UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1C17E4.3C17E4.30chrI 9,417,878contains similarity to Pfam domain PF00097 Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type), IPR011016 (Zinc finger, variant RING-type)
2T01C3.3T01C3.3n/achrV 14,992,169contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type)
3mei-2F57B10.12n/achrI 6,565,308mei-2 encodes a novel protein that contains a region similar to the p80-targeting subunit of katanin that is required for embryonic viability, alignment of chromosomes at the metaphase plate, and establishment of the oocyte meiotic spindle together with MEI-1; can interact with MEI-1 in HeLa cells and this complex can function to disassemble microtubules, expressed in the germ line, throughout the cytoplasm of most mature oocytes within the proximal gonad, and localization is mutually dependent upon MEI-1
4F49E12.1F49E12.1n/achrII 8,402,502contains similarity to Pfam domains PF01549 (ShK domain-like) , PF03098 (Animal haem peroxidase) contains similarity to Interpro domains IPR010255 (Haem peroxidase), IPR002007 (Haem peroxidase, animal), IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
5W05F2.3W05F2.3n/achrI 3,368,102
6C14B1.2C14B1.2n/achrIII 3,702,706contains similarity to Bacillus anthracis Hypothetical protein.; TR:Q81T15
7Y62H9A.4Y62H9A.4n/achrX 11,880,601contains similarity to Branchiostoma floridae Homeobox protein DLL homolog.; SW:HMDL_BRAFL
8T05F1.2T05F1.2n/achrI 9,623,710T05F1.2 encodes a novel protein; in situ hybridization studies indicate that T05F1.2 mRNA is expressed in the medial germline.
9T01H3.4T01H3.4n/achrII 7,881,603T01H3.4 encodes an unfamiliar protein; T01H3.4 and T01H3.5 share an operon divergently transcribed from another operon containing vha-4.
10sdz-27R07H5.4n/achrIV 11,187,603C. elegans SDZ-27 protein
11nos-2ZK1127.1n/achrII 7,066,218nos-2 encodes one of three genes in C. elegans that contains a putative zinc-binding domain similar to the one found in Drosophila nanos; nos-2 affects incorporation of primordial germ cells into the somatic gonad, is required redundantly with nos-1 to prevent primordial germ cells from dividing in starved animals and to maintain germ cell viability during larval development in hermaphrodites and in males, and also functions together with nos-1 and nos-3 in the hermaphrodite switch from spermatogenesis to oogenesis; nos-2 is expressed in the primordial germ cells around the time of gastrulation from a maternal RNA associated with P granules, and it is expressed coordinately with nos-1in a dynamic fashion until the embryonic 200-cell stage.
12C37C3.9C37C3.9n/achrV 7,853,081contains similarity to Pfam domain PF00651 BTB/POZ domain contains similarity to Interpro domains IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR013069 (BTB/POZ)
13C17G1.2C17G1.2n/achrX 9,922,096contains similarity to Plasmodium falciparum Hypothetical protein.; TR:Q8IJE7
14F22B3.4F22B3.4n/achrIV 11,411,714F22B3.4 encodes a putative glucosamine-fructose 6-phosphate aminotransferase, paralogous to F07A11.2, thought to catalyse the first step of the hexosamine pathway to UDP-N-acetylglucosamine or UDP-N-acetylgalactosamine; F22B3.4 transcripts are enriched during oogenesis; F22B3.4(RNAi) animals have an osmotically-sensitive embryonic lethal phenotype, presumably because of defects in chitin and eggshell synthesis.
15C25A8.4C25A8.4n/achrIV 7,006,427contains similarity to Pfam domain PF00704 Glycosyl hydrolases family 18 contains similarity to Interpro domains IPR011583 (Chitinase II), IPR017853 (Glycoside hydrolase, catalytic core), IPR001223 (Glycoside hydrolase, family 18, catalytic domain), IPR013781 (Glycoside hydrolase, subgroup, catalytic core)
16skr-9C52D10.7n/achrIV 17,163,837skr-9 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a component of the SCF (Skp1, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that regulates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-9 is required for posterior body morphogenesis, embryonic and larval development, and postembryonic cell proliferation.
