UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1cst-2C24A8.40chrX 4,334,568C. elegans CST-2 protein; contains similarity to Pfam domains PF07714 (Protein tyrosine kinase) , PF00069 (Protein kinase domain) contains similarity to Interpro domains IPR017441 (Protein kinase ATP binding, conserved site), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related)
2lgc-34T27A1.4n/achrII 528,462C. elegans LGC-34 protein; contains similarity to Pfam domain PF02931 Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain contains similarity to Interpro domains IPR000585 (Hemopexin), IPR006028 (Gamma-aminobutyric acid A receptor), IPR006201 (Neurotransmitter-gated ion-channel), IPR006202 (Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding)
3T05A1.3T05A1.3n/achrIV 9,563,673contains similarity to Pfam domain PF00560 Leucine Rich Repeat contains similarity to Interpro domains IPR000483 (Cysteine-rich flanking region, C-terminal), IPR001611 (Leucine-rich repeat), IPR003591 (Leucine-rich repeat, typical subtype)
4jph-1T22C1.7n/achrI 7,948,882jph-1 encodes a junctophilin, a protein that belongs to a transmembrane family of proteins implicated in the formation of the junctional membrane complex that forms between the plasma membrane and the endoplasmic reticulum in excitable cells; this complex facilitates cross-talk between the cell surface and intracellular ionic channels; RNA interference of jph-1 results in a locomotion defect suggesting impaired body-wall muscle function; a jph-1 promoter-gfp fusion reporter is expressed in all muscle cells and certain neurons of the nerve ring.
5unc-29T08G11.5n/achrI 8,899,525unc-29 encodes an non-alpha subunit of the nicotinic acetylcholine receptor (nAChR) superfamily; UNC-29 is required for normal locomotion and egg-laying, and functions as a subunit of a ligand-gated ion channel that likely mediates fast actions of acetylcholine at neuromuscular junctions and in the nervous system; when coexpressed with LEV-1, a non-alpha nAChR subunit, and UNC-38 or UNC-63, alpha AChR subunits, the resulting multimer can form levamisole-gated channels; UNC-29 is expressed in body wall muscle.
6srx-90H12C20.5n/achrV 11,581,770C. elegans SRX-90 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR002651 (Protein of unknown function DUF32), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
7adm-2C04A11.4n/achrX 13,691,794adm-2 encodes a protein containing a snake venom disintegrin-domain and a metalloprotease-like domain (i.e., a protein of the ADAM family); like ADM-1, ADM-2 is homologous to a mammalian sperm glycoprotein (PH-30/fertilin) implicated in sperm-egg fusion, and ADM-2 might thus be a fusogenic protein mediating the merging of plasma membranes during development.
8R08C7.5R08C7.5n/achrIV 4,431,281contains similarity to Pfam domain PF03941 Inner centromere protein, ARK binding region contains similarity to Interpro domains IPR005819 (Histone H5), IPR005635 (Inner centromere protein, ARK binding region)
9R13.4R13.4n/achrIV 10,819,150contains similarity to Pfam domain PF02891 MIZ/SP-RING zinc finger contains similarity to Interpro domain IPR004181 (Zinc finger, MIZ-type)
10ctbp-1F49E10.5n/achrX 5,867,998tag-45 encodes a D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase.
11T23G5.6T23G5.6n/achrIII 9,241,340contains similarity to Pfam domain PF02178 AT hook motif contains similarity to Interpro domain IPR000637 (HMG-I and HMG-Y, DNA-binding)
12T01B6.1T01B6.1n/achrX 2,342,147n/a
13syg-2C26G2.1n/achrX 14,658,836syg-2 encodes a transmembrane protein that is a member of the immunoglobulin superfamily of proteins; during larval development, SYG-2 activity is required in vulval epithelial cells for proper synaptic specificity of the HSNL neuron; in regulating synapse formation, SYG-2 acts as a guidepost protein for the SYG-1 receptor that interacts with SYG-2 and acts within HSNL to regulate synaptic specificity; a SYG-2::GFP fusion protein is expressed in the primary vulval cell lineages beginning at the L3 larval stage, with expression increasing during the L4 stage and finally disappearing by adulthood; in embryos, SYG-2::GFP expression is detected in some head neurons and body wall muscles, the latter of which also express the reporter during the L1 and L2 larval stages.
