UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description                                       
1C13A2.4C13A2.40chrV 7,279,942contains similarity to Pfam domain PF01482 Domain of unknown function DUF13 contains similarity to Interpro domain IPR002485 (Protein of unknown function DUF13)
2T26E4.5T26E4.5n/achrV 15,787,827contains similarity to Interpro domain IPR008996 ()
3T19D12.3T19D12.3n/achrII 6,660,581
4dhs-26ZK816.5n/achrX 3,361,621dhs-26 encodes a short-chain dehydrogenase predicted to be mitochondrial.
5bra-2F23H11.1n/achrIII 911,744The bra-2 gene encodes a homolog of the human BMP receptor-associated molecule (BRAM1), paralogous to bra-1, that may act upon the SMA-6 TGF-beta signalling pathway
6gst-3K08F4.11n/achrIV 10,139,782gst-3 encodes a predicted glutathione S-transferase.
7W08A12.4W08A12.4n/achrV 3,675,610contains similarity to Paramecium tetraurelia Chromosome undetermined scaffold_94, whole genome shotgun sequence.; TR:A0EFX6
8amt-1C05E11.4n/achrX 4,572,644amt-1 encodes a transmembrane transporter that by homology, is predicted to transport ammonium ions across the plasma membrane; as loss of amt-1 activity via large-scale RNAi screens does not result in any obvious abnormalities, the precise role of AMT-1 in C. elegans development and/or behavior is not yet known.
9C13A2.3C13A2.3n/achrV 7,283,523contains similarity to Pfam domain PF03269 Caenorhabditis protein of unknown function, DUF268 contains similarity to Interpro domain IPR004951 (Protein of unknown function DUF268, Caenorhabditis species)
10fbxa-164C08E3.7n/achrII 1,613,450This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
11skr-5F47H4.10n/achrV 17,348,283The skr-5 gene encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae that has no known function in vivo, since skr-5(RNAi) animals are at least superficially normal.
12nlp-7F18E9.2n/achrX 8,593,444C. elegans NLP-7 protein ;
13cex-1F56D1.6n/achrII 5,448,034C. elegans CEX-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00036 EF hand contains similarity to Interpro domains IPR011992 (EF-Hand type), IPR002048 (Calcium-binding EF-hand)
14F32G8.3F32G8.3n/achrV 10,554,899contains similarity to Homo sapiens Splice isoform Long of Q13595 Transformer-2 protein homolog; ENSEMBL:ENSP00000297071
15tsp-5Y45F10B.1n/achrIV 13,591,144C. elegans TSP-5 protein; contains similarity to Pfam domain PF00335 Tetraspanin family contains similarity to Interpro domains IPR000301 (CD9/CD37/CD63 antigen), IPR008952 (Tetraspanin)
16C45B2.3C45B2.3n/achrX 6,083,106
17zig-3C14F5.2n/achrX 7,931,218zig-3 encodes a predicted secreted protein that is a member of the immunoglobulin superfamily of proteins; a zig-3::gfp reporter fusion is expressed in the PVT, AIM, and ASI neurons, as well as in the vulva and weakly in the body wall muscle.
18clec-98ZK39.7n/achrI 11,154,783C. elegans CLEC-98 protein; contains similarity to Pfam domain PF00059 Lectin C-type domain contains similarity to Interpro domains IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
19C25G4.2C25G4.2n/achrIV 12,443,605contains similarity to Pfam domain PF03959 Serine hydrolase (FSH1) contains similarity to Interpro domain IPR005645 (Protein of unknown function DUF341)
20T23G7.3T23G7.3n/achrII 9,166,799contains similarity to Pfam domain PF01585 G-patch domain contains similarity to Interpro domain IPR000467 (D111/G-patch)
21F08G12.8F08G12.8n/achrX 11,317,416contains similarity to Mus musculus Tenascin-R.; TR:Q8BYI9
22fip-1F22B7.4n/achrIII 8,639,817C. elegans FIP-1 protein ; contains similarity to Homo sapiens Isoform A2 of Heterogeneous nuclear ribonucleoproteins A2/B1; ENSEMBL:ENSP00000354021
23F07C4.10F07C4.10n/achrV 7,639,387contains similarity to Pfam domain PF01549 ShK domain-like contains similarity to Interpro domain IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
24C06G3.3C06G3.3n/achrIV 7,036,272
25ins-11C17C3.4n/achrII 5,556,897ins-11 encodes an insulin-like peptide of the insulin superfamily of proteins (OMIM:176730, 147440); INS-11 is one of 38 insulin-like peptides in C. elegans and is expressed in the labial sensory neurons, the nerve ring, and other neurons; although the precise role of INS-11 in C. elegans development is not yet clear, loss of INS-11 function via RNA-mediated interference can result in animals that are smaller than wild type (Sma).
26spp-20K04A8.8n/achrV 6,557,433C. elegans SPP-20 protein; contains similarity to Pfam domain PF05184 Saposin-like type B, region 1 contains similarity to Interpro domains IPR011001 (Saposin-like), IPR007856 (Saposin-like type B, 1), IPR008139 (Saposin B)
27W03F11.1W03F11.1n/achrI 2,220,892W03F11.1 encodes a protein with three chitin-binding peritrophin-A domains; like CEJ-1 and CPG-2, W03F11.1 may participate in eggshell synthesis and early embryonic development; W03F11.1 is required for fertility in mass RNAi assays; W03F11.1's multiple peritrophin-A domains might enable mechanical cross-linking of chitin.
