UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description                                       
1C15B12.1C15B12.10chrX 6,477,878contains similarity to Pfam domain PF01266 FAD dependent oxidoreductase contains similarity to Interpro domains IPR006076 (FAD dependent oxidoreductase), IPR000447 (FAD-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase), IPR016040 (NAD(P)-binding)
2W04E12.7W04E12.7n/achrV 19,731,742contains similarity to Pfam domain PF06162 Caenorhabditis elegans protein of unknown function (DUF976) contains similarity to Interpro domains IPR010381 (Protein of unknown function DUF976, Caenorhabditis species), IPR016125 (Peptidase C15, pyroglutamyl peptidase I-like)
3F21G4.6F21G4.6n/achrX 9,913,063F21G4.6 is orthologous to the human gene HUNTINGTIN (HD; OMIM:143100), which when mutated leads to disease.
4C01F1.1C01F1.1n/achrII 4,303,435contains similarity to Pfam domain PF05793 Transcription initiation factor IIF, alpha subunit (TFIIF-alpha) contains similarity to Interpro domains IPR011991 (Winged helix repressor DNA-binding), IPR008851 (Transcription initiation factor IIF, alpha subunit), IPR011039 (Transcription Factor IIF, Rap30/Rap74, interaction)
5srh-284C47A10.3n/achrV 17,768,552C. elegans SRH-284 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
6ZK1321.1ZK1321.1n/achrII 9,754,525contains similarity to Sulfolobus sp NOB8H2 Hypothetical protein.; TR:O93705
7F53B6.5F53B6.5n/achrI 8,950,742contains similarity to Pfam domain PF00557 metallopeptidase family M24 contains similarity to Interpro domains IPR000994 (Peptidase M24, catalytic core), IPR011991 (Winged helix repressor DNA-binding)
8B0285.1B0285.1n/achrIII 4,336,901contains similarity to Pfam domain PF00069 Protein kinase domain contains similarity to Interpro domains IPR017441 (Protein kinase ATP binding, conserved site), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR008271 (Serine/threonine protein kinase, active site), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR000694 (Proline-rich region)
9R03C1.1R03C1.1n/achrII 14,908,902contains similarity to Homo sapiens Mucin-5AC precursor (Fragment); ENSEMBL:ENSP00000351148
10Y37D8A.10Y37D8A.10n/achrIII 12,875,275contains similarity to Pfam domain PF06703 Microsomal signal peptidase 25 kDa subunit (SPC25) contains similarity to Interpro domain IPR009582 (Microsomal signal peptidase 25 kDa subunit)
11sdc-3C25D7.3n/achrV 15,043,550sdc-3 encodes a protein that contains two mutationally separable domains: a zinc finger motif required for dosage compensation and a myosin- like putative ATP- binding region required for her-1 regulation of sex determination; SDC-3 activates dosage compensation by directing the dosage compensation protein complex to the hermaphrodite X chromosomes, and is functionally redundant with SDC-2 with respect to dosage compensation; SDC-1, SDC-2, and SDC-3 proteins form a complex.
12sre-27Y57A10C.3n/achrII 12,416,469C. elegans SRE-27 protein; contains similarity to Pfam domain PF03125 C. elegans Sre G protein-coupled chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR004151 (C. elegans Sre G protein-coupled chemoreceptor)
13T05F1.9T05F1.9n/achrI 9,646,642contains similarity to Plasmodium falciparum Hypothetical protein.; TR:Q8ILP3
14F33H2.5F33H2.5n/achrI 15,009,733contains similarity to Pfam domains PF00136 (DNA polymerase family B) , PF03104 (DNA polymerase family B, exonuclease domain) , PF08490 (Domain of unknown function (DUF1744)) contains similarity to Interpro domains IPR006055 (Exonuclease), IPR006172 (DNA-directed DNA polymerase, family B), IPR006133 (DNA-directed DNA polymerase, family B, exonuclease), IPR006134 (DNA-directed DNA polymerase, family B, conserved region), IPR013697 (Region of unknown function DUF1744), IPR012337 (Polynucleotidyl transferase, Ribonuclease H fold)
15xrn-2Y48B6A.3n/achrII 14,160,796C. elegans XRN-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF03159 XRN 5'-3' exonuclease N-terminus contains similarity to Interpro domains IPR017151 (5'-3' exoribonuclease 2), IPR004859 (Putative 5-3 exonuclease), IPR002952 (Eggshell protein), IPR001878 (Zinc finger, CCHC-type)
16W10G11.17W10G11.17n/achrII 3,564,777
17cul-1D2045.6n/achrIII 10,473,304cul-1 encodes a cullin, orthologous to Cdc53/Cul1 in S. cerevisiae and CUL-1 in humans (OMIM:603134), that is required both maternally and zygotically for developmentally programmed transitions from the G1 phase of the cell cycle to the GO phase or the apoptotic pathway, and that is probably also required for normally slow G1-to-S phase progression; CUL-1 physically interacts with eight Skp1-related proteins (SKR-1, -2, -3, -4, -7, -8, -9, and -10).
