UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1zig-3C14F5.22e-144chrX 7,931,218zig-3 encodes a predicted secreted protein that is a member of the immunoglobulin superfamily of proteins; a zig-3::gfp reporter fusion is expressed in the PVT, AIM, and ASI neurons, as well as in the vulva and weakly in the body wall muscle.
2T26E4.5T26E4.5n/achrV 15,787,827contains similarity to Interpro domain IPR008996 ()
3T23G7.3T23G7.3n/achrII 9,166,799contains similarity to Pfam domain PF01585 G-patch domain contains similarity to Interpro domain IPR000467 (D111/G-patch)
4tsp-5Y45F10B.1n/achrIV 13,591,144C. elegans TSP-5 protein; contains similarity to Pfam domain PF00335 Tetraspanin family contains similarity to Interpro domains IPR000301 (CD9/CD37/CD63 antigen), IPR008952 (Tetraspanin)
5Y38H6C.19Y38H6C.19n/achrV 20,548,064contains similarity to Pfam domain PF03762 Vitelline membrane outer layer protein I (VOMI) contains similarity to Interpro domain IPR005515 (Vitelline membrane outer layer protein I (VOMI))
6C05E11.6C05E11.6n/achrX 4,562,490contains similarity to Interpro domain IPR001166 (Crustacean neurohormone)
7C25G4.2C25G4.2n/achrIV 12,443,605contains similarity to Pfam domain PF03959 Serine hydrolase (FSH1) contains similarity to Interpro domain IPR005645 (Protein of unknown function DUF341)
8W08A12.4W08A12.4n/achrV 3,675,610contains similarity to Paramecium tetraurelia Chromosome undetermined scaffold_94, whole genome shotgun sequence.; TR:A0EFX6
9C14A6.2C14A6.2n/achrV 18,151,568contains similarity to Pfam domain PF07690 Major Facilitator Superfamily contains similarity to Interpro domains IPR007114 (Major facilitator superfamily), IPR001991 (Sodium:dicarboxylate symporter), IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
10nlp-7F18E9.2n/achrX 8,593,444C. elegans NLP-7 protein ;
11F07C4.10F07C4.10n/achrV 7,639,387contains similarity to Pfam domain PF01549 ShK domain-like contains similarity to Interpro domain IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
12srj-24C05E4.11n/achrV 737,838C. elegans SRJ-24 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1), IPR001991 (Sodium:dicarboxylate symporter)
13ugt-18ZC443.5n/achrV 12,821,489C. elegans UGT-18 protein; contains similarity to Pfam domains PF04101 (Glycosyltransferase family 28 C-terminal domain) , PF00201 (UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase) contains similarity to Interpro domains IPR002213 (UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase), IPR007235 (Glycosyl transferase, family 28, C-terminal)
14spp-20K04A8.8n/achrV 6,557,433C. elegans SPP-20 protein; contains similarity to Pfam domain PF05184 Saposin-like type B, region 1 contains similarity to Interpro domains IPR011001 (Saposin-like), IPR007856 (Saposin-like type B, 1), IPR008139 (Saposin B)
15F08H9.3F08H9.3n/achrV 14,462,384F08H9.3 encodes a heat shock protein (HSP) of the HSP16 class; unlike most HSP16s in C. elegans, it is specifically expressed in a particular tissue (the larval pharynx and the anterior adult pharynx), and its expression is not strongly induced by heat shock; however, F08H9.3 expression is increased by heat shock (with adult expression in the full pharynx) and probably aids heat shock resistance, since F08H9.3(RNAi) animals have sensitivity to heat shock that is sporadically higher than normal; in general, HSP16 proteins are thought to act as passive ligands for unfolded proteins that keep them safe from aggregation until the proteins can be refolded by a large (ATP-consuming) HSP.
16srbc-20C45H4.11n/achrV 2,147,858C. elegans SRBC-20 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
17F59F5.4F59F5.4n/achrX 10,543,156contains similarity to Brugia malayi Hypothetical protein (Fragment).; TR:P90701
18F58H7.7F58H7.7n/achrIV 911,281This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins.
19cyp-13A7T10B9.10n/achrII 9,804,455cyp-13A7 encodes a homolog of cytochrome P450 proteins; these proteins are membrane proteins with a heme prosthetic group that catalyse the synthesis of steroid hormones (and bile salts), and also detoxify foreign substances (xenobiotic compounds).
