Uncharacterized protein C17orf59; ENSEMBL:ENSP00000350621
47srd-7C06G8.4n/achrIV 10,785,932C. elegans SRD-7 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
48C56G3.2C56G3.2n/achrX 7,365,880contains similarity to Pfam domain PF00248 Aldo/keto reductase family contains similarity to Interpro domain IPR001395 (Aldo/keto reductase)
49R09A8.1R09A8.1n/achrX 12,615,226contains similarity to Homo sapiens FLASH; ENSEMBL:ENSP00000237177
50C06A5.4C06A5.4n/achrI 5,981,191contains similarity to Interpro domain IPR006578 (MADF)