18srw-95H06H21.2n/achrIV 4,813,069C. elegans SRW-95 protein; contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
19fipr-15F13E9.3n/achrIV 10,880,611C. elegans FIPR-15 protein; contains similarity to Interpro domain IPR005137 (Photosystem I assembly BtpA)
20fbf-2F21H12.5n/achrII 6,090,134fbf-2 encodes an RNA-binding protein that is one of 11 C. elegans members of the PUF family (Pumilio and FBF) of translational regulators; FBF-2 is nearly identical to FBF-1 with which it is largely redundant in regulating two aspects of germline development: 1)maintenance of stem cell proliferation, and 2)the hermaphroditic switch between spermatogenesis and oogenesis; in maintaining germline stem cells, the FBF proteins, acting through NOS-3, negatively regulate the activity of gld-1 mRNA, which encodes a translational repressor required for meiotic entry; in regulating the sperm-to-oocyte switch, the FBFs act downstream of GLD-3 to negatively regulate the activity of fem-3 mRNA, which encodes a novel protein required for germline sex determination; consistent with their role in germline development, FBF-1 and FBF-2 are expressed in the germline cytoplasm, becoming enriched in the mitotic region during the L4 larval and adult stages.
21prx-11C47B2.8n/achrI 12,971,925C. elegans PRX-11 protein ; contains similarity to Homo sapiens Isoform 1 of Peroxisomal membrane protein 11C; ENSEMBL:ENSP00000221480
22F18H3.4F18H3.4n/achrX 13,530,481contains similarity to Mus musculus GRIP1-associated protein 1 (GRASP-1) (HCMV-interacting protein).; SW:Q8VD04
23dnc-1ZK593.5n/achrIV 10,929,896DNC-1 encodes a dynactin, orthologous to Drosophila GLUED, that is required for pronuclear migration and centrosome separation in one-cell embryos and for the correct alignment of mitotic spindles in early embryos; DNC-1 shares embryonic functions with DNC-2, DHC-1, LIS-1 and NUD-1; DNC-1 is located at cortical microtubule attachment sites.
24srm-2T28H11.3n/achrIV 5,009,723C. elegans SRM-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
25pgp-4F42E11.1n/achrX 11,361,531pgp-4 encodes an ATP-binding protein that is a member of the P-glycoprotein subclass of the ATP-binding cassette (ABC) transporter superfamily; PGP-4 is predicted to function as a transmembrane protein that couples energy to transport of various molecules across membranes, but as loss of pgp-4 activity via deletion mutations or RNAi results in no obvious defects, the precise role of PGP-4 in C. elegans development and/or behavior is not yet known; pgp-4 promoter-gfp fusion proteins are expressed in the larval excretory cell.
26T24D11.1T24D11.1n/achrX 16,409,674contains similarity to Pfam domain PF00566 TBC domain contains similarity to Interpro domain IPR000195 (RabGAP/TBC)
27C06B8.7C06B8.7n/achrV 15,505,052contains similarity to Pfam domain PF00530 Scavenger receptor cysteine-rich domain contains similarity to Interpro domains IPR002160 (Proteinase inhibitor I3, Kunitz legume), IPR001190 (Speract/scavenger receptor), IPR011050 (Pectin lyase fold/virulence factor), IPR006626 (Parallel beta-helix repeat), IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin), IPR017448 (Speract/scavenger receptor related)
28F55H12.2F55H12.2n/achrI 8,868,112contains similarity to Interpro domain IPR000242 (Tyrosine specific protein phosphatase)
29Y45F10D.7Y45F10D.7n/achrIV 13,792,547Y45F10D.7 encodes a WD40 repeat-containing protein that is the C. elegans ortholog of human WDR36, mutations in which cause primary open angle glaucoma type 1G (GLC1G, OMIM:609887); large-scale RNAi experiments indicate that Y45F10D.7 activity is required for embryonic and larval development; the Saccharomyces cerevisiae homolog of WDR36, Utp21, is a component of the small-subunit (SSU) processome required for formation of 18S rRNA.
30F26E4.12F26E4.12n/achrI 9,780,834contains similarity to Pfam domain PF00255 Glutathione peroxidase contains similarity to Interpro domains IPR012336 (Thioredoxin-like fold), IPR012335 (Thioredoxin fold), IPR000889 (Glutathione peroxidase)
31ZK632.7ZK632.7n/achrIII 9,821,105contains similarity to Interpro domain IPR011009 (Protein kinase-like)
32prx-13F32A5.6n/achrII 7,251,051prx-13 is orthologous to the human gene PEX13 (OMIM:601789), which when mutated leads to Zellweger syndrome or neonatal adrenoleukodystrophy.
33H25P06.1H25P06.1n/achrI 11,317,448contains similarity to Pfam domains PF00349 (Hexokinase) , PF03727 (Hexokinase) contains similarity to Interpro domain IPR001312 (Hexokinase)
34T19C3.2T19C3.2n/achrIII 616,074
35ama-1F36A4.7n/achrIV 4,253,109ama-1 encodes the large subunit of RNA polymerase II required for mRNA transcription; AMA-1 is essential for proper embryonic development, particularly for the early division and migration of the endodermal precursor (E) cells that initiate gastrulation; AMA-1 is expressed ubiquitously in the developing embryo until the 550-cell stage.