20W07B8.4W07B8.4n/achrV 1,131,011contains similarity to Pfam domain PF00112 Papain family cysteine protease contains similarity to Interpro domains IPR013128 (Peptidase C1A, papain), IPR000169 (Peptidase, cysteine peptidase active site), IPR000668 (Peptidase C1A, papain C-terminal)
21C17H1.2C17H1.2n/achrI 13,102,913contains similarity to Apple stem grooving virus Genome polyprotein [Contains: RNA replicase (EC 2.7.7.48); Helicase;sCoat protein].; SW:POLR_ASGVP
22sod-4F55H2.1n/achrIII 9,499,079C. elegans SOD-4 protein; contains similarity to Pfam domain PF00080 Copper/zinc superoxide dismutase (SODC) contains similarity to Interpro domain IPR001424 (Superoxide dismutase, copper/zinc binding)
23tyr-3F21C3.2n/achrI 7,276,425C. elegans TYR-3 protein; contains similarity to Pfam domains PF00264 (Common central domain of tyrosinase) , PF01549 (ShK domain-like) (4)contains similarity to Interpro domains IPR008922 (Di-copper centre-containing), IPR002227 (Tyrosinase), IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
24K05F6.10K05F6.10n/achrII 1,575,342contains similarity to Pfam domain PF00917 MATH domain contains similarity to Interpro domain IPR002083 (MATH)
25fbxa-164C08E3.7n/achrII 1,613,450This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
26C40C9.4C40C9.4n/achrX 13,651,413contains similarity to Saccharomyces cerevisiae Protein with a putative role in sister chromatid segregation, potentially phosphorylated by Cdc28p; green fluorescent protein (GFP)-fusion protein localizes to the nuclear periphery; SGD:YML034W
27srg-15C34C6.1n/achrII 8,709,673C. elegans SRG-15 protein; contains similarity to Pfam domain PF02118 C.elegans Srg family integral membrane protein contains similarity to Interpro domain IPR000609 (Serpentine gamma receptor, Caenorhabditis species)
28K06H6.6K06H6.6n/achrV 584,556contains similarity to Pfam domain PF01531 Glycosyl transferase family 11 contains similarity to Interpro domain IPR002516 (Glycosyl transferase, family 11)
29W02D7.8W02D7.8n/achrV 8,305,769
30H12D21.4H12D21.4n/achrV 14,892,420contains similarity to Pfam domain PF00581 Rhodanese-like domain contains similarity to Interpro domains IPR001763 (Rhodanese-like), IPR001307 (Thiosulphate sulphurtransferase, conserved site)
31F32G8.3F32G8.3n/achrV 10,554,899contains similarity to Homo sapiens Splice isoform Long of Q13595 Transformer-2 protein homolog; ENSEMBL:ENSP00000297071
32C27H5.6C27H5.6n/achrII 7,186,228
33ttr-54T14G10.4n/achrIV 10,156,441C. elegans TTR-54 protein; contains similarity to Pfam domain PF01060 Transthyretin-like family contains similarity to Interpro domain IPR001534 (Transthyretin-like)
34R09D1.1R09D1.1n/achrII 9,442,815contains similarity to Pfam domain PF00704 Glycosyl hydrolases family 18 contains similarity to Interpro domains IPR011583 (Chitinase II), IPR017853 (Glycoside hydrolase, catalytic core), IPR001223 (Glycoside hydrolase, family 18, catalytic domain), IPR013781 (Glycoside hydrolase, subgroup, catalytic core)
35K08D9.6K08D9.6n/achrV 3,233,173contains similarity to Pfam domain PF01697 Domain of unknown function contains similarity to Interpro domains IPR008167 (Protein of unknown function DUF23, C-terminal), IPR008166 (Protein of unknown function DUF23)
36F58E6.4F58E6.4n/achrV 9,750,160contains similarity to Homo sapiens Protein PRO1073/PRO2853; ENSEMBL:ENSP00000332769
37fbxa-161C08E3.4n/achrII 1,607,102C. elegans FBXA-161 protein; contains similarity to Pfam domain PF01827 FTH domain contains similarity to Interpro domain IPR002900 (Protein of unknown function DUF38, Caenorhabditis species)
38M03A1.3M03A1.3n/achrII 4,558,668M03A1.3 encodes a protein with ~10 predicted transmembrane sequences; it has an internal repeat (in residues 74-351 and 377-668), with some similarity in these repeated domains to worm C05D12.1 and C13B4.1, and to mammalian stromal cell derived factor receptor 2.
39tag-40R02C2.3n/achrV 249,183C. elegans TAG-40 protein; contains similarity to Pfam domain PF01757 Acyltransferase family contains similarity to Interpro domains IPR002656 (Acyltransferase 3), IPR006621 (Nose resistant to fluoxetine-4, N-terminal)
40R08H2.8R08H2.8n/achrV 15,371,455contains similarity to Mycoplasma penetrans Conserved hypothetical protein.; TR:Q8EV71
41F57E7.2F57E7.2n/achrV 16,482,980contains similarity to Psilotum nudum Hypothetical protein.; TR:Q8WHW9
42T28A11.16T28A11.16n/achrV 3,258,866contains similarity to Pfam domain PF01579 Domain of unknown function DUF19 contains similarity to Interpro domains IPR016638 (Uncharacterised conserved protein UPF0376), IPR002542 (Protein of unknown function DUF19)
43F19F10.3F19F10.3n/achrV 7,552,413
44Y106G6D.6Y106G6D.6n/achrI 10,120,080contains similarity to Interpro domain IPR016054 (Ly-6 antigen / uPA receptor -like)
45T22F7.4T22F7.4n/achrIII 526,147
46amt-1C05E11.4n/achrX 4,572,644amt-1 encodes a transmembrane transporter that by homology, is predicted to transport ammonium ions across the plasma membrane; as loss of amt-1 activity via large-scale RNAi screens does not result in any obvious abnormalities, the precise role of AMT-1 in C. elegans development and/or behavior is not yet known.
47K01H12.1K01H12.1n/achrIV 9,707,386K01H12.1 encodes a small protein conserved in diverse eukaryotes, with a CSL motif (a probable zinc finger, sometimes found associated with the N-terminal domain of DnaJ protein); K01H12.1 is probably a small subunit or ancillary protein of RNA polymerase II Elongator or of a hypothetical diphthamide synthase complex; K01H12.1 is orthologous to to mammalian DESR1 (diphtheria toxin and Pseudomonas exotoxin A sensitivity required gene 1) and S. cerevisiae KTI11; DESR1, and probably KTI11, enables the first step in posttranslational modification of histidine to dipthamide; K01H12.1 has no obvious function in mass RNAi assays.
48F17E9.2F17E9.2n/achrIV 8,356,187
49T07D1.3T07D1.3n/achrX 2,443,181contains similarity to Interpro domain IPR016160 (Aldehyde dehydrogenase, conserved site)
50C12D5.3C12D5.3n/achrV 7,676,566contains similarity to Interpro domain IPR002194 (Chaperonin TCP-1, conserved site)