UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1C17F3.1C17F3.11e-22chrI 6,669,389
2srt-33F40G12.8n/achrV 14,279,072C. elegans SRT-33 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
3sri-4C05E4.4n/achrV 749,407C. elegans SRI-4 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
4sel-2F10F2.1n/achrIII 4,604,205sel-2 encodes a PH, BEACH and WD40 domain-containing protein that is homologous to mammalian neurobeachin/BCL8B and LRBA (LPS-responsive, beige-like anchor protein); during development, SEL-2 functions to regulate endosomal traffic in polarized epithelial cells such as the vulval precursor cells (VPCs) and intestinal cells; specifically, in a subset of the VPCs, SEL-2 activity is required for proper levels and apical localization of LIN-12/Notch and for LET-23/EGFR downregulation; sel-2::yfp reporters are expressed in a number of cell types, including the VPCs and intestinal cells; a rescuing SEL-2::GFP reporter is expressed most strongly in the rectal epithelial cells and hypodermal seam cells where it localizes to the cytoplasm and the perinuclear region.
5H08J19.1H08J19.1n/achrX 15,643,559contains similarity to Homo sapiens formin-like 3 isoform 1; ENSEMBL:ENSP00000335655
6F29C12.6F29C12.6n/achrII 13,129,953contains similarity to Helicobacter pylori Cytotoxicity associated immunodominant antigen (120 kDa protein)s(CAG pathogenicity island protein 26).; SW:CAGA_HELPY
7srt-70B0238.6n/achrV 5,258,776C. elegans SRT-70 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
8str-187F26D10.8n/achrIV 17,266,207C. elegans STR-187 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1), IPR000539 (Frizzled protein)
9W03A5.6W03A5.6n/achrIII 5,440,330
10C06A5.4C06A5.4n/achrI 5,981,191contains similarity to Interpro domain IPR006578 (MADF)
11C46H11.2C46H11.2n/achrI 5,051,289contains similarity to Pfam domains PF00743 (Flavin-binding monooxygenase-like) , PF00070 (Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase) contains similarity to Interpro domains IPR013027 (FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase), IPR000759 (Adrenodoxin reductase), IPR000960 (Flavin-containing monooxygenase FMO), IPR000103 (Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, class-II), IPR001327 (Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, NAD-binding region), IPR016040 (NAD(P)-binding), IPR001100 (Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, class I)
12srbc-70F30B5.6n/achrIV 4,227,430C. elegans SRBC-70 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
13ina-1F54G8.3n/achrIII 9,170,331ina-1 encodes one of two C. elegans alpha integrin subunits; during development, ina-1 activity is required for migration of a number of cell types, including neurons, coelomocyte precursors, and the distal tip cells of the somatic gonad; in addition, ina-1 is required for axon fasciculation and morphogenesis of structures such as the head, pharynx, egg-laying apparatus, and male tail; INA-1 coimmunoprecipitates with the PAT-3 beta integrin subunit suggesting that, in vivo, INA-1 and PAT-3 function as a heterodimer to regulate cell migration and tissue morphogenesis; INA-1 is expressed in many tissues, including neurons, the gonad, and the pharyngeal basement membrane; expression begins during gastrulation and continues through to adulthood.
14F39H11.1F39H11.1n/achrI 8,697,062contains similarity to Pfam domain PF07572 Bucentaur or craniofacial development contains similarity to Interpro domains IPR011421 (Bucentaur or craniofacial development), IPR005413 (Low calcium response V antigen)
15F17C11.6F17C11.6n/achrV 10,955,512contains similarity to Arabidopsis thaliana Hypothetical protein.; TR:Q9ZT77
16F26F2.3F26F2.3n/achrV 20,561,363contains similarity to Saccharomyces cerevisiae Profilin synthetic lethal protein, has region of coiled-coil structure; subunit of the Exocyst complex--the Exocyst complex contains the gene products encoded by SEC3, SEC5, SEC6, SEC8, SEC10, SEC15 and EXO70 and is required for exocytosis; SGD:YER008C
17F19C6.5F19C6.5n/achrX 9,983,681contains similarity to Homo sapiens Isoform 2 of Zinc transporter 8; HI:HIT000389038
18srx-38C03A7.5n/achrV 5,154,771C. elegans SRX-38 protein; contains similarity to Pfam domain PF00001 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR013305 (ABC transporter, ABCB2), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
19pssy-2T27E9.5n/achrIII 13,473,420C. elegans PSSY-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF03034 Phosphatidyl serine synthase contains similarity to Interpro domain IPR004277 (Phosphatidyl serine synthase)
20his-12ZK131.6n/achrII 13,821,298his-12 encodes an H2A histone; his-12 is contained within the histone gene cluster HIS3.