17T27A10.6T27A10.6n/achrX 3,592,684contains similarity to Interpro domain IPR006150 (Cysteine-rich repeat)
18K04C1.5K04C1.5n/achrX 14,248,813contains similarity to Pfam domain PF00069 Protein kinase domain contains similarity to Interpro domains IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR008271 (Serine/threonine protein kinase, active site), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related)
19F55B11.2F55B11.2n/achrIV 14,422,746contains similarity to Xenopus laevis Similar to LGN protein.; TR:Q8AVU7
20T21C9.13T21C9.13n/achrV 10,597,963contains similarity to Fusobacterium nucleatum Branched chain amino acid transport system II carrier protein.; TR:Q8REN9
21Y62H9A.6Y62H9A.6n/achrX 11,883,508contains similarity to Brucella melitensis Hypothetical cytosolic protein BMEI0237.; TR:Q8YJ49
22gln-6C28D4.3n/achrIV 9,740,184C. elegans GLN-6 protein; contains similarity to Pfam domains PF03951 (Glutamine synthetase, beta-Grasp domain) , PF00120 (Glutamine synthetase, catalytic domain) contains similarity to Interpro domains IPR008147 (Glutamine synthetase, beta-Grasp), IPR014746 (Glutamine synthetase/guanido kinase, catalytic region), IPR008146 (Glutamine synthetase, catalytic region)
23B0513.4B0513.4n/achrIV 13,880,800contains similarity to Ixodes scapularis Putative secreted protein.; TR:Q8MVF5
24C03D6.6C03D6.6n/achrI 9,657,459contains similarity to Saccharomyces cerevisiae Involved in cell cycle control and ion homeostasis; SGD:YKR072C
25gln-5F26D10.10n/achrIV 17,272,909C. elegans GLN-5 protein; contains similarity to Pfam domains PF03951 (Glutamine synthetase, beta-Grasp domain) , PF00120 (Glutamine synthetase, catalytic domain) contains similarity to Interpro domains IPR008147 (Glutamine synthetase, beta-Grasp), IPR014746 (Glutamine synthetase/guanido kinase, catalytic region), IPR008146 (Glutamine synthetase, catalytic region)
26dod-23F49E12.2n/achrII 8,398,700C. elegans DOD-23 protein ;
27cpg-2B0280.5n/achrIII 7,102,966cpg-2 encodes a protein with six chitin-binding peritrophin-A domains and three mucin-like regions; CPG-2 is individually dispensable for normal embryonic development; however, CPG-2 and CPG-1 are jointly required for osmotic integrity of early embryos, error-free chromosomal segregation during meiosis, polar body extrusion, association of the sperm pronucleus/centrosome complex (SPCC) with the early embryonic cortex, localization of PAR-2 in early embryos, posterior localization of P granules or PIE-1, and pseudocleavage; CPG-2, like CPG-1, is covalently linked to chondroitin, which itself is required for vulval morphogenesis, polar-body extrusion, and separation of the eggshell from the embryonic plasma membrane; cpg-2 mRNA, like that of cpg-1, is expressed specifically in the adult hermaphrodite germ line and is bound by GLD-1; CPG-2 has 34 potential chondroitin attachment sites, four of them verified by mass spectrometry, and transgenic CPG-2 synthesized in mammalian cells carries chondroitin sulfate chains; CPG-2's multiple peritrophin-A domains may enable mechanical cross-linking of chitin.
28F14H3.6F14H3.6n/achrV 16,058,082contains similarity to Homo sapiens Similar to golgi SNAP receptor complex member 2; ENSEMBL:ENSP00000318814
29D1054.11D1054.11n/achrV 10,794,334contains similarity to Interpro domain IPR000104 (Antifreeze protein, type I)
30H02I12.1H02I12.1n/achrIV 11,375,266H02I12.1 encodes a large (1319-residue) protein with 12 chitin-binding peritrophin-A domains; H02I12.1(RNAi) animals have an osmotically-sensitive embryonic lethal phenotype, perhaps because of defects in chitin and eggshell synthesis; like CEJ-1 and CPG-2, H02I12.1 may participate in eggshell synthesis and early embryonic development; H02I12.1's multiple peritrophin-A domains might enable mechanical cross-linking of chitin.
