UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1C15B12.6C15B12.68e-178chrX 6,498,835
2T26E4.5T26E4.5n/achrV 15,787,827contains similarity to Interpro domain IPR008996 ()
3ubc-12R09B3.4n/achrI 11,911,676The ubc-12 gene encodes a ubiquitin-conjugating enzyme whose substrate is NED-8, and which is required for both embryogenesis and terminal hypodermal differentiation; ubc-12(RNAi) mutants either arrest during embryonic development or show pleotropic defects (e.g., vulval eversion during the L4 stage), as well as defective alae.
4F42A6.1F42A6.1n/achrIV 3,356,300
5F52E10.3F52E10.3n/achrX 16,283,853contains similarity to Salmonella typhimurium Secretion system apparatus protein ssaM.; SW:SSAM_SALTY
6W10G6.1W10G6.1n/achrX 16,245,293contains similarity to Babesia bovis Merozoite surface antigen-2a2.; TR:Q95UH0
7srj-9T20C4.1n/achrV 3,432,956C. elegans SRJ-9 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
8scl-18T12A7.3n/achrIV 11,754,015C. elegans SCL-18 protein; contains similarity to Pfam domain PF00188 SCP-like extracellular protein contains similarity to Interpro domains IPR014044 (SCP-like extracellular), IPR002413 (Ves allergen), IPR001283 (Allergen V5/Tpx-1 related), IPR002052 (N-6 adenine-specific DNA methylase, conserved site)
9C23H5.1C23H5.1n/achrIV 2,132,010contains similarity to Pfam domains PF08242 (Methyltransferase domain) , PF08241 (Methyltransferase domain) contains similarity to Interpro domains IPR013217 (Methyltransferase type 12), IPR013216 (Methyltransferase type 11)
10F08C6.5F08C6.5n/achrX 7,560,915contains similarity to Interpro domain IPR003016 (2-oxo acid dehydrogenase, lipoyl-binding site)
11fbxa-95F28F8.4n/achrV 15,572,053This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
12C54H2.4C54H2.4n/achrX 5,768,086
13rrf-3F10B5.7n/achrII 8,165,532rrf-3 encodes an RNA-directed RNA polymerase (RdRP) homolog that inhibits somatic RNAi, and thus promotes activity of repeated genes (e.g., multicopy transgenic arrays); the effect of RRF-3 on RNAi is opposite to that of RRF-1 (which stimulates somatic RNAi), which might arise from competition by RRF-3 with RRF-1 or EGO-1 in RNAi formation; rrf-3(allele) or rrf-3(allele2) mutants are hypersensitive to somatic RNAi, and conversely suppress the activity of an integrated rol6 (su1006) transgene.
14Y32B12C.1Y32B12C.1n/achrV 16,607,269contains similarity to Interpro domain IPR002625 (Smr protein/MutS2 C-terminal)
15btb-5W05G11.5n/achrIII 60,257C. elegans BTB-5 protein; contains similarity to Pfam domain PF00651 BTB/POZ domain contains similarity to Interpro domains IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR013069 (BTB/POZ)
16Y17G7B.3Y17G7B.3n/achrII 11,990,838Y17G7B.3 is orthologous to the human gene HYDROXYACYLGLUTATHIONE HYDROLASE (HAGH; OMIM:138760), which when mutated leads to disease.
17frk-1T04B2.2n/achrIV 10,044,780frk-1 encodes a non-receptor tyrosine kinase orthologous to the human proto-oncogene Fer; frk-1 is an essential gene required early for embryonic cell proliferation and later in embryonic epidermal cells for enclosure, morphogenesis and late stages of differentiation; FRK-1's role in embryonic development is independent of its kinase domain, and when expressed in cultured mammalian cells, FRK-1 disrupts cell adhesion; FRK-1 is initially expressed in all cells of the early embryo where it localizes to nuclei and points of cell-cell contact; later expression is seen in epithelial cells, body wall muscle, and the adult germline, including mature sperm; FRK-1 expression in epidermal cells requires activity of the ELT-1 GATA transcription factor, and FRK-1 localization to the plasma membrane requires PAT-3/Beta-integrin, JAC-1/p120 catenin, and HMP-2/Beta-catenin with which FRK-1 interacts in vitro.
