UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1C15C7.1C15C7.11e-47chrX 3,165,079contains similarity to Pfam domain PF05739 SNARE domain contains similarity to Interpro domains IPR000727 (Target SNARE coiled-coil region), IPR001388 (Synaptobrevin), IPR006012 (Syntaxin/epimorphin, conserved site)
2C05E7.4C05E7.4n/achrX 12,966,891contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
3str-40C50H11.12n/achrV 3,068,667C. elegans STR-40 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
4C14B9.8C14B9.8n/achrIII 8,142,045C14B9.8 is orthologous to the human gene PHOSPHORYLASE KINASE, LIVER, ALPHA-2 SUBUNIT (PHKA2; OMIM:306000), which when mutated leads to liver glycogenosis.
5his-32F17E9.10n/achrIV 8,334,513his-32 encodes an H3 histone; by homology, HIS-32 is predicted to function as a nucleosome component required for packaging of DNA into chromatin; his-32 is a replication-dependent histone locus that resides in the HIS5 cluster on chromosome IV.
6Y40B10B.1Y40B10B.1n/achrV 1,960,770contains similarity to Pfam domain PF03762 Vitelline membrane outer layer protein I (VOMI) contains similarity to Interpro domain IPR005515 (Vitelline membrane outer layer protein I (VOMI))
7nhr-256ZK697.2n/achrV 1,745,848C. elegans NHR-256 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
8T26A5.8T26A5.8n/achrIII 6,462,478contains similarity to Pfam domain PF00808 Histone-like transcription factor (CBF/NF-Y) and archaeal histone contains similarity to Interpro domains IPR009072 (Histone-fold), IPR003958 (Transcription factor CBF/NF-Y/archaeal histone)
9ZK218.1ZK218.1n/achrV 17,092,954contains similarity to Pfam domain PF01549 ShK domain-like contains similarity to Interpro domain IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
10his-31F17E9.12n/achrIV 8,333,809his-31 encodes an H4 histone; his-31 is contained within the histone gene cluster HIS5.
11nhr-177F16B4.1n/achrV 1,611,519C. elegans NHR-177 protein; contains similarity to Pfam domain PF00105 Zinc finger, C4 type (two domains) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
12ulp-4C41C4.6n/achrII 8,132,271C. elegans ULP-4 protein; contains similarity to Pfam domain PF02902 Ulp1 protease family, C-terminal catalytic domain contains similarity to Interpro domain IPR003653 (Peptidase C48, SUMO/Sentrin/Ubl1)
13C27B7.2C27B7.2n/achrIV 8,893,280contains similarity to Arabidopsis thaliana F3O9.12 protein (At1g16320/F3O9_12).; TR:Q9SA31
14mlt-4ZC15.7n/achrV 20,280,792mlt-4 encodes a homolog of human INVS (inversin, OMIM:243305; mutated in nephronophthisis) that has no function in mass RNAi assays.
15srx-38C03A7.5n/achrV 5,154,771C. elegans SRX-38 protein; contains similarity to Pfam domain PF00001 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR013305 (ABC transporter, ABCB2), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
16B0432.9B0432.9n/achrII 283,160contains similarity to Pfam domain PF00753 Metallo-beta-lactamase superfamily contains similarity to Interpro domain IPR001279 (Beta-lactamase-like)
17sru-29C50C10.2n/achrV 9,812,012C. elegans SRU-29 protein; contains similarity to Pfam domain PF02688 Domain of unknown function DUF215 contains similarity to Interpro domain IPR003839 (Protein of unknown function DUF215)
18Y17G7B.3Y17G7B.3n/achrII 11,990,838Y17G7B.3 is orthologous to the human gene HYDROXYACYLGLUTATHIONE HYDROLASE (HAGH; OMIM:138760), which when mutated leads to disease.