14unc-9R12H7.1n/achrX 13,214,484unc-9 encodes an innexin, an integral transmembrane channel protein that is a structural component of invertebrate gap junctions; UNC-9 is required for normal forward locomotion and egg-laying and also plays a role in the response to antihelminthics and volatile anesthetics; UNC-9 may form a functional pair with UNC-7, another C. elegans innexin, as mutations in unc-7 result in defects nearly identical to those in unc-9 mutant animals.
15F15A2.7F15A2.7n/achrX 13,489,900contains similarity to Xanthomonas campestris Exodeoxyribonuclease V beta chain.; TR:Q8P379
16C26H9A.2C26H9A.2n/achrIV 12,657,776contains similarity to Interpro domains IPR016024 (Armadillo-type fold), IPR008985 (Concanavalin A-like lectin/glucanase)
17ZC190.5ZC190.5n/achrV 8,672,433
18C44B7.4C44B7.4n/achrII 6,869,836contains similarity to Rattus norvegicus Protein FAM26F.; SW:Q561R8
19T04B8.1T04B8.1n/achrII 635,951
20Y43F8A.5Y43F8A.5n/achrV 19,387,467contains similarity to Pfam domain PF07690 Major Facilitator Superfamily contains similarity to Interpro domains IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
21nhr-63C06C6.4n/achrV 16,003,610C. elegans NHR-63 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
22T28D9.11T28D9.11n/achrII 6,491,500
23C31H2.4C31H2.4n/achrX 5,157,381C31H2.4 encodes a possible 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase, orthologous to human HPDL/GLOXD1, and paralogous to HPD-1 and human HPD (OMIM:609695, mutated in tyrosinemia type III); C31H2.4 has no obvious function in mass RNAi experiments.
24DC2.5DC2.5n/achrV 211,433contains similarity to Pfam domain PF00439 Bromodomain contains similarity to Interpro domain IPR001487 (Bromodomain)
25trpa-1C29E6.2n/achrIV 11,870,347trpa-1 encodes a transient receptor potential (TRP) ion channel orthologous to the vertebrate and Drosophila TRPA1 channels; in C. elegans, trpa-1 activity is required for specific mechanosensory behaviors such as nose-touch avoidance and touch-mediated foraging; when expressed in mammalian cells, TRPA-1 exhibits channel activity in response to mechanical stimulation; TRPA-1::GFP reporters are expressed in a number of different cell types including sensory neurons, muscle, and epithelial cells.
26clec-64F35C5.7n/achrII 12,899,255C. elegans CLEC-64 protein; contains similarity to Pfam domain PF00092 von Willebrand factor type A domain contains similarity to Interpro domains IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin), IPR002035 (von Willebrand factor, type A)
27F40F9.8F40F9.8n/achrV 9,734,765contains similarity to Interpro domains IPR011992 (EF-Hand type), IPR002048 (Calcium-binding EF-hand)
28cho-1C48D1.3n/achrIV 13,212,115cho-1 encodes a high-affinity choline transporter orthologous to members of the sodium-dependent glucose transporter family; CHO-1 is expressed in cholinergic neurons.
29clec-191F38C2.6n/achrIV 16,280,134C. elegans CLEC-191 protein; contains similarity to Pfam domain PF08277 PAN-like domain contains similarity to Interpro domains IPR006583 (CW), IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
30hum-7F56A6.2n/achrI 596,704hum-7 encodes a class IX unconventional myosin heavy chain that contains a myosin motor domain in the head region and zinc-finger and rhoGAP (rho GTPase activating protein) domains in the tail region; HUM-7 is required during embryogenesis for cytokinesis and normal cytoplasmic rearrangements, and by homology, may function in organization of the actin cytoskeleton; the precise expression and localization patterns of HUM-7 are not yet known.