18tag-179T24D1.4n/achrI 9,961,143C. elegans TAG-179 protein; contains similarity to Pfam domain PF04922 DIE2/ALG10 family contains similarity to Interpro domains IPR016900 (Alpha-1, 2 glucosyltransferase Alg10), IPR007006 (DIE2/ALG10)
19clec-122Y25C1A.3n/achrII 3,107,043C. elegans CLEC-122 protein; contains similarity to Interpro domains IPR000104 (Antifreeze protein, type I), IPR003983 (Leukotriene B4 type 1 receptor), IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
20F25B4.7F25B4.7n/achrV 5,686,614contains similarity to Pfam domain PF00153 Mitochondrial carrier protein contains similarity to Interpro domains IPR002067 (Mitochondrial carrier protein), IPR002030 (Mitochondrial brown fat uncoupling protein), IPR001993 (Mitochondrial substrate carrier), IPR002113 (Adenine nucleotide translocator 1)
21M02F4.1M02F4.1n/achrX 3,028,999contains similarity to Homo sapiens Isoform 1 of Splicing factor, arginine/serine-rich 12; ENSEMBL:ENSP00000284041
22srw-83ZK262.6n/achrV 18,428,523C. elegans SRW-83 protein; contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
23F13A2.1F13A2.1n/achrV 4,381,556
24srsx-8F52F10.5n/achrV 1,552,074C. elegans SRSX-8 protein ;
25C27B7.2C27B7.2n/achrIV 8,893,280contains similarity to Arabidopsis thaliana F3O9.12 protein (At1g16320/F3O9_12).; TR:Q9SA31
26srh-131Y102A5C.31n/achrV 17,006,090C. elegans SRH-131 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
27B0412.3B0412.3n/achrIII 802,243contains similarity to Pfam domain PF07919 Protein of unknown function (DUF1683) contains similarity to Interpro domain IPR012880 (Protein of unknown function DUF1683, C-terminal)
28srz-90C18D4.9n/achrV 17,528,936C. elegans SRZ-90 protein
29C17B7.7C17B7.7n/achrV 3,326,895contains similarity to Pfam domain PF06869 Protein of unknown function (DUF1258) contains similarity to Interpro domain IPR009667 (Protein of unknown function DUF1258)
30Y48A5A.1Y48A5A.1n/achrIV 1,967,552contains similarity to Pfam domain PF04925 SHQ1 protein contains similarity to Interpro domain IPR007009 (SHQ1 protein)
31R11.3R11.3n/achrX 16,198,339contains similarity to Haemophilus influenzae Hypothetical protein HI0386.; SW:YBGC_HAEIN
32Y116A8C.22Y116A8C.22n/achrIV 17,047,371contains similarity to Pfam domain PF02178 AT hook motif contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR001965 (Zinc finger, PHD-type), IPR000116 (High mobility group proteins HMG-I and HMG-Y), IPR000637 (HMG-I and HMG-Y, DNA-binding), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type), IPR011011 (Zinc finger, FYVE/PHD-type)
33C41D11.4C41D11.4n/achrI 4,442,876
34C26B2.5C26B2.5n/achrIV 8,040,889
35R119.5R119.5n/achrI 391,462contains similarity to Pfam domain PF01135 Protein-L-isoaspartate(D-aspartate) O-methyltransferase (PCMT) contains similarity to Interpro domain IPR000682 (Protein-L-isoaspartate(D-aspartate) O-methyltransferase)
36fbxa-37ZC47.14n/achrIII 1,286,023This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
37ZK470.4ZK470.4n/achrX 4,139,617
38T21H3.5T21H3.5n/achrV 1,159,760
39srt-63T28A11.15n/achrV 3,255,375C. elegans SRT-63 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
40F47E1.1F47E1.1n/achrX 9,075,645
41grl-21ZC168.5n/achrIV 10,737,774grl-21 encodes a hedgehog-like protein, with an N-terminal signal sequence, a central proline-rich low-complexity region, and a C-terminal Ground-like (Grl) domain; GRL-21 is expressed in arcade cells and hypodermis; the Grl domain is predicted to form a cysteine-crosslinked protein involved in intercellular signalling, and it has subtle similarity to the N-terminal Hedge domain of HEDGEHOG proteins.
42K04G11.1K04G11.1n/achrX 14,335,998contains similarity to Interpro domain IPR000345 (Cytochrome c heme-binding site)
43M02G9.3M02G9.3n/achrII 10,319,023contains similarity to Pfam domain PF02363 Cysteine rich repeat contains similarity to Interpro domains IPR003341 (Cysteine rich repeat, tripleX), IPR013032 (EGF-like region, conserved site)
44ulp-4C41C4.6n/achrII 8,132,271C. elegans ULP-4 protein; contains similarity to Pfam domain PF02902 Ulp1 protease family, C-terminal catalytic domain contains similarity to Interpro domain IPR003653 (Peptidase C48, SUMO/Sentrin/Ubl1)
45B0432.6B0432.6n/achrII 267,814contains similarity to Interpro domain IPR000533 (Tropomyosin)
46Y7A5A.7Y7A5A.7n/achrX 15,802,663contains similarity to Murine herpesvirus 72 Membrane virion glycoprotein 150.; TR:Q9DYE3
47nhr-256ZK697.2n/achrV 1,745,848C. elegans NHR-256 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
48sptf-3Y40B1A.4n/achrI 13,362,400C. elegans SPTF-3 protein; contains similarity to Pfam domain PF00096 Zinc finger, C2H2 type contains similarity to Interpro domains IPR015880 (Zinc finger, C2H2-like), IPR007086 (Zinc finger, C2H2-subtype), IPR013087 (Zinc finger, C2H2-type/integrase, DNA-binding), IPR003656 (Zinc finger, BED-type predicted), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
49F53H2.3F53H2.3n/achrV 20,399,182contains similarity to Interpro domain IPR006034 (Asparaginase/glutaminase)
50W09C5.9W09C5.9n/achrI 13,661,170contains similarity to Lactococcus lactis Aspartate carbamoyltransferase (EC 2.1.3.2) (Aspartatestranscarbamylase) (ATCase).; SW:PYRB_LACLA