36T07F8.2T07F8.2n/achrII 7,145,876contains similarity to Pfam domain PF00001 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
37zyg-9F22B5.7n/achrII 8,461,098zyg-9 encodes a predicted microtubule-association protein (MAP) of the XMAP215 family; during early embryonic development, maternal zyg-9 activity is required for microtubule-dependent processes such as meiotic and mitotic spindle organization and pronuclear migration; further, zyg-9 is essential for formation of long astral microtubules; ZYG-9 is required for centrosomal localization of TAC-1, the sole C. elegans TACC family member, with which it interacts, and mutually stabilizes, in vivo; in early embryos, ZYG-9 localizes to the meiotic spindle and spindle poles, as well as to mitotic centrosomes; during metaphase and anaphase ZYG-9 localizes to the central spindle region, and during interphase ZYG-9 is cytoplasmic; proper localization of ZYG-9 to the meiotic spindle is dependent upon wild-type activity of MEI-1, an ATPase essential for meiotic spindle formation, while proper localization of ZYG-9 to centrosomes is dependent, at least in part, upon TAC-1.
38Y8A9A.3Y8A9A.3n/achrII 3,791,812contains similarity to Interpro domain IPR009071 (High mobility group box, HMG)
39ckb-2B0285.9n/achrIII 4,368,967ckb-2 encodes an isoform of choline kinase whose activity has been verified in vitro; CKB-1 through CKB-4 comprise a related group ('B') of choline kinases; purified CKB-2 has a strong preference for choline over ethanolamine, a specific activity of 2.4 micromol/min/mg protein and a pH optimum near 10.
40ddr-1C25F6.4n/achrX 5,463,626The C25F6.4 gene encodes a protein tyrosine kinase homolog that is also homologous to human RS1.
41tag-175D2013.10n/achrII 9,324,253tag-175 encodes an ortholog of human TMEM41B, whose protein family is ancient (conserved in both animals and plants) but functionally uncharacterized; TAG-175 is broadly expressed (in hypodermis, muscle, neurons, intestine, spermetheca, and vulva); TAG-175 has no known function in vivo, since neither tag-175(RNAi) nor tag-175(gk278) has obvious phenotypes.
42alh-2K04F1.15n/achrV 1,646,053C. elegans ALH-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF00171 Aldehyde dehydrogenase family contains similarity to Interpro domains IPR016163 (Aldehyde dehydrogenase, C-terminal), IPR016162 (Aldehyde dehydrogenase, N-terminal), IPR016161 (Aldehyde/histidinol dehydrogenase), IPR015590 (Aldehyde dehydrogenase), IPR016160 (Aldehyde dehydrogenase, conserved site)
43nas-36C26C6.3n/achrI 7,529,499nas-36 encodes an astacin-like protease; nas-36 activity is required for molting; a nas-36::gfp reporter is expressed in hypodermal cells.
44D2005.3D2005.3n/achrI 7,814,395contains similarity to Pfam domain PF01984 Double-stranded DNA-binding domain contains similarity to Interpro domain IPR002836 (DNA-binding TFAR19-related protein)
45mep-1M04B2.1n/achrIV 11,526,270mep-1 is required for repression by the fem-3 3' UTR in vivo, and for maintenance of somatic (versus germline) differentiation; MEP-1 protein has zinc-finger domains and a glutamine/asparagine-rich domain.
46F20D1.9F20D1.9n/achrX 15,002,884contains similarity to Pfam domain PF00153 Mitochondrial carrier protein contains similarity to Interpro domains IPR002067 (Mitochondrial carrier protein), IPR001993 (Mitochondrial substrate carrier), IPR002113 (Adenine nucleotide translocator 1)
47T14B4.2T14B4.2n/achrII 6,736,402contains similarity to Pfam domain PF01084 Ribosomal protein S18 contains similarity to Interpro domain IPR001648 (Ribosomal protein S18)
48T28D6.6T28D6.6n/achrIII 11,334,762contains similarity to Pfam domains PF01926 (GTPase of unknown function) , PF02824 (TGS domain) contains similarity to Interpro domains IPR005225 (Small GTP-binding protein), IPR002917 (GTP-binding protein, HSR1-related), IPR006073 (GTP1/OBG), IPR004095 (TGS), IPR006074 (GTP1/OBG, conserved site)
49col-69K01A2.7n/achrII 304,726C. elegans COL-69 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (3)contains similarity to Interpro domains IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
50kel-1C47D12.7n/achrII 11,692,402kel-1 encodes a BTB/POZ- and Kelch motif-containing protein orthologous to Drosophila Kelch, which is essential for actin organization in ovarian ring canals; in C. elegans, kel-1 is required for regulating feeding during larval development and more specifically, for pharyngeal isthmus peristalsis and efficient trapping of food in the pharynx; KEL-1 is first expressed at the 1.5-fold stage of embryogenesis in the pharyngeal lumen and the nerve ring; later adult and larval expression is confined to the pharyngeal gland cells in which KEL-1 may be required for maintenance of gland cell-specific structures.