31W02D9.7W02D9.7n/achrI 12,559,462contains similarity to Vibrio vulnificus Septum formation inhibitor-activating ATPase.; TR:Q8DFS3
32ZK829.9ZK829.9n/achrIV 11,971,563contains similarity to Pfam domains PF07690 (Major Facilitator Superfamily) , PF00083 (Sugar (and other) transporter) contains similarity to Interpro domains IPR007114 (Major facilitator superfamily), IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR005828 (General substrate transporter), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
33W02F12.3W02F12.3n/achrV 6,703,798contains similarity to Leishmania braziliensis Proteophosphoglycan ppg4.; TR:A4HM87
34rmd-1T05G5.7n/achrIII 9,759,548C. elegans RMD-1 protein; contains similarity to Interpro domain IPR011990 (Tetratricopeptide-like helical)
35C14B1.9C14B1.9n/achrIII 3,725,339contains similarity to Homo sapiens Hypothetical protein; ENSEMBL:ENSP00000307805
36F17E9.4F17E9.4n/achrIV 8,348,753
37mex-6AH6.5n/achrII 9,525,192mex-6 encodes a CCCH zinc-finger protein highly similar to MEX-5 that functions with MEX-5 to affect embryonic viability, establish soma germline asymmetry in embryos and establish PIE-1, MEX-1, and POS-1 asymmetry in embryos, and also affects formation of intestinal cells; MEX-6 and MEX-5 may act downstream of the PAR proteins.
38cpg-3R06C7.4n/achrI 7,245,503cgp-3 encodes a putatively secreted protein with an N-terminal low-complexity domain containing 15 potential chondroitin attachment sites, and a C-terminal EGF-like region; cpg-3 mRNA is enriched in oogenesis, but CPG-3 has no obvious function in mass RNAi assays.
39pos-1F52E1.1n/achrV 8,414,649pos-1 encodes a CCCH-type zinc-finger protein; during embryogenesis, maternally provided POS-1 is essential for proper fate specification of germ cells, intestine, pharynx, and hypodermis; POS-1's role in cell fate specification is likely as a translational regulator, as POS-1 is required, in posterior blastomeres, for positive regulation of apx-1 mRNA translation and negative regulation of glp-1 mRNA translation via direct binding to the spatial control region (SCR) in the glp-1 mRNA 3' UTR; in regulating mRNA translation, POS-1 interacts with SPN-4, an RNP-type RNA binding protein, that may function to negatively regulate POS-1 activity; pos-1 mRNA is first detected in the gonads of L4 and adult animals, and is present uniformly in oocytes and newly fertilized embryos; during early embryonic divisions, pos-1 mRNA is present at higher levels in germline blastomeres until it disappears following the division of P4; POS-1 protein is first apparent at low levels in 1-cell embryos, with subsequent expression mirroring that of pos-1 mRNA: high levels in germline blastomeres until its disappearance after the P4 division; in the germline blastomeres P1, P2, P3, and P4, POS-1 colocalizes with cytoplasmic and perinuclear P granules.
40F57C2.4F57C2.4n/achrII 14,525,575contains similarity to Homo sapiens Crumbs protein homolog 1 precursor; ENSEMBL:ENSP00000256772
41vha-18F52E1.10n/achrV 8,412,615vha-18 encodes an an ortholog of subunit H of the cytoplasmic (V1) domain of vacuolar proton-translocating ATPase (V-ATPase); VHA-18 and VHA-15 are co-orthologs; VHA-18 is a predicted cytosolic stator (stalk) component.
42C16C8.4C16C8.4n/achrII 3,443,969contains similarity to Pfam domain PF00240 Ubiquitin family contains similarity to Interpro domain IPR000626 (Ubiquitin)
43fbxa-215Y45F10C.3n/achrIV 13,666,087This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
44T24D1.3T24D1.3n/achrI 9,959,459contains similarity to Interpro domain IPR001841 (Zinc finger, RING-type)
45C16C8.16C16C8.16n/achrII 3,447,247contains similarity to Pfam domain PF00240 Ubiquitin family contains similarity to Interpro domain IPR000626 (Ubiquitin)
46R04D3.4R04D3.4n/achrX 13,288,277contains similarity to Rattus norvegicus Copper-transporting ATPase 1 (EC 3.6.3.4) (Copper pump 1) (Menkessdisease-associated protein homolog).; SW:AT7A_RAT
47tbh-1H13N06.6n/achrX 15,501,790tbh-1 encodes a putative dopamine beta-hydroxylate orthologous to human DBH (OMIM:609312, mutated in dopamine beta-hydroxylase deficiency).
48F08F3.6F08F3.6n/achrV 5,419,025This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins.
49F57C2.3F57C2.3n/achrII 14,524,512contains similarity to Homo sapiens Hypothetical protein; ENSEMBL:ENSP00000265391
50K07A1.1K07A1.1n/achrI 9,583,089contains similarity to Plasmodium falciparum Hypothetical protein.; TR:Q8IBJ6