UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1C18H7.6C18H7.60chrIV 590,772contains similarity to Interpro domain IPR000817 (Prion protein)
2Y37H9A.2Y37H9A.2n/achrI 13,780,578contains similarity to Candida albicans Hyphally regulated protein precursor.; SW:HYR1_CANAL
3lgc-4F18G5.4n/achrX 9,238,639C. elegans LGC-4 protein; contains similarity to Pfam domains PF02931 (Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain) , PF02932 (Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region) contains similarity to Interpro domains IPR002394 (Nicotinic acetylcholine receptor, N-terminal), IPR006201 (Neurotransmitter-gated ion-channel), IPR006202 (Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding), IPR006029 (Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region)
4C49G9.1C49G9.1n/achrI 12,565,152contains similarity to Fugu rubripes Wilms tumour gene.; TR:O93433
5nca-2C27F2.2n/achrIII 4,972,657nca-2 encodes a novel, four-domain alpha1U Ca2+ channel subunit; nca-2 functions redundantly with a paralog, nca-1, to regulate locomotion and the response to specific volatile anesthetics; in regulating these processes, nca-1 and nca-2 function in the same pathway as unc-79, which encodes a conserved novel protein that positively regulates levels of NCA-1 and NCA-2 protein; nca-2::gfp reporters are expressed in the nervous system in a few pharyngeal neurons, many nerve ring interneurons, most ventral nerve motor cord neurons, and in neurons and muscles in the tail; diffuse expression is also seen in vulval muscles and the intestine.
6F45E1.1F45E1.1n/achrX 8,008,286
7W02B8.3W02B8.3n/achrII 13,917,920contains similarity to Pfam domain PF04870 Protein of unknown function, DUF644 contains similarity to Interpro domain IPR006954 (Protein of unknown function DUF644)
8F02E11.2F02E11.2n/achrII 3,267,119
9C26F1.6C26F1.6n/achrV 7,772,218C26F1.6 encodes a homolog of the functionally active Fmrf Receptor (FR; CG2114) of D. melanogaster; it is thus possible that C26F1.6 is a receptor for one of the FMRF-like neurotransmitters in C. elegans (e.g., FLP-1 through FLP-12).
10Y57A10B.1Y57A10B.1n/achrII 12,362,805contains similarity to Pfam domain PF00097 Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type), IPR011016 (Zinc finger, variant RING-type)
11F07C3.2F07C3.2n/achrV 9,226,731
12srd-70F48F5.4n/achrV 20,450,660C. elegans SRD-70 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
13C04E7.1C04E7.1n/achrX 359,435
14F55A4.7F55A4.7n/achrX 1,037,733contains similarity to Pfam domain PF00402 Calponin family repeat contains similarity to Interpro domain IPR000557 (Calponin repeat)
15F29A7.3F29A7.3n/achrII 2,753,579contains similarity to Pfam domain PF08277 PAN-like domain contains similarity to Interpro domain IPR006583 (CW)
16php-3Y75B8A.1n/achrIII 12,075,804C. elegans PHP-3 protein; contains similarity to Pfam domain PF00046 Homeobox domain contains similarity to Interpro domains IPR012287 (Homeodomain-related), IPR000047 (Helix-turn-helix motif, lambda-like repressor), IPR001356 (Homeobox), IPR009057 (Homeodomain-like)
17ZK1067.4ZK1067.4n/achrII 9,211,645ZK1067.4 is orthologous to the human gene PROTEOLIPID PROTEIN 1 (PLP1; OMIM:300401), encoding the primary constituent of myelin, which when mutated leads to Pelizaeus-Merzbacher disease (OMIM:312080).