19srt-63T28A11.15n/achrV 3,255,375C. elegans SRT-63 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
20C29F9.8C29F9.8n/achrIII 96,559
21F54D12.4F54D12.4n/achrII 1,368,200
22tag-313Y66H1A.3n/achrIV 444,376C. elegans TAG-313 protein ; contains similarity to Bos taurus 39S ribosomal protein L55, mitochondrial precursor (L55mt) (MRP-L55).; SW:P0C2B8
23gck-4C04A11.3n/achrX 13,679,590C. elegans GCK-4 protein; contains similarity to Pfam domains PF07714 (Protein tyrosine kinase) , PF00069 (Protein kinase domain) contains similarity to Interpro domains IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR008271 (Serine/threonine protein kinase, active site), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related)
24EEED8.4EEED8.4n/achrII 5,410,795contains similarity to Pfam domain PF00076 RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) contains similarity to Interpro domains IPR002952 (Eggshell protein), IPR012677 (Nucleotide-binding, alpha-beta plait), IPR000504 (RNA recognition motif, RNP-1)
25hum-1F29D10.4n/achrI 8,848,443hum-1 encodes a class I unconventional myosin heavy chain that, within this class, is most closely related to the amoeboid myosin I subclass; loss of hum-1 activity via RNAi results in a low frequency of aldicarb resistance, suggesting that hum-1 may play a role in regulating synapse structure and/or function; when expressed in the DA cholinergic motor neurons, a HUM-1 reporter fusion protein localizes solely to punctate structures.
26lim-6K03E6.1n/achrX 1,076,785lim-6 encodes a LIM class homeodomain protein that contains two Zinc-finger-like LIM domains N-terminal to a predicted DNA-binding homeodomain; LIM-6 is predicted to function as a transcription factor whose activity is required for regulating uterine morphogenesis and specific aspects of terminal neuronal differentiation, including normal axonal morphology, full expression of UNC-25/glutamic acid decarboxylase in select GABAergic neurons, and repression of sensory receptor gene expression in the ASEL chemosensory neuron; LIM-6 is expressed in a group of nine chemosensory-, inter-, and motorneurons, uterine toroid cells, spermathecal junction cells, and the binucleate excretory gland cell.
27C50F4.14C50F4.14n/achrV 9,548,707The C50F4.14 gene encodes a putative GDP-fucose transporter orthologous to the human GDP-FUCOSE TRANSPORTER 1 gene (LAD II; OMIM:605881), which when mutated leads to congenital disorder of glycosylation, type IIc.
28fbxa-95F28F8.4n/achrV 15,572,053This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
29sru-2C33A12.13n/achrIV 9,486,898C. elegans SRU-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF02688 Domain of unknown function DUF215 contains similarity to Interpro domain IPR003839 (Protein of unknown function DUF215)
30F21G4.5F21G4.5n/achrX 9,906,914contains similarity to Interpro domain IPR007087 (Zn-finger, C2H2 type)
31C41D11.4C41D11.4n/achrI 4,442,876
32M01E5.2M01E5.2n/achrI 13,278,606contains similarity to Pfam domains PF01018 (GTP1/OBG) , PF01926 (GTPase of unknown function) contains similarity to Interpro domains IPR014100 (GTP-binding protein Obg/CgtA), IPR005225 (Small GTP-binding protein), IPR006169 (GTP1/OBG subdomain), IPR002917 (GTP-binding protein, HSR1-related), IPR006073 (GTP1/OBG)
33T01D3.2T01D3.2n/achrV 13,706,650contains similarity to Pfam domain PF00989 PAS fold contains similarity to Interpro domains IPR001092 (Basic helix-loop-helix dimerisation region bHLH), IPR013767 (PAS fold), IPR000014 (PAS), IPR011598 (Helix-loop-helix DNA-binding), IPR001067 (Nuclear translocator)
34lips-3F10F2.3n/achrIII 4,617,677C. elegans LIPS-3 protein; contains similarity to Pfam domain PF01674 Lipase (class 2) contains similarity to Interpro domain IPR002918 (Lipase, class 2)