21lips-3F10F2.3n/achrIII 4,617,677C. elegans LIPS-3 protein; contains similarity to Pfam domain PF01674 Lipase (class 2) contains similarity to Interpro domain IPR002918 (Lipase, class 2)
22C41A3.1C41A3.1n/achrX 5,427,831contains similarity to Pfam domains PF02801 (Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain) (5), PF01370 (NAD dependent epimerase/dehydratase family) , PF08659 (KR domain) (2), PF00501 (AMP-binding enzyme) , PF00668 (Condensation domain) , PF00106 (short chain dehydrogenase) , PF00109 (Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain) (5), PF00550 (Phosphopantetheine attachment site) (8), PF00698 (Acyl transferase domain) (2)contains similarity to Interpro domains IPR016035 (Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase), IPR006163 (Phosphopantetheine-binding), IPR001242 (Condensation domain), IPR016038 (Thiolase-like, subgroup), IPR013968 (Polyketide synthase, KR), IPR000794 (Beta-ketoacyl synthase), IPR001509 (NAD-dependent epimerase/dehydratase), IPR014031 (Beta-ketoacyl synthase, C-terminal), IPR014043 (Acyl transferase), IPR014030 (Beta-ketoacyl synthase, N-terminal), IPR008262 (Lipase, active site), IPR006162 (Phosphopantetheine attachment site), IPR000873 (AMP-dependent synthetase and ligase), IPR002198 (Short-chain dehydrogenase/reductase SDR), IPR016039 (Thiolase-like), IPR016040 (NAD(P)-binding), IPR009081 (Acyl carrier protein-like), IPR001227 (Acyl transferase region)
23F09G8.5F09G8.5n/achrIII 8,256,200contains similarity to Pfam domain PF00560 Leucine Rich Repeat contains similarity to Interpro domains IPR003603 (U2A'/phosphoprotein 32 family A, C-terminal), IPR010916 (TonB box, conserved site)
24Y40B10B.1Y40B10B.1n/achrV 1,960,770contains similarity to Pfam domain PF03762 Vitelline membrane outer layer protein I (VOMI) contains similarity to Interpro domain IPR005515 (Vitelline membrane outer layer protein I (VOMI))
25tag-324C27C12.5n/achrX 14,850,888C. elegans TAG-324 protein; contains similarity to Pfam domain PF00858 Amiloride-sensitive sodium channel contains similarity to Interpro domain IPR001873 (Na+ channel, amiloride-sensitive)
26Y75B12B.3Y75B12B.3n/achrV 15,186,069contains similarity to Saccharomyces cerevisiae Mlp proteins restrict telomere length by influencing the Rif1-Tel1 pathway of telomerase regulation; also involved in the translocation of macromolecules between the nucleoplasm and the NPC; SGD:YKR095W
27sra-31C56C10.5n/achrII 6,577,792C. elegans SRA-31 protein; contains similarity to Pfam domain PF02117 C.elegans Sra family integral membrane protein contains similarity to Interpro domain IPR000344 (Nematode chemoreceptor, Sra)
28T03G11.4T03G11.4n/achrX 5,167,050contains similarity to Pfam domain PF01532 Glycosyl hydrolase family 47 contains similarity to Interpro domain IPR001382 (Glycoside hydrolase, family 47)
29F25B5.5F25B5.5n/achrIII 5,944,924contains similarity to Pfam domains PF00919 (Uncharacterized protein family UPF0004) , PF04055 (Radical SAM superfamily) , PF01938 (TRAM domain) contains similarity to Interpro domains IPR005839 (Protein of unknown function UPF0004), IPR013848 (Protein of unknown function UPF0004, N-terminal), IPR007197 (Radical SAM), IPR006638 (Elongator protein 3/MiaB/NifB), IPR002792 (Deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM)
30ptc-2F21H12.4n/achrII 6,084,701ptc-2 encodes an ortholog of Drosophila PATCHED (PTC) and human PTCH (OMIM:601309, mutated in basal cell nevus syndrome), which defines one of seven paralogous families of sterol sensing domain (SSD) proteins; PTC-2 is required for normal fat storage; PTC-2 is also required for normal egg osmotic integrity, locomotion, egg laying, and viability in mass RNAi assays.
