UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1ptr-1C24B5.30chrV 9,179,855ptr-1 encodes an ortholog of Drosophila and human PTCHD3, which defines one of seven paralogous families of sterol sensing domain (SSD) proteins; individually, PTR-1 is weakly required for normal molting from L4 to adult stages; however, PTR-1, in conjunction with either PTR-16 alone or with PTR-6 and PTR-10, is strongly required for both molting and viability, with double ptr-1/-16 or triple ptr-1/-6/-10 RNAi animals showing pronounced molting defects and lethality; PTR-1 is also required for normal adult alae formation, growth to full size, locomotion, and male tail development.
2nhr-79T26H2.9n/achrV 19,209,750C. elegans NHR-79 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
3ZC13.3ZC13.3n/achrX 885,679contains similarity to Interpro domain IPR000998 (MAM)
4set-15R11E3.4n/achrIV 4,777,653set-15 encodes a SET domain-containing protein required for normally short lifespan; SET-15 has no non-nematode orthologs, but several paralogs (SET-6, SET-13, SET-19, SET-20, SET-21, and SET-32); other than extending lifespan, set-15(RNAi) has no obvious phenotype.
5pyr-1D2085.1n/achrII 8,654,903pyr-1 is orthologous to the human gene CARBAMYL PHOSPHATE SYNTHETASE I (CPS1, which when mutated leads to hyperammonemia (OMIM:237300); PYR-1 protein is predicted to be mitochondrial with 68% accuracy.
6dre-1K04A8.6n/achrV 6,535,821dre-1 encodes an ortholog of human FBXO11/PRMT9 (OMIM:607871, associated with vitiligo and otitis media) that is required, in conjunction with DAF-12 and its partners, for global developmental timing of the transistion from larval to adult cell fates; DRE-1 has an N-terminal F-box domain, three central tandem C-terminal CASH domains, and a C-terminal zinc finger; hypomorphic dre-1 mutations are synthetically heterochronic with loss-of-function daf-12 alleles, inducing defective distal tip cell migration and precocious fusion of seam cells; five different hypomorphic dre-1 alleles alter conserved glycine residues in the CASH domain region, whereas the null dre-1(hd60) allele is lethal at the three-fold embryo stage; DRE-1 is expressed in many tissues, including epidermal and distal tip cells, and localizes to both nucleus and cytoplasm; strong loss-of-function of dre-1 (the dh99 mutant fed RNAi) induces defects at all four molts; dre-1 also has synthetic phenotypes with daf-9(k182), daf-36(k114), and lin-29(n546); dre-1-like enhancement of daf-12 is also seen in skr-1(RNAi), cul-1(RNAi), or rbx-1/2(RNAi) animals; DRE-1 and SKR-1 bind one another, as do their human orthologs; DRE-1 affects lin-29 expression, and is suppressed by lin-42(RNAi); DRE-1 is paralogous to C. elegans BE0003N10.3.
7fkb-4ZC455.10n/achrV 12,786,120fkb-4 encodes a peptidylprolyl cis/trans isomerase homologous to mammalian FK506 immunosuppressant-binding protein 9; FKB-4 expression is positively regulated by signaling through the DAF-2 insulin receptor-like pathway and in part, through the activity of the DAF-16 fork-head transcription factor suggesting that FKB-4 could play a role in metabolism and longevity; as loss of FKB-4 function via RNA-mediated interference does not result in any abnormalities, the precise role of FKB-4 in C. elegans development and/or behavior is not yet known; FKB-4 contains a predicted endoplasmic reticulum (ER) retention sequence and is thus proposed to localize to the ER.
8T03G6.1T03G6.1n/achrX 2,609,102
9pqn-55R09E10.7n/achrIV 10,289,947The protein product of this gene is predicted to contain a glutamine/asparagine (Q/N)-rich ('prion') domain, by the algorithm of Michelitsch and Weissman (as of the WS77 release of WormBase, i.e., in wormpep77).
