UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description                                       
1C14B1.9C14B1.90chrIII 3,725,339contains similarity to Homo sapiens Hypothetical protein; ENSEMBL:ENSP00000307805
2skr-9C52D10.7n/achrIV 17,163,837skr-9 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a component of the SCF (Skp1, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that regulates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-9 is required for posterior body morphogenesis, embryonic and larval development, and postembryonic cell proliferation.
3bra-2F23H11.1n/achrIII 911,744The bra-2 gene encodes a homolog of the human BMP receptor-associated molecule (BRAM1), paralogous to bra-1, that may act upon the SMA-6 TGF-beta signalling pathway
4C16C8.16C16C8.16n/achrII 3,447,247contains similarity to Pfam domain PF00240 Ubiquitin family contains similarity to Interpro domain IPR000626 (Ubiquitin)
5C16C8.4C16C8.4n/achrII 3,443,969contains similarity to Pfam domain PF00240 Ubiquitin family contains similarity to Interpro domain IPR000626 (Ubiquitin)
6C41G7.3C41G7.3n/achrI 9,516,858contains similarity to Pfam domains PF00013 (KH domain) , PF03073 (TspO/MBR family) contains similarity to Interpro domains IPR004307 (TspO/MBR-related protein), IPR004087 (K Homology), IPR004088 (K Homology, type 1)
7btb-20F57C2.1n/achrII 14,522,887C. elegans BTB-20 protein; contains similarity to Pfam domain PF00651 BTB/POZ domain contains similarity to Interpro domains IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR013069 (BTB/POZ)
8vha-18F52E1.10n/achrV 8,412,615vha-18 encodes an an ortholog of subunit H of the cytoplasmic (V1) domain of vacuolar proton-translocating ATPase (V-ATPase); VHA-18 and VHA-15 are co-orthologs; VHA-18 is a predicted cytosolic stator (stalk) component.
9syp-2C24G6.1n/achrV 5,537,191C. elegans SYP-2 protein ;
10rmd-1T05G5.7n/achrIII 9,759,548C. elegans RMD-1 protein; contains similarity to Interpro domain IPR011990 (Tetratricopeptide-like helical)
11T23D8.7T23D8.7n/achrI 9,991,647contains similarity to Pfam domains PF02170 (PAZ domain) , PF08699 (Domain of unknown function (DUF1785)) , PF02171 (Piwi domain) contains similarity to Interpro domains IPR014811 (Region of unknown function DUF1785), IPR003165 (Stem cell self-renewal protein Piwi), IPR003100 (Argonaute and Dicer protein, PAZ), IPR012337 (Polynucleotidyl transferase, Ribonuclease H fold)
12gln-6C28D4.3n/achrIV 9,740,184C. elegans GLN-6 protein; contains similarity to Pfam domains PF03951 (Glutamine synthetase, beta-Grasp domain) , PF00120 (Glutamine synthetase, catalytic domain) contains similarity to Interpro domains IPR008147 (Glutamine synthetase, beta-Grasp), IPR014746 (Glutamine synthetase/guanido kinase, catalytic region), IPR008146 (Glutamine synthetase, catalytic region)
13Y43E12A.3Y43E12A.3n/achrIV 10,988,514contains similarity to Pfam domain PF00651 BTB/POZ domain contains similarity to Interpro domains IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR013069 (BTB/POZ)
14syp-3F39H2.4n/achrI 8,663,589syp-3 encodes a coiled-coil protein; SYP-3 activity is required during meiosis for chromosome synapsis and chiasma formation, specifically for proper assembly of the central region of the synaptonemal complex; thus, SYP-3 is essential activity is essential for normal embryonic development; immunolocalization studies indicate that SYP-3 is likely a structural component of the central element of the synaptonemal complex.