35lgc-17T01H10.6n/achrX 12,123,239C. elegans LGC-17 protein; contains similarity to Pfam domain PF02931 Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain contains similarity to Interpro domains IPR006201 (Neurotransmitter-gated ion-channel), IPR006202 (Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding)
36srv-17C06E7.7n/achrIV 5,868,915C. elegans SRV-17 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
37K03B4.1K03B4.1n/achrV 4,690,455
38F56G4.6F56G4.6n/achrI 11,369,184contains similarity to Interpro domain IPR001623 (Heat shock protein DnaJ, N-terminal)
39glt-7W03G1.1n/achrIV 533,911C. elegans GLT-7 protein; contains similarity to Pfam domain PF00375 Sodium:dicarboxylate symporter family contains similarity to Interpro domain IPR001991 (Sodium:dicarboxylate symporter)
40F45F2.5F45F2.5n/achrV 8,531,457contains similarity to Pfam domain PF03189 Protein of unknown function, DUF270 contains similarity to Interpro domain IPR004878 (Protein of unknown function DUF270)
41flt-1ZK783.4n/achrIII 7,653,227flt-1 encodes a putative homolog of flectin, an extracellular matrix protein thought to provide a microenvironment of great elasticity; however, FLT-1 protein contains no similarity to other ECM components, instead mostly appearing to be made up of chromatin or DNA-binding domains; FLT-1 also contains a glutamine/asparagine-rich domain, which may mediate epigenetic regulation.
42srbc-17C45H4.3n/achrV 2,178,415C. elegans SRBC-17 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
43T16H12.2T16H12.2n/achrIII 10,086,574contains similarity to Mus musculus 2310010I16Rik protein.; TR:Q9CWH8
44srt-7C50H11.4n/achrV 3,082,398C. elegans SRT-7 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domains IPR002651 (Protein of unknown function DUF32), IPR000408 (Regulator of chromosome condensation, RCC1)
45W06D11.4W06D11.4n/achrX 12,302,364contains similarity to Pfam domain PF08123 Histone methylation protein DOT1 contains similarity to Interpro domain IPR013110 (Histone methylation DOT1)
46Y48A5A.1Y48A5A.1n/achrIV 1,967,552contains similarity to Pfam domain PF04925 SHQ1 protein contains similarity to Interpro domain IPR007009 (SHQ1 protein)
47F10C2.5F10C2.5n/achrV 12,047,001contains similarity to Pfam domain PF01532 Glycosyl hydrolase family 47 contains similarity to Interpro domains IPR010916 (TonB box, conserved site), IPR001382 (Glycoside hydrolase, family 47)
48emb-27F10B5.6n/achrII 8,160,979emb-27 encodes a tetratricopeptide repeat (TPR)-containing protein that is the C. elegans ortholog of the anaphase-promoting complex (APC) subunit APC-6 (CDC16); required maternally and paternally, EMB-27 activity is essential for proper execution of the metaphase-to-anaphase transition during meiosis (both oogenesis and spermatogenesis) and mitosis (during germline proliferation); EMB-27 activity is also critical for embryonic anterior-posterior (A-P) axis formation, production of the secreted eggshell, and normal vulval development; in establishing the embryonic A-P axis, EMB-27 likely acts upstream of the separin protease to ensure proper localization of PAR-3 and PAR-2 to the anterior and posterior cortices, respectively.
49haf-2F43E2.4n/achrII 7,354,944haf-2 encodes a predicted transmembrane protein of the ATP-binding cassette (ABC) transporter superfamily; by homology, HAF-2 is proposed to function in ATP-dependent transport of molecules across plasma and intracellular membranes; however, as loss of HAF-2 function via RNA-mediated interference (RNAi) does not result in any abnormalities, the precise role of HAF-2 in C. elegans development and/or behavior is not yet known.
50C26B2.7C26B2.7n/achrIV 8,016,527