10ost-1C44B12.2n/achrIV 1,109,128ost-1 encodes the C. elegans ortholog of the conserved basement membrane glycoprotein component osteonectin/SPARC/BM-40; loss of ost-1 function via RNAi indicates that ost-1 activity is required for embryonic and larval development, as well as for normal gut development, body size, and fecundity; an OST-1::GFP reporter fusion protein localizes to the basement membranes along body wall and sex muscles, as well as around the pharynx and gonad, with particular concentration at the spermatheca and distal tip cells.
11T05B4.12T05B4.12n/achrV 4,124,080contains similarity to Pfam domain PF01549 ShK domain-like contains similarity to Interpro domain IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
12Y54E5A.1Y54E5A.1n/achrI 14,690,180contains similarity to Pfam domains PF00487 (Fatty acid desaturase) , PF08557 (Sphingolipid Delta4-desaturase (DES)) contains similarity to Interpro domains IPR013866 (Sphingolipid delta4-desaturase, N-terminal), IPR010257 (Fatty acid desaturase, type 1, N-terminal), IPR011388 (Sphingolipid delta4-desaturase), IPR005804 (Fatty acid desaturase, type 1)
13R04B3.3R04B3.3n/achrX 2,474,889
14C27A2.4C27A2.4n/achrII 5,058,455contains similarity to Pfam domain PF00328 Histidine acid phosphatase contains similarity to Interpro domain IPR000560 (Histidine acid phosphatase)
15col-68C50D2.4n/achrII 105,181C. elegans COL-68 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (3)contains similarity to Interpro domains IPR002952 (Eggshell protein), IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
16wrt-6ZK377.1n/achrX 3,481,938wrt-6 encodes a hedgehog-like protein, with (from N- to C-terminus) a signal sequence, a Wart domain, an short region of low-complexity sequence, and a Hint/Hog domain; WRT-6 is expressed in sheath and socket cells of anterior sensilla, seam cells, and hypodermis; the Hint/Hog domain is predicted to cut WRT-6 into two halves and then covalently link cholesterol to the C-terminus of the Wart domain; the Wart domain is predicted to form a cysteine-crosslinked protein involved in intercellular signalling, and it has subtle similarity to the N-terminal Hedge domain of HEDGEHOG proteins; WRT-6 is weakly required for normal molting; WRT-6 is also required for normal growth to full size and locomotion; all of these requirements may reflect common defects in cholesterol-dependent hedgehog-like signalling or in vesicle trafficking.
17F22F4.1F22F4.1n/achrX 6,005,723
18lips-9F58G1.5n/achrII 12,934,548C. elegans LIPS-9 protein; contains similarity to Pfam domain PF01674 Lipase (class 2) contains similarity to Interpro domain IPR002918 (Lipase, class 2)
19ZK154.1ZK154.1n/achrX 7,780,026contains similarity to Interpro domain IPR010916 (TonB box, conserved site)
20imp-2T05E11.5n/achrIV 11,117,784C. elegans IMP-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF04258 Signal peptide peptidase contains similarity to Interpro domains IPR006639 (Peptidase A22, presenilin signal peptide), IPR007369 (Peptidase A22B, signal peptide peptidase)
21B0416.1B0416.1n/achrX 9,307,010contains similarity to Pfam domain PF07810 TMC domain contains similarity to Interpro domain IPR012496 (TMC)
22F40E10.5F40E10.5n/achrX 14,702,656contains similarity to Onchocerca volvulus OV39 antigen (Fragment).; SW:P31730
23F49E12.6F49E12.6n/achrII 8,414,691The F49E12.6 gene encodes a protein with two E2F domains that may be involved in apoptosis.