15C16C10.3C16C10.3n/achrIII 4,174,219contains similarity to Pfam domains PF02170 (PAZ domain) , PF02171 (Piwi domain) contains similarity to Interpro domains IPR003165 (Stem cell self-renewal protein Piwi), IPR003100 (Argonaute and Dicer protein, PAZ), IPR012337 (Polynucleotidyl transferase, Ribonuclease H fold)
16C36B1.11C36B1.11n/achrI 8,756,734contains similarity to Interpro domain IPR001576 (Phosphoglycerate kinase)
17taf-11.2K10D3.3n/achrI 7,133,402C. elegans TAF-11.2 protein; contains similarity to Pfam domain PF04719 hTAFII28-like protein conserved region contains similarity to Interpro domains IPR006809 (TAFII28-like protein), IPR009072 (Histone-fold)
18C30F12.4C30F12.4n/achrI 6,972,971contains similarity to Triticum aestivum Gamma-gliadin precursor.; SW:P08453
19T04A8.8T04A8.8n/achrIII 4,694,596contains similarity to Homo sapiens;Mus musculus;Rattus norvegicus;Bos taurus;Sus scrofa Ubiquitin-like protein SMT3B (Sentrin 2) (HSMT3).; SW:SM32_HUMAN
20fbxa-206Y102A5C.1n/achrV 16,917,839This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
21cpar-1F54C8.2n/achrIII 9,434,486cpar-1 encodes one of two C. elegans proteins homologous to the inner kinetochore histone H3 variant CENP-A (the other is encoded by hcp-3); loss of cpar-1 and hcp-3 activity via RNAi results in mitotic chromosome segregation defects, but no significant defects in meiotic chromosome segregation; when expressed in the germline using the pie-1 promoter, a CPAR-1::GFP fusion protein localizes to meiotic chromosomes during late prophase/prometaphase of meiosis I, but is not seen on chromosomes during meiosis II.
22C04E6.11C04E6.11n/achrV 5,915,960contains similarity to Homo sapiens Leucine-rich PPR motif-containing protein, mitochondrial precursor; ENSEMBL:ENSP00000260665
23D2030.7D2030.7n/achrI 7,589,605contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR015880 (Zinc finger, C2H2-like), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
24spo-11T05E11.4n/achrIV 11,123,963spo-11 encodes an ortholog of Spo11p in S. cerevisiae that is required for meiotic DNA recombination, and (in conjunction with CHK-2 and MRE-11) for the localization of RAD-51 to foci in late zygotene/early pachytene nuclei; like its yeast ortholog, SPO-11 is related to a subunit of archaebacterial topoisomerase VI, and probably causes double-stranded DNA breaks through a topoisomerase-like transesterase mechanism; however, unlike Spo11p, SPO-11 is dispensable for homologous synapsis and formation of the synaptonemal complex; SPO-11 is active even in syp-1 mutants where its double-stranded breaks cannot be correctly processed; spo-11 is transcribed in the germline.
25W02B12.4W02B12.4n/achrII 11,457,473contains similarity to Pfam domain PF00135 Carboxylesterase contains similarity to Interpro domain IPR002018 (Carboxylesterase, type B)
26ZK856.12ZK856.12n/achrV 10,214,597contains similarity to Homo sapiens similar to hypothetical protein FLJ12851; ENSEMBL:ENSP00000301962
27zif-1F59B2.6n/achrIII 9,003,725zif-1 encodes a SOCS-box protein that promotes establishment of the germ line by targetting germline proteins for cullin-dependent degradation in non-germline (somatic) cells; ZIF-1 binds germline CCCH-(zinc)-finger proteins and the E3 ubiquitin ligase subunit elongin C (ELC-1); while ZIF-1 has no obvious homologs, it may be analogous to the Drosophila SOCS-box protein GUSTAVUS, which is required for VASA localization to the germline and which does have mammalian homologs.
28egg-5R12E2.10n/achrI 4,170,287C. elegans EGG-5 protein; contains similarity to Pfam domain PF00102 Protein-tyrosine phosphatase contains similarity to Interpro domains IPR003595 (Protein-tyrosine phosphatase, catalytic), IPR000242 (Protein-tyrosine phosphatase, receptor/non-receptor type), IPR000387 (Protein-tyrosine phosphatase), IPR000340 (Protein-tyrosine phosphatase, dual specificity)
29egg-2R01H2.3n/achrIII 7,059,489C. elegans EGG-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF00057 Low-density lipoprotein receptor domain class A contains similarity to Interpro domain IPR002172 (Low density lipoprotein-receptor, class A, cysteine-rich)
30nos-1R03D7.7n/achrII 10,952,444nos-1 encodes an putative RNA-binding protein that contains a zinc-binding motif homologous to that of Drosophila Nanos, a posterior-group protein required for embryonic patterning and primordial germ cell development; in C. elegans, NOS-1 is required redundantly with NOS-2, a second Nanos homolog, for maintenance of germ cell viability during postembryonic development and for preventing primordial germ cells from dividing in the absence of food; nos-1 mRNA is expressed dynamically in the embryo, with early expression seen throughout the embryo and later expression restricted solely to germline blastomeres; nos-1 mRNA becomes undetectable after the 200-cell stage, but reappears later at the 550-cell stage; NOS-1 protein is not detectable in germline blastomeres until the 550-cell stage, suggesting that NOS-1 might actually function zygotically in germline specification.
