UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1C25A8.1C25A8.10.000000000000003chrIV 7,011,175
2B0238.9B0238.9n/achrV 5,276,818contains similarity to Aedes aegypti Putative uncharacterized protein.; TR:Q16RM2
3C04F12.7C04F12.7n/achrI 9,696,226contains similarity to Legionella pneumophila CITA.; TR:O54543
4F46H5.5F46H5.5n/achrX 7,256,401
5F58G1.1F58G1.1n/achrII 12,921,386contains similarity to Pfam domains PF02170 (PAZ domain) , PF02171 (Piwi domain) contains similarity to Interpro domains IPR003165 (Stem cell self-renewal protein Piwi), IPR003100 (Argonaute and Dicer protein, PAZ), IPR012337 (Polynucleotidyl transferase, Ribonuclease H fold)
6nhr-79T26H2.9n/achrV 19,209,750C. elegans NHR-79 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
7F37A8.1F37A8.1n/achrIII 3,928,769contains similarity to Rattus norvegicus Myotonic dystrophy kinase-related Cdc42-binding kinase MRCK-beta.; TR:O54875
8ivd-1C02B10.1n/achrIV 5,087,748The C02B10.1 gene encodes an isovaleryl-CoA dehydrogenase; this function has been verified by both sequence homology and direct biochemical assay.
9T08B2.12T08B2.12n/achrI 6,231,810contains similarity to Equine herpesvirus 1 Glycoprotein X precursor.; SW:Q6S6W0
10C43G2.3C43G2.3n/achrIV 6,578,783
11nspa-9C40H5.1n/achrX 11,739,026C. elegans NSPA-9 protein ;
12F47B8.5F47B8.5n/achrV 14,326,311contains similarity to Pfam domain PF01482 Domain of unknown function DUF13 contains similarity to Interpro domains IPR002485 (Protein of unknown function DUF13), IPR000694 (Proline-rich region), IPR000976 (Wilm's tumour protein), IPR003071 (Orphan nuclear receptor, HMR type)
13C02F5.5C02F5.5n/achrIII 8,236,454
14clec-117B0432.12n/achrII 296,649C. elegans CLEC-117 protein; contains similarity to Pfam domain PF00059 Lectin C-type domain contains similarity to Interpro domains IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin), IPR000538 (Link)
15C05B5.2C05B5.2n/achrIII 9,999,425contains similarity to Agrobacterium tumefaciens Peptide synthetase.; TR:Q8UBE4
16col-101K02D7.3n/achrIV 326,054col-101 encodes a cuticle collagen; loss of col-101 via large-scale RNAi screens results in animals that are pale and slow growing.
17clec-251F11D11.8n/achrV 18,746,563C. elegans CLEC-251 protein; contains similarity to Pfam domain PF08277 PAN-like domain contains similarity to Interpro domains IPR006583 (CW), IPR016187 (C-type lectin fold)
18gst-9R05F9.5n/achrII 4,892,523gst-9 encodes a predicted glutathione S-transferase; by homology, GST-9 is predicted to play a role in the detoxification of environmental toxins and xenobiotics by transferring glutathione to reactive electrophilic compounds; however, as loss of gst-9 activity via large-scale RNAi screens does not result in any obvious abnormalities, the precise role of GST-9 in C. elegans development and/or behavior is not yet known.