18M163.1M163.1n/achrX 14,503,087contains similarity to Mus musculus Adapter-related protein complex 3 beta 1 subunit (Beta-adaptin 3A)s(AP-3 complex beta-3A subunit) (Beta-3A-adaptin).; SW:A3B1_MOUSE
19str-66Y73C8C.5n/achrV 3,103,680C. elegans STR-66 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
20M03D4.6M03D4.6n/achrIV 6,144,282contains similarity to Pfam domain PF02171 Piwi domain contains similarity to Interpro domains IPR003165 (Stem cell self-renewal protein Piwi), IPR012337 (Polynucleotidyl transferase, Ribonuclease H fold)
21gnrr-5H22D07.1n/achrV 4,452,877C. elegans GNRR-5 protein; contains similarity to Pfam domain PF00001 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
22str-41R13D7.1n/achrV 7,412,508C. elegans STR-41 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
23srab-9C36C5.6n/achrV 3,140,609C. elegans SRAB-9 protein; contains similarity to Pfam domain PF02117 C.elegans Sra family integral membrane protein contains similarity to Interpro domain IPR000344 (Nematode chemoreceptor, Sra)
24srd-1F33H1.5n/achrII 10,181,388srd-1 encodes a seven transmembrane chemosensory receptor; SRD-1 is expressed in the ASI chemosensory neurons; SRD-1 expression in ASI is repressed in the presence of dauer pheromone at concentrations lower than that which induces dauer formation.
25F49E12.7F49E12.7n/achrII 8,395,633contains similarity to Mycobacterium tuberculosis Hypothetical protein (HoxN/HupN/NixA family nickel transporter).; TR:O05804
26bath-47T07H3.1n/achrII 1,603,204C. elegans BATH-47 protein; contains similarity to Pfam domains PF00651 (BTB/POZ domain) (2), PF00917 (MATH domain) (2)contains similarity to Interpro domains IPR008974 (TRAF-like), IPR002083 (MATH), IPR000694 (Proline-rich region), IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR013069 (BTB/POZ)
27F33E2.6F33E2.6n/achrI 12,589,287contains similarity to Interpro domains IPR006030 (Molluscan rhodopsin C-terminal tail), IPR000694 (Proline-rich region)
28Y47D3B.3Y47D3B.3n/achrIII 11,400,137contains similarity to Homo sapiens Low-density lipoprotein receptor-related protein 2 precursor; ENSEMBL:ENSP00000263816
29F16H6.6F16H6.6n/achrV 18,205,786contains similarity to Anthyllis vulneraria subsp lapponica Maturase-like protein.; TR:Q8HUG8
30mif-3F13G3.9n/achrI 7,313,193C. elegans MIF-3 protein; contains similarity to Pfam domain PF01187 Macrophage migration inhibitory factor (MIF) contains similarity to Interpro domains IPR014347 (Tautomerase), IPR001398 (Macrophage migration inhibitory factor)
31CD4.5CD4.5n/achrV 5,590,729
32sng-1T08A9.3n/achrX 7,328,590sng-1 encodes the C. elegans synaptogyrin ortholog, a vertebrate integral membrane synaptic vesicle protein; loss-of-function mutations in sng-1 result in no obvious defects in synaptogenesis or neuronal activity, suggesting that SNG-1 is likely required for more subtle neuronal functions; SNG-1::GFP reporters are expressed throughout the nervous system in neurons in the dorsal and ventral nerve cords, as well as the anterior nerve ring; SNG-1 colocalizes with the synaptic vesicle component SNT-1.
33F55E10.7F55E10.7n/achrX 8,349,739contains similarity to Pfam domain PF00001 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
34R03G5.6R03G5.6n/achrX 7,808,111
35F46F5.14F46F5.14n/achrII 800,774contains similarity to Pfam domain PF03314 Protein of unknown function, DUF273 contains similarity to Interpro domain IPR004988 (Protein of unknown function DUF273)
36C43F9.5C43F9.5n/achrIV 10,590,044contains similarity to Interpro domain IPR006150 (Cysteine-rich repeat)
37gcy-18ZK896.8n/achrIV 12,863,005gcy-18 encodes a receptor-type guanylyl cyclase that, along with gcy-8 and gcy-23, constitutes a subfamily of guanylyl cyclase genes in C. elegans; gcy-18 functions redundantly with gcy-8 and gcy-23, and upstream of tax-4, to regulate thermotaxis via the AFD thermosensory neurons, although of the three guanylyl cyclases required, genetic analyses suggest that GCY-18 is the primary guanylyl cyclase required; in addition, microarray experiments indicate that gcy-18 expression is induced in daf-16(RNAi); daf-2(RNAi) double mutants and repressed in daf-2(RNAi) mutants, suggesting that GCY-18 activity may contribute to a shortened lifespan; consistent with this, loss of gcy-18 activity via RNAi does result in lifespan extension; GCY-18 is expressed exclusively in the AFD thermosensory neurons, where it localizes to sensory endings.