31bir-2C50B8.2n/achrV 13,569,366The bir-2 gene encodes a protein with two BIR domains that may be involved in apoptosis.
32hus-1H26D21.1n/achrI 3,698,705hus-1 encodes the C. elegans ortholog of the Schizosaccharomyces pombe Hus1 DNA damage checkpoint protein; in C. elegans, hus-1 activity is required for DNA damage-induced cell cycle arrest and apoptosis, telomere maintenance, and hence, genome stability and development; specifically, hus-1 is required for the CEP-1/p53-dependent increase in germline egl-1 expression following irradiation; a HUS-1::GFP fusion protein is detected in the nuclei of mitotic and meiotic germ cells, mature oocytes, embryos, and somatic larval cells, particularly those that are proliferating; while HUS-1 localization is generally diffuse throughout these nuclei, following irradiation, HUS-1 localizes to discrete foci that overlap with chromatin; HUS-1 nuclear localization is dependent upon the Rad9 homologue HPR-9 and upon the checkpoint protein MRT-2, with which it interacts in yeast two-hybrid and in vitro assays.
33sra-25T26E3.9n/achrI 12,687,150C. elegans SRA-25 protein; contains similarity to Pfam domain PF02117 C.elegans Sra family integral membrane protein contains similarity to Interpro domains IPR003945 (NADH-plastoquinone oxidoreductase, chain 5), IPR000344 (Nematode chemoreceptor, Sra)
34mex-5W02A2.7n/achrIV 13,354,881mex-5 encodes a novel protein that contains two CCCH zinc finger motifs; maternally provided MEX-5, which functions partly redundantly with the highly similar CCCH finger protein MEX-6, is essential for transducing polarity cues and establishing soma/germline asymmetry in the early embryo; in regulating soma/germline asymmetry, MEX-5 interacts with, and activates, the SOCS-box protein ZIF-1, which functions as part of an E3 ubiquitin ligase complex that degrades germ plasm proteins in somatic blastomeres; accordingly, ectopic expression of MEX-5 throughout the early embryo results in reduced expression of germline proteins in germline blastomeres; MEX-5 is a cytoplasmic protein expressed at uniform levels in oocytes and newly fertilized eggs; from the 1-cell to 4-cell stages of embryogenesis, MEX-5 expression is dynamic, with highest levels seen in the anterior AB blastomere and, for a time, its daughters, the anterior portion of the P1 blastomere, P1 centrosomes (both, then posterior only), and the EMS and C blastomeres; the asymmetric distribution of MEX-5 in early embryos depends upon wild-type activity of the PAR and OMA-1 proteins.