28F07C4.6F07C4.6n/achrV 7,627,266contains similarity to Pfam domain PF01549 ShK domain-like contains similarity to Interpro domain IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
29gst-41R13D7.7n/achrV 7,398,864C. elegans GST-41 protein; contains similarity to Pfam domains PF00043 (Glutathione S-transferase, C-terminal domain) , PF02798 (Glutathione S-transferase, N-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR012336 (Thioredoxin-like fold), IPR012335 (Thioredoxin fold), IPR004046 (Glutathione S-transferase, C-terminal), IPR004045 (Glutathione S-transferase, N-terminal), IPR010987 (Glutathione S-transferase, C-terminal-like)
30ttr-1K03H1.6n/achrIII 9,929,635ttr-1 encodes a protein containing a predicted signal sequence followed by a transthyretin-like domain; although TTR-1 belongs to a family of apparently nematode-specific proteins whose function is not yet known, loss of ttr-1 function via RNAi can result in enhanced dauer formation and daf-16-dependent lifespan extension.
31ZK971.1ZK971.1n/achrII 10,279,516contains similarity to Arabidopsis thaliana Gb|AAB67622.1.; TR:Q9LT65
32F48G7.2F48G7.2n/achrV 637,034
33Y38H6C.19Y38H6C.19n/achrV 20,548,064contains similarity to Pfam domain PF03762 Vitelline membrane outer layer protein I (VOMI) contains similarity to Interpro domain IPR005515 (Vitelline membrane outer layer protein I (VOMI))
34scl-2F49E11.10n/achrIV 13,058,350C. elegans SCL-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF00188 SCP-like extracellular protein contains similarity to Interpro domains IPR014044 (SCP-like extracellular), IPR002413 (Ves allergen), IPR001283 (Allergen V5/Tpx-1 related)
35tag-38B0222.4n/achrV 9,145,742C. elegans TAG-38 protein; contains similarity to Pfam domains PF00282 (Pyridoxal-dependent decarboxylase conserved domain) , PF00266 (Aminotransferase class-V) contains similarity to Interpro domains IPR002129 (Pyridoxal phosphate-dependent decarboxylase), IPR015424 (Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major region), IPR006025 (Peptidase M, neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding site), IPR000192 (Aminotransferase, class V/Cysteine desulphurase), IPR015421 (Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major region, subdomain 1)
36ttr-5C40H1.5n/achrIII 9,330,525C40H1.5 encodes a protein containing a predicted signal sequence followed by a transthyretin-like domain; the product of C40H1.5 belongs to a family of apparently nematode-specific proteins whose function is not yet known.
37C32F10.4C32F10.4n/achrI 5,809,249
38B0284.1B0284.1n/achrIII 4,377,822contains similarity to Interpro domain IPR016027 (Nucleic acid-binding, OB-fold-like)
39nlp-12M01D7.5n/achrI 1,843,618nlp-12 encodes two predicted neuropeptide-like proteins; nlp-12 is part of a LQFamide neuropeptide family that has members in at least one other nematode species; nlp-12 is expressed in one tail neuron; as loss of nlp-12 activity via large-scale RNAi screens does not result in any obvious abnormalities, the precise role of nlp-12-encoded peptides in development and/or behavior is not yet known.
40grl-17C56A3.1n/achrV 13,562,991grl-17 encodes a hedgehog-like protein, with an N-terminal signal sequence, a central proline-rich low-complexity region, and a C-terminal Ground-like (Grl) domain; GRL-17 is expressed in pharynx, rectal epithelium, amphid socket cells, larval arcade cells, and larval hypodermis; the Grl domain is predicted to form a cysteine-crosslinked protein involved in intercellular signalling, and it has subtle similarity to the N-terminal Hedge domain of HEDGEHOG proteins.
41fbxa-162C08E3.5n/achrII 1,608,500This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
42ocr-3T10B10.7n/achrX 15,171,101ocr-3 encodes a predicted TRPV channel (transient receptor potential cation channel, subfamily V) containing six membrane-spanning regions, cytoplasmic ankyrin repeats, and a long, unconserved cytoplasmic tail that is related to the mammalian TRPV1 cation channel (OMIM:602076) activated by capsaicin and other noxious stimuli; although the precise role of OCR-3 in C. elegans development and/or behavior is not yet known, OCR-3 expression is detected solely in the rectal gland cells and occasionally the glial socket cells of the head, suggesting that OCR-3 may function in sensory signal transduction in these cell types.
43C06E4.8C06E4.8n/achrIV 7,284,853contains similarity to Interpro domain IPR009057 (Homeodomain-like)
44srw-33T26H5.5n/achrV 15,450,551C. elegans SRW-33 protein; contains similarity to Pfam domain PF06976 Protein of unknown function (DUF1300) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR010726 (Protein of unknown function DUF1300), IPR003945 (NADH-plastoquinone oxidoreductase, chain 5), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
45srbc-20C45H4.11n/achrV 2,147,858C. elegans SRBC-20 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
46W02D7.8W02D7.8n/achrV 8,305,769
47tyr-3F21C3.2n/achrI 7,276,425C. elegans TYR-3 protein; contains similarity to Pfam domains PF00264 (Common central domain of tyrosinase) , PF01549 (ShK domain-like) (4)contains similarity to Interpro domains IPR008922 (Di-copper centre-containing), IPR002227 (Tyrosinase), IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
48ZC581.3ZC581.3n/achrI 6,653,325contains similarity to Interpro domain IPR011046 (WD40 repeat-like)
49F58E6.4F58E6.4n/achrV 9,750,160contains similarity to Homo sapiens Protein PRO1073/PRO2853; ENSEMBL:ENSP00000332769
50F53F4.7F53F4.7n/achrV 13,613,185contains similarity to Pfam domain PF03407 Protein of unknown function (DUF271) contains similarity to Interpro domain IPR005069 (Protein of unknown function DUF271)