38cyp-13A8T10B9.4n/achrII 9,806,501C. elegans CYP-13A8 protein; contains similarity to Pfam domain PF00067 Cytochrome P450 contains similarity to Interpro domains IPR001128 (Cytochrome P450), IPR002401 (Cytochrome P450, E-class, group I), IPR002402 (Cytochrome P450, E-class, group II), IPR002403 (Cytochrome P450, E-class, group IV), IPR002397 (Cytochrome P450, B-class)
39nhr-6C48D5.1n/achrIII 3,576,162nhr-6 encodes a nuclear receptor of the NR4A4 subfamily that is orthologous to the mammalian NGFI-B receptors and the Drosophila HR38 nuclear receptor (DHR38) that has been implicated in molting and metamorphosis; by homology, NHR-6 likely functions as a transcription factor that, based upon RNAi experiments, is required for normal ovulation and/or spermathecal development or function; an nhr-6 reporter fusion is expressed primarily in the anterior and posterior spermatheca during L3 and L4 larval stages, with some weak and variable expression also observed in two chemosensory neurons; nhr-6 mRNA is expressed in an oscillating manner throughout larval development, in a pattern that is slightly irregular with respect to the timing of larval molts and that exhibits consistently lower expression at the times when these molts actually occur.
40C56A3.3C56A3.3n/achrV 13,533,300C56A3.3 encodes a homolog of the functionally active Fmrf Receptor (FR; CG2114) of D. melanogaster; it is thus possible that C56A3.3 is a receptor for one of the FMRF-like neurotransmitters in C. elegans (e.g., FLP-1 through FLP-12).
41F10D11.5F10D11.5n/achrI 8,443,821contains similarity to Interpro domain IPR001478 (PDZ/DHR/GLGF)
42irk-1R03E9.4n/achrX 6,769,400C. elegans IRK-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF01007 Inward rectifier potassium channel contains similarity to Interpro domains IPR013521 (Potassium channel, inwardly rectifying, Kir, conserved region 2), IPR014756 (Immunoglobulin E-set), IPR013518 (Potassium channel, inwardly rectifying, Kir, cytoplasmic), IPR001838 (Potassium channel, inwardly rectifying, Kir-like)
43str-250C06B3.10n/achrV 13,919,315C. elegans STR-250 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
44C06G3.4C06G3.4n/achrIV 7,029,714contains similarity to Interpro domains IPR002110 (Ankyrin), IPR001357 (BRCT)
45C08G5.5C08G5.5n/achrII 756,602contains similarity to Interpro domains IPR000694 (Proline-rich region), IPR003882 (Pistil-specific extensin-like protein)
46K11H12.4K11H12.4n/achrIV 674,988contains similarity to Pfam domain PF03409 Protein of unknown function (DUF274) contains similarity to Interpro domain IPR005071 (Protein of unknown function DUF274)
47F55G7.1F55G7.1n/achrX 11,925,643contains similarity to Galleria mellonella Sericin-2 (Silk gum protein 2) (Fragment).; SW:SER2_GALME
48R05G6.1R05G6.1n/achrIV 7,539,920
49C16D6.1C16D6.1n/achrX 12,525,704contains similarity to Interpro domain IPR000694 (Proline-rich region)
50ZK938.4ZK938.4n/achrII 9,835,995contains similarity to Pfam domains PF00339 (Arrestin (or S-antigen), N-terminal domain) , PF02752 (Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR014756 (Immunoglobulin E-set), IPR011022 (Arrestin-like, C-terminal), IPR014752 (Arrestin, C-terminal), IPR011021 (Arrestin-like, N-terminal)