24H40L08.1H40L08.1n/achrX 15,082,354contains similarity to Pfam domain PF00627 UBA/TS-N domain contains similarity to Interpro domains IPR009060 (UBA-like), IPR000533 (Tropomyosin), IPR000449 (Ubiquitin-associated/translation elongation factor EF1B, N-terminal)
25F42A9.8F42A9.8n/achrIV 8,618,533
26B0507.1B0507.1n/achrV 8,777,950contains similarity to Interpro domains IPR006150 (Cysteine-rich repeat), IPR013032 (EGF-like region, conserved site)
27T19A5.1T19A5.1n/achrV 8,959,477contains similarity to Pfam domains PF07719 (Tetratricopeptide repeat) , PF00515 (Tetratricopeptide repeat) (2)contains similarity to Interpro domains IPR011990 (Tetratricopeptide-like helical), IPR001440 (Tetratricopeptide TPR-1), IPR013105 (Tetratricopeptide TPR2), IPR013026 (Tetratricopeptide region)
28stc-1F54C9.2n/achrII 8,564,862C. elegans STC-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00012 Hsp70 protein contains similarity to Interpro domains IPR001023 (Heat shock protein Hsp70), IPR013126 (Heat shock protein 70)
29lgc-22F15E6.2n/achrIV 4,302,863C. elegans LGC-22 protein; contains similarity to Pfam domain PF01549 ShK domain-like contains similarity to Interpro domains IPR006201 (Neurotransmitter-gated ion-channel), IPR006202 (Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding), IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
30C46H11.7C46H11.7n/achrI 5,042,625contains similarity to Pfam domain PF01549 ShK domain-like contains similarity to Interpro domains IPR002919 (Protease inhibitor I8, cysteine-rich trypsin inhibitor-like), IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
31K01A2.5K01A2.5n/achrII 303,020contains similarity to Pfam domain PF00561 alpha/beta hydrolase fold contains similarity to Interpro domains IPR000073 (Alpha/beta hydrolase fold-1), IPR003089 (Alpha/beta hydrolase)
32M153.1M153.1n/achrX 12,147,684contains similarity to Pfam domains PF03807 (NADP oxidoreductase coenzyme F420-dependent) , PF01210 (NAD-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase N-terminus) contains similarity to Interpro domains IPR004455 (NADP oxidoreductase, coenzyme F420-dependent), IPR000304 (Delta 1-pyrroline-5-carboxylate reductase), IPR011128 (NAD-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase, N-terminal), IPR016040 (NAD(P)-binding)
33pat-6T21D12.4n/achrIV 263,062pat-6 encodes the worm ortholog of alpha-parvin; it is required for muscle assembly and function, with mutations leading to embryonic lethality.
34B0393.5B0393.5n/achrIII 4,772,641contains similarity to Pfam domains PF00008 (EGF-like domain) (2), PF07645 (Calcium binding EGF domain) (6), PF06119 (Nidogen-like) (2)contains similarity to Interpro domains IPR003886 (Nidogen, extracellular region), IPR001438 (EGF-like, type 2), IPR001881 (EGF-like calcium-binding), IPR000742 (EGF-like, type 3), IPR013032 (EGF-like region, conserved site), IPR006209 (EGF-like), IPR000152 (Aspartic acid and asparagine hydroxylation site), IPR013091 (EGF calcium-binding), IPR006210 (EGF)
35F46C8.8F46C8.8n/achrX 7,552,792
36atf-5T04C10.4n/achrX 14,809,925atf-5 encodes a homolog of the mammalian bZIP transcription factors ATF4 and ATF5, analogous to GCN4 in S. cerevisiae; like like ATF4 and GCN4, atf-5 has an extensive 5' UTR with one 37-residue uORF; ATF4 is poorly translated in unstressed cells but well-translated during ER stress, amino acid starvation, or arsenite treatment; possibly atf-5 is also translationally regulated in a way similar to ATF4.
