UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1C23F12.4C23F12.41e-105chrX 9,388,245
2T26E4.5T26E4.5n/achrV 15,787,827contains similarity to Interpro domain IPR008996 ()
3skr-9C52D10.7n/achrIV 17,163,837skr-9 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a component of the SCF (Skp1, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that regulates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-9 is required for posterior body morphogenesis, embryonic and larval development, and postembryonic cell proliferation.
4C05G5.2C05G5.2n/achrX 14,748,776contains similarity to Xenopus laevis Nucleolar phosphoprotein.; TR:Q91803
5nhr-226T27B7.3n/achrV 2,295,897C. elegans NHR-226 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR000083 (Fibronectin, type I), IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
6R10E12.2R10E12.2n/achrIII 9,968,408contains similarity to Homo sapiens Splice isoform 1 of Q96PV0 Ras GTPase-activating protein SynGAP; ENSEMBL:ENSP00000293748
7srh-268C54F6.1n/achrV 7,540,084C. elegans SRH-268 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
8F55A12.8F55A12.8n/achrI 5,351,713contains similarity to Pfam domains PF05127 (Putative ATPase (DUF699)) , PF08351 (Domain of unknown function (DUF1726)) contains similarity to Interpro domains IPR013562 (Region of unknown function DUF1726), IPR007807 (Protein of unknown function DUF699, ATPase putative), IPR016181 (Acyl-CoA N-acyltransferase), IPR013324 (RNA polymerase sigma factor, regions 3 and 4)
9F47C12.1F47C12.1n/achrIV 4,001,937contains similarity to Pfam domains PF00008 (EGF-like domain) (4), PF00754 (F5/8 type C domain) , PF07645 (Calcium binding EGF domain) (2), PF07699 (GCC2 and GCC3) (3), PF00431 (CUB domain) , PF07974 (EGF-like domain) , PF02494 (HYR domain) (2), PF00084 (Sushi domain (SCR repeat)) (6)contains similarity to Interpro domains IPR001438 (EGF-like, type 2), IPR000742 (EGF-like, type 3), IPR003410 (Hyalin), IPR000436 (Sushi/SCR/CCP), IPR006209 (EGF-like), IPR000152 (Aspartic acid and asparagine hydroxylation site), IPR006210 (EGF), IPR002049 (EGF-like, laminin), IPR008979 (Galactose-binding like), IPR000859 (CUB), IPR011641 (GCC2 and GCC3), IPR001881 (EGF-like calcium-binding), IPR016060 (Complement control module), IPR009030 (Growth factor, receptor), IPR013032 (EGF-like region, conserved site), IPR000421 (Coagulation factor 5/8 type, C-terminal), IPR013111 (EGF, extracellular), IPR013091 (EGF calcium-binding)
10Y39A1C.1Y39A1C.1n/achrIII 10,857,346contains similarity to Xylella fastidiosa Hypothetical protein Xf0776.; TR:Q9PFA2
11F48B9.5F48B9.5n/achrX 2,148,428contains similarity to Pfam domain PF00292 'Paired box' domain contains similarity to Interpro domains IPR001523 (Paired box protein, N-terminal), IPR011991 (Winged helix repressor DNA-binding), IPR009057 (Homeodomain-like)
12F54B3.2F54B3.2n/achrII 10,269,583contains similarity to Schizosaccharomyces pombe Hypothetical protein.; TR:Q9UT52
13F40G12.6F40G12.6n/achrV 14,272,120contains similarity to Pfam domain PF03236 Domain of unknown function DUF263 contains similarity to Interpro domain IPR004920 (Protein of unknown function DUF263)
14str-48C34D4.8n/achrIV 7,123,053C. elegans STR-48 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
15rhgf-1F13E6.6n/achrX 10,704,787rhgf-1 encodes an RGS RhoGEF (Regulator of G-protein Signaling Rho Guanine Nucleotide Exchange Factor); RHGF-1 functions within cholingergic motor neurons in one of four G-protein-mediated signaling pathways that control locomotion via regulation of acetylcholine (ACh) release at neuromuscular junctions; in regulating ACh release, RHGF-1 functions downstream of the C. elegans Galpha12 ortholog, GPA-12, and upstream of the Rho GTPase ortholog, RHO-1; additionally, rhgf-1 activity is required for normal mechanosensory behavior, egg laying, and embryonic development; an rhgf-1 reporter fusion is expressed in ventral cord motor neurons as well as several head neurons.