31C28H8.7C28H8.7n/achrIII 5,886,352contains similarity to Interpro domain IPR002485 (Protein of unknown function DUF13)
32C17E4.11C17E4.11n/achrI 9,420,385contains similarity to Pfam domain PF08241 Methyltransferase domain contains similarity to Interpro domain IPR013216 (Methyltransferase type 11)
33clec-229H02K04.1n/achrV 15,340,763C. elegans CLEC-229 protein; contains similarity to Interpro domains IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin), IPR001202 (WW/Rsp5/WWP)
34ptr-5C53C11.3n/achrX 17,322,508ptr-5 encodes a nematode-specific member of the sterol sensing domain (SSD) proteins, distantly paralogous to Drosophila PATCHED (PTC) and human PTCH (OMIM:601309, mutated in basal cell nevus syndrome); PTR-5 is weakly required for normal molting from L4 to adult stages; PTR-5 is also required for normal growth to full size and locomotion; PTR-5 is expressed in head and tail neurons, and in ventral nerve cord.
35lev-1F09E8.7n/achrIV 13,176,746lev-1 encodes an alpha subunit of nicotinic acetylcholine receptor (nAChR) which, when mutated, confers resistance to levamisole; LEV-1 is required for completely normal locomotion, and forms a cation channel when coexpressed with UNC-38 or UNC-63 and UNC-29; LEV-1 falls into the 'UNC-29' class of nAChR subunits, which includes UNC-29, ACR-2, and ACR-3.
36dyb-1F47G6.1n/achrI 1,486,779The dyb-1 gene encodes a homolog of mammalian alpha-dystrobrevin (DTNA; OMIM:601239), mutation of which can lead to left ventricular noncompaction with congenital heart defects.
37F58B4.2F58B4.2n/achrV 10,918,030contains similarity to Pfam domain PF00173 Cytochrome b5-like Heme/Steroid binding domain contains similarity to Interpro domain IPR001199 (Cytochrome b5)
38tag-303C52B11.2n/achrX 1,304,138C. elegans TAG-303 protein; contains similarity to Pfam domain PF02214 K+ channel tetramerisation domain contains similarity to Interpro domains IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR003131 (Potassium channel, voltage dependent, Kv, tetramerisation)
39col-177F59F3.2n/achrX 11,000,722C. elegans COL-177 protein; contains similarity to Pfam domain PF01391 Collagen triple helix repeat (20 copies) contains similarity to Interpro domains IPR008161 (Collagen helix repeat), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
40R02D5.1R02D5.1n/achrV 14,508,925contains similarity to Saccharomyces cerevisiae Delayed Anaerobic Gene; SGD:YJR151C
41ZC449.5ZC449.5n/achrX 5,036,581contains similarity to Lodderomyces elongisporus Putative uncharacterized protein.; TR:A5DYU9
42F07C3.3F07C3.3n/achrV 9,230,874contains similarity to Pfam domain PF02995 Protein of unknown function (DUF229) contains similarity to Interpro domains IPR004245 (Protein of unknown function DUF229), IPR017850 (Alkaline-phosphatase-like, core domain)
43ZC416.1ZC416.1n/achrIV 3,637,332n/a
44ZK180.1ZK180.1n/achrIV 4,497,817contains similarity to Pfam domain PF00003 7 transmembrane receptor (metabotropic glutamate family) contains similarity to Interpro domains IPR000337 (GPCR, family 3), IPR002455 (GPCR, family 3, gamma-aminobutyric acid receptor, type B)
45F38H4.3F38H4.3n/achrIV 11,845,293contains similarity to Interpro domain IPR000694 (Proline-rich region)
46srbc-34Y113G7B.9n/achrV 20,202,676C. elegans SRBC-34 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
47lin-33H32C10.2n/achrIV 5,931,939C. elegans LIN-33 protein; contains similarity to Interpro domain IPR002873 (Non-structural protein NSP3, Rotavirus)
48str-41R13D7.1n/achrV 7,412,508C. elegans STR-41 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
49F08D12.2F08D12.2n/achrII 2,782,368contains similarity to Pfam domain PF04942 CC domain contains similarity to Interpro domain IPR007026 (Domian of unknown function, DUF-CC)
50ceh-6K02B12.1n/achrI 8,500,257ceh-6 encodes a POU family homeodomain protein, homologous to human POU3F4 (OMIM:304400, mutated in conductive deafness 3) that affects embryonic viability, locomotion, and molting, and that regulates ectodermal and excretory function; CEH-6 is expressed dynamically during development and expression includes neurons, the excretory cell, and ectodermal cells.