35F08G5.1F08G5.1n/achrIV 12,409,650contains similarity to Homo sapiens Putative protein TPRXL; ENSEMBL:ENSP00000322097
36sdz-27R07H5.4n/achrIV 11,187,603C. elegans SDZ-27 protein
37F56C9.3F56C9.3n/achrIII 7,312,130contains similarity to Pfam domain PF01545 Cation efflux family contains similarity to Interpro domain IPR002524 (Cation efflux protein)
38F52B5.2F52B5.2n/achrI 8,317,068contains similarity to Pfam domain PF00069 Protein kinase domain contains similarity to Interpro domains IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR008271 (Serine/threonine protein kinase, active site), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related)
39cgh-1C07H6.5n/achrIII 7,496,952cgh-1 encodes a putative DEAD-box RNA helicase, orthologous to budding yeast Dhh1p, fission yeast Ste13p, Drosophila ME31B, and human DDX6 (OMIM:600326); CGH-1 inhibits physiological apoptosis in oocytes, keeping it down to a normal level of ~50% in hermaphrodite gonads; independently of apoptosis, CGH-1 is also required for sperm function, oocyte fertilization, and early embryonic cytokinesis; by orthology with budding yeast, CGH-1 is expected to enable decapping-dependent mRNA degradation; CGH-1 is expressed in meiotic germ cells, oocytes, sperm, early embryonic P granules, other unidentified cytoplasmic foci of the gonad core and early embryos, and the germline precursors Z2 and Z3; cgh-1(RNAi) hermaphrodites lose ~100% of their oocytes to physiological apoptosis; gonadal CGH-1 accumulation is suppressed by either glh-1/4 RNAi or gld-1(q485);gld-2(q497) mutations, yet physiological apoptosis (which would normally be elevated by loss of CGH-1) is also abnormally low in these genotypes; cgh-1(RNAi) males have sterile sperm with abnormally short pseudopods; CGH-1 associates with CAR-1, DCAP-2, and CEY-2/3/4 in P granules and cytoplasmic particles of the early embryo; CGH-1 is required for normal CAR-1 localization in early embyros, and binds CAR-1 in an RNA-dependent manner.
40F26H11.4F26H11.4n/achrII 14,410,374contains similarity to Saccharomyces cerevisiae Mitochondrial ATPase (similar to E. coli FtsH protein) that resides in the innner mitochondrial membrane; SGD:YMR089C
41F35C11.5F35C11.5n/achrII 8,254,199contains similarity to Interpro domains IPR016090 (Phospholipase A2), IPR013090 (Phospholipase A2, active site)
42C17E4.4C17E4.4n/achrI 9,419,701contains similarity to Thermoplasma acidophilum Hypothetical membrane protein.; TR:Q9HLF7
43ZK1128.4ZK1128.4n/achrIII 10,119,727contains similarity to Pfam domain PF03850 Transcription factor Tfb4 contains similarity to Interpro domain IPR004600 (Transcription factor Tfb4)
44H02I12.1H02I12.1n/achrIV 11,375,266H02I12.1 encodes a large (1319-residue) protein with 12 chitin-binding peritrophin-A domains; H02I12.1(RNAi) animals have an osmotically-sensitive embryonic lethal phenotype, perhaps because of defects in chitin and eggshell synthesis; like CEJ-1 and CPG-2, H02I12.1 may participate in eggshell synthesis and early embryonic development; H02I12.1's multiple peritrophin-A domains might enable mechanical cross-linking of chitin.
45F57C9.3F57C9.3n/achrI 4,838,180
46K07A1.1K07A1.1n/achrI 9,583,089contains similarity to Plasmodium falciparum Hypothetical protein.; TR:Q8IBJ6
47C48B4.9C48B4.9n/achrIII 9,562,829contains similarity to Arabidopsis thaliana Hypothetical protein (At1g32400/F5D14_22) (Tobamovirus multiplications2A).; TR:Q9C5W7
48rev-1ZK675.2n/achrII 7,902,571C. elegans REV-1 protein; contains similarity to Pfam domains PF00817 (impB/mucB/samB family) , PF00533 (BRCA1 C Terminus (BRCT) domain) contains similarity to Interpro domains IPR001126 (UMUC-like DNA-repair protein), IPR012112 (DNA repair protein, Rev1), IPR001357 (BRCT)
49R02F2.4R02F2.4n/achrIII 5,485,028R02F2.4 encodes a protein with six chitin-binding peritrophin-A domains; R02F2.4 transcripts are enriched during oogenesis; like CEJ-1 and CPG-2, R02F2.4 might participate in eggshell synthesis and early embryonic development, and R02F2.4's multiple peritrophin-A domains might enable mechanical cross-linking of chitin; however, R02F2.4 has no obvious function in mass RNAi assays; while R02F2.4 is more closely similar to CPG-2 than CEJ-1, it may be less strongly expressed (since it has substantially fewer ESTs) and thus be less important in development.
50cdc-6C43E11.10n/achrI 4,269,180cdc-6 encodes a homolog of an origin complex component (CDC6) which in yeast controls the start of DNA replication, and also has a distant paralog (Y39A1A.12) within the C. elegans genome; CDC-6 is superficially dispensable for embryonic viability, perhaps because of redundancy with Y39A1A.12.