37ZK180.6ZK180.6n/achrIV 4,522,552contains similarity to Interpro domain IPR000694 (Proline-rich region)
38C34F6.8C34F6.8n/achrX 11,216,944contains similarity to Pfam domain PF00180 Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase contains similarity to Interpro domains IPR004790 (Isocitrate dehydrogenase NADP-dependent, eukaryotic), IPR001804 (Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase)
39vha-19Y55H10A.1n/achrIV 3,371,328vha-19 encodes an ortholog of subunit Ac45 of the membrane-bound (V0) domain of vacuolar proton-translocating ATPase (V-ATPase); VHA-19 is a predicted V-ATPase transmembrane rotor component; Ac45 is a nonhomologous replacement for subunit c', which is found in fungi but not in animals; conversely, orthologs of Ac45 are only found in animals; VHA-19 is predicted to help carry protons from the cytosol to a-subunits (VHA-5, VHA-6, VHA-7, or UNC-32) for transmembrane export.
40hog-1W06B11.4n/achrX 5,852,661hog-1 encodes a hedgehog-like protein, with a solitary Hint/Hog domain; the function of HOG-1's isolated Hint/Hog domain is unknown; in proteins where they coexist with other, N-terminal, domains, the Hint/Hog domain is predicted to cut its host protein into two halves and then covalently link cholesterol to the C-terminus of the N-terminal domain; HOG-1 is weakly required for normal molting; HOG-1 is also required for normal adult alae formation, growth to full size, cuticle adhesion, and locomotion; all of these requirements may reflect common defects in cholesterol-dependent hedgehog-like signalling or in vesicle trafficking.
41K09E10.2K09E10.2n/achrIV 12,309,919contains similarity to Pfam domain PF01757 Acyltransferase family contains similarity to Interpro domain IPR002656 (Acyltransferase 3)
42R07E3.2R07E3.2n/achrX 10,336,549contains similarity to Homo sapiens MYST histone acetyltransferase 3; ENSEMBL:ENSP00000265713
43ZC123.1ZC123.1n/achrI 839,873contains similarity to Interpro domains IPR000381 (Inhibin, beta B subunit), IPR003267 (Small proline-rich), IPR000694 (Proline-rich region), IPR000480 (Glutelin)
44gna-1B0024.12n/achrV 10,319,821gna-1 encodes one of two C. elegans glucosamine 6-phosphate N-acetyltransferases (GNAs); by homology, GNA-1 is predicted to be required for the formation of UDP-N-acetylglucosamine, a substrate in chitin synthesis, Golgi and cytoplasmic glycosylation, and GPI anchoring; gna-1, like chs-2, is expressed pharyngeally rather than in germline, and (unlike its paralog gna-2) does not have an osmotically-sensitive embryonic lethal RNAi phenotype; as loss of gna-1 activity via large-scale RNAi screens does not result in any obvious abnormalities, the precise role of GNA-1 in C. elegans development and/or behavior is not yet known.
45pfn-3K03E6.6n/achrX 1,080,056C. elegans PFN-3 protein; contains similarity to Pfam domain PF00235 Profilin contains similarity to Interpro domains IPR002097 (Profilin/allergen), IPR005455 (Profilin, plant)
46gosr-2.1B0272.2n/achrX 9,440,914C. elegans GOSR-2.1 protein; contains similarity to Pfam domain PF05008 Vesicle transport v-SNARE protein contains similarity to Interpro domain IPR007705 (Vesicle transport v-SNARE)
47C07E3.10C07E3.10n/achrII 10,346,620contains similarity to Saccharomyces cerevisiae Ring finger protein involved in the DNA damage response with possible recombination role; genetically identified by synthetic lethality with SGS1 (DNA helicase) and TOP3 (DNA topoisomerase); sporulation role; interacts with Slx8p and Lin1p; SGD:YDL013W
48C15C6.1C15C6.1n/achrI 12,202,933contains similarity to Caulobacter crescentus Hypothetical protein CC0499.; TR:Q9AAU5
49M01A10.3M01A10.3n/achrI 5,549,799contains similarity to Pfam domain PF05817 Ribophorin II (RPN2) contains similarity to Interpro domain IPR008814 (Ribophorin II)
50C56C10.4C56C10.4n/achrII 6,583,720contains similarity to Pfam domain PF01682 DB module contains similarity to Interpro domain IPR002602 (Protein of unknown function DB)