16cyp-13A12F14F7.3n/achrIII 13,026,202C. elegans CYP-13A12 protein; contains similarity to Pfam domain PF00067 Cytochrome P450 contains similarity to Interpro domains IPR001128 (Cytochrome P450), IPR002401 (Cytochrome P450, E-class, group I), IPR002402 (Cytochrome P450, E-class, group II), IPR002403 (Cytochrome P450, E-class, group IV), IPR002397 (Cytochrome P450, B-class)
17F13E6.2F13E6.2n/achrX 10,671,215contains similarity to Pfam domain PF05186 Dpy-30 motif contains similarity to Interpro domains IPR000850 (Adenylate kinase), IPR007858 (Dpy-30), IPR011769 (Adenylate/cytidine kinase, N-terminal)
18ugt-61F39G3.1n/achrV 4,743,888C. elegans UGT-61 protein; contains similarity to Pfam domain PF00201 UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase contains similarity to Interpro domain IPR002213 (UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase)
19F16G10.9F16G10.9n/achrII 2,385,448contains similarity to Pfam domain PF02343 Domain of unknown function DUF130 contains similarity to Interpro domain IPR003326 (Protein of unknown function DUF130)
20tsr-1F53G2.6n/achrII 2,466,865tsr-1 encodes a homolog of human transportin-SR, a nuclear transport receptor, and affects embryonic viability.
21F56A8.1F56A8.1n/achrIII 13,252,041contains similarity to Pfam domain PF04547 Protein of unknown function, DUF590 contains similarity to Interpro domain IPR007632 (Protein of unknown function DUF590)
22T07F12.3T07F12.3n/achrX 4,887,726contains similarity to Pfam domains PF00339 (Arrestin (or S-antigen), N-terminal domain) , PF02752 (Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR014756 (Immunoglobulin E-set), IPR011022 (Arrestin-like, C-terminal), IPR011021 (Arrestin-like, N-terminal)
23dct-10Y38H6C.5n/achrV 20,503,211C. elegans DCT-10 protein; contains similarity to Pfam domains PF03732 (Retrotransposon gag protein) , PF00098 (Zinc knuckle) contains similarity to Interpro domains IPR009007 (Peptidase aspartic, catalytic), IPR005162 (Retrotransposon gag protein), IPR001878 (Zinc finger, CCHC-type)
24srd-53F13G3.2n/achrI 7,294,860C. elegans SRD-53 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
25K08B5.1K08B5.1n/achrX 16,560,293
26nspb-12F09F7.8n/achrIII 5,568,450C. elegans NSPB-12 protein ;
27rnp-7K04G7.10n/achrIII 7,160,025C. elegans RNP-7 protein; contains similarity to Pfam domain PF00076 RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) contains similarity to Interpro domains IPR002952 (Eggshell protein), IPR012677 (Nucleotide-binding, alpha-beta plait), IPR000504 (RNA recognition motif, RNP-1)
28F52D1.2F52D1.2n/achrX 447,631
29sul-1K09C4.8n/achrX 3,269,056sul-1 encodes a member of the sulfatase family.
30C34E7.4C34E7.4n/achrX 12,933,527contains similarity to Interpro domain IPR000345 (Cytochrome c heme-binding site)
31dpy-1M01E10.2n/achrIII 2,041,006dpy-1 encodes a collagen that affects body length and alae formation; site of action localized to the hyp7 syncytium, based on mosaic analysis.