31F49C12.4F49C12.4n/achrIV 9,303,356contains similarity to Pfam domain PF01482 Domain of unknown function DUF13 contains similarity to Interpro domain IPR002485 (Protein of unknown function DUF13)
32C08F11.1C08F11.1n/achrIV 13,624,656contains similarity to Coxiella burnetii Hypothetical protein.; TR:Q83D43
33secs-1D1054.13n/achrV 10,803,314C. elegans SECS-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF05889 Soluble liver antigen/liver pancreas antigen (SLA/LP autoantigen) contains similarity to Interpro domains IPR015424 (Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major region), IPR008829 (Soluble liver antigen/liver pancreas antigen)
34R06A10.4R06A10.4n/achrI 1,092,733contains similarity to Pfam domain PF00069 Protein kinase domain contains similarity to Interpro domains IPR017441 (Protein kinase ATP binding, conserved site), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR008271 (Serine/threonine protein kinase, active site), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related)
35ulp-4C41C4.6n/achrII 8,132,271C. elegans ULP-4 protein; contains similarity to Pfam domain PF02902 Ulp1 protease family, C-terminal catalytic domain contains similarity to Interpro domain IPR003653 (Peptidase C48, SUMO/Sentrin/Ubl1)
36nhr-273T12C9.1n/achrII 4,436,140C. elegans NHR-273 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
37K08B5.2K08B5.2n/achrX 16,552,470
38B0432.3B0432.3n/achrII 289,662contains similarity to Mus musculus 39S ribosomal protein L41, mitochondrial precursor (L41mt) (MRP-L41).; SW:Q9CQN7
39F58B3.7F58B3.7n/achrIV 11,639,167contains similarity to Pfam domains PF01585 (G-patch domain) , PF00076 (RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain)) contains similarity to Interpro domains IPR012677 (Nucleotide-binding, alpha-beta plait), IPR016967 (Splicing factor, SPF45), IPR003954 (RNA recognition, region 1), IPR000467 (D111/G-patch), IPR000504 (RNA recognition motif, RNP-1), IPR009145 (U2 auxiliary factor small subunit)
40ZK470.4ZK470.4n/achrX 4,139,617
41B0432.9B0432.9n/achrII 283,160contains similarity to Pfam domain PF00753 Metallo-beta-lactamase superfamily contains similarity to Interpro domain IPR001279 (Beta-lactamase-like)
42nhr-33ZK455.6n/achrX 11,319,573C. elegans NHR-33 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
43M01E5.2M01E5.2n/achrI 13,278,606contains similarity to Pfam domains PF01018 (GTP1/OBG) , PF01926 (GTPase of unknown function) contains similarity to Interpro domains IPR014100 (GTP-binding protein Obg/CgtA), IPR005225 (Small GTP-binding protein), IPR006169 (GTP1/OBG subdomain), IPR002917 (GTP-binding protein, HSR1-related), IPR006073 (GTP1/OBG)
44sre-29F57G9.4n/achrII 12,400,560C. elegans SRE-29 protein; contains similarity to Pfam domain PF03125 C. elegans Sre G protein-coupled chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR004151 (C. elegans Sre G protein-coupled chemoreceptor)
45str-134C05E4.6n/achrV 744,563C. elegans STR-134 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
46C48B6.2C48B6.2n/achrI 6,917,161contains similarity to Pfam domain PF01479 S4 domain contains similarity to Interpro domains IPR002942 (RNA-binding S4), IPR001912 (Ribosomal protein S4)
47ZK218.1ZK218.1n/achrV 17,092,954contains similarity to Pfam domain PF01549 ShK domain-like contains similarity to Interpro domain IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
48F25H8.2F25H8.2n/achrIV 9,933,029contains similarity to Pfam domain PF05492 NAF1 domain contains similarity to Interpro domain IPR008696 (NAF1)
49F45F2.5F45F2.5n/achrV 8,531,457contains similarity to Pfam domain PF03189 Protein of unknown function, DUF270 contains similarity to Interpro domain IPR004878 (Protein of unknown function DUF270)
50sru-29C50C10.2n/achrV 9,812,012C. elegans SRU-29 protein; contains similarity to Pfam domain PF02688 Domain of unknown function DUF215 contains similarity to Interpro domain IPR003839 (Protein of unknown function DUF215)