19F42A9.3F42A9.3n/achrIV 8,617,701
20F54C9.3F54C9.3n/achrII 8,566,635contains similarity to Homo sapiens BA424I5.1; TR:Q9H4Q7
21nspd-4T23B7.1n/achrII 4,842,734C. elegans NSPD-4 protein; contains similarity to Pfam domain PF05611 Caenorhabditis elegans protein of unknown function (DUF780) contains similarity to Interpro domain IPR008498 (Protein of unknown function DUF780, Caenorhabditis species)
22T16G12.7T16G12.7n/achrIII 10,039,210contains similarity to Pfam domain PF00149 Calcineurin-like phosphoesterase contains similarity to Interpro domains IPR004843 (Metallophosphoesterase), IPR006186 (Serine/threonine-specific protein phosphatase and bis(5-nucleosyl)-tetraphosphatase)
23F08H9.2F08H9.2n/achrV 14,460,857contains similarity to Interpro domain IPR004064 (EDG-6 sphingosine 1-phosphate receptor)
24F35H8.4F35H8.4n/achrII 9,559,658contains similarity to Streptococcus pyogenes Hypothetical protein.; TR:Q8P0S2
25C10H11.8C10H11.8n/achrI 4,736,771contains similarity to Pfam domain PF00400 WD domain, G-beta repeat contains similarity to Interpro domains IPR011046 (WD40 repeat-like), IPR001680 (WD40 repeat), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
26W06H3.1W06H3.1n/achrV 16,791,022contains similarity to Mus musculus 16 days embryo heart cDNA, RIKEN full-length enriched library,sclone:I920192H21 product:inner membrane protein, mitochondrial, fullsinsert sequence.; TR:Q3TEY5
27C05C12.5C05C12.5n/achrIV 11,260,772contains similarity to Homo sapiens cDNA FLJ10106 fis, clone HEMBA1002569, highly similar to Homo sapiens protein associated with Myc mRNA (Fragment); ENSEMBL:ENSP00000353197
28snf-9C49C3.1n/achrIV 17,313,754C. elegans SNF-9 protein; contains similarity to Pfam domain PF00209 Sodium:neurotransmitter symporter family contains similarity to Interpro domain IPR000175 (Sodium:neurotransmitter symporter)
29C10G8.2C10G8.2n/achrV 5,314,980contains similarity to Pfam domain PF00014 Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain contains similarity to Interpro domain IPR002223 (Proteinase inhibitor I2, Kunitz metazoa)
30ZK938.1ZK938.1n/achrII 9,830,005contains similarity to Pfam domain PF00149 Calcineurin-like phosphoesterase contains similarity to Interpro domains IPR004843 (Metallophosphoesterase), IPR006186 (Serine/threonine-specific protein phosphatase and bis(5-nucleosyl)-tetraphosphatase)
31ZK1251.1ZK1251.1n/achrIV 9,683,245contains similarity to Pfam domains PF00808 (Histone-like transcription factor (CBF/NF-Y) and archaeal histone) , PF00125 (Core histone H2A/H2B/H3/H4) contains similarity to Interpro domains IPR009072 (Histone-fold), IPR007125 (Histone core), IPR002119 (Histone H2A), IPR003958 (Transcription factor CBF/NF-Y/archaeal histone)
32F32B5.4F32B5.4n/achrI 2,692,274
33col-179C34F6.3n/achrX 11,201,934C. elegans COL-179 protein; contains similarity to Pfam domain PF01391 Collagen triple helix repeat (20 copies) contains similarity to Interpro domains IPR000596 (Cholecystokinin receptor, type A), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
34snf-10Y32F6A.2n/achrV 10,439,552snf-10 encodes a member of the sodium:neurotransmitter symporter family.
35gsp-4T03F1.5n/achrI 3,838,957C. elegans GSP-4 protein; contains similarity to Pfam domain PF00149 Calcineurin-like phosphoesterase contains similarity to Interpro domains IPR004843 (Metallophosphoesterase), IPR006186 (Serine/threonine-specific protein phosphatase and bis(5-nucleosyl)-tetraphosphatase)
36R09E10.6R09E10.6n/achrIV 10,293,542contains similarity to Coturnix coturnix Nectinepsin.; TR:Q90351
37F36H12.5F36H12.5n/achrIV 5,267,206contains similarity to Interpro domain IPR005819 (Histone H5)
38F28F9.2F28F9.2n/achrIV 3,840,668
39C14C11.1C14C11.1n/achrV 5,664,396
40ssq-4T28H11.1n/achrIV 5,017,101C. elegans SSQ-4 protein; contains similarity to Interpro domains IPR013027 (FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase), IPR002952 (Eggshell protein), IPR000817 (Prion protein), IPR000103 (Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, class-II), IPR000158 (Cell division protein FtsZ, N-terminal), IPR013286 (Annexin, type VII)
41pax-3F27E5.2n/achrII 10,149,568pax-3 encodes a divergent paired-like homeodomain protein that does not belong to the Q50, K50, or S50 classes; PAX-3 is required for locomotion and vulval development; pax-3(RNAi) animals have consistent Pvl and Unc phenotypes (as well as less consistent Bmd, Rup, and Stp phenotypes).
42bra-2F23H11.1n/achrIII 911,744The bra-2 gene encodes a homolog of the human BMP receptor-associated molecule (BRAM1), paralogous to bra-1, that may act upon the SMA-6 TGF-beta signalling pathway
43F21H7.5F21H7.5n/achrV 16,238,153contains similarity to Pfam domain PF00635 MSP (Major sperm protein) domain contains similarity to Interpro domains IPR008962 (PapD-like), IPR000535 (Major sperm protein)
44hke-4.1T28F3.3n/achrIV 17,286,682C. elegans HKE-4.1 protein; contains similarity to Pfam domain PF02535 ZIP Zinc transporter contains similarity to Interpro domain IPR003689 (Zinc/iron permease)
45prom-1F26H9.1n/achrI 9,288,599prom-1 encodes an F-box protein orthologous to to human FBXO47 (OMIM:609498, deleted in renal cell carcinoma) and paralogous to F54D5.9, that is required during meiotic prophase I for homologous chromosome pairing and rapid meiotic progression; prom-1 mutants exhibit increased germline apoptosis, reduced and variable bivalent formation in meiotic prophase, reduced meiotic recombination, delayed meiotic entry, delayed and asynchronous nuclear reorganization in meiotic prophase, high embryonic lethality (averaging ~90%, but varying from 46-99% even in a null prom-1[ok1140] mutant strain), decreased brood sizes, and an abnormally high frequency of male progeny (22%, probably due to nonsegregating X chromsomes); the apoptotic phenotype of prom-1 is suppressed by spo-11(ok79), and prom-1 mutants show accumulated RAD-51 protein in meiotic nuclei, indicating that prom-1 meiotic defects arises from a failure to resolve meiotic double-stranded DNA breaks.
46F36A4.3F36A4.3n/achrIV 4,269,952contains similarity to Pfam domain PF05912 Caenorhabditis elegans protein of unknown function (DUF870) contains similarity to Interpro domain IPR008588 (Protein of unknown function DUF870, Caenorhabditis species)
47lact-2ZK945.1n/achrII 10,096,751lact-2 encodes a beta-lactamase domain-containing protein that contains a predicted transmembrane domain in its N terminus.
48cgh-1C07H6.5n/achrIII 7,496,952cgh-1 encodes a putative DEAD-box RNA helicase, orthologous to budding yeast Dhh1p, fission yeast Ste13p, Drosophila ME31B, and human DDX6 (OMIM:600326); CGH-1 inhibits physiological apoptosis in oocytes, keeping it down to a normal level of ~50% in hermaphrodite gonads; independently of apoptosis, CGH-1 is also required for sperm function, oocyte fertilization, and early embryonic cytokinesis; by orthology with budding yeast, CGH-1 is expected to enable decapping-dependent mRNA degradation; CGH-1 is expressed in meiotic germ cells, oocytes, sperm, early embryonic P granules, other unidentified cytoplasmic foci of the gonad core and early embryos, and the germline precursors Z2 and Z3; cgh-1(RNAi) hermaphrodites lose ~100% of their oocytes to physiological apoptosis; gonadal CGH-1 accumulation is suppressed by either glh-1/4 RNAi or gld-1(q485);gld-2(q497) mutations, yet physiological apoptosis (which would normally be elevated by loss of CGH-1) is also abnormally low in these genotypes; cgh-1(RNAi) males have sterile sperm with abnormally short pseudopods; CGH-1 associates with CAR-1, DCAP-2, and CEY-2/3/4 in P granules and cytoplasmic particles of the early embryo; CGH-1 is required for normal CAR-1 localization in early embyros, and binds CAR-1 in an RNA-dependent manner.
49K07H8.9K07H8.9n/achrIV 8,285,786contains similarity to Pfam domain PF00013 KH domain contains similarity to Interpro domains IPR004087 (K Homology), IPR004088 (K Homology, type 1)
50F55A12.1F55A12.1n/achrI 5,370,477contains similarity to Pfam domains PF02170 (PAZ domain) , PF02171 (Piwi domain) contains similarity to Interpro domains IPR003165 (Stem cell self-renewal protein Piwi), IPR003100 (Argonaute and Dicer protein, PAZ), IPR006030 (Molluscan rhodopsin C-terminal tail), IPR000694 (Proline-rich region), IPR012337 (Polynucleotidyl transferase, Ribonuclease H fold)