32F56D5.5F56D5.5n/achrIV 9,407,671contains similarity to Interpro domain IPR000533 (Tropomyosin)
33R07C12.2R07C12.2n/achrIV 4,149,092
34Y54E5A.6Y54E5A.6n/achrI 14,709,596contains similarity to Pfam domains PF01207 (Dihydrouridine synthase (Dus)) , PF00035 (Double-stranded RNA binding motif) contains similarity to Interpro domains IPR013785 (Aldolase-type TIM barrel), IPR001159 (Double-stranded RNA binding), IPR014720 (Double-stranded RNA-binding-like), IPR000632 (Yeast Mrs6p protein), IPR001269 (Dihydrouridine synthase, DuS)
35F01G10.9F01G10.9n/achrIV 10,257,677contains similarity to Interpro domain IPR000694 (Proline-rich region)
36F46C8.1F46C8.1n/achrX 7,550,722
37F42G8.7F42G8.7n/achrIV 8,127,262contains similarity to Pfam domain PF00085 Thioredoxin contains similarity to Interpro domains IPR001763 (Rhodanese-like), IPR012336 (Thioredoxin-like fold), IPR012335 (Thioredoxin fold), IPR013766 (Thioredoxin domain)
38D1014.7D1014.7n/achrV 8,119,293contains similarity to Pfam domain PF01697 Domain of unknown function contains similarity to Interpro domain IPR008166 (Protein of unknown function DUF23)
39ttb-1W03F9.5n/achrV 160,090C. elegans TTB-1 protein; contains similarity to Pfam domains PF00382 (Transcription factor TFIIB repeat) (2), PF08271 (TFIIB zinc-binding) contains similarity to Interpro domains IPR006670 (Cyclin), IPR000812 (Transcription factor TFIIB related), IPR011028 (Cyclin-like), IPR013763 (Cyclin-related), IPR013150 (Transcription factor TFIIB, cyclin-related), IPR013137 (Zinc finger, TFIIB-type)
40F46F11.7F46F11.7n/achrI 5,621,853contains similarity to Interpro domain IPR011061 (Proteinase inhibitor I14/I15, hirudin/antistatin)
41cand-1Y102A5A.1n/achrV 16,808,692C. elegans CAND-1 protein; contains similarity to Pfam domains PF02985 (HEAT repeat) (2), PF08623 (TATA-binding protein interacting (TIP20)) contains similarity to Interpro domains IPR011989 (Armadillo-like helical), IPR000357 (HEAT), IPR013932 (TATA-binding protein interacting (TIP20)), IPR016024 (Armadillo-type fold)
42tor-2Y37A1B.13n/achrIV 13,983,393tor-2 encodes a AAA ATPase that, along with TOR-1 and OOC-5, comprise the three C. elegans orthologs of human torsinA, mutations in which are associated with torsion dystonia (OMIM:605204); overexpression of TOR-2 in nematodes with polyglutamine repeat-induced protein aggregates indicates that TOR-2 can suppress protein aggregation, suggesting TOR-2 may play a role in regulation of protein folding; in wild-type animals, TOR-2 localizes to the endoplasmic reticulum; in animals containing polyglutamine protein aggregates, TOR-2 localizes to these sites of protein aggregation.
43C50D2.8C50D2.8n/achrII 97,034contains similarity to Pfam domain PF03194 LUC7 N_terminus contains similarity to Interpro domain IPR004882 (LUC7 related)
44C44B9.1C44B9.1n/achrIII 10,871,842contains similarity to Interpro domains IPR008162 (Inorganic pyrophosphatase), IPR001220 (Legume lectin, beta domain)
45tra-4F53B3.1n/achrX 2,855,643C. elegans TRA-4 protein; contains similarity to Pfam domain PF00096 Zinc finger, C2H2 type contains similarity to Interpro domains IPR008162 (Inorganic pyrophosphatase), IPR015880 (Zinc finger, C2H2-like), IPR013087 (Zinc finger, C2H2-type/integrase, DNA-binding), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
46ZK185.2ZK185.2n/achrIV 4,539,155ZK185.2 encodes an ortholog of human SLC41A1 (OMIM:610801) and bacterial MgtE; like its orthologs, ZK185.2 is predicted to transport Mg(2+) into cells; ZK185.2 is paralogous to K07H8.2 and ZK1053.6, and has no obvious function in mass RNAi assays.
47T09E11.3T09E11.3n/achrI 12,369,888contains similarity to Pfam domain PF04590 Protein of unknown function, DUF595 contains similarity to Interpro domain IPR007669 (Protein of unknown function DUF595)
48C49A9.6C49A9.6n/achrIV 6,212,029contains similarity to Pfam domain PF03312 Protein of unknown function, DUF272 contains similarity to Interpro domain IPR004987 (Protein of unknown function DUF272)
49K10B4.3K10B4.3n/achrII 117,838contains similarity to Pfam domain PF00169 PH domain contains similarity to Interpro domains IPR001849 (Pleckstrin-like), IPR011993 (Pleckstrin homology-type), IPR016024 (Armadillo-type fold)
50iftb-1K04G2.1n/achrI 8,027,270iftb-1 encodes the C. elegans ortholog of translation initiation factor 2 beta (eIF2beta); by homology, IFTB-1 is predicted to function in translation initiation and start codon recognition; loss of iftb-1 via RNAi indicates that iftb-1 activity is required for a number of processes including growth, development, and body morphogenesis; loss of iftb-1 activity in